Bugün Üsküdar Burhan Felek Anadolu Lisesi adını taşıyan okul, 1887 yılında Üsküdar İdâdîsi adıyla eğitim ve öğretime açılmış, sonrasında ise sultânîyeye çevrilmiştir. 1913 yılında, Balkan Savaşı sonrasında, okul binasının hastane olarak kullanılması üzerine savaş sonuna kadar eğitim ve öğretime Paşalimanı’nda bir yalıda devam edilmiştir. 1914 yılında başlayan I.Dünya Savaşı’nın getirmiş olduğu bunalımlı günlerde Üsküdar Sultanisi öğrencileri eğitimlerini yarıda bırakarak Çanakkale cephesine şehadete koşmuşlardır. 48 öğrenci bu cephede vatanı uğruna şehit olmuş, geriye kalanlar ise askerlik çağına geldiklerinden dolayı okullarına dönememişler ve okulda 1914-1918 yılları arasında öğrenci bulunmadığından mezun verilememiştir.
1918 mütareke döneminde yörede üslenen işgal kuvvetleri tarafından çıkartılan yangın sonucu okul tamamen yanmıştır. Yangın sonrası eğitim ve öğretime ilköğretim müdürlüğünün bulunduğu binada devam edilmiş ancak bina yeterli olmadığından sultânînin ilk kısmı kaldırılmıştır. Yöre halkının yardımlarıyla daha sonraları okul binasının yanındaki “Fıstıklı Mektebi” satın alınarak ilk kısım tekrar açılmıştır.
1924 yılında Cumhuriyet döneminde Üsküdar Orta Mektebi olarak eğitim ve öğretime başlayan okulun 1925 yılında idealist müdürü Emin Bey ve öğretim üyelerinin bir yıl ücretsiz olarak görev yapma fedakârlıkları sonucu lise sınıfları açılmış ve Üsküdar Erkek Lisesi adını almıştır.
1929 yılında ortaokul öğrenci sayısının artması üzerine yer yetersizliğinden lise tekrar ortaokula dönüştürülmüştür. 1930 yılında yanan binanın yerine yapılan yeni binaya yerleşen okula, 1931 yılında kız öğrencilerin de kayıtları alınmış ve Karma Ortaokulu adını almıştır.
1935-1936 yılında Köprülü Konak’ta yalnız kız öğrenciler için ikinci ortaokul açılmış ancak erkek öğrencilerin de kaydı alınmıştır. 1938-1939 eğitim ve öğretim yılında ikinci ortaokul kaldırılmış ve okul tekrar karma ortaokul olarak uzun yıllar ülkeye değerli kişiler yetiştiren kültür merkezi olmuştur.
1968-1969 eğitim ve öğretim yılından itibaren ortaokula dayalı, Üsküdar Akşam Ticaret Lisesi öğretime açılmıştır. 1970-1971 öğretim yılında okul, Üsküdar Lisesi olarak açılmış ve 1973 yılında ilk mezunlarını vermiştir.
1983 yılında okulun adı, eski mezunlardan, gazeteci-yazar merhum Burhan Felek’in anısına Burhan Felek Lisesi olarak değiştirilmiştir. 2013 yılından itibaren sırası ile önce Ticaret Meslek Lisesi ardından Çok Programlı Anadolu Lisesi ve 12 Haziran 2015 tarihinden itibaren de tarihi misyonuna uygun olarak Burhan Felek Anadolu Lisesi adını alan okul nice başarılı mezunlar yetiştirmeye devam etmektedir.