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病原细菌
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疾病
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每种病原细菌都有其特殊的作用，会使感染的人出现特定的症状，不过也有些人在感染后不会出现症状。免疫受损的人比较容易因致病菌而罹患疾病。
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对病原细菌的耐受程度
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有些病原细菌要在特定的条件下才会导致疾病，例如由皮肤上的伤口或性活动进入体内，或是在抵抗力较差的情形下进入人体。_NEWLINE_链球菌属及葡萄球菌属属于常见的人类微生物群系，一般会在人体的皮肤或鼻咽部位，不过这些细菌也可能造成皮肤的感染，这些病菌也可能造成败血症、肺炎及脑膜炎，若严重的话，会导致系统性的发炎反应，造成大规模的血管舒张，休克和死亡。_NEWLINE_其他病原细菌是机会性感染，一般会在免疫抑制或是囊肿性纤维化的人身上发病。这类的病原细菌有绿脓杆菌、洋葱伯克氏菌及鸟型结核菌等。
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细胞内寄生物
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专性细胞内寄生物（如披衣菌、埃利希体属及立克次体）可以只在其他的细胞内生长及复制，这类的细胞内感染可能无症状，有一段疾病潜伏期，像造成斑疹伤寒及落矶山斑点热的立克次体就是这种例子。_NEWLINE_衣原体属也是细胞内寄生物，会造成肺炎、泌尿道感染，也可能造成及冠状动脉疾病。_NEWLINE_其他细胞内寄生物有沙门氏菌属、奈瑟菌属、分枝杆菌属、军团菌属及鼠疫杆菌等，这些细菌可以在细胞内生存，也可以在宿主细胞以外生存。
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营养
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铁是人类需要的营养素之一，大多数细菌成长也需要铁。为了可以获得铁质，有些细菌会分泌称为嗜铁体的蛋白质，其和铁的结合力比输铁蛋白更强，以便夺取输铁蛋白上的铁。只要嗜铁体和铁的错合物形成后，细菌表面会有嗜铁体的受体，因此可以将铁带进细菌细胞内。
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对细胞的直接破坏
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只要病原细菌入侵细胞内，会利用细胞内的养份，并将代谢产物排至细胞内，因此会造成直接的破坏。若病原细菌在细胞内繁殖及分制，细胞会破裂，会释出病原细菌。像大肠杆菌、志贺氏菌属、沙门氏菌属及淋球菌等细菌会引发宿主的上皮细胞以吞噬作用吞噬这些病菌，之后，病原细菌会破坏细胞，并且以逆吞噬作用的方式离开此细胞，进入其他细胞。有些病原细菌会分泌酵素来穿透宿主细胞，本身即为一种破坏。
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产生毒素
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毒素是一些微生物产生的有毒物质，一般和病原细菌致病的特性有关。内毒素是革兰氏阴性菌外膜的脂多糖，当细菌裂解时会释放内毒素，这也是为何抗生素治疗后，一开始症状会加重，这是因为细菌死亡，释放出内毒素。外毒素是细菌成长及代谢时释放的蛋白质，在革兰氏阳性菌中较常见，当细菌死亡、细胞膜破裂时会释出外毒素。外毒素的效果会随所在组织而不同，一般会破坏细胞的特定部分，或是抑制代谢机能的进行。已知有毒物质中，有些最毒的就是外毒素，例如只要1 mg的肉毒杆菌毒素就可以杀死百万只天竺鼠，这类的疾病常是因为外毒素造成，而不是因为病原细菌本身所造成。
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治疗
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细菌感染会用抗细菌药来治疗，若药物可以伤死细菌，则会分类为杀菌剂，若只是抑制细菌的成长，则算是抑菌剂。抗细菌药有许多不同的种类，每一类会抑制一种会细菌和宿主不同的生物作用。例如氯霉素和四环霉素会抑制细菌的核糖体，但不会抑制结构不同的真核细胞核糖体，因此只对细菌有毒性。抗细菌药除了用在治疗人类疾病外，也可以用在精耕细作以促进动物的成长，不过两种用法都会增加细菌繁殖过程的抗生素抗药性，使细菌快速成长。噬菌体疗法也可以处理特定的细菌感染。感染也可以借由消毒剂的方式避免，例如在注射器的针头刺入皮肤之前，先将皮肤清毒，并且适当的处理料留置导管。像外科及牙科的器械也会经过杀菌处理以减少感染。像漂白水等消毒剂可以去除物体表面的细菌或其他致病源，防止物体表面的污染，也避免造成感染。食物在加热到超过73 °C (163 °F)，可以去除大部分的细菌。