Enstitümüz Beymelek Merkez Biriminde 11 Mayıs 1988 tarihinde Tarım ve Köyişleri Bakanlığı ile UNDP (Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı) arasında imzalanan işbirliği antlaşması ile “Beymelek Lagünü Kültür Balıkçılığı Projesi” (TUR/87/029/B/01/12) uygulamaya konulmuştur. Proje kapsamında üretim altyapısının tamamlanmasıyla 1994 yılında levrek ve çipura yavru balık deneme üretimi gerçekleştirilmiştir. Doğadan yavru balık toplanmasının engellenmesine yönelik olarak faaliyete geçen proje 1994-2000 yılları arasında yaptığı üretim çalışmaları ve bünyesinde çalıştırdığı geçici teknik elemanları özel sektöre kazandırmak suretiyle sektöre öncülük yapmıştır. 2006 yılında Kuluçkahane alt yapısının güçlendirilmesi ve fotoperiyot uygulamasına geçilmesiyle, üretim miktarı önemli ölçüde artırılmıştır. Bu dönemde özel sektörle işbirliğine gidilerek, Enstitünün larva yetiştirme teknik ve imkânları ile özel sektörün adaptasyon için uygun kalitedeki su kaynağından yararlanılarak üretim kapasitesi arttırılmış ve yavru üretim maliyeti düşürülmüştür. Bu işbirliği sayesinde üretilen yavru balıkların pazar imkânları oluşturulmuştur.
Deniz balıkları yavru üretiminin gerçekleştirildiği kuluçkahanede Anaç Bakım ve Yumurtlatma, Canlı Yem, Larva ve Adaptasyon üniteleri mevcuttur. Kuluçkahane ünitesi içerisinde üretim amaçlı toplam 1176 m3 lük; su hacmine sahip 59 adet beton havuz ve fiberglass tank bulunmaktadır.
Enstitü üretim ve araştırma çalışmalarında kullanılmak üzere çipura ve levrek balıklarının yanı sıra mırmır, sivri burun karagöz, minakop ve lahoz, anaçlarına sahiptir
Üretim ve araştırma çalışmalarında kullanılmak üzere 17 tür alg ve 2 tür rotifer stok kültürü mevcut olup, üretim periyodu içinde larvaların ilk aşamadaki besin ihtiyacını karşılamak üzere alg, rotifer ve artemia yoğun kültürü yapılmaktadır.
​Doğal yumurtlatma veya hormon enjeksiyonu ile elde edilen yumurtalar inkübasyon tanklarında açtırılarak larva tanklarına transfer edilmektedir. Daha sonra larvalar canlı yemlerle (alg, rotifer ve artemia) beslenmeye başlanmakta, belirli aşamadan sonra toz yeme alıştırılan larvalar adaptasyon ünitesine aktarılmaktadır 2004-2013 yılları arası yavru deniz balıkları üretimi tabloda verilmiştir.​