Kilise, plan açısından Barhal Kilisesi’ne benzemektedir. Yöredeki Ortaçağ Dönemi manastır oluşumunu en iyi biçimde yansıtmaktadır. Manastır, kompleks bir yapı olup, Kilise, Trapeza ve seminer odasıyla bu yapı topluluğunun güney doğusunda ayrı olarak inşa edilmiş bir şapelden oluşmaktadır. Manastır dört farklı yapıdan oluştuğu için, tarihi kaynaklarda olduğu gibi, günümüzde de “Dört Kilise” olarak anılmaktadır. Kilise, Manastırın odak noktasını teşkil eden üç neftli bazilikal planlı bir yapı olup, dıştan 28.40x18.65 m ölçülere sahiptir. Kilisenin doğu cephesi düşey olarak iki farklı yüksekliğe sahip, yatay olarak üç kademeli bölümlerden oluşmaktadır.
Ortada apsis, yanlarda ise, pastoforion odalarının bu yöndeki yüzeylerini içermektedir. Üçgen alınlıklı bölüm iki kademeli, yuvarlak kemerli arkadlarla hareketlendirilmiştir. Cephede simetrik olarak düzenlenmiş yuvarlak kemerli dikdörtgen formlu pencereler bulunmaktadır. Cephenin her iki yanında Prothesis ve diakonikon düzenlenmiştir. Kuzey cephe iki katlı olarak karşımıza çıkar. Alt kat kuzey yan nef ve prothesis, üst kat ise orta nefin bu yöndeki yüzeylerinden meydana gelmiştir. Batı cephe, genel düzenlenmesi doğu cephesiyle aynıdır. Ancak, buradaki cephenin alt bölümüne, dikdörtgen planlı narteks eklenmiştir. Cephe her üç nefin bu yöndeki yüzeylerinden oluşmaktadır. Yapının güney cephe düzenlemesi tümüyle kuzey cepheyle aynıdır.Orta nef çift pahlı, yan nefler ise, tek pahlı çatı ile örtülmüştür.
Yapının tüm çatısı bozulmuştur. Özellikle orta nefin güney kanadı en çok etkilenen bölümdür. İç mekanda simetrik olarak yerleştirilen sekiz haçvari serbest paye üç nefe ayrılmıştır. Ortadaki nef daha geniş ve yüksek yanlardaki birbirine eşit ölçülere sahiptir. Orta nef beşik tonozla örtülmüştür. Nefin doğusunda dikdörtgen planlı bema yer alır. Bemayı yarım daire şeklinde apsis çevreler. Apsis dışa taşıntı yapmadan, yarım kubbe ile vurgulanmıştır. Apsisin iki yanında ikişer kattan oluşan, düzenlemeleri aynı olan dikdörtgen planlı pastoforion odaları bulunmaktadır. Alt kattan seyyar birer merdivenle çıkılan üst kat pastoforion mekanlarının her biri ikişer dikdörtgen planlı, armudi formlu hücrelere sahiptir.
Yapı, çeşitli nedenlerden dolayı, tahribata uğramıştır. Yapıda, zengin olmasa da, mimari plastiğe, halen bir bölümü günümüze ulaşan freskli ve doğal boyadan oluşan süslemelere rastlanmaktadır. Cephe kabartma olarak yapılan süslemeler, geçme şeklindeki çeşitli geometrik ve bitkisel motiflerden oluşmaktadır. Kilisenin süsleme açısından önem arz eden freskleri tüm olumsuzluklara rağmen, günümüze ulaşmıştır ve Apsiste yer almaktadırlar. Aziz Nino’nun olabileceği vurgulanan elinde bazilikal planlı bir Kilise ile birlikte sunulan fresko hala canlılığını muhafaza etmektedir.