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慣用音
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读白字
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部分错误读法（白字）约定俗成之后成为正式读法，特别是按声旁读半边。例如「輸（シュ）」误读为「ユ」，如「輸入（ユニュウ）」)，相当于在中文中把“输”读为“俞(ㄩˊ，yú)”，“输入”读为“俞入”。又如「洗（セイ）」「滌（デキ）」「涸（カク）」「攪（コウ）」「耗（コウ）」「滞（タイ）」等字也发生误读：「洗滌（センジョウ）」（“先条”）、「涸渇（コカツ）」（“固渴”）、「攪拌（カクハン）」（“觉拌”）、日语：「消耗（ショウモウ）」（“消毛”）、「渋滞（ジュウタイ）」（涩滞，“交通堵塞”之意，读作“涩带”）。
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难以分类的字音
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有的汉字读法明显来自中国且广泛使用，但无法归入吴音、汉音、唐音的任一类。如：「茶」吴音「ダ」「ジャ」、汉音「タ」、唐音「サ」。「チャ」的读法见于院政时代的字典‘色叶字类抄’等，一般认为是汉音与唐音之间的时期流入的。此类字音可归入惯用音。
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多音字产生的混淆
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汉字因不同的意义有时产生不同的读法，如“易”作“容易”解时读「イ」，作“改变”解时读「エキ」（汉音）或「ヤク」（吴音）。此种多音字有时导致读音与意义的错误搭配。例如，“罢”作“疲劳”解时应读「ヒ」，作“停止”解时应读「ハイ」，但在「罷免（ヒメン）」等词中并未读「ハイ」而读「ヒ」。此时对应于“停止”意义的「ヒ」读法可归入惯用音。
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清浊混淆
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汉音中鼻音声母读「バ、ダ、ザ、ガ」行音，吴音中疑母读「ガ」行音。有的鼻音声母字读音基本同汉音或吴音，声母却清化，如「染（セン）」「昂、仰（コウ）」。同时也有「戟、撃（ゲキ）」这样清塞音声母读浊塞的。
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促音的脱落
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有的入声字促音脱落，变为舒声。如「日本(ニホン)」的“日”，本读「ニチ」，入声尾脱落变为「ニ」。
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入声「フ」的变化音
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汉字的-p入声字在日本音中以「フ」结尾，依后接的字有不同变化，可变为长音「ユウ」/「オウ」等韵，如「甲子園（コウシエン）」「合成（ゴウセイ）」「入賞（ニュウショウ）」「集会（シュウカイ）」「法廷（ホウテイ）」等，亦可保留促音如「甲子（カッシ）」「合戦（カッセン）」「入声（ニッショウ）」「集解（シッカイ）」「法度（ハット）」等。保留促音时，有的字「フ」尾变为「ツ」尾。例如「圧力（アツリョク）」「立面（リツメン）」「確執（カクシツ）」中的「圧（アフ）」「立（リフ）」「執（シフ）」。此种读法可归入惯用音。
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惯用音的认定问题
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以往，即使并非以上所列的明显类别，只要是不合于吴音、汉音、唐音的任一类的，皆被归入惯用音。近来对此做法有异见。如吴音的体系不明确，学者有时并不能排除某不规则读法属于吴音即将其归类为惯用音。近来根据佛典的标记有人认为应将此类字复归为吴音。另外有的读音与有规则的读法仅有清浊差别，因而被归入惯用音。现有人指出日本汉字音与中国音的清浊对应并不严格，故不应拘泥于此做法。至今惯用音的认定仍存在诸多此类难题，不同的汉和字典因而有细微的差异。