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後三年之役
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背景
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原本东北地方的两大势力为安倍氏跟清源氏，安倍氏于前九年之役灭亡后，清原氏成为东北的霸主。在永保3年（1083年）时，清原氏的当主之位已从清原光赖转移到弟弟武则一脉，传至武则的儿子武贞，再传至真衡。武贞在前九年之役后，娶了被斩首的藤原经清的妻子，也收养她与经清所生的儿子清衡，之后武贞又与她生一子，名为清原家衡。
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养子成衡及清原氏分裂
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清原武贞死后由真衡继任，由于真衡没有子嗣，便从平氏过继一男为养子，即为清原成衡。又让成衡娶源赖义之女为妻。婚礼上，在前九年之役获有大战功的长老吉彦秀武带沙金来祝贺，但真衡却沉迷在与奈良法师下围棋，等待许久的秀武认为受辱，将沙金洒向庭院而愤然离去，听闻此事的真衡认为秀武此举无礼，而欲讨伐之，秀武便联络一直对真衡不满的清衡与家衡共同作战。
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义家加入与真衡之死
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此时源赖义嫡子源义家出任陆奥守，他同时也是真衡的妻舅，两人便结成同一阵线。当真衡出兵北上之时，清衡与家衡联军趁此机会攻打真衡的大本营，但在士兵死守及义家及时来援的情况下大败，两人都向义家投降，后真衡在进军出羽的路上急病而死。
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清衡与家衡之争
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真衡死后，义家将其所领有的奥六郡平分给清衡与家衡，清衡得和贺郡、江刺郡及胆泽郡；家衡得岩手郡、紫波郡及稗贯郡。但家衡对此结果不满，于应德3年（1086年）出兵偷袭清衡的居所，清衡仅以身免，其他家人全遭到杀害。_NEWLINE_义家便帮助清衡对抗家衡，曾一度在沼栅（秋田县横手市雄物川町沼馆）吃了一次败仗。家衡听从叔父清原武衡之言将据点移至难攻不落的金泽栅（横手市金泽中野），而义家听从吉彦秀武之言改打兵粮战，包围金泽栅直到对方兵粮耗尽。家衡及武衡因无粮食而放火烧金泽栅欲逃走，后来都被抓住并斩首。
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战后
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朝廷认为义家是以私人名义参战，拒绝给予军费，更要求解任陆奥守一职，义家便用家财犒赏手下及有功人士，此举让源氏在关东获得极大名声，清衡亦改回本姓统治陆奥地方，成为奥州藤原氏之祖。