1. Bir “Süper Organizma” Olarak İnsan; Mikrobiyomun Genetik Kontrolü
Human Being as a “Superorganism”; Genetic Control of Microbiome
doi: 10.5222/TMCD.2016.147 Sayfalar:147-151
Genom biliminin son yıllarda göstermiş olduğu gelişmeler, kültürleme ve izolasyon olmaksızın mikroorganizmalar ile çalışılabilmesine olanak sağlayan metagenom yaklaşımlarını ortaya çıkarmıştır. Bu teknik ilerlemenin ışığında insan ile ortak bir yaşam sürdüren ve dolayısıyla insanın bir süperorganizma olarak tanımlanmasına neden olan mikrobiyomun hastalık ve sağlık durumundaki rolü tanımlanmıştır. Buna göre hastalık durumunda mikrobiyom önemli değişikliklere (disbiyoz) uğramaktadır. Öte yandan, kısa bir süre önce insan genomundaki genetik varyasyonların insan mikrobiyomundaki taksonomik ünitelerin varlığı/yokluğu veya bağıl bollukları ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu bulgular bir araya getirildiğinde görülmektedir ki belli hastalıklarla (Örn. diyabet, artrit gibi kompleks hastalıklar) ilişkilendirilen genetik varyasyonların önemli bir bölümü aynı zamanda bu hastalıklarla ilişkilendirilmiş mikrobiyom değişimleriyle örtüşmektedir. Söz konusu yeni bulgulara göre hastalık ve genetik faktörler denklemine ayrıca konak genetiğiyle ilişkili olacak şekilde mikrobiyom içeriğinin de önümüzdeki süreçte girmesi beklenmektedir. Dolayısıyla, insan genomu ve insan mikrobiyomunu kapsayacak toplu metagenomik ve diğer omik yaklaşımların hastalık kapsamında incelendiği yeni deney tasarımlarına önümüzdeki süreçte gereksinim duyulacaktır. İnsan genomuinsan mikrobiyomu ilişkisinin hem epistatik hem de pleyiotropik olduğu düşünülmektedir. Bu nedenle, gelecekteki çalışmaların genetik varyasyonlar ve mikrobiyom analizi çoklu gen etkisini göz önünde bulunduracak bir metagenom boyu ilişkilendirme çalışması (MGWAS) biyoinformatiği üzerinde şekillenmesi kaçınılmaz görülmektedir.
Anahtar Kelimeler: İnsan mikrobiyomu, genomik, kompleks hastalıklar
2. Beyin Omurilik Sıvısı Örneklerinden Saptanan Viral Etkenler
doi: 10.5222/TMCD.2016.152 Sayfalar:152-158
Rabia Can Sarınoğlu, İmran Sağlık, Derya Mutlu, Betil Özhak Baysan, Dilara Öğünç, Dilek Çolak
GİRİŞ ve AMAÇ: Viral etkenlere bağlı santral sinir sistemi enfeksiyonları her yaşta görülebilen, akut seyirli ve hızlı ilerleyen, mortalite ve morbiditesi yüksek enfeksiyonlardır. Tanıda, nükleik asit amplifikasyon test yöntemlerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sıklıkla tercih edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne viral etkenlerin PZR yöntemi ile araştırılması için gönderilen beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde elde edilen sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne 2010-2014 yılları arasında viral SSS enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 704 hastaya ait 2849 BOS örneğinin sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. BOS örneklerinde adenovirus
(AdV), sitomegalovirus (CMV), Epstein Barr virus (EBV), enterovirus (EV), herpes simplex virus tip 1 ve tip 2 (HSV-1, HSV-2) virusları gerçek zamanlı PZR yöntemiyle araştırılmıştır. BOS örneklerinde protein ve glukoz ölçüm değerleri kaydedilmiştir.
BULGULAR: Otuz beş hastaya ait 38 BOS örneğinde araştırılan viral etkenler pozitif bulunmuştur. BOS örneklerinde saptanan viral etkenlerin oranları; EBV DNA, EV RNA, HSV-I DNA, AdV DNA, CMV DNA ve HSV-2 DNA için sırasıyla %3.6 (11/308), %1.8 (8/447), %1.7 (12/721), %1 (4/405), %0.4 (1/271) ve %0.2 (2/697) olarak bulunmuştur. Bir hastada HSV-1 DNA ve EBV DNA birlikte saptanmıştır.BOS örneklerinde viral etken saptanan hastaların BOS glukoz düzeyi, 19 (%54.2) hastada normal sınırlarda, altı (%17.1) hastada düşük ve on (%28.6) hastada yüksek bulunmuştur. BOS protein düzeyi ise 17 (%48.6) hastada normal sınırlarda ve 18 (%51.4) hastada yüksek bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: BOS örneklerinde PZR temelli moleküler yöntemler kullanılarak olası tüm viral etkenlerin araştırılmasının erken tanı ve tedaviye olanak sağlayacağı düşünülmektedir.
3. Viral Solunum Yolu Enfeksiyonlarının Tanısında Bir Multipleks PCR Yönteminin Performansının Değerlendirilmesi
doi: 10.5222/TMCD.2016.159 Sayfalar:159-164
Ayşe Arslan, Candan Çiçek, Eylem Ulaş Saz, Figen Gülen, Haydar Soydaner Karakuş
GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum virüslerinin saptanmasında konvansiyonel yöntemlerle [“shell vial” hücre kültürü yöntemi, direkt fluoresans antikor (DFA)] multipleks polimerize zincir tepkimesi (PCR) test yöntemini karşılaştırmak ve multipleks PCR testinin performansını değerlendirmek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, Ocak 2012-Ağustos 2013 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu tanılı 502 [217 (%43.2) kadın, 285 (%56.8) erkek] nazofarengeyal sürüntü örneği incelendi. Solunum virüslerinin saptanmasında, DFA ve “shell vial” hücre kültürü yöntemi altın standart olarak alındı. Multipleks PCR testi için, üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışıldı.
BULGULAR: Değerlendirilen hastaların 238’inde (%47.4) en az bir yöntemle solunum virüsleri pozitif bulundu. İncelenen 502 örneğin 189’u (%37.6) DFA ve shell vial hücre kültürü yöntemi ile pozitif [human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV) ve parainfluenza virüs tip 4 (PIV 4) hariç], 233’ü (%46.4) multipleks PCR ile pozitif bulundu. Yalnızca HMPV, HCoV, HRV, HBoV ve PIV 4’ün pozitif olduğu 37 örnek, DFA ve shell vial hücre kültürü ile saptanamadığı için karşılaştırma dışı bırakıldı. Hücre kültürü ve DFA’ya göre multipleks PCR yönteminin duyarlılık, özgüllük, PPV, NPV ve test geçerlilik oranları sırasıyla %97.3, %95.7, %93.9, %98.1 ve %96.3 olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda sırasıyla en sık saptanan solunum virüsleri respiratory sinsitial virüs (RSV), HRV ve influenza virüs tip A (INF A) olmuştur. Multipleks PCR’ın duyarlılık ve özgüllüğü oldukça yüksek bulunmuştur. Multipleks PCR’ın DFA ve hücre kültürü yöntemleriyle saptanamayan 37 solunum virüsünü de tanımlayabildiği görülmüştür. Multipleks PCR’ın yüksek duyarlılık ve özgüllüğe nedeniyle rutin laboratuvar kullanımına uygun olduğu öngörülmüştür.
4. Konya İlinde Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kompleks Suşlarının Birinci Seçenek Anti-tüberküloz İlaçlara Direnç Oranları
doi: 10.5222/TMCD.2016.165 Sayfalar:165-171
Fatma Esenkaya Taşbent, Metin Doğan
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, 2014 ve 2015 yılını içeren iki yıllık süreçte, laboratuvarımızda izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüberküloz ön tanısı ile gönderilen şüpheli örnekler Ehrlich-Ziehl-Neelsen yöntemi ile boyanarak, mikroskobik olarak değerlendirilmiş, Löwenstein-Jensen besiyeri ve otomatize kültür sistemine (Mycolor TK, Salubris A.Ş., İstanbul) ekimleri yapılmıştır. Üreme görülen kültür tüplerinde Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlaması ve streptomisin, izoniazid, rifampisin, etambutol duyarlılıkları çalışılmıştır.
BULGULAR: Çalışmaya laboratuvara gönderilen 5406 klinik örnekten, Mycobacterium tuberculosis kompleks izole edilmiş 266 suş dâhil edilmiştir. Her hasta için tek bir suş çalışmaya alınmıştır. Streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutole toplam direnç oranları sırasıyla %4.5, %6.4, %9 ve %4.5 olarak bulunmuştur. Hastaların %83.1’i tüm antibiyotiklere duyarlı olup, antimikobakteriyel ilaçlar içinde en yüksek direnç rifampisin için saptanmıştır. Çok ilaca direnç oranı ise %2.6 olarak bulunmuştur. Çalışmada ayrıca Ehrlich-Ziehl-Neelsen boyama yöntemi ile otomatize kültür sistemi sonuçları karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Tüberkülozda direnç paternlerinin izlenmesi, uygulanacak tedavi protokollerinin belirlenmesinde önemli olduğu gibi uzun vadede direnç gelişiminin önlenmesinde de yararlı olacaktır.
Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, antitüberküloz duyarlılığı, direnç
5. İnfluenza Referans Laboratuvarı 2015-2016 Grip Sürveyansı Verileri
doi: 10.5222/TMCD.2016.172 Sayfalar:172-180
Sevim Meşe, Aysun Uyanık, Serkan Asar, Ali Ağaçfidan, Osman Şadi Yenen
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, İstanbul Tıp Fakültesi, İnfluenza Referans Laboratuvarı’nın 2015-2016 influenza sürveyansı bulgularının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ulusal İnfluenza Sürveyansı kapsamında İTFVBD İnfluenza Referans Laboratuvarı’na gönderilen nazal sürüntü örneklerinde influenza virüsleri real-time PCR yöntemi ile araştırılmıştır.
BULGULAR: 2015-2016 grip sezonunda İnfluenza Referans Laboratuvarı’nda 20. hafta itibarı ile toplam 2024 burun sürüntü örneği incelenmiştir. İncelenen örneklerin 610 (%30)’unda influenza saptanmıştır. İnfluenza pozitif örneklerin 319 (%52)’u influenza A (H1N1) pdm09, 201 (%33)’i influenza A H3N2 ve 90 (%15)’ı influenza B olarak tiplendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sürveyans çalışmaları, gribin toplum sağlığı üzerindeki etkilerinin ortaya çıkarılması ve grip ile mücadele yollarının belirlenmesi açılarından oldukça önem taşımaktadır. Bulgularımıza göre 2015-2016 grip sezonunda 51-17. haftalar aktivitenin görüldüğü zamanlar olarak belirlenirken pik dönemi 3. haftada influenza A(H1N1)pdm09 baskınlığında yaşanmıştır.
Anahtar Kelimeler: İnfluenza virüsleri, sürveyans, 2015-2016
6. Karbapenem Dirençli Acinetobacter baumannii Klinik İzolatlarında Sınıf D Beta Laktamaz Varlığının Araştırılması
Investigation of the Presence of Class D Beta-lactamases in Clinical Isolates of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii
doi: 10.5222/TMCD.2016.181 Sayfalar:181-187
Demet Gür Vural, Belma Durupınar
GİRİŞ ve AMAÇ: Acinetobacter baumannii aerobik, gram negatif, glukozu fermente etmeyen çoğunlukla yoğun bakım ünitelerinde meydana gelen infeksiyon salgınlarında sıklıkla yer alan fırsatçı bir patojendir. Bu organizmanın hastane çevresinde uzun süre yaşayabilme özelliği, genetik fleksibilitesi ve yüksek uyum yeteneği, karbapenemleri de içeren bir çok antimikrobial sınıfına dirençli Multi Drug Resistance (MDR) A. baumannii suşlarının özellikle son bir kaç yılda hızlı ve global yayılımının nedeni olmuştur. Bu çalışmada hastanemiz servislerinden izole edilen karbapenem dirençli A.baumannii izolatlarında OXA tipi Sınıf D Beta Laktamazların araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma kapsamına çeşitli klinik örneklerden soyutlanan 100 karbapenemdirençli A. baumannii klinik izolatı dahil edildi. VITEK2 sistemi (bıoMerieux, ABD) ile izolatlar tür düzeyinde tanımlandı ve antimikrobiyal duyarlılık testleri yapıldı. İmipenem ve meropenemin Minimum İnhibitör Konsantrasyonu (MİK değerleri) Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile saptandı. İzolatlarda OXA karbapenemazlardan olan blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58 gen bölgelerinin varlığı PZR ile araştırıldı.
BULGULAR: Antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre tüm izolatlar piperasilin, sefepim ve seftazidime dirençli bulunmuştur. Çalışmadaki A.baumannii klinik izolatlarının tamamı kolistine duyarlı görülmektedir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile bütün izolatlar imipenem ve meropeneme dirençli bulunmuştur. İzolatların tamamında A.baumannii’ ye özgü olan blaOXA-51 pozitif bulundu. İzolatların %93’ ünde blaOXA-23 pozitif bulunurken, blaOXA-24 ve blaOXA-58 gen bölgelerine ise saptanmadı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: OXA tipi karbapenemazların yaygınlığı ile beta-laktam antibiyotiklere karşı direncin yüksek seviyede olması dikkat çekicidir. Çalışmamız sonucunda karbapenem direncinin; OXA-51 tip doğal oksasilinazın aşırı üretimi sonucu ve OXA-23 enzim geninden kaynaklanabileceği; bunun yanında diğer direnç mekanizmalarının ileri çalışmalarda incelenmesinin gerekliliği düşünülmüştür.
Anahtar Kelimeler: Acinetobacterbaumannii, carbapenem, oxacillinases
7. Bir Üniversite Hastanesinde Kriptokokkoz Olguları
Cryptococcosis Cases in a University Hospital
doi: 10.5222/TMCD.2016.188 Sayfalar:188-190
Asuman Birinci, Yeliz Tanrıverdi Çaycı, Gumral Alakbarova
Cryptococcus neoformans kriptokokkoza neden olan kapsüllü bir mayadır. Havada bulunan mantar elemanlarının inhale edilmesiyle vücuda girer. Sıklıkla, immun istem yetmezliği bulunan hastalarda enfeksiyona neden olmaktadır. Başlıca santral sinir sistemi (SSS) ve akciğerleri etkilemekle birlikte, yaygın (dissemine) hastalık tablosu da gelişebilir. Santral sinir sisteminin etkilenmesi sonucunda gelişen menenjit, her zaman klasik bulgularla ortaya çıkmayabilir. Menenjitli olguların beyin omurilik sıvısı (BOS) analizinde lenfositik pleositoz olduğu, protein düzeyinin arttığı, glukoz düzeyinin azaldığı görülür. Tanıda BOS örnekleri çini mürekkebi veya nigrosin boyasıyla boyanarak incelenir. Çini mürekkebi ile boyanmış örneklerde siyah zeminde boyayı almamış tomurcuklanan yapıların görülür. Kesin tanı için kültür gereklidir. Kültür için siklohekzimit içermeyen Sabouraud dekstroz agar (SDA) besiyeri kullanılır. Çalışmamızda 12 yıllık süre zarfında hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilmiş olan altı kriptokokkoz olgusu incelenmiştir. Hastaların bilgileri hasta dosyaları incelenerek elde edilmiştir. İki olgunun, ilk olarak tüberküloz menenjiti tedavisi aldığı görülmüştür. Ayrıca, iki hasta HIV pozitiftir. Çalışmamızdaki altı olgudan dördü enfeksiyon nedeniyle kaybedilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Cryptococcus neoformans, kriptokokkoz, menenjit