Fahrettin Paşa, 1868 yılında Tuna Nehri kenarındaki Rusçuk kasabasında doğdu. 1877-1878 Osmanlı-Rus savaşı (93 Harbi) sonrası ailesi ile birlikte İstanbul’a geldi ve 1888 de Harp Okulu’nu, 1891 de Erkan-ı Harbiye’yi bitirdi. Kurmay yüzbaşı olarak orduya katıldı ve Balkan Savaşı sırasında Çatalca savunmasında ve Edirne’nin geri alınmasında rol aldı. Osmanlı Devleti 1. Dünya Savaşına girdiği sıralarda miralay rütbesi ile 4. Orduya bağlı 12. Kolordu komutanı olarak Musul da bulunuyordu. Daha sonra terfi ederek, 26 Ocak 1915 de bu vazifesine ilaveten 4. Kolordu komutanlığına da bakmaya başladı.
Bu sırada İngiltere boş durmuyordu. Sultan II. Abdulhamid döneminde İstanbul da tutulan, II. Meşrutiyetin ilanı ile İttihat ve terakki yönetimi tarafından Mekke şerifi olarak Hicaz’a gönderilen Şerif Hüseyin İngilizlerin kışkırtması ile isyan etti. 14 Temmuz 1915 tarihinde İngiliz temsilcisi McMahon’a yazdığı mektubunda Şerif Hüseyin “Mersin-Adana, Birecik-Urfa-Mardin dahil İran sınırına kadar yerlerin Arap ülkesi olarak bağımsızlığının tanınması halinde Türkler’e karşı İngilizlerle yan yana savaşabileceğini” belirtiyordu. İngilizlerin altın, silah, gıda ve askeri her konuda destek verip takviye ettiği düzensiz Bedevi milislerden oluşan Haşimi ordusu 9 Haziran 1916 da genel saldırıya geçti ve daha sonra sırasıyla Cidde, Mekke, Taif ve Akabe şehirlerini ele geçirerek Medine’nin merkezle olan bağlantısını kestiler ve şehri kuşattılar. Medine’yi Suriye’ye bağlayan Hicaz demiryolu, dinamitlenerek ulaşıma kesildi. Bu durumlar üzerine Fahrettin Paşa, 17 Temmuz 1916 da Hicaz Kuvvetleri Komutanı oldu ve isyancıların saldırılarını püskürttü ve İngilizlerin ümit bağladığı Şerif Hüseyin’i bozguna uğrattı. Medine kontrol altına alındı ancak, Osmanlı güçleri de şehir de bir kuşatma ile yüz yüze kaldılar. Osmanlı Devleti 1. Dünya savaşı aleyhine gelişmekte olduğundan, Hicaz’a askeri hareket düzenlenmesi ve yardım göndermesi mümkün değildi. Zira Filistin cephesinde durum kötü idi. Gazze ve Kudüs kaybedilmiş, ardından Sina ve Filistin Cephelerinde bulunan 4., 7. ve 8. Ordular büyük kayıplar vermiş ve dağılmıştı.
Türk ordusu Dera ve Şam istikametinde kuzeye doğru çekilirken, Dera Tefas köyü civarında Lawrence, yanında Arap birliklerine; “… Savaşçılar! İçinizde en iyisi, en çok Türk öldürecek olandır. Esir almayacaksınız. Teslim olmak isteyeni öldüreceksiniz. Hepsini öldürün! Hepsini öldürün!” demiş, bunun üzerine Arap komutanlarından olan Tallal ve Nasır da askerlerine aynı şekilde “Esir almak yok! Bütün Türkleri öldüreceğiz!” komutunu vermiş ve uygulamıştır. İngiliz’lerin ve Arap’ların haince saldırıları ve katliamları neticesinde Filistin Cephesi de çökmüş, Türk ordusu kuzeye doğu çekilirken, Medine de ki askeri garnizonun, Osmanlı Orduları ile irtibat kurma umudu kalmamıştır.
Şerif Hüseyin’in beyanname yayınlayarak isyan gerekçesi olarak "Osmanlı hükümetini suçlayan ve İngiltere’nin yanında yer almadığı için eleştiren, İslam ve Kuran hükümlerine aykırı davranıyor” diye bir beyanname hazırlayıp Arap aşiret ve ahalisine dağıtıyordu. Arapların Kralı olmak ve Halifeliği ele geçirmek için haince çalışma içinde idi. Bu haince yalan ve suçlamalara karşı Fahrettin Paşa da, cevap olarak şöyle bir beyanname yayınladı:
İsyan boyunca ve kuşatma sırasında şehirli Arap halkı isyana pek rağbet etmedi. Zaten halkın önemli bir kısmı şehirden ayrılmıştı. Kalan şehir halkından askerlerin ihtiyaçları için yardım istenmişse de bu istekleri reddedilmiştir. Kuşatmanın ilk aylarından itibaren Osmanlı askerleri her açıdan sıkıntılar çekiyordu. Bu sıkıntılar karşısında Fahrettin Paşa ve askerlerinde yılgınlık yoktu. Ancak askeri strateji ve imkansızlıklar, onlara da zor anlar yaşatıyordu. Filistin ve Kudüs’ün savunma ve kurtarılması için Medine’deki kuvvetlerin Filistin’e kaydırılmasına karar verilmişti.
Bütün bu olumsuzluklara rağmen Fahrettin Paşa ve Mehmetçikler, kutsal beldeyi teslim edilmesini isteyen İngilizlere vermiyorlardı. Eylül 1918 de Mısır'da ki İngiliz Kraliyet Komiseri Edmund Allenby Fahrettin Paşa’ya teslim olması için yazdığı mektubunda: “Medine’yi uzun süre müdafaa etmekle siz, bir asker ve Türk vatanperveri olarak hükümdarınız, memleketiniz ve şahsi şerefiniz için elinizden geleni yapmış bulunuyorsunuz. Yukarıdaki hususları ve ümitsiz askeri durumunuzu göz önünde bulundurarak, bir çok canların kurban edilmesine sebep olacak faydasız mukavemetin uzatılmasının doğru olup olmayacağını ciddi surette düşünmenizi rica ederim” demekte idi. Fahrettin Paşa İngilizlerin teslim olma taleplerini reddetti.
Osmanlı Devleti, ilerleyen aylarda farklı cephelerde ard arda yenilgiler aldı; Filistin, Suriye, Irak ve bütün Arabistan fiilen işgal edildi ve sonunda 1. Dünya Savaşını kaybetti. 30 Ekim 1918 tarihin de Mondros Ateşkes Antlaşması imzalandı. Bu antlaşmaya göre; Hicaz, Asir, Yemen, Suriye, ve Irak’ın boşaltılmasına ve bütün garnizonların müttefik komutanına teslim edilmesi isteniliyordu. Osmanlı Hükümeti, Fahrettin Paşa’ya ordusu ile en yakın İngiliz birliğine teslim olmasını istedi. Ancak Paşa emri yerine getirmedi ve direnmeye devam etme kararı aldı.
Fahrettin Paşa teslim teklifleri karşısında Mehmetçikleri ile birlikte Medine’yi savunmada kararlı olduğunu Cuma günü Harem’i Şerif’in minberinden şu sözlerle dile getirdi: “Ey İnsanlar! Malumunuz olsun ki yiğit ve kahraman askerlerim bütün İslam’ın sırtını dayadığı yer, manevi gücünün desteği, Hilafetin gözbebeği olan Medine’yi son kuşununa, son damla kanına ve son nefesine dek muhafazaya ve müdafaaya memurdur. Buna Müslümanca, askerce azmetmiştir. Bu asker Medine’nin enkazı ve nihayet Ravza-ı Mutahhara’nın yeşil türbesi altında kan ve ateşten dokunmuş bir kefenle gömülmedikçe, Medine-i Münevvere kalesinin burçlarından ve nihayet Mescid-i Saadet minareleri ile yeşil kubbesinden al sancağı alınmayacaktır! Allahu Teala bizimle beraberdir. Şefaatçiniz O’nun Resulü Peygamber Efendimizdir.”
Hükümetin Medine’yi teslim et emrini dinlemiyor, Harbiye Nazırı Cemal Paşa’nın teslim emri kendisine ulaştığında silah arkadaşlarına şöyle diyordu:“… Böyle bir şey yapmaktansa silahlarımızla dövüşerek ölmek evladır. Buranın teslimi için yalnız harbiye nazırının ve hükümetinin emri yetmez, mutlaka Hilafet ve Padişahın bir iradesi olmalıdır” diyordu. İstanbul İngiliz işgalinde idi ve Osmanlı Padişahı zor günler yaşıyordu. İngilizlerin baskısı ile Medine’nin teslimi için Fahrettin Paşa’ya bir irade gönderdi. Ancak Paşa, emri yerine getirmedi ve direnişe devam etti. İngiltere bunun üzerine Osmanlı Devletine nota verdi ve savaşa yeniden başlayacağını bildirdi. Padişah IV. Mehmet’in bizzat ricası ve subaylarınının iknası sonucu 10 Ocak 1919 da Medine’yi teslim etme antlaşması imzalandı.