Afyon Müzesi, 1933 yılından 1970 yılına kadar Gedik Ahmet Paşa Medresesi’nde (Taş Medrese) karma müze olarak hizmet vermiş, 1971 yılında Müze Müdürlüğü ve Arkeoloji Müzesi'nin bulunduğu yeni binasına taşınmıştır. Oldukça Zengin bir koleksiyona sahip olan müzede.
13.276 Adet Arkeolojik Eser
4484 Adet Etnoğrafik Eser
26. 564 Adet Sikke
26 Adet Arşiv Vesikası
33 Adet El Yazması Kitap
TOPLAM: 44.383 Adet eser vardır.
M.Ö. 3 binden Bizans Dönemine kadar olan eserler ile Eski Tunç, Hitit, Frig, Arkaik, Klasik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait bir çok eser bulunmaktadır. Kusura kapları, Bavurdu Testisi Çıkrık İdolü, Hitit Heykel ve Baba Tanrısı, Tatarlı Frig Tümülüsüne ait ahşap parçalar, Çavdarlı Roma Dönemi Adak Heykelleri, Orta Bizans mimare parçaları, yerel kent sikkeleri, kronolijik sıra içinde teşhir edilmektedir.
Bölgenin özelliklerini yansıtan Roma ve Bizans dönemine ait Frig kapı tipi mezar taşları, anıt yazıtları, Pazar fiyat listeleri, sütunlar, sütun başlık ve altlıkları, mimari parçalar, mermer ve pişmiş toprak lahitleri, küpler, İsçehisar mermer ocaklarından çıkmış yarı işlenmiş antik parçalar ve büyük boy Herakles (Herkül) Heykeli açık ve yarı açık mekanlarda sergilenmektedirler.
Eser çokluğu ve pek çok çeşitli eser bulundurması nedeniyle Arkeoloji Müzesi, dünyanın önemli müzeleri arasındadır.