Gıda, stres, uyusturucu, hastalik, yas…. benim DNA’mi nasil etkiler?
Genom-capinda DNA Metilasyon Analizi
Bu servisimiz kapsamında DNA metilasyonunun tek nukleotid rezolusyonu icin 3 platformumuz mevcuttur. Her platform sizin spesifik icerik ihtiyaclariniza uygun olmasi icin dizayn edildi. Uc platform arasindaki temel fark sekanslanmis olan total genomun yuzde oranidir.
DNA metilasyon analizi icin Next-Gen bisulfit sekanslama platformlari
Kapsamli biyoinformatik analizle aerodinamik is akisi
Yuksek kalitede yayinlanabilen data teslimi
Dusuk DNA girdisi
Ornek kaynaklarin (insan, fare, sican, bitki, vs) genis bir araligina uygulanabilirliği
Kisiye ozgu hazirlanan, butceye uygun maliyette hizli devir
The Methyl-MiniSeq platform genislemis RRBS (reduced representation Bisulfite Sequencing) protokolune dayanir. Genom capinda uzerinde calisilan, bir CpG-zengin fraksiyonu tum genomun metilasyon imzasini temsil etmek icin kullanilir. DNA metilasyonu agirlikli olarak bir CpG iceriginde meydana gelir ve bu CpG di-nukleotidleri genomun secilmis bolgelerinde daha bol miktardadirlar. Bu CpG yogun bolgeleri zenginlestirerek ve sadece o fragmentleri sekanslayarak, Methyl-MiniSeq, sekanslamanin minimal miktarini kullanarak metilasyon datanin maksimum miktarini ve buyuk oranda azaltilmis maaliyeti saglamamiza izin verir. Sekanslama sonrasinda, fragmentler bir referans genoma geri hizalanir ve spesifik analiz yapilabilir. Sistem asiri derecede dayaniklidir ve derinligin okunmasi pek etkileyicidir, diferansiyel bir sekilde metile bolgelerin analizleri ve belirlenmeleri kullanilarak, onu biomarker kesfi icin ideal yapar. Ortalamada her CpG site kapsaminin 5-10x elde ediyoruz ve % ≥85 bütün CpG Adalarini ve %>80 butun gen promoterlerini tarıyoruz. Bunlarin 3-4 milyonu özgun CpG bolgeleridir. Genel olarak 1µg gDNA gerekir ama degerli ornekler icin 200 ng'a kadar az kullanabiliyoruz. İşin teslim süresi 8-12 haftadir. Ek olarak, bir referans genomuyla herhangi bir tur, low-input (>10ng) ve FFPE ornekleri dahil olmak uzere genis ornek tipleri araliginda calisabiliriz.
Bu platform (daha buyuk kapsama icin Reduced Representation Bisulfite Sequencing ‘in gelistirilmis versiyonu) tum maliyeti azaltarak, daha az sekanslama okumasindan metilasyon datasinin maksimum bir miktari icin tum gen promoterlerinin %>80 ve tum CpG adalarinin %>85 icerigine izin vererek 3-4 milyon ozgun CpG bolgesi belirlemek icin kullanilabilir. Bu sistem, ornekler arasi diferansiyel metile bolgeleri (DMRS)nin analizi ve belirlenmesi vasıtasıyla biomarker kesfine olanak saglar.
Methyl-MidiSeq fragment genomuna bir restriksiyon bazli protokol yonunden calismasinda MiniSeq’e benzerdir. Bununla birlikte, Methyl-MidiSeq, genetik duzenleyici elementlerin, gen bodylerinin ve tekrarli DNA sekanslarinin buyuk bir cogunlugunu kapsayacak şekilde icerigi genisletilmistir. MiniSeq bu bolgelerdeki dusuk CpG yogunlugundan dolayi bunlari yakalayamaz. Methyl-MidiSeq 5-10x kapsamada 8-9 milyon ozgun CpG bolgelerinin tespitini saglar. İşin teslim süresi8-12 haftadir ve 1µg GDNA gerektirir.
MidiSeq 8-9 milyon ozgun CpG bolgesi tespit etmek icin kullanilabilir. Genetik duzenleyici elementleri, gen bodyleri, ve tekrarli DNA sekanslarinin buyuk cogunlugunu iceren Methyl-MiniSeq platformunun kapsamini genişletir. Gen promoterleri ve CpG adalarinin disindaki metilom analizine ihtiyac duyan arastirmacilar icin iyi bir opsiyondur.
Son olarak, Methyl-MaxiSeq tam (%≥75) genomun tek nukleotid rezolusyonudur. Bu platformda, tam genomu (>%70 temel kapsam) sekanslariz ve haritasini cizeriz. Daha az yaygin CHG ve CHH iceriklerinde ve genomun diger tum bolgelerinin tek nukleotid rezolusyonunda oldugu gibi bir CpG kaynagindaki DNA metilasyon bilgisini sagliyoruz. Genel olarak, her ornek icin 4 serit kullaniyoruz ve her baz icin (insan genomu) 15-20X kapsama elde ediyoruz ama bu sizin ihtiyaclariniza uygun olarak modifiye edilebilir. İşin teslim süresi 10-12 haftadir ve DNA input gereksinimi ≥2µg’dir.
Methyl MaxiSeq platformu (tam-genom bisulfit sekanslamasi) butun genom boyunca DNA metilasyonunun belirlenmesi icindir. DNA metilasyon bilgisi, daha az yaygin CHG ve CHH iceriklerinde oldugu gibi CpG iceriginde de saglanir. Bu platform, her bazin (insan genomu) 15-20X’inin bir ortalama okuma icerigine erisir. Bu sizin ihtiyaclariniza bagli olarak modifiye olabilir. Tam genom sekanslama saglandigindan , SNP analizi es zamanda yapilabilir
Butun platformlarin Basic Servis Paketleri ornek standardizyonu, kitaplik yorumu, NGS ve ham data siralamasini icerir. Full Servis Paketleri ek olarak down-stream biyoinformatik islemi ve istatiksel analizi de sunuyor. Ayrica, kisiye ozel hazirlanan belirli bir bicimde ihtiyaclarinin icin ismarlanan biyoinformatik analizi sunuyoruz. Butun sekanslama IlluminaHiSeq2000 uzerinde yapilir. (Note: butun fiyat ve kapsama hesaplamalari insan ve fare genomu bazlidir. Bunlar, genomun sekans karmasikligina ve boyutuna bagli olarak diger turler icin degisen deneklerdir.)