Müdürlüğümüz Tarım Bakanlığı'nın 21.04.1971 gün ve 620 sayılı olurları ile kuruluş izni almış olup, 16.04.1973 tarihinde faaliyete geçmiştir. 03.06.2011 tarihli ve 639 sayılı Bakanlar Kurulu kararınca yürürlüğe giren Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'nın Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönerge gereği ile de "Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" adını almıştır.
Balıkesir İli Merkez ve on sekiz ilçesi ile büyük bir üretim potansiyeline sahip olup tarım ve hayvan yetiştiriciliği açısından ülkemizde ilk sıralarda yer almaktadır. Çeşitlilik açısından ise oldukça zengindir.
İlimizde gıda sanayi alanında faaliyet gösteren yaklaşık 1500 adet üretim tesisi mevcuttur. Bu üretim tesisleri içerisinde süt ve süt ürünleri, gazlı içecekler, salça, un ve yağ fabrikaları yoğunluktadır. Bölgede tavukçuluk sektörünün gelişmesiyle merkez ve ilçelerde tavukçuluk, yem ve yumurta sektöründe büyük atılımlar yapılmıştır. Türkiye'de beyaz et üretiminde yüzde 25'lik pazar payı ile lider durumda ki Balıkesir, kırmızı etin yanı sıra, sebze meyve üretimi, özellikle de zeytinyağı alanında ciddi potansiyel barındırmaktadır. Bunların yanında; Edremit-Ayvalık sahil bölgesinde belirlenen noktalardaki çift kabuklu yumuşakça üretimi ve ihracatı ile Bandırma limanından ülkemize giren her türlü ürünün (özellikle yem hammaddesi ve hububatlar) fiziksel, kimyasal, katkı-kalıntı ve mikrobiyolojik analiz hizmetleri Müdürlüğümüzce yapılmaktadır.​