Akreditasyon Yürütme Kurulu; Enstitü Başkanı ve altı üye olmak üzere toplam yedi kişiden oluşur. Enstitü Başkanı Akreditasyon Yürütme Kurulu başkanlığını yürütür.. Kurul üyeleri sağlıkta kalite ve akreditasyon alanında tecrübe sahibi ve en az lisans derecesinde eğitimi olan kişiler arasından seçilir.
Akreditasyon Yürütme Kurulunun görev ve yetkileri şunlardır:
Akreditasyona ilişkin politika, strateji ve hedefleri bilim kurullarından gelen önerileri de dikkate alarak belirlemek ve gerekli güncellemeleri yapmak.
Akreditasyon konularında yurt içinde ve yurt dışında tanıtım faaliyetlerinin yürütülmesine, kamuoyunun bilgilendirilmesine yönelik faaliyetlerin gerçekleştirilmesine katkı sunmak.
Akreditasyon Programlarına yönelik kararlara ilişkin usul ve esasları belirlemek.
Akreditasyon kararları ve karar alma süreçlerini izlemek ve gerekli gördüğü takdirde ilgili birimin denetimini yapmak veya yaptırmak.
Akreditasyon programlarının etkin, tarafsız ve şeffaf bir şekilde yürütülmesi amacıyla, değerlendirici seçim ve görevlendirme süreçleri ile değerlendirme faaliyetlerinin işlerliğine yönelik tedbirlerin alınmasını sağlamak.
İtiraz ve Şikâyetleri Değerlendirme Kurulundan gelen geribildirimleri değerlendirerek ilgili süreçlerde gerekli tedbirlerin alınmasını sağlamak.