Muhammed Taflâtî, sekiz yaşında iken kırâate uygun olarak Kur'ân-ı kerîmi, ayrıca babasının yanında muhtelif ilimlere dâir metinleri ezberledi ve Ecrûmiyye adlı kırâat kitabını okudu. Şeyh Muhammed Sa'dî Cezâirî'den Sünûsiyye kitabını okudu. Büluğ çağına girmeden talebelere Sünûsiyye kitabını ders olarak okuttu. İlim tahsîl etmek için Batı Trablus'a gitti. Trablus'tan deniz yoluyla Mısır'a giden Muhammed Taflâtî, burada iki sene dokuz ay ilimle meşgûl oldu. Mısır'ın ileri gelen âlimlerinden ders aldı. Annesini ziyârete giderken Fransızlar tarafından esir edildi.
Fransızlar, Muhammed Taflâtî'yi Malta adasına götürdüler. Malta, o zaman İslâmiyetin ve müslümanların düşmanlığını yapanların bulunduğu mühim bir merkezdi. Muhammed Taflâtî, orada bulunduğu zaman hıristiyan papazlarla uzun münâzaralarda bulundu. Papazların bir tânesi Arabçayı ve mantık ilmini çok iyi biliyordu. O ve diğer papazlar, Muhammed Taflâtî ile yaptıkları münâzara sonunda susmak zorunda kaldılar. Yapılan münâzaralar, hazret-i Îsâ'nın ilâh olup olmadığı hakkında idi. Muhammed Taflâtî, hazret-i Îsâ'nın ilâh olmadığını, onun sâdece Allahü teâlânın kulu ve peygamberi olduğunu, papazlar ise hazret-i Îsâ'nın ilâh olduğunu söylüyorlardı. Papazların ileri gelenlerinden biri, Muhammed Taflâtî'ye şöyle dedi: "Ey Muhammedî! Hazret-i Îsâ'nın hakîkati, ilâhın hakîkati ile birleşip tek bir hakîkat olmuştur." Bunun üzerine Muhammed Taflâtî; "Eğer mesele dediğin gibi olsaydı. İlâh ve hazret-i Îsâ'nın hakîkatlarının birleşmelerinden önce, şu üç ihtimalden birisinden başkası tasavvur edilemezdi. Ya ikisi de kadîm, yâhut ikisi de hâdis (sonradan var olan) veya birisi kadîm diğeri hâdis olurdu. Hâlbuki bütün bu ihtimaller bâtıldır. O zaman bu ihtimallere göre düşünülen birleşme de hükümsüz olur. Meselâ birinci ihtimâle; yâni hakîkatların birleşmesinden önce ikisinin de kadîm olmalarına gelince, böyle düşünmek katî olarak her ikisinin de hâdis olduklarına götürür. Çünkü birkaç şeyden meydana gelmek, sonradan var olanların temel husûsiyetlerindendir. Hâdis yâni sonradan var olan şey ilâh olamaz. İkinci ihtimâlin, yâni her ikisinin hâdis olması da bâtıldır. Çünkü ilâhın hâdis olması muhal olup mümkün değildir. Üçüncü ihtimâle gelince, bu da bâtıldır. Böyle düşünmek de imkansızdır. Çünkü bu ihtimâlde, kadîm olan ilâhın terkîbden sonra hâdis olması, hâdis olanın da kadîm olması lâzım gelir. Böyle bir durum ise hakîkatlerin değiştiklerini söylemek demek olur ki, böyle bir şey bâtıldır. Hem sonra bu üçüncü ihtimâlden iki zıd şeyin, ilâh ile ilâh olmayanın, ilâhın yarattığı bir şeyin birleşmesi hâli ortaya çıkar ki, böyle iki zıddın birleşmesini hiçbir akıl sâhibi söylememiştir" dedi. Papazlar bu sözler karşısında verecek cevap bulamayıp, şaşırıp kalınca, ileri gelenlerinden ve en bilgili olanı; "Bu pek ince ve derin bir mesele olup, bizim akıllarımız bunu anlıyamaz" dedi. Bunun üzerine Muhammed Taflâtî; "Bunlar bizde sonda değil başlangıçta öğrenilen bilgilerdir." dedikten sonra papazların ileri gelenine; "Doğru söyle! Îsâ aleyhisselâm puta (hâşâ) tapınır mıydı?" diye sorunca, papaz; "Hayır, hazret-i Îsâ haça tapmazdı. Ancak haç, hazret-i Îsâ'dan sonra ortaya çıkmıştır. Fakat biz ilâhın benzerine tapıyoruz." dedi.
Muhammed Taflâtî; "Doğru söyle! Allahü teâlâ başkasına benzer mi?" diye sorunca, papaz; "Hayır benzemez" dedi. Bunun üzerine Muhammed Taflâtî; "Öyleyse şu haçı, katran ve ziftle yakmak gerekir." dedi.
Muhammed Taflâtî ile o papaz arasında daha başka münâzaralar oldu. Papazın, İslâmiyet, Kur'ân-ı kerîm ve muhtelif mevzûlardaki yanlış fikirlerine sağlam ve delîlli cevaplar verdi.
Muhammed Taflâtî'nin yaşı o sırada 19 idi. Papaz ona; "Sen bu kadar bilgiyi nereden öğrendin" diye sordu. Muhammed Taflâtî ona; "Senin bana sorduğun bütün suâller, bizim başlangıçta öğrendiğimiz bilgilerdir. Eğer sana derin, ince ve yüksek bilgilerden bahsetmiş olsaydım, hayretler içinde kalırdın" dedi. Papaz, onunla münâzarayı bırakmak zorunda kaldı. Ondan sonra Muhammed Taflâtî'nin şöhreti papazlar ve Malta'nın ileri gelenleri arasında yayıldı. Nereye gitse ona hürmet ve ikrâmda bulunuyorlardı. Muhammed Taflâtî, bir gece esirlikten kurtulacağına dâir bir rüyâ gördü. Ertesi gün bir gemi ile İskenderiyye'ye gitme imkânı buldu. Oradan Mısır'a geçti. Mısır'da kaldığı sürece birkaç kere Hicaz'a gitti. İlim öğrenmek için; Yemen, Amman, Basra- Haleb ve Dımeşk'a gitti. En sonunda Kudüs'e yerleşti. Kudüs'de Hanefî mezhebi kâdılığı yaptı. İlmî seferleri sırasında ve Mısır'da, Şemsüddîn Muhammed bin Sâlim Hafnî, Yûsuf Hafnî, Şeyh Ahmed Mevlevî, Şeyh Muhammed Belîdî, Şeyh Ahmed Cevherî, Şeyh Ahmed İşbilî, Şeyh Ahmed Dimenhûrî ve daha birçok âlimden ders aldı. Muhammed Taflâtî'nin manzum, nesir ve muhtelif ilimlere dâir seksene yakın kitap ve risâlesi vardır.