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新宿三丁目站
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停靠路线
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此站有东京地铁的丸之内线和副都心线、都营地铁的新宿线停靠，是转乘站。丸之线线的车站编号是M 09、副都心线是F 13、新宿线是S 02。
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车站结构
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丸之内线新宿三丁目站与都营新宿线新宿三丁目站有一段距离。经由新宿站、都厅前站、可通往西新宿站。_NEWLINE_丸之内线上的地下通道“Metro Promenade”连接范围广泛，可步行至新宿站。从该地下道可经由新宿SUBNADE前往西武新宿站，接着经由新宿站与都厅前站前往西新宿站。借由副都心线车站甲州街道对向的南北地下道，可前往新宿站南口、高岛屋时代广场。_NEWLINE_丸之内线与副都心线、丸之内线与新宿线剪票口层有电梯与斜坡连通，各自剪票口层与月台之间也设有电梯。电梯的地面出入口共有5处。_NEWLINE_新宿线车站与其他两线距离较远。_NEWLINE_丸之内线与新宿线的定期乘车券须在本站转乘。新宿线新宿站由于是京王电铁管辖站，两线无法进行转乘。
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东京地铁
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丸之内线月台东端与副都心线月台北端有连络通道连结，可站内转乘。但由于尖峰时刻通道拥挤，2012年3月17日起开放普通乘车券、回数券、PASMO、Suica付费区外转乘。与其他付费区外转乘站相同，定期券及一日乘车券以外的转乘时间限定为30分，普通乘车券与回数券需使用橘色的转乘专用验票闸门。_NEWLINE_在与东急东横线相互直通运转后，由于副都心线乘客增加，为纾缓转乘通道的人潮，2012年至2013年2月增设电扶梯与专用剪票口、售票处，与丸之内线新宿御苑前方剪票口搬迁。_NEWLINE_2013年3月4日起，早晨尖峰时刻限定单向转乘，丸之内线无法借由通道转乘副都心线。
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丸之内线
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为岛式月台1面2线地下车站。站体位于新宿通下方，东端在新宿三丁目交差点附近。剪票口位于地下1层，月台在地下2层。_NEWLINE_过去伊势丹侧楼梯在月台东端，后为了挪出副都心线的连络通道空间，在2006年8月13日起往新宿方向移动约30米。剪票口也随之移动。2013年3月如上段所述再次搬迁。_NEWLINE_厕所在地下1楼付费区外东端（副都心线、都营新宿线连络阶梯附近），附设多功能厕所。_NEWLINE_新宿侧设有转辙器。
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副都心线
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岛式月台1面2线地下车站。站体位于明治通下方新宿三丁目交差点至新宿四丁目交差点附近。_NEWLINE_由于车站建在既有的丸之内线与都营新宿线之间，构造复杂，花费7年才完工。_NEWLINE_与明治神宫前站及涩谷站相同，大厅层与部分月台层采取挑高设计。_NEWLINE_东新宿侧设有拖上线，东急东横线、横滨高速铁道港未来线方向全日皆有以本站为起讫点的班次。副都心线开业时的班表设定早晨有本站始发往涩谷、平日早晨尖峰时刻有涩谷至本站的回送列车，在2013年3月16日与东横线、港未来线相互直通运转后，本站始发、终停的列车大幅增加。平日日间、周六日早晨～傍晚每小时有两班以本站为起讫站的班次。_NEWLINE_厕所位于地下2楼北侧付费区内，附设多功能厕所。_NEWLINE_副都心线自开业起，几乎全日皆有警备员及站员执勤。_NEWLINE_2017年3月25日起开始营运的付费座席指定列车“S-TRAIN”在周末假日驶入副都心线，并停靠本站。
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东京都交通局
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月台位于地下3楼、改札口位于地下1楼，为1面2线岛式月台地下车站。由于月台位于曲线区段，视线不佳，长时间有铁路人员常驻。改札口只有1处。_NEWLINE_车站（所在地、新宿三丁目3-2）大部分位于新宿三丁目，月台西端与部分出入口（C7与C8）位于新宿二丁目。都营新宿三丁目站有地下连络通路连接地铁新宿站。可由地下通路步往JR新宿站、都厅方向而不用走出地面。(6:00～23:00)_NEWLINE_2007年12月更新标示系统，采用与东京地铁风格相近的设计。厕所位于付费区内。_NEWLINE_本站由都厅前站务管理所市谷站务区管辖。车站业务委托给东京都营交通协力会。