b'\n_START_ARTICLE_\nMatrika nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja\n_START_PARAGRAPH_\nMatrika nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja (tudi matrika substitucije) je v bioinformatiki in evolucijski biologiji matrika, ki opisuje stopnje zamenjave ene aminokisline (znaka ali elementa) z drugo aminokislino. Obi\xc4\x8dajno so matrike nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja povezane z zaporedji v aminokislinah ali zaporedji zapisov v DNK. V teh matrikah se ka\xc5\xbeejo razhajanja med \xc4\x8dasovno podobnostjo zaporedij zapisov. Prav tako se v njih vidijo stopnje zamenjav aminokislin._NEWLINE_V \xc4\x8dasu evolucije se proteini spreminjajo zaradi mutacije DNA. Zaradi tega aminokisline mutirajo v drugo vrsto aminokisline._NEWLINE_Matrika nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja nam tako prikazuje podobnost med dvema aminokislinama.\n_START_SECTION_\nPAM\n_START_PARAGRAPH_\nOznaka PAM izhaja iz angle\xc5\xa1kega izraza Point Accepted Mutation (tudi Percent Accepted Mutation)._NEWLINE_Ena izmed prvih matrik nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja je razvila ameri\xc5\xa1ka fizikalna kemi\xc4\x8darka Margaret Belle Dayhoff (1925 \xe2\x80\x93 1983) v 70-ih letih prej\xc5\xa1njega stoletja. Matriko je dobila tako, da je primerjala razlike v sorodnih proteinih.\n_START_SECTION_\nOzna\xc4\x8devanje PAM matrik\n_START_PARAGRAPH_\nMatrika PAM1 predvideva stopnjo nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja, kadar pri\xc4\x8dakujemo, da se lahko spremeni 1% aminokislin. Iz tega izhaja tudi oznaka PAM1. Margaret Dayhoff je razvila matrike vse do PAM250. Obi\xc4\x8dajno pa se uporabljata PM30 in PAM70.\n_START_SECTION_\nPrimer matrike PAM1\n_START_PARAGRAPH_\nA     R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V_NEWLINE_A  9867     2    9   10    3    8   17   21    2    6    4    2    6    2   22   35   32    0    2   18_NEWLINE_R     1  9913    1    0    1   10    0    0   10    3    1   19    4    1    4    6    1    8    0    1_NEWLINE_N     4     1 9822   36    0    4    6    6   21    3    1   13    0    1    2   20    9    1    4    1_NEWLINE_D     6     0   42 9859    0    6   53    6    4    1    0    3    0    0    1    5    3    0    0    1_NEWLINE_C     1     1    0    0 9973    0    0    0    1    1    0    0    0    0    1    5    1    0    3    2_NEWLINE_Q     3     9    4    5    0 9876   27    1   23    1    3    6    4    0    6    2    2    0    0    1_NEWLINE_E    10     0    7   56    0   35 9865    4    2    3    1    4    1    0    3    4    2    0    1    2_NEWLINE_G    21     1   12   11    1    3    7 9935    1    0    1    2    1    1    3   21    3    0    0    5_NEWLINE_H     1     8   18    3    1   20    1    0 9912    0    1    1    0    2    3    1    1    1    4    1_NEWLINE_I     2     2    3    1    2    1    2    0    0 9872    9    2   12    7    0    1    7    0    1   33_NEWLINE_L     3     1    3    0    0    6    1    1    4   22 9947    2   45   13    3    1    3    4    2   15_NEWLINE_K     2    37   25    6    0   12    7    2    2    4    1 9926   20    0    3    8   11    0    1    1_NEWLINE_M     1     1    0    0    0    2    0    0    0    5    8    4 9874    1    0    1    2    0    0    4_NEWLINE_F     1     1    1    0    0    0    0    1    2    8    6    0    4 9946    0    2    1    3   28    0_NEWLINE_P    13     5    2    1    1    8    3    2    5    1    2    2    1    1 9926   12    4    0    0    2_NEWLINE_S    28    11   34    7   11    4    6   16    2    2    1    7    4    3   17 9840   38    5    2    2_NEWLINE_T    22     2   13    4    1    3    2    2    1   11    2    8    6    1    5   32 9871    0    2    9_NEWLINE_W     0     2    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    1    0    1    0 9976    1    0_NEWLINE_Y     1     0    3    0    3    0    1    0    4    1    1    0    0   21    0    1    1    2 9945    1_NEWLINE_V    13     2    1    1    3    2    2    3    3   57   11    1   17    1    3    2   10    0    2 9901_NEWLINE_horizontalno: prvotne aminokisline_NEWLINE__NEWLINE_vertikalno: mutirane aminokisline\n_START_SECTION_\nPrimer matrike PAM250\n_START_PARAGRAPH_\nA    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V_NEWLINE_A    13    6    9    9    5    8    9   12    6    8    6    7    7    4   11   11   11    2    4    9_NEWLINE_R     3   17    4    3    2    5    3    2    6    3    2    9    4    1    4    4    3    7    2    2_NEWLINE_N     4    4    6    7    2    5    6    4    6    3    2    5    3    2    4    5    4    2    3    3_NEWLINE_D     5    4    8   11    1    7   10    5    6    3    2    5    3    1    4    5    5    1    2    3_NEWLINE_C     2    1    1    1   52    1    1    2    2    2    1    1    1    1    2    3    2    1    4    2_NEWLINE_Q     3    5    5    6    1   10    7    3    7    2    3    5    3    1    4    3    3    1    2    3_NEWLINE_E     5    4    7   11    1    9   12    5    6    3    2    5    3    1    4    5    5    1    2    3_NEWLINE_G    12    5   10   10    4    7    9   27    5    5    4    6    5    3    8   11    9    2    3    7_NEWLINE_H     2    5    5    4    2    7    4    2   15    2    2    3    2    2    3    3    2    2    3    2_NEWLINE_I     3    2    2    2    2    2    2    2    2   10    6    2    6    5    2    3    4    1    3    9_NEWLINE_L     6    4    4    3    2    6    4    3    5   15   34    4   20   13    5    4    6    6    7   13_NEWLINE_K     6   18   10    8    2   10    8    5    8    5    4   24    9    2    6    8    8    4    3    5_NEWLINE_M     1    1    1    1    0    1    1    1    1    2    3    2    6    2    1    1    1    1    1    2_NEWLINE_F     2    1    2    1    1    1    1    1    3    5    6    1    4   32    1    2    2    4   20    3_NEWLINE_P     7    5    5    4    3    5    4    5    5    3    3    4    3    2   20    6    5    1    2    4_NEWLINE_S     9    6    8    7    7    6    7    9    6    5    4    7    5    3    9   10    9    4    4    6_NEWLINE_T     8    5    6    6    4    5    5    6    4    6    4    6    5    3    6    8   11    2    3    6_NEWLINE_W     0    2    0    0    0    0    0    0    1    0    1    0    0    1    0    1    0   55    1    0_NEWLINE_Y     1    1    2    1    3    1    1    1    3    2    2    1    2   15    1    2    2    3   31    2_NEWLINE_V     7    4    4    4    4    4    4    4    5    4   15   10    4   10    5    5    5   72    4   17_NEWLINE_horizontalno: prvotne aminokisline_NEWLINE__NEWLINE_vertikalno: mutirane aminokisline_NEWLINE_Za oznake (okraj\xc5\xa1ave) aminokislin glej: aminokislina.\n_START_SECTION_\nBLOSUM\n_START_PARAGRAPH_\nOznaka BLOSUM izhaja iz angle\xc5\xa1kega izraza (BLOck SUbtitution Matrix, tudi BLOcks of Amino Acid Substitution Matrix). S. Henikoff in J. G. Henikoff sta izdelala te vrste matrik z uporabo zaporedij v evolucijsko divergentnih proteinih_NEWLINE_Izkazalo se je, da metoda, ki jo je razvila Margaret Dayhoff ni deluje dobro pri primerjavi sorodnih vrst evolucijsko divergentnih zaporedij. Pri matrikah BLOSUM se izra\xc4\x8duna matrika z opazovanjem blokov (skupin), ki se ohranjajo v teh skupinah oziroma blokih. Potrebno je med bloki najti tiste, ki se ohranjajo. Matrika nam pove kak\xc5\xa1na je verjetnost, da se ena aminokislina zamenja z drugo. Zamenjave lahko vklju\xc4\x8dujejo tudi vklju\xc4\x8devanje novih blokov ali njihovo odstranitev (brisanje)\n_START_SECTION_\nOzna\xc4\x8devanje BLOSUM matrik\n_START_PARAGRAPH_\nTudi matrike BLOSUM ozna\xc4\x8dujemo podobno kot matrike PAM. Pri matrikah PAM najprej povemo vrsto matrike, nato pa stopnjo nadome\xc5\xa1\xc4\x8danja._NEWLINE_Pri matrikah BLOSUM je na\xc4\x8din ozna\xc4\x8devanja podoben. Prvi del oznake pove vrsto matrike, nato pa sledi procent podobnosti. Primer: BLOSUM62 pomeni, da je bila matrika zgrajena z uporabo zaporedij, ki so bila najmanj 62% podobna .'