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貴生川車站
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JR西日本、信乐高原铁道
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由JR西日本所经营、JR与SKR两家业者共用的站区是JR西日本的直营车站，由草津站管辖，并设有绿窗口。全位于地面的站区内设置有一对供草津线列车使用的对向式月台，与依附在南侧（3号线）月台的反面、只有半座月台长度、信乐高原铁道专用的单线侧式月台，形成一俗称缺角式月台（切欠きホーム）的构造，总计2座月台3条乘车线。月台间是以兼作跨线天桥用途的跨站式站房连结。_NEWLINE_由于站区与月台共用，搭乘这两家业者班车的旅客在转车时并不需要通过检票闸门。然而，信乐高原铁道并不支援以智慧票卡ICOCA（或其他互通票卡）付费的机制，因此为了部分使用ICOCA搭车的旅客之需求，而在通往信乐线月台的3号月台上设置了简易检票机。
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近江铁道
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贵生川站内的近江铁道站区设置在靠近北口一侧，是设置有岛式月台1座、2条乘车线的地面车站，与JR站区共用同一条兼作跨线天桥用途的自由通道（位于三家业者检票区外）。