Çin’de Wuhan’daki Gizemli Virüsün Genomu Dizilendi: Yeni Coronavirus (nCov) – Bilimma Bilim Haberleri
Geçtiğimiz ay Çin’de Wuhan şehrinde teşhis edilemeyen ve bir süre sebebi belirlenemeyen yeni hastalığa yeni bir coranavirüs türünün sebep olduğu ortaya çıkarıldı. Toplamda teyit edilmiş 41 vaka görüldü ve 1 ölümlü vaka kayıtlara geçti. Çinli araştırmacıların hızla yeni patojenin genomunu dizilemesi ve tüm araştırmacılarla internet üzerinden paylaşmasıyla Dünya’nın pek çok yerinden farklı araştırmacı kısa sürede bu yeni patojenle ilgili hızlı analizler yapıp fikirlerini Twitter gibi sosyal medya sitelerinden paylaştılar.
Hubei Eyaleti Wuhan Şehrinde geçtiğimiz aralık ayında 7’sinin durumu ciddi olmak üzere 27 kişide SARS’a benzeyen semptomları olan ancak etkeni tanımlanamayan bir hastalık görüldü. Hastalananların, Wuhan şehir merkezinde deniz ürünleri pazarını ziyaret edenler olması deniz mahsüllerinden şüphelenmeye sebep olmuştu. 1 Ocak 2020 deniz ürünleri pazarı kapatıldı. Bununla birlikte yerel haberlerde SARS’ın tekrar yayıldığına dair söylentiler çıktı, ancak sağlık yetkilileri bunun SARS olmadığını ancak tanımlanamayan bir etkenden kaynaklanan başka bir akciğer enfeksiyonu hastalığı olduğunu açıkladılar. Daha sonra bu hastalığa bağlı ilk ölüm vakası bildirildi.
Bu yeni hastalık zatürre gibi yüksek ateşe sebep oluyor, solunum güçlüğü ve akciğerde lezyonlara sebep oluyor. İlk araştırmalar bir coronavirüs türünün sebep olduğunu gösterdi. Bununla birlikte insandan insana bulaştığına dair net bir kanıt bulunamadı.
Yeni Coronovirüs türü tespit edildi
Çinli sağlık yetkilileri bu hastalığın etkenini bulmak için bir süredir çalışıyorlardı. Çinli yetkililer yeni etkenin genetik materyalini acil bir şekilde dizilediler ve 12 Ocak’ta paylaştılar.
Bu virüsün DNA dizileri gösterdiki hastalık etkeni yeni tanımlanan bir coronavirüs (novel coronavirüs, nCoV). Bu laboratuvar testleri net bir şekilde bu hastalık etkeninin yeni bir virüsten kaynaklandığını, grip, kuş gribi, adenovirüs SARS-CoV (SARS, Akut Solunum Yolu Sendromu coronavirüsü) ya da MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome coronavirus)’den kaynaklanmadığını gösterdi.
github.com/blab/beta-cov kullanılarak yapılan ilişkili coronavirüs türleri filogenetik çalışması ve Dünya üzerindeki dağılımları. nextstrain.com üzerinden ulaşabilirsiniz. Kırmızı olarak belirtilen virüs Wuhan‘da salgına yol açan yeni tanımlanan nCoV suşu.
Twitter’daki genetikçiler Yeni Coronavirüsü konuşuyor
Yeni tanımlanan nCoV genomu, Profesör Yong-Zhen Zhang ve ekibi tarafından yapılan çalışmayla ortaya çıkarıldı. GenBank’a, MN908947 erişim numarasıyla kaydedilen yeni coronavirüs genomu tüm araştırmacıların erişimine açılacak. Şimdi ise virological.org‘da indirilebilir bir dosya olarak araştırmacılarla paylaşıldı. Siz de buradan Wuhan’da salgına yol açan bu yeni virüsün genomunu indirebilirsiniz.
Pek çok genom bilimci bu veriyi indirdi ya da analizleri takip etti. Araştırmacılar kendi görüşlerini Twitter’dan paylaşmayı da unutmadı. Kimi araştırmacılar ise sunulan bu verinin gerçek olup olmadığına dair şüpheleri devam etmekte.
Kevin J Olival bu veriyle yapılmış bir filogentik ağaç analizi paylaştı ve bu yeni virüsün SARS’la ilişkili coronavirüslerden olduğunu ifade etti.
Andrew Rambout ise bu tür informal veri ve analiz paylaşımlarına karşı şüphelerini dile getirdi ve bu tür paylaşımlarda veri kaynağının belirtilmesi gerektiğinin altını çizdi.
This is one of the reasons why people are reticent to share data. No acknowledgement of where the data comes from or who generated it. The figure is even branded with a logo. @JeremyFarrar @edwardcholmes @EvolveDotZoo https://t.co/oxjF05hbNx
— Andrew Rambaut 🦠🧬🌲🔮🤦‍♂️ (@arambaut) January 11, 2020
Kimi araştırmacılar ise bu yeni tanımlanan coronavirüse ait proteinleri yayınlanan genom verisine dayanarak modelleyerek paylaşırken kimileri hızlı analizleri sonucunda ulaştıkları bilgileri paylaştılar.
Just generated the protein model for Wuhan coronavirus spike protein using @dsgoodsell Illustrate pic.twitter.com/axlmMRPJJ5
— drbandoyDVM,CPhil (@darwinbandoy) January 11, 2020
Some quick analysis of the new Wuhan CoV sequence:
1) Looks like a group 2B CoV, same family as SARS with about 73% conservation at genome
2)Rough tree puts it between HKU3/273-CoV and SHC014-CoV, a bat virus capable of using human ACE2.
— The Menachery Lab (@TheMenacheryLab) January 11, 2020
Dünya Sağlık Örgütü’nün (DSÖ), Çinli yetkililerden aldığı bilgiye göre, toplam olarak 41 kişide bu yeni virüsle ilgili hastalık tespit edildi. Sadece 1 ölümlü vaka oldu. İlk vaka 8 Aralık 2019’da tespit edildi. 3 Ocak 2020’den itibaren ise yeni vaka tespit edilmedi.
DSÖ’de bu yeni hastalığın büyük ihtimalle deniz mahsülleri pazarından bulaştığını, pazarın 1 Ocak’ta kapatıldığını ve 4 Ocak’tan itibaren vaka görülmediğini bildirdi.
The evidence is highly suggestive that the novel #coronavirus (2019-nCoV) outbreak is associated with exposures in a seafood market in #Wuhan, #China🇨🇳.
The market was closed on 1 January 2020 https://t.co/eTffz8oyEa pic.twitter.com/g1d7EI69aU
Deniz mahsülleri pazarının kapatılmasının ardından 4 Ocak’tan itibaren yeni vaka görülmemesine rağmen Wellcome Trust’ın yöneticisi Jeremy Farrar son duruma oldukça şüpheli yaklaştığını belirtti. DSÖ’de MERS (Middle East Respiratory Syndrome coronavirüs) teknik uzmanı olan enfeksiyon hastalıkları epidemiyoloğu olan Maria Van Kerkhove’da bu görüşe katıldığını belirten bir retwit attı.
— Gabby Stern (@gabbystern) January 12, 2020
Kaynak : DSÖ
Çin coronavirüs genom ncov seçili içerik wuhan