Olguların yarıdan fazlasında ortaya çıkan böbrek bozuklukları Wegener Granulomatozu’nun geç belirtilerindendir. Bölgesel veya yaygın tarzda ilerleyen glomerulonefrit ve interstisyel nefrit en sık rastlanan böbrek bozukluklarıdır. Glomerulonefrit normalde idrardan atılmayan protein, kan, ve silendir çıkmasına neden olur ve tedavi edilmezse hızla ilerleyen böbrek yetmezliğine neden olur.
Uygulanan en yeni tedavi yöntemi kemoterapidir. Tercih edilen ilaç siklofosfamid’dir. Bu ilaç hastanın durumu düzelinceye kadar damardan sonra da ağızdan (tablet olarak) verilir.