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蘇治芬
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任内司法事件
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2008年11月4日，绿营云林县长苏治芬因涉嫌收受500万元新台币贿款遭检察官拘提调查，云林地检署以苏涉嫌重大，有串证之虞，向法院声押。开声押庭时，苏一度步出法庭高举戴着手铐的双手、大喊“抗议”。民进党主席蔡英文说：“民进党应该被检验，但司法更该公平，不能选择性执行，现在真的发现很多可以被质疑的空间。”云林县副县长李应元强调：“绿营政治人物将一一被整肃，我们早有心理准备，但相对嘉义县长陈明文到案说明，云林检方的做法根本是蓄意污辱人。”_NEWLINE_11月4日，云林地方法院检察署因同案被告叶安耕做为污点证人指证，而认为她涉及璟美垃圾掩埋场收贿弊案，将她拘提到案后，向云林地方法院声请羁押。_NEWLINE_11月5日，云林地方法院裁定600万新台币交保，由于检方未传即拘，加上法院对交保羁押与否迟疑不决，明显有司法上的粗暴及瑕疵。苏治芬以拒绝交保并且绝食为对抗手段，因而被收押在云林看守所，且绝食行为持续200小时以上。云林地方检察署主任检察官林文亮认为，苏实际上更涉贿赂县议会议员及向长庚医院集团索贿的长庚医院云林分院大楼增建收贿弊案，并可谓“罪证确凿”。但民主进步党内认为检方所指控她贪污的说法过于牵强、亦缺乏有效证据，将政治献金诬指为贿赂，因此民主进步党表示将不分派系都支持苏治芬。民进党也认为检方审前羁押，此系押人取供的作法。_NEWLINE_11月14日，云林地检署侦结起诉苏治芬在内等六人，并具体求刑15年、褫夺公权八年，追缴其不法所得2,100万元。当日晚间移审迄当日深夜12点，云林地方法院裁定苏治芬当庭无保释放，但限制出境与限制住居。_NEWLINE_2009年7月，民主进步党于党内自行成立法律小组，将对检察官滥权起诉案件进行检举。首波锁定云林地检署，但此消息一出即无后续动作。_NEWLINE_2010年8月，林浊水指出国民党夺回政权后，司法盛行“办绿不办蓝”，一直到苏治芬收押事件达到了一个高峰。林浊水认为苏案激起强烈的民怨，让本来可能无法连任的苏治芬声势逆转高票当选连任，这种司法恶搞才暂时停顿。
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农业博览会经费预算争议
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农业博览会到底花多少钱？县府提供给议会的资料表示农博经费四亿五千五百万，但网站却宣称“耗资十五亿到二十亿元”，议员李明哲质疑“骗很大”，两说法相差四倍，到底是蒙骗议会还是欺骗社会，不过，李明哲日前向县府调资料，计划处提供的农博经费来源，全部花费却仅四亿五千五百万元，其中一亿由县府编列，其余都是这几年陆陆续续向台塑“募款”，是否为不乐之捐无从得知。牺牲的却是云林、彰化居民的健康。
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家族
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父亲苏东启生前长期投身民主运动，曾任云林县议会议员，是党外民主运动与独立运动先驱。母亲苏洪月娇生前也长期担任党外及民主进步党籍省议员，在党外政坛颇为活跃；姐姐苏治洋曾任省议员、国大代表。曾有两次婚姻，第二任丈夫黄武雄为台湾大学数学系退休教授、知名教育改革专家。妹妹苏勋璧于卫生署疾病管制局第三分局副局长任职期间，向国内四家医院借用传染病菌“类鼻疽菌株”，作为个人私自研究用，没有向上报备也没有归还。