Biyoinformatik Üzerine: Primer Tasarımı ve Biyoinformatik
Primer tasarımı her ne kadar birçok kişi için korkutucu olsa da, aslında birkaç noktaya dikkat edildiğinde gayet kolayca başarılabilen kolay bir tasarım. Primer3Plus gibi ücretsiz ve çevrimiçi araçların varlığında ise neredeyse çocuk oyuncağı. Temel sıkıntı, iyi bir primer tasarımında olması gereken şeylerin tam olarak bilinmeden bu işe kalkışılması; yardım sayfalarını ve varolan örnek dersleri [tutorial] okumadan primer tasarımı yapmaya kalkınca sonuç bir facia olabiliyor. Türkçe kaynaklar sınırlı ancak yine de hızlı bir Google aramasıyla bulunabiliyor.
Primer tasarımının arkasında yatan mantığı ve Tm değeri hesaplamasını tam olarak anlamak tasarımlarınızın deneysel olarak kolaylıkla çalışabilir olmasını sağlar. Eğer yoğun bir şekilde PCR yapan bir laboratuvardaysanız, tüm primerlerinizin sabit bir sıcaklıkta çalışacak şekilde tasarlanabilmesi için bir program geliştirebilir ve deneysel süreçlerinizin etkinliğini arttırabilirsiniz; böylelikle makale okumak veya daha fazla kahve molası vermek için fırsatınız olur:)
Tm hesaplama formüllerinden bahsettik, acaba gerçekten de o kadar etki eder mi bu konsantrasyon meselesi? Denemek için bir Tm hesaplama web aracını ziyaret edelim ve GC oranı yüksek ve düşük olan 20 bazlık iki DNA dizisi belirleyelim. Her birini, Na ve K konsantrasyon değerlerini değiştirerek (Na veya K değerlerini her seferinde 2 kat arttırarak veya azaltarak) deneyelim ve Tm değerlerini not edelim. Aradaki fark her seferinde kaç derece olacak? GC oranı mı yoksa iyon konsantrasyonu değişimi mi Tm değeri üzerinde daha etkili olacak?
Primer3'ün kaynak kodu bir primer tasarımının nasıl olması gerektiği ve böyle bir tasarımın nasıl programlanabileceğinin somut ve okunabilir bir göstergesi. PCR'ın temellerini de anlamak çok önemli, bu animasyon birçok şeyi özetliyor.
Gönderen Ahmet Raşit Öztürk zaman: 20:49