Ülkemizde verilen çocuk cerrahisi eğitimi uyarınca, bir Çocuk Cerrahı kabaca beyin cerrahisi, ortopedi ve kalp-damar cerrahisi ilgi alanları dışındaki hemen her sistemde çocukluk çağında ortaya çıkan cerrahi sorunların tedavisi ile uğraşır. Bunların dışında, özellikle yenidoğan döneminde olmak üzere doğumsal (konjenital) anormallikler de Çocuk Cerrahisinin ilgi alanı içindedir.
Anne karnında tanımlanan anormallikler (solunum sistemi, böbrekler-idrar yolları ve mesane ile ilgili sorunlar, genital bölge anormallikleri, diyafragma fıtığı, karın duvarı anormallikleri, bazı doğumsal tümörler...)
Solunum sistemi ve akciğer anormallikleri,
Yemek borusu anormallikleri,
Mide ve bağırsak sistemi anormallikleri,
Karaciğer ve safra yolları anormallikleri,
Böbrekler, idrar yolları ve mesane anormallikleri,
Karın duvarı oluşum anormallikleri,
Bebeklik döneminde (2-24 ay) saptanan sorunlar-
Doğumsal anormallikler (solunum sistemi, mide-bağırsak sistemi, böbrekler-idrar yolları ve mesane ile ilgili sorunlar, genital bölge anormallikleri),
İnvajinasyon (bağırsakların içiçe geçmesi- düğümlenmesi),
Pilor (mide çıkımı) darlığı,
Safra yolu tıkanıklıkları.
Her yaşta sık rastlanan sorunlar
Solunum ya da mide-bağırsak sistemine kaçan yabancı cisimler.
Çocukluk çağı solid tümörleri,
Salgı bezleri (endokrin) sistemi ile ilgili sorunlar,
Kız çocuklarına özgü sorunlar (rahim ve yumuratlık ile ilgili sorunlar),
Üreme ve boşaltım sistemi ile ilgili anormallikler (Böbrek çıkımında darlık -Üretero-pelvik darlık-, böbrek reflüsü -vezikoüreteral reflü, taş, idrar deliğinin normal yerinde olmaması - hipospadyas, epispadyas, mesane ön yüzünün olmaması -ekstrofya vezika-, cinsiyet anormallikleri...),
Yemek borusu ile ilgili sorunlar (mide reflüsü- gastro-özofageal reflü)
Karın ve göğüs duvarı anormallikleri (doğuştan karın kasları yokluğu, göğüs duvarının içe çökük olması –kunduracı göğsü- ya da dışa doğru çıkıntılı olması –güvercin göğsü),
Hemanjiom ve lenfanjiomlar (damarlar ve lenf sistemi ile ilgili sorunlar),
Çocukluk çağı travmaları (yanıklar, düşmeler, kazalar, künt ya da delici travmalar).
Tedavisinde öncelikle cerrahi yöntem gerekmeyen sorunlar
Kabızlık, anal fissür (makatta yırtık),
Yineleyen idrar yolu enfeksiyonları,
Dışkı ve idrar kaçırma sorunları,
Yineleyen karın ağrıları,
Mide ve bağırsak endoskopileri.