Alman ordusunun 1943 yılında Bulgaristan´a kadar ilerlemesinden dolayı Türkiye´de üniversite öğretimi askıya alındığında, Ritter öğrencilerine bu uzun arayı değerlendirmeleri ve Arapça öğrenmelerini tavsiye etti. O sırada Fuat Sezgin Cerîr et-Taberî’nin tefsirini, Türkçe meali içeren kitaplarla karşılaştırmaya karar verdi ve zor bir dille yazılan tefsiri anlayabilmek için altı ay boyunca her gün 17 saat Arapça çalıştı. Altı ayın sonunda Taberî tefsirinin Arapçasını gazete okur gibi okuyordu. Helmut Ritter, Ebû Hamid el-Gazalî’nin İhyâ-u Ulûm’id-Dîn kitabını okuması için Fuat Sezgin´in önüne koyduğunda, öğrencisinin bunu kolayca başarabilmesine çok memnun oldu. Dil öğrenmede büyük yeteneğe sahip olan Fuat Sezgin’in beş dile aynı anda başlayarak her yıl yeni bir dil öğrenmesini önerdi. Sezgin de ileri yaşlarına kadar bu yüksek çalışma temposunu devam ettirdi.
1947 yılında Bedî’ ilminin tekâmülü konusundaki tezini bitirdikten sonra, Helmut Ritter´in danışmanlığıyla Ebû Ubeyde Me’mar ibn el-Musennâ´nın Mecâz’ul-Kur’ân’ındaki filolojik tefsirini konu alan ikinci bir tez hazırladı.Fuat Sezgin, doktora tezi için araştırmalarını sürdürdüğü Mecâz’ul-Kur’ân´dan bazı
yerlerin Muhammed el-Buhârî’nin hadis kitabından alındığını fark etti. El-Buhârî’nin yazılı kaynakları kullanmış olması, daha önce akademisyenlerin ve muhaddislerin mecmualarının sadece sözlü geleneğe dayandıklarına dair tezlerinin yanlış olduğunu kanıtladı. Fuat Sezgin Buhârî´nin Kaynakları Hakkında Araştırmalar adındaki takdim tezini 1956 yılında yayımladı.
Aynı yıl kendisi gibi şarkiyatçi olan Ursula Sezgin´le evlendi. Kızları Hilal, 1970 yılında dünyaya geldi. İnsanlık tarihinin başlangıcından bugüne kadar sahasında yazılan en kapsamlı eser olan Arap-İslam Bilim Tarihi’nin (Geschichte des Arabischen Schrifttums) ilk cildini, 1967 yılında yayınladı. 17 ciltten oluşan eserin bugünlerde 18. cildini yazmaktadır. Bu kapsamlı eserin (GAS), muhtelif ciltlerinde bulunan konulardan bazısı şöyledir: Kur’an ilimleri, hadis ilimleri, tarih, fıkıh, kelam, tasavvuf,şiir, tıp, farmakoloji, zooloji, veterinerlik, simya, kimya, botanik, ziraat, matematik, astronomi, astroloji, meteoroloji ve ilgili alanlar, dilbilgisi, matematiksel coğrafya, İslâm’da kartografya, İslam felsefe tarihi.
1978 yılında Kral Faysal İslamî İlimler Ödülü’ne lâyık görülen Fuat Sezgin, bu ödül kendisine takdim edildiğinde, verilen bu desteği değerlendirerek 1982 yılında, Johann Wolfgang Goethe Üniversitesi´ne bağlı olan, hâlen yürütücüsü olduğu Institut für Geschichte der Arabisch-Islamischen Wissenschaften´ı kurdu.