Sultan Bayezid, kardeşinin Roma’ya getirildiğini haber alınca kapıcıbaşı Mustafa Ağa’yı Roma’ya gönderdi. Mustafa Ağa, Papa İnosan’a Cem Sultan’ın muhafazası için üç yıllık tahsisatı birden ödedi. Altınları büyük bir memnuniyetle kabul eden Papa, Sultan Bayezid’e verilmek üzere bir mektup hazırladı. Roma’da bir süre kalan Mustafa Ağa, Cem Sultanla da görüştü ve Bayezid’in kardeşine yazdığı mektubu ve gönderdiği hediyeleri takdim etti.
Aradan üç yıl geçti. 1492’de Papa İnosan ölünce yerine Aleksandr Borjiya geçti. Borjiya, İnosan’ın aksine talihsiz şehzadeye daha özgür bir hayat yaşatmaya başlamıştı, ama bu da sinsi bir oyundan başka bir şey değildi. Yeni Papa, Osmanlı Sultanına bir elçi göndererek üç yüz bin altın karşılığında Cem Sultan’ı zehirleterek ortadan kaldırtabileceğini belirtmişti. Olan bitenlerden habersiz olan şehzade Cem ise yıllar sonra kavuştuğu özgürlüğünün tadını çıkarmaya bakıyordu.
O günlerde hiç beklenmedik bir şey oldu ve Napoli krallığını ortadan kaldırmak isteyen Fransa kralı ordusunun başında İtalya’ya girdi. Aşırı derecede dindar olan Fransa kralının maksadı Napoli krallığını ortadan kaldırdıktan sonra Cem Sultan’ı yanına alıp Kudüs’e gitmek ve orada, Tanrının krallığında da hüküm sürmekti. Casusları bu haberi Papa’ya yetiştirmekte gecikmediler. Telaşa düşen Papa, Cem Sultan’ın özgürlüğüne son verip şehzadeyi iyice muhafaza altına aldırdı. Kâfirlerin memleketinde tutsak hayatı yaşatılan Cem Sultan, günler, geceler boyunca Allah’a yakararak dayanma gücü diledi ve dualar etti.
Papa’nın Sultan Bayezid’e gönderdiği elçi Roma’ya geri dönerken tesadüfen Fransa kralının eline düştü. Papalık elçisinin Bayezid’den Papa’ya getirmekte olduğu mektupta, şayet Cem Sultan’ı öldürtecek olursa kendisine üç yüz bin altın ödeneceği yazılı idi. Fransa kralı Şarl 1495 yılı ocak ayı başlarında Floransa üzerinden Roma’ya geldi ve Cem Sultan’ı Papa’nın elinden zorla aldı. Gün ağarırken Roma’dan ayrılıp Cem Sultan ile birlikte Napoli üzerine yürüdüler. Zorlu hava şartlarında çok yorulan ve sık sık öksüren Cem Sultan, Napoli’ye varamadan yolda hastalandı. Hastalandı, çünkü Fransa kralına teslim edilmeden önce Papa Aleksandr Borjiya tarafından zehirlettirilmişti. Hastalığı süratle ilerleyen, yüzü, gözü, boynu şişen talihsiz şehzade ata binemez hale gelince araba ve sedye ile götürüldü. Fransa kralı, Napoli’ye girerken Cem Sultan’ın yanında olmasını istediği için hasta yatağından çıkarılıp iri ve siyah atına bindirildi. Bu atına son binişiydi, bundan sonra bir daha kalkmamak üzere yattı. Bir daha yataktan çıkamayacağını anlayan Cem Sultan yanında bulunan sadık adamlarına vasiyetini bildirdi. “Ağabeyim Sultan Bayezid’in yanına gidin. Benim öldüğümü söyleyin. Böylelikle Hıristiyanların benim adımı kullanarak Müslümanlara saldırmasının önüne geçmiş olun. Ağabeyimden tek ricam çocuklarıma sahip çıkması, varsa borçlarımı ödemesi ve cesedimi düşman topraklarda bırakmayarak Osmanlı topraklarına nakledilmesi için gayret göstermesidir.”
Talihsiz şehzadeyi sık sık ziyaret eden Fransa kralı, kendisine artık serbest olduğunu, nereye isterse oraya gidebileceğini söyledi. Ama bu özgürlük sadece iki gün sürdü. 25 Şubat 1495 yılı, Çarşamba günü Cem Sultan vefat etti. Esaret hayatı on üç sene süren Bursa’nın romantik sultanı yabancı topraklarda öldüğünde otuz altı yaşında idi.
Kardeşinin ölümünü haber alan Sultan Bayezid, Osmanlı ülkesinde gıyabında cenaze namazı kıldırdı, üç gün yas tutturdu ve ülkesindeki fakirlere yüz bin akçe sadaka dağıttırdı. Saltanat hırsı yüzünden hem kendisini felakete sürükleyen hem de Rodos şövalyelerinin ve Papanın elinde kendi devleti aleyhine oyuncak olan Cem Sultan’ın naaşı Napoli’de dört yıl kaldı. 1499 yılında Napoli kralı Frederik, Sultan Bayezid’in ısrarlı taleplerini kabul etti. Sultan Bayezid, naşı getirmeleri için donanmasının bir kısmını İtalya’ya gönderdi. Donanma tarafından naaş İstanbul’a getirildi ve Bursa’ya nakledilip Muradiye’de sonsuza kadar yatacağı türbeye gömüldü. Romantik şehzadenin Türkçe ve Farsça şiirleri vardır. Türkçe şiirlerinde üstadı olan Bursalı Ahmed Paşa ile kısmen Şeyhî’yi ve Necatî’yi taklit etmiştir.
Cem Sultan’ın üç oğlu vardı. Bunlar Oğuz Han, Ali ve Murad’dır. Cem sultan ülkesini terk ederken Oğuz Han’ı geride bırakmıştı. Sultan Bayezid, iyi bir asker, cesur ve tedbirli bir kumandan olup devleti için büyük işler başarmış Gedik Ahmet Paşa’nın himayesindeki çocuğun hayatına dokunmamıştır. Otranto fatihi Gedik Ahmed Paşa’nın Edirne’de katledilmesinden sonra Oğuz Han, amcası Sultan Bayezid’in emriyle İstanbul muhafızı İskender Paşa tarafından öldürülmüştür. Cem Sultan’ın diğer oğlu Murad, Mısır’da bulunan ailesinden ayrılarak Rodos’a gelmiş ve orada kalarak Katolik olmuştur. Rodos, Kanuni Sultan Süleyman zamanında fethedilince ele geçirilen Murad ve oğulları öldürülmüş, karısı ile kızları Gevher Melek ve Ayşe Sultan İstanbul’a yollanmıştır. Ali hakkında ise bilinen bir şey yoktur.
Dil helâk eyler gözün hançer çeker cân üstüne / Gör ne hunidir görün kim kan ider kan üstüne / Didim ey can kaçma Cem’den hacıdır; güldü dedi / Gerçi hacıdır veli can verdi cânan üstüne / CEM SULTAN