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北京协和医学院
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现状
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目前，北京协和医学院和清华大学联合培养八年制临床医学专业学生。北京协和医学院八年制临床医学专业学生在清华大学进行医学预科阶段的学习，前2.5年在清华大学生物系学习，后5.5年在北京协和医学院学习。北京协和医学院是教育部卫生部认可的具有授予临床医学博士的高等院校（学校代码：10023），八年制临床医学专业的学生在整个学习期间，拥有清华大学（学校代码：10003），北京协和医学院双重学籍，其学位证书盖“北京协和医学院”公章，毕业证书加盖“清华大学”、“北京协和医学院”两个公章。从北京协和医学院研究生院招收的所有专业的研究生拥有北京协和医学院学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”、“清华大学”公章。北京协和医学院自行招生的护理本科专业，只有北京协和医学院学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”。_NEWLINE_前2.5年（5个学期）在清华大学生命科学学院学习的基础课程，内容包括生物、数学、物理、化学、英语、体育及人文学科。其中以生物学课程为主，内容包括普通生物学、生物化学、分子生物学、细胞生物学、遗传学、发育生物学、微生物学及生态学等。之后的1.5年转入北京协和医学院基础所学习基础医学内容，其中包括解剖学、组织胚胎学、医学分子生物学、医学微生物学、寄生虫学、医学生物化学等。剩下的4年学习临床医学，在校本部临床医学院进行，其中包括学习内科学、外科学、妇产科学、儿科学等课程及临床见习。_NEWLINE_北京协和医学院同时也是中国医学科学院，医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及2个分所）、5所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院。2012年1月5日，院校召开京津地区全体干部大会，宣布了卫生部党组关于院校领导班子调整的决定。曹雪涛担任中国医学科学院院长，曾益新任北京协和医学院校长。
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与清华大学的关系
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北京协和医学院与清华大学部分专业合作办学，两校及其院系互不隶属。2001年创立的清华大学医学院，于2009年开始招收第一届八年制的“医学药学实验班”学生，2013年改为招收“医学实验班”，旨在培养具有创新能力和科研能力的新一代医师科学家，而北京协和医学院主要培养优秀的临床医生，两者是不同的两个实体。北京协和医学院的预科在清华大学生命科学学院。
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公共卫生学院
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1989年，由中国预防医学科学院、北京协和医院、中国协和医科大学、北京医科大学联合创建，培养公共卫生应用性、管理型人才。
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护理学院
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北京协和医学院护理学院的前身是北京协和医学院护士学校，建于1920年，是中国最早开设护理本科教育的学校。1952年停办，1985年成为中国协和医科大学护理系，1996年成为护理学院。_NEWLINE_目前每年招收本科生120人（含助产方向和老年方向），三年制硕士研究生10~15名，三年制博士研究生1~2名，五年制直博生1~2名。
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基础医学院
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1978年成立。