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南少林
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南少林位于福建，是相对于河南的少林而言，相传是中国南方武术之发源地，然而没有确切的史料记载，以帮会及江湖人物的传说居多。较可信的史料似乎与嘉靖年间嵩山少林武僧抗倭有关，这也说明了有多个福建寺庙声称与少林有关的原故，依照嘉靖抗倭的汛地分防，有复数的南少林存在是可能的，犹如有众多的南天台讲寺或精舍。_NEWLINE_目前在福建有六座古寺可能是南少林所在地，分别是莆田林泉院、泉州东禅院、福清少林寺、东山古来寺、诏安长林寺以及仙游九座寺。
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现今概念
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关于火烧南少林寺的传说，记录在广东三合会的会簿中：传说康熙帝命南少林寺僧兵征讨西鲁得胜之后，有奸臣诬告南少林寺谋反，康熙下令将他们除灭，八旗兵夜间突袭，最后放火烧毁寺庙，只有南少林寺天祐庵洪英禅师的五个俗家弟子逃出，自称少林五祖（又称洪门五祖），分别逃亡于中国南方各地、秘密招收门徒，成立互不统属的洪门组织。_NEWLINE_坊间人士误以为洪门五祖即仅在《万年青》之人物少林五老。少林五老有可能是在太平天国期间，出现于广州佛山一带，加入了反清组织的武术人物化名。_NEWLINE_也有人认为是洪门人士为了自抬身价，把清军烧毁佛山的琼花会馆、即大成国李文茂的发源地之历史，改变为“清兵火烧南少林”。_NEWLINE_地方反清组织领袖必须化名或以假身份出现，使南拳始祖的传说流传甚广，南方武术也因此百花齐放，如广东洪家拳、刘家拳、蔡家拳、李家拳、莫家拳；福建永春拳、咏春拳、佛山戏班红船拳等等。
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莆田林泉院
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莆田林泉院始建于唐贞观年间。1987在莆田西天尾镇林山村发掘出一批与南少林有关的文物古迹，出土了大量隋唐至清初的历史珍贵文物，发掘了五个刻有“僧兵”、“诸罗汉浴煎茶散”等文字的北宋石槽，史载只有少林寺才能冠以“僧兵”二字。考古发掘出土了“真觉大师难提之塔、林泉院、天佑”唐代石刻和“长兴四年岁次癸已正月”等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物，最重要的是发现了块建塔时作为标志的基石，碑上的汉字清晰可辩：“真觉大师难提之塔，林泉院，天佑”。得知此寺名为林泉院和至少在唐末就已经存在这两大事实。考古报告显示林泉院遗址始于北宋之前、毁于清初。这与传说中的“南少林”始于唐、毁于清的年代大致相同，然而在调查中查阅文献资料没有找到林泉院与少林寺相关的记载。经过两年调查后省考古专家初步认定林山村中存在着一座规模庞大的武僧寺院—林泉院，而这座林泉院就是传说中的南少林。1992年4月25日，莆田市在北京人民大会堂举行正式向外界宣布发现南少林寺遗址。_NEWLINE_中国佛教会理事、嵩山少林寺第29代方丈释德禅大师出席新闻发布会，他根据先辈叮嘱暂定林泉院为南少林寺，并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下”的亲笔题词，释德禅大师曾表示《洪门历史》：“福建莆田县九莲山少林寺。少林寺本在河南登封少室山，福建少林寺是河南少林寺之支寺。福建莆田少林寺方丈智通禅师…精武艺。”、“莆田少林寺内有僧众百二十人…俱投寺练习武艺…少林寺文武人才，遂极一时之盛。”以至：“康熙准派率领官兵三千人，夤夜包围少林寺，四面纵火，为一网打尽计，间有未经灼毙者，亦悉歼乱箭之下，五福安然逃出…蔡德英袖箭击毙马仪福。”等记载皆可证实林泉院为南少林寺。
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泉州东禅院
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泉州东禅院在唐僖宗广明元年（880年）赐名镇国东禅少林寺，宋、元、明间多番遭火灾及重修复建，清咸丰六年（1856年）东禅寺主持幻空曾手书“少林古迹”山门匾额，稍后又出现过“钦赐东禅少林寺”供案，因此有考证认定闽中少林即泉州东禅院。_NEWLINE_泉州东禅院的方丈释常定认为林泉院是南少林寺被火烧后在永春的分院或下院。
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福清少林寺
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坐落在福清市东张镇新宁里肖林村。始建于唐代，毁于战乱，经考古工作者调查、考证和考古挖掘，1993年6月4日在福清市东张镇少林自然村找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，有多座台阶，马厩、练功场、少林僧人墓葬，而遗址寺院依山建成，与河南嵩山少林寺相似。寺前的石板桥刻有“少林院沙门谨募众缘，共发心德，舍造下洋石桥一间”石碑，宋、明历史皆有记载。
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南拳发源地
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戚继光、俞大猷曾经驻扎于闽中莆田、福清一带对抗倭寇，当地少林僧人支援军队，以铁棍对浪人刀。俞大猷还教授俞公棍训练军队。_NEWLINE_戚继光著作《纪效新书》内容包括兵法、拳术、箭法、兵器等使用方法。其中卷十四之〈拳经捷要篇〉所谈的是拳术，更附有戚继光自己改良自长拳之卅二势。戚离去后，留下之拳种及锻炼士兵的方法，再经历郑成功之洪门时期，最后发展成多个门派之南方武术(功夫)。