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澎湖縣歷史
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史前时期
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根据台湾大学考古学系黄士强教授在1970年代期间在澎湖所做的调查，至1981年为止，一共发现了新石器时代遗址十一处，从出土的遗物分析，这些遗址属于同一系统的文化。之后再根据考古学家的考证，澎湖在5000年前就有人类活动，出土的文物以粗绳纹陶为代表的新石器文化，据推测当时的先住民可能是来自台湾西南部的暂时性居民，活动地点散布在吉贝屿、白沙岛、澎湖本岛、西屿及望安岛等地，因此有学者认为今日的澎湖白沙乡的吉贝与赤崁，其地名的由来与台湾西南部的原住民有关。_NEWLINE_1983年由中央研究院历史语言研究所臧振华发现白沙岛莳板头山车边海岸的莳板头山文化遗址。1984年挖掘后发现该遗址有粗绳纹陶（4800年）素面红陶、灰黑陶（4000年）、下部历史层（唐宋）及上部历史层（南宋）等四层文化层。另外，白沙岛有赤崁头素面红灰陶文化遗址位于通梁虎头山东岸的海崖附近，有年代约4000～4200年前的素面红灰陶文化代表遗址，又称赤崁头期文化。而七美的南港、西北湾与东湖一带也有石器制造工厂遗址，其年代大约在4000年前，应属于素面红陶文化。
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元朝
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澎湖群岛在元朝统治时曾设置澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及元史、新元史，考定：“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。该地方区划隶属于元帝国福建泉州府，主官为澎湖寨巡检。而澎湖寨巡检是元朝于澎湖群岛设置的官职，也是澎湖首度设立正式的地方统治官署（之前澎湖列岛归属于晋江县）。驻于澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，隶属于福建泉州府。而1366年尚在任的澎湖寨巡检陈信惠是元朝首位驻澎官员。_NEWLINE_《元史·琉求》记载：“在南海之东。漳泉兴福四界内彭湖诸岛，与琉求相对”。《元史·琉求》中记载元世祖在位时曾遣使自澎湖巡检司出发宣抚流求，渡海遇到一个“山长而低者”的地方，使臣认定到达琉求，但跟当地人语言不通，登陆的两百余人中有三人遭到杀害，无功而返，元成宗元贞三年，福建省平章政事高兴言：“今立省泉州，距琉求为近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它调兵力，兴请就近试之。”九月，高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，生擒一百三十余人而返。第二年正月，又将所俘留求人放回，要他们归顺元朝，此后不了了之。
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明朝
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1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海政策予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰占领澎湖为止，才免予实授。_NEWLINE_1368年（元至正二十八年；明洪武元年），泉州路改为泉州府，隶属福建行省，辖晋江、惠安、南安、同安、安溪、永春、德化七县。泉州府辖下包含澎湖寨巡检司。_NEWLINE_1371年（明洪武四年；北元宣光元年），福建行省改为福建布政使司，泉州府隶之。_NEWLINE_1387年（明洪武二十年），撤澎湖寨巡检司。_NEWLINE_1392年（明洪武二十五年九月），置漳泉道。_NEWLINE_1563年（明嘉靖四十二年），复置澎湖寨巡检司。_NEWLINE_1604年8月7日（明万历三十二年），荷兰东印度公司司令官韦麻郎打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，率两艘船占领澎湖。_NEWLINE_1604年12月15日（明万历三十二年），明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。_NEWLINE_1622年（明天启二年），柯恩总督获知西班牙人意图占领台湾，遂派雷尔生（荷兰语：Cornelis Reijersen）率领600人进攻澳门，若失败则转往澎湖或台湾设立贸易据点。只是荷军遭西班牙、葡萄牙联军顽强抵抗，损失惨重，雷约生遂转占澎湖，并在风柜尾筑城。_NEWLINE_1624年（明天启四年），南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和炮台，同时拆除澎湖城堡的建材，转进至不属于大明国版图的台湾岛（福尔摩沙），明朝亦不干涉荷兰对台湾的占领。
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葡萄牙人与荷兰人到来
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16世纪时葡萄牙人来到东方，发现澎湖海域鱼产丰富，岛上住着许多渔民，因此称呼澎湖为“Pescadores”，“Pescado”意为“渔夫”，故将“Pescadores”译为“渔翁岛”或“渔夫群岛”。_NEWLINE_1604年（万历三十二年）时，荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求贸易。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑。
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荷兰占领与澎湖海战(1624)
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1622年时，由于与葡萄牙人争夺澳门的军事攻击行动失败，荷兰舰队最后抵达了澎湖，并且在马公风柜尾蛇头山顶设立了基地，即马公风柜尾荷兰城堡。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，受奴役工作的1500个工人其中1300人死亡。1623年11月，福建巡抚南居益设计邀澎湖岛上荷兰人到厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。之后荷兰人于澎湖海战（1624）被明军击退，转往台湾。
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明郑时期
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自荷兰人撤退后，澎湖名义上一直处于明朝的控制下，但由于未设官署，所以实际上成为海盗们的根据地。1661年（永历十五年），郑成功出兵攻台湾时，从金门料罗湾出发后，首先抵达澎湖，自此澎湖归于郑氏王朝（明郑）统治。_NEWLINE_1664年（永历十八年），郑经设澎湖安抚司。这是自明朝1622起不再设置澎湖巡检司之后，时隔40年澎湖再次有了官署。1665年，清荷联军继续进攻澎湖，遭遇台风、无功而返，清朝于是放弃了攻占台湾的企图，转而与郑经谈判。_NEWLINE_1680年10月，施琅抵达厦门即将攻打明郑，明郑大将刘国轩前往澎湖强化守备，筑城与炮台，同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。1681年（康熙20年，永历35年）一月，郑经病逝台湾，台湾的郑氏政权开始爆发激烈的政治斗争。时任闽浙总督的姚启圣与福建水陆各官联名上疏清廷，希望康熙皇帝尽速作出征台决定。康熙皇帝于同年6月间与大学士商议，并决定对台湾用兵，其间因大学士李光地推荐以及姚启圣的保荐，康熙决定采用‘以郑制郑’的策略重用施琅，并命令兵部恢复施琅的水师提督官位，并加宫保官衔，前往福建。1682年（康熙21年，永历36年）10月28日，施琅收到康熙交付专征之责的谕旨。1683年（康熙22年，永历37年）6月14日，施琅与水师在铜山誓师，统领3万多人，战船300多艘，直驶澎湖，为澎湖海战的起始。
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清代
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1727年（雍正5年）时，应闽浙总督高其倬之请，将原隶属于台湾县之澎湖设立澎湖厅，转为隶属于福建省台湾府管辖。1887年（光绪13年）时，台湾建省，于台湾中部新设台湾府（中路），原台湾府（南路）改称台南府，澎湖厅仍隶属于台湾府。_NEWLINE_澎湖纳入清朝后，进驻的军队使澎湖各地消费性需求增加，天后宫附近也开始逐渐出现店家，和原在天后宫前方的“鱼市”形成了马公的“街市”。雍正与乾隆年间，台湾与厦门之间往来贸易的商人，在马公市区贩售当地无法生产的民生商品，而组成了“台厦郊”，其成员通称为“街内”郊户。由于有这些郊铺和贩卖本地生菜、鱼肉等土产的一些“街外”铺面，中央街一带的所谓“七街一市”，处理台闽来往商务的“台厦郊”商会也在此成立，并于清光绪元年设会馆于水仙宫，更强化了中央街地区宗教、商业及社会组织的中心地位。_NEWLINE_1885年中法战争（清法战争）时，澎湖一度被法军攻占，同年6月中法在天津签订《中法新约》后法军撤离，澎湖重新纳入清朝。1886年筹建清政府妈宫城，为清朝在台湾最后建造的一座城墙式防御型古城。
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日治时期
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1894年日清战争和谈期间，日军发动澎湖之役，于1895年3月23日派军登陆澎湖本岛，3月25日攻下澎湖。并设置“澎湖列岛行政厅”。澎湖遂成为日本在台湾最早统治的地区。_NEWLINE_1895年4月，《马关条约》签订，依第二条之三“澎湖群岛，即英国格林尼次东经百十九度起至百二十度止、北纬二十三度起至二十四度之间诸岛屿”，确定澎湖列岛与台湾共同割让给日本。台湾总督府变更清领时期之府为县，府辖之县为支厅，但澎湖厅仍维持建制直属总督府管辖。_NEWLINE_1920年（大正9年）时与阿猴厅（今屏东县及旗山地区）及台南厅一部分（今高雄市及冈山凤山地区）合并为高雄州并设立澎湖郡。1926年（大正15年）时再次独立复设置澎湖厅，1945年二战结束前共管辖二支厅。
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中华民国
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1945年第二次世界大战日本战败后，澎湖列岛由中华民国政府接收，设立台湾省澎湖县。1949年，发生澎湖七一三事件。_NEWLINE_1995年，成立澎湖国家风景区，范围为澎湖群岛。2009年澎湖县博弈公民投票中，多数反对澎湖发展博弈产业，澎湖将朝能源低碳岛方向前进。2009年12月，台江国家公园成立。2014年6月，澎湖南方四岛国家公园公告实施。