Biyoinformatik Stajında İkinci Hafta | geek and scientist
Bugüne kadar 10 gün içinde 3 sunum gerçekleştirdim. İkisi alan dışıydı biri ise alandan idi. Alan dışı konularımız “İşletme okulunda öğrendiğim 101 şey” adlı kitaptan. Bu konuların ilki “Teorinin gerçek dünya olmadığını söyleyenler, teorinin ne olduğunu anlamayanlardır.” , ikincisi ise “grup çalışmasını kolaylaştırmak”tı. Son sunumum grup çalışmasını kolaylaştırmak’ı son iki saatte hazırlayıp sunmamda fikir yardımında bulunan arkadaşlarıma da teşekkür ederim, sunumun geri kalanı şovdan ibaretti zaten. Temmuz grubu olarak 7 kişiyiz, yani 21 farklı sunum dinlemiş olduk. Geçen gün ufak bir misafirimiz daha vardı: Barış, Elif’in kardeşi. 11 yaşında ve bize müthiş bir uyum sağladı, o da bize uyarak bir sunum gerçekleştirdi. Onun konusu Dünyanın Güzellikleri’ydi.
Python’da kod yazmayı bir önceki haftaya kıyasla daha fazla benimsedik. İlk hafta Google’da “how to count codon in python” gibi aramalar yaptıktan sonra çıkan sonuçları kullanırken, bu hafta mantığını daha kavramış bir şekilde kod yazabiliyoruz. Buraya da bazı kod örneklerini ekleyeceğim. İlk seferde kod çalıştırmak diye bir şey yokmuş, onu da anlamış olduk. Ya syntax’da ya da girintilerde sıkıntı çıkabiliyor.
Python’da kodlama ile bir dizide baz sayısı, kodon sayısı, GC içeriği nasıl hesaplanırı; Fasta formatını parçalarına nasıl ayrırız, DNA dizisini protein sekansına çevirmeyi, bir dizinin complement dizisini bulmayı öğrendik. Sonra bu kodları fonksiyona dönüştürmeyi öğrendik. Python öncesinde scratch.mit.edu‘da oyun tasarladık. Scratch 7-13 yaş arası çocukları programlamayı öğretmek için kullanılan bir online web tool. Bence kardeşinizi çocuğunuz iPad’de oyun oynaması yerine buraya yönlendirmesi daha mantıklı olabilir. Mesela bir yılan oyunu tasarlayabilir veya breakout oyunu tasarlayabilirler. Hem oyun ürettikleri için kendilerini daha üretken hissedeceklerdir 🙂
Burada diğer bir uğraşımız ise puzzle idi. İlk başlarda hayli zorladı bizi. Ama sonra kimi zaman sabahlarken kimi zaman işimizi bitirirken puzzle’ın başında kendimizi bulduk. Puzzle’ın sonlarına doğru tam bir ekip haline geldik, hızlıca boşlukları doldurmaya başladık.
Puzzleımız tamamlandığında ben:
Stajımızın bence en güzel tarafı Skype görüşmeleri. Şöyle ki yüz yüze görüşme fırsatı bulmaya zorlanacağımız kişilere Skype’ta telekonferans ile ulaşabiliyoruz. Biz staja başladıktan sonra 3 kişi ile görüşme fırsatımız oldu. Şeydanur Tıkır, Boun MBG mezunu ve geleceğin parlak biyoinformatikçi bilim kadınlarından biri. Şu anda Amerika’da biyoinformatik YL’na devam etmekte, bize Biyoinformatiğe nasıl başladığını anlattığında kendi heyecanını öyle güzel aktardı ki o Skype görüşmesi sabaha kadar sürse Şeydanur’u dinleyebilirdik. Yaptığı işten heyecan duyan insanlar bence metaller gibi, yani metaller nasıl ısıyı iletebiliyorsa onlar da heyecanlarını karşı tarafa yansıtıyor ve karşı tarafı da heyecanlandırabiliyorlar. Şeydanur’u ekip olarak çok sevdik, ben zaten İÜ’deki İnovasyon kongresinde ilk tanıdığımda da çok sevmiştim 🙂 Biyoinformatikte bireysel gelişme adına çok güzel tavsiyelerde bulundu. Skype’ta Şeydanur’un ekranından biz:
Diğer bir Skype konuğumuz ise Ayça Arslan Ergül. Bilkent Üniversitesi’nde hem post-doc yapıyor hem de yarı-zamanlı öğretim görevlisi. Mesleğine aşık örnek bir bilim kadını. Yaptığı işten bahsederken o da çok heyecanlanıyor. Mesleğinin etik boyutunun farkında olan biri, eğer bulunduğu iş ortamında etiğe aykırı bir şey varsa arkasına bakmadan çekip gidebilen biri. Bir bilim insanın sahip olması gereken en önemli nitelik olan “sabır” sözcüğün vücuda bürünmüş hali diyebiliriz onun hakkında. Boğaziçi’nden mezun olduktan sonra Bilkent Üniversitesi’nin kapısını YL için 3 kez çalmış. İnsanlar böyle bilim insanları ile tanışmalı ki kafalarında bilim insanlarına dair saçma sapan olan düşüncelerden arınabilmeli. Skype görüşmesinden sonra ismini Google’da aratıp, Bilkent sayfasına tıkladığımızda bazı gönüllülük çalışmaları gözüme çarptı. Görme engelli insanlar için kitap okuyormuş. Şimdiye kadar 1200 dk kitap okumuş. Ne kadar harika değil mi! Skype konuşmamızda bazı keşkelerinden bahsetti, aynı keşkelere sahip olan biriyle karşılaşmak benim için çok iyi oldu. Keşkeler belki hep var olacak, ama gün daha bitmedi.
Bu haftaki son Skype konuğumuz Viyana’dan: Onur Kaya. Doktora sonrasında post-doc yaparım derken biyoteknoloji şirketinde çalışmaya başlayan bir bilim insanı. Lisans ve yüksek lisansını Bilkent MBG’den almış, doktoraya ise Viyana’da IMBA’ya(Institute of Molecular Biotechnology gelmiş. Türkiye’de bilimin özel sektör hali olan ürün pazarlamacılığı ile değil, ürün argesiyle uğraşıyor. Boehringer-ingelheim’in Viyana AR-GE şubesinde kansere karşı ilaç tasarımı üzerine çalışıyor. Her şirketin çalışma tarzları muhakkak farklıdır, burası ise çalışanlarının çalışmakla birlikte dinlenmesine de müsaade eden bir yapıya sahipmiş. En azından Viyana’daki böyle olduğunu biliyoruz. Bir işte başarılı olmak için muhakkak çalışkanlığa çok ihtiyacımız var, ama tecrübeli bireylerin tecrübelerini dinleme atacağımız adımlarda çok kıymetli. Doktora yapmak istediğimi biliyorum, ama kendimden yine de emin değildim. Onur beyle olan görüşmeden sonra doktora yapmaya olan kararım daha sağlamlaştı. Bu arada Emine’den bu blogda daha önce bahsetmiştim. O da Viyana’da. Uzun zamandır onla kahve içemiyorum, kim bilir belki Viyana’ya giderim onu ziyarete…
Stajımızda diğer güzel yani ise film hep beraber film izlemek. Burada iki hafta içinde Jobs, Mongol ve 300 Spartalıları izledik. Siz bunları ne ara yapıyorsunuz diye hiç sormayın. Burada gecemiz gündüzümüz birbirine karışmış durumda.
Ekip ruhuna büyük bir önem veren Ahmet hoca bize grup çalışması&lider ilişkisini anlatmak için bir oyun oynattı. Oyunun detaylarını Evrim’in yazısından okuyabilirsiniz.[burada]
Yazı demişken, ortak blogumuz yazstaji2014.blogspot.com.tr‘de her birimiz yazılarını paylaşmaya devam ediyoruz. Ortak blogda her birimizin kaleminden gözünden neler yaptığımızı okuyabilirsiniz. Pazartesi günleri ortak blogda ben ve Emre yazıyoruz. İlk yazımı buradan okuyabilirsiniz: http://yazstaji2014.blogspot.com.tr/2014/07/14-temmuz-2014-print-or-return-pythonlu.html
Kod yazarken kullandığımız print’in aslında ilk bilgisayarlarda hakkaten kağıda çıktısını vermek için kullanıldığını öğrenmek hayli şaşırtıcı oldu. İlk bilgisayarların ekransız çalıştığını, print dediğimizde kağıda hesaplama yapma mantığının şimdiki programlama dillerinin esasında temelini oluşturduğunu öğrenmiş olduk. Computer kelimesinin anlamı tam anlamıyla şimdi zihinlerimizde oturmuş oldu. Kağıtta çıktı almaktan ekranda çıktı almaya geçiş o dönemin insanları için müthiş bir heyecan vermiş olmalı. Jobs filmini izleyenler buna benzer bir sahneyi de hatırlayacaklardır. Programlama dillerinden sırası ile Assembly, C, C++, Java, Fortran;Perl, Phyton, Ruby’e doğru gittikçe dillerin kapasitesi düşüyor ama kullanım kolaylığı artıyor. Şöyle ifade etmek gerekirse Pyhton’da 3 satırda yapacağınız işi C’de 30 satırda yapıyorsunuz. Bu bağlamda Assembly hayli zor görünüyor. 32 bit ve 64 bit işlemci bilgisayarların farkı işlem gerçekleştirme kapasitesi farkı olduğunu biliyordum, ama Ahmet hocanın anlattıklarından sonra çok daha iyi kavradım. Bazı şeyleri ne kadar ezbere biliyormuşum..
Geçtiğimiz haftasonu pazar günü ekibimiz için hayli eğlenceli bir gündü. Hem birbirimizle daha fazla kaynaştığımız, hem çok eğlendiğimiz bir gündü. Kayseri’de böyle bir yerin olması o kadar çok şaşırttı ki.. Konya’da böyle bir yer olmamasına yakındım. Anadolu Harikalar Diyarı içinde lunapark, hayvanat bahçesi, buz pisti, su kayağı ve spor tesislerini içinde bulunduran hayli büyük bir eğlence yeri. İlk hafta müthiş yorgun olmamıza rağmen orada tam anlamıyla deşarj olduk 🙂 Tüm ekip olarak orada değildik malesef, ama aramızda yeni bir arkadaş daha katıldı: Burak.
Kayseri gençliği, yukarıdaki fotoğrafı onlar çekmişti:)
Lazer game öncesi biz:
Lazer çıkışı, hayvanat bahçesi öncesinde. Hayır oraya giremedik, kapalıydı:
Lunaparkta bir selfie:
Kayseri’de gün batımının çok güzel olduğunu söylemiştim, değil mi 🙂
Lunaparka gidip hız trenine binmeyeli çok olmuştu, hep beraber çok da güzel oldu:
Lunaparkta şuna binmek çok eğlenceliydi, ilk başta hız trenindeki gibi çığlık atacağım sanıyordum. Ama tam anlamıyla harikaydı:
20140713_213600.mp4 from Fatma Akın on Vimeo.
Son olarak bahsedeceğim, Osman’a müthiş bir doğum günü sürprizi düzenledik. Hiç çakmadı durumu 🙂
Biraz uzun bir yazı oldu. Daha sonra başka bir yazıda belki öğrendiğim fonksiyonları da burada paylaşırım ya da Evernote’a mı atsam acaba? Bu yazı bizim stajın sosyal yönü ağırlıklı oldu, bilgi kısmı için ortak blogumuza davet ediyorum sizi.
Gecemizi gündümüze katıyorum demiştim ya hani. Bakın, uzatma kablolarını kapının önüne atınca biz.
Bu yazı Biyoinformatik Stajı içinde yayınlandı ve Ahmet Raşit Öztürk, Ayça Arslan Ergül, biyoinformatik stajı, GenKök, Kayseri Genom ve Kök Hücre Merkezi, Onur Kaya, Şeydanur Tıkır olarak etiketlendi. Kalıcı bağlantıyı yer imlerinize ekleyin.
← GenKök’te Biyoinformatik Stajı
Biyoinformatik Stajında 3.hafta →
2 thoughts on “Biyoinformatik Stajında İkinci Hafta”
tugcebilgin dedi ki:
Temmuz 20, 2014, 11:05 PM
Yine çok güzel bi yazı olmuş Fatmacım, merakla takip ediyorum yazı dizini
Temmuz 20, 2014, 11:08 PM
Hey Tuğçee! Senin gibi güzel yazan birinden bunları duymak çok güzel. Ayrıca tebrikler, çok güzel bir gelin olmuşsun. Bir yastıkta kocayın 🙂