Hastane eczacılığının başlıca görevlerinden olan ilaç yönetimi, kurumun hastalarına sağladığı ilaç tedavilerinin sistemi ve süreçlerini içine alır. Bu da, etkin süreç tasarımı ve uygulaması ile tedavi ilaçlarının seçimi, satın alınması, depolanması, reçetelenmesi/hekim istemi (order), dağıtılması, hazırlanması, uygulanması, yönetimi, dokümantasyonu, ve izlenmesinin prensiplerini uygulayan sağlık personelinin multisisipliner ve koordineli faaliyetidir.İlaç yönetimi hasta güvenliği açısından en büyük unsurdur ve bunu organize etmek eczacının temel görevidir.
İlaç yönetimi; ilacı seçme ve satın alma, depolama, hazırlama, dağıtma ve ilacın hasta üzerindeki etkilerini izleme süreçlerinin tümü kapsar. Eczacı kurumun belirlediği politikalar doğrultusunda ilaç hakkında karar verme yetkisi olan tek kişidir. Bir hastanede tedavinin başarısı doğru teşhis ve etkili ilaç kullanımına bağlıdır. Bu noktada eczacının rolü ve önemi kaçınılmazdır. İlaçların çokluğu ve çeşitliliği hastaya mümkün olan en iyi tedavinin sağlanması ve ilaç seçimini belirleyecek bir programın organizasyonu yine eczacı kontrolü ve başkanlığında yürütülür. Tıbbi personelin eğitimi ve bu eğitimlerin devamlılığı da yine eczacının görevlerinden biridir.
Eczacı istemi yapılan ilacın tedavi sürecindeki diğer ilaçlarla geçimsizliklerini, ilaç-besin etkileşimlerini, mevcut veya potansiyel alerji k tepkimeleri yaratabilecek durumları kontrol etmekle ve bunlar raporlamakla yükümlüdür. Eczane ve eczane hizmetlerinin işleyişinde bir aksama tüm kurumda hissedilebilecek ve hatta bazen geri dönüşümü mümkün olmayacak durumlara sebebiyet verebilir. Bu sebepledir ki bir hastane eczacısının süreç yönetimi konusunda yetkin olması gerekmektedir.
Hastane eczacısının başlıca görevlerinden bazıları ise stok kontrolü, tıbbi malzeme temini(bazı hastanelerde), TPN solüsyonlarının hazırlanması, kemoterapi ilaçlarının hazırlanması, hastane formülerinin hazırlanması, Majistral ilaç hazırlanması, ilaç grupları için verilen toplanması değerlendirilmesi ve raporlanması, yasa ve yönetmeliklerin takibi ve birimler arası iletişimin sağlanması, kurum içinde yürütülecek eczane uygulama ve çalışma prosedürlerinin hazırlanması ve uygulanabilirliğinin sağlanması ve ilaç hakkında hekim ve diğer sağlık personeline danışmanlık ve hasta eğitimini yapmaktır.