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神鬼通牒
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前言
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随着年龄的增长，大卫·韦伯也已经是知命之年的年纪，但是心智人格上分裂的两种人格，语言学教授大卫·韦伯，以及顶尖杀手杰森·包恩，依旧折磨著韦伯的心智，同样已经要迈入耳顺之年的豺狼卡洛斯，决心要杀掉包恩证实自己才是世界第一杀手，于是两大杀手之间的最后对决，已经是蓄势待发，必须是终结一切的时候，只有斩除掉为了豺狼而活的包恩人格，大卫·韦伯才能与妻小无忧无虑的生活下去。_NEWLINE_发生在巴尔的摩游乐园的枪击案，暗示著韦伯好友康克林及潘诺夫的档案已经遭到曝光，卡洛斯继续使用“巴黎老叟”军团，确认了包恩的好友身份。大卫为了避免妻子玛莉以及两个年幼孩子遭受危险，将他们送至加勒比海上，玛莉弟弟强尼·圣雅各的渡假村当中。包恩则是与好友康克林合作，逼迫豺狼出面面对杰森·包恩！
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加勒比海静谧岛
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包恩为了找出卡洛斯，与康克林采取乱枪打鸟的方式，试图找出当年梅杜莎时期的人物，其中包括了联合参谋总长、北大西洋公约组织的官员各个高阶官位的人员，威胁他们要揭发当年梅杜莎时期的所作所为，目的是为了要逼迫梅杜莎组织找卡洛斯来解决放话者。不过卡洛斯则是透过手下，得知包恩的妻小已经前往加勒比海，于是，卡洛斯派出自己的老人手下假扮为法国抗战英雄前往加勒比海度假，并且在当地下手杀掉包恩的妻儿，此时一名老法官，也是透漏包恩妻小资讯的线人，阴错阳差的也前去加勒比海度假，法国英雄与老法官彼此之间的化名有着一字之差，于是使的假扮的法国英雄起了疑心，他发觉卡洛斯打算再杀了包恩的妻小之后，再杀掉了自己的手下，于是假冒的法国英雄在丧妻地悲痛之下，决定倒戈不愿在服从于卡洛斯之下，他反过来救了包恩的妻子与小孩，另一方面，包恩在得知好友康克林告诉他的资讯后，前往了加勒比海静谧岛，因为豺狼卡洛斯将会抵达静谧岛上，两个杀手的第一次交锋在此展开。_NEWLINE_卡洛斯的神出鬼没使的包恩只能透过手下人员努力搜索，当包恩最后看到卡洛斯时，卡洛斯已经不是十三年前他在纽约绊脚石大楼看到的那一张脸，而是一张老化的脸，但更令包恩震惊的是，卡洛斯留下的最后一句话是“前来巴黎，还是缅因州的小学院，韦伯教授！”，卡洛斯已经查出了包恩的真实身份。
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巴黎
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为了找出豺狼，包恩则是透过康克林的安排到达了巴黎，并且与康克林的军情局好友一同合作，但是另一方面，玛莉在得知了大卫独自前去巴黎之后，也自行前往法国马赛再转至巴黎。至于美国方面，新一带梅杜莎在曝光的威胁之下，雇来了黑手党的杀手打算解决潘诺夫、康克林以及包恩，康克林则是与中情局长彼得·霍朗一同合作，最后逐渐找出了梅杜莎的阴谋。在巴黎的包恩，则是逐渐接近卡洛斯的龙潭虎穴，他透过了一个唯一能够直接联络卡洛斯的酒保，找到了一只联络卡洛斯的电话号码，但是到头来才发觉仍是一场空，不过小有收获的是，包恩找到了卡洛斯的联络人，并且进一步透过联络人引导卡洛斯前往莫斯科。包恩也与玛莉会合，之后也与康克林及潘诺夫会合，包恩与康克林将会与一名KGB探员狄米崔·克鲁金合作，后来包恩将玛莉送回美国之后，也与康克林及克鲁金前往莫斯科。
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莫斯科
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在与克鲁金的合作之下，包恩发现了梅杜莎其中一员已经与豺狼会合，此外在KGB的总部里面，也有一名遭到豺狼收买的老将军，卡洛斯为了要宣扬自己的革命理念，将他收买的爪牙全部集合，不过他并未表明身份，更让他气愤的是没人相信他，于是崩溃的豺狼大开杀戒，将自己的爪牙全部杀死，同时他也从克鲁金的干员中得知包恩的所在位置，两大杀手第三度的交锋展开，最后卡洛斯负伤逃入一座兵工厂，包恩尾随在后，第四度的交锋中，包恩让卡洛斯逃掉了，后来包恩得知卡洛斯的下一个目标正是诺夫哥罗德，于是放出假消息宣称杰森·包恩已经于莫斯科被炸死，再克鲁金的安排下前往诺夫哥罗德与另一名KGB干员会面。
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诺夫哥罗德
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包恩抵达诺夫哥罗德后，与当地一名资深干员会面，他名为本杰明，是一名读过加州大学的俄国人，最后两人严密的检查诺夫哥罗德的各个城镇，而卡洛斯则是透过诺夫哥罗德老朋友的帮忙，前入了诺夫哥罗德境内，为了摧毁诺夫哥罗德，卡洛斯驾驶油罐车并且在街道上洒汽油，后来卡洛斯成功破坏了多个城镇，并且制造了大动乱，包恩则是一路尾随卡洛斯驾驶的油罐车再度与豺狼正面交锋，最后两人都身负重伤，不过卡洛斯在逃走时则是被KGB干员本杰明所解决，包恩成功与KGB联手杀掉了卡洛斯。
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终曲
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现在，豺狼卡洛斯已经在诺夫哥罗德死亡，杰森·包恩也早就于莫斯科身亡，卡洛斯的死也代表着杰森·包恩得要消失，最后，大卫·韦伯则是在长久以来的压力之下，放声大哭，几近崩溃的宣泄自己的情绪，因为没人知道一个脑袋中装着两种人生是何种痛苦的感受。