Doğarken çocukların bağırsak florası yoktur. Yaşamının ilk dakikalarında, annenin mikroorganizmaları ve ortamdaki mikroorganizmalar ile temas ederek oluşmaya başlar.
Bir yenidoğanın ilk mikroorganizma kaynağı annenin vajinal florası olduğundan, doğum yöntemi, yenidoğanın bağırsak florasının yapısını belirleyen bir faktördür. Sezaryen doğum durumunda, annenin vajinasıyla temas oluşmaz ve daha az Lactobacilli içeren başka bir flora yapısı ortaya çıkar.
Bir yenidoğanın bağırsak florası 200'den fazla türde mikroorganizmadan oluşur. Bu mikroorganizmalar, sağlıklı bağırsak alışkanları, besin emilimi, vitamin sentezi gelişimine yardımcı olabilir ve bağışıklık sistemini güçlendirebilir.
Bakteriyel flora, vücudun sağlığı ve normal işlevine devam etmesini sağlamak için bir denge kurmalı ve denge durumunda kalmalıdır.