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巴耶济德二世
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王位之争
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穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆苏丹为王位继承权而开战，杰姆战败后逃到罗得岛，向医院骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆，后来把他送到法兰西王国，其后再转移至教宗诺森八世那里。教宗初时打算利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具，却未能成事，后来利用他作为向巴耶塞特二世谈判的筹码。杰姆被囚禁至1495年，因脓疮恶化，在那不勒斯的一所监狱中逝世，另有人认为杰姆被一位希腊理发师用毒匕首杀害。
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内部叛乱
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在帝国东部的叛乱，例如“红头”（奇兹尔巴什），在巴耶塞特任内持续多时，而且叛军时常得到波斯沙阿伊斯迈尔一世的支持，他很热衷推广什叶派，以削弱奥斯曼帝国的统治权威。当时奥斯曼帝国在安那托利亚的统治甚至出现危机，巴耶塞特的大维齐尔（宰相）哈德姆·阿里帕夏亦在镇压造反者时被杀。
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其它
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巴耶塞特在1492年派遣奥斯曼海军到西班牙，把那些被西班牙宗教裁判所驱逐的犹太人安全地送到奥斯曼帝国。犹太人引入新的思路，方法和技巧，对奥斯曼帝国贡献良多，在他统治下也享受一段文化蓬勃发展的时期。
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晚年
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在1509年9月14日，君士坦丁堡被地震破坏。巴耶塞特的晚年发生了塞利姆和艾哈迈德的王位斗争。艾哈迈德是塞利姆的哥哥，他打败了卡拉曼（Karaman）的土耳其人和他们在小亚细亚的萨非王朝盟友，正在凯旋返回君士坦丁堡途中。塞利姆害怕他的自身安全受到威胁，于是在色雷斯起兵反叛，兵败后逃到克里米亚（1511年）。这时候巴耶塞特又担心艾哈迈德可能会杀害自己而夺位，所以他禁止艾哈迈德进入君士坦丁堡。_NEWLINE_这时，塞利姆由克里米亚回来，他得到禁卫军的支持，打败及杀死了艾哈迈德。巴耶塞特在1512年4月24日退位。巴耶塞特离开首都，前往出生地方隐居，却于途中去世，死后葬于今伊斯坦布尔的巴耶塞特二世清真寺旁。