Seydi Ali Reis, tersane kethüdası olduğundan, bir deniz harekatında bağımsız olarak kumandanlık yapmadı. Rodos'un fethine (1522) ve daha sonra Akdeniz'de cereyan eden bütün deniz savaşlarına Barbaros Hayreddin Paşa yanında katıldı ve Batı Akdeniz bölgesini çok iyi öğrendi. Preveze Deniz Muharebesi'nde (1538) Osmanlı donanmasının sol tarafına komuta ederek büyük yararlıklar gösterdi ve bu savaştan sonra adı daha çok duyulmaya başlandı. Trablus'un fethiyle biten harekatta Kaptan-ı Derya Sinan Paşa ve Turgut Reis emrinde çalıştı (1551).
I. Süleyman tarafından, Portekiz donanmasıyla girdiği deniz savaşını kaybeden Murat Reis'in yerine Hint Kaptanlığına atandı ve Basra'daki donanmayı Süveyş'e getirmekle görevlendirildi.
Hümayun şahın ölmesi üzerine Afganistan - Türkistan-İran yoluyla Anadolu'ya hareket etti (1556). Bundan sonra Kabil, Semerkant, Buhara, Meşhet şehirlerinde hükümdarları gördü. Türkistan'daki gezisi 4 yıl sürmüş ve maceralı yolculuğunu eserine işlemiştir. Başına gelen maceralar ile "Başına Seydi Ali halleri geldi" sözü yayılmaya başlar. Başından geçen vakaları anlattığı eserini Osmanlı kağanı Kanuni Sultan Süleyman'a sunmuştur.
İran'da Meşhet valisi tarafından tutuklatıldı, daha sonra serbest bırakılarak Şah I. Tahmasp'a gönderildi. Bir süre göz hapsinde kaldıktan sonra Anadolu'ya geçmesine izin verildi ve Şah'ın Kanuni'ye yazdığı bir mektubu da alarak Kazvin'den ayrıldı (1557). Aynı yıl Bağdat'a ulaştı. Böylece Basra'dan çıkışından 3 yıl 7 ay sonra tekrar Osmanlı ülkesine dönüyordu.
Seydi Ali Reis 1557 mayıs ayı başlarında İstanbul'a vardı ve Edirne'de bulunan hükümdarın yanına gitti. Süveyş donanmasının uğradığı kayıptan dolayı padişahtan af diledi. Dolaştığı yerlerde görüştüğü hükümdarların verdiği 18 nameyi sundu; Ali Reis mahvolmuş bir donanmanın sorumlusu olmakla beraber, başına gelen işler, olağanüstü olaylar kabul edilerek suçlu görülmedi, önce müteferrika yapıldı, sonra Diyarbakır tımar defterine tayin edildi. Bir süre şehzade Selim'in hizmetinde çalıştı, Galata Hassa gemi reislerinden biri oldu (1560). Son görevi bilinmemektedir. 1562 yılında İstanbul'da vefat etti.