b'\n_START_ARTICLE_\nPlazmid\n_START_PARAGRAPH_\nPlazmidi so ve\xc4\x8dinoma kro\xc5\xbene (lahko tudi linearne) dvovija\xc4\x8dne molekule DNK, sposobne samostojnega podvojevanja. Pogosto jih najdemo pri bakterijah, arhejah in tudi pri evkariontih (npr. plazmid 2\xce\xbcm Saccharomyces cerevisiae). Njihova velikost variira od 1 do preko 400 kilobaznih parov (kbp)\n_START_SECTION_\nPodvojevanje in uravnavanje podvojevanja plazmidov\n_START_PARAGRAPH_\nEncimi, vpleteni pri podvojevanju plazmidov, so ve\xc4\x8dinoma celi\xc4\x8dni encimi, tako da je plazmid nekako usklajen s podvojevanjem celice. Prav tako so razli\xc4\x8dni plazmidi prisotni v celici v dolo\xc4\x8denem \xc5\xa1tevilu plazmidov na celico; to je \xc5\xa1tevilo kopij. Tako lahko najdemo v celici od 1 do 3 kopije plazmida, v nekaterih pa ve\xc4\x8d kot 100. \xc5\xa0tevilo je uravnavano z geni v plazmidu ter medsebojnim vplivom med gostiteljem in plazmidom. Elementi, potrebni za podvojevanje plazmida, ki so zapisani v replikacijskih regijah, so mesto za\xc4\x8detka podvojevanja (ori), protein, vklju\xc4\x8den v za\xc4\x8detek podvojevanja (protein Rep) in geni, katerih produkti so vklju\xc4\x8deni pri uravnavanju podvojevanja plazmidne DNA (del Solar in sod., 1998). _NEWLINE_Ve\xc4\x8dina plazmidov po Gramu negativnih bakterij se podvojuje podobno kot kromosom. To vklju\xc4\x8duje za\xc4\x8detek (\xc2\xbbinitiation\xc2\xab) podvojevanja v mestu ori in dvosmerno podvojevanje, tako da nastane intermediat theta \xce\xb8. Vendar ne smemo pozabiti, da imajo nekateri plazmidi enosmerno podvojitev. Podvojevanje po mehanizmu premestitve verig je podobno mehanizmu \xce\xb8\xef\x81\xb1. Glavna razlika pa je v tem, da pri mehanizmu premestitve verig poteka sinteza DNA obeh verig neprekinjeno, in sicer iz dveh simetri\xc4\x8dnih izhodi\xc5\xa1\xc4\x8d (ori mest) v nasprotne strani._NEWLINE_Ve\xc4\x8dina plazmidov po Gramu pozitivnih bakterij se podvojuje z mehanizmom kotale\xc4\x8dega se kroga. Podoben mehanizem uporablja fag\xce\xa6X174. Pri tem mehanizmu potekata sinteza vodilne in zastajajo\xc4\x8de verige lo\xc4\x8deno.\n_START_SECTION_\nInkompatibilnost\n_START_PARAGRAPH_\nNekatere posamezne bakterijske celice imajo lahko ve\xc4\x8d razli\xc4\x8dnih plazmidov, npr. Borrelia burgdorferi ima 17 razli\xc4\x8dnih kro\xc5\xbenih in linearnih plazmidov, Escherichia coli pa tudi do 7 plazmidov. Zmo\xc5\xbenost dveh razli\xc4\x8dnih plazmidov, da se podvojujeta v isti celici je uravnavana z geni plazmida (imenovanimi inc). Ko se plazmid prenese v celico, ki \xc5\xbee vsebuje neki plazmid, se pogosto zgodi, da se en izmed plazmidov izgubi pri celi\xc4\x8dnem podvojevanju. Za taka plazmida pravimo, da sta inkompatibilna. Poznamo ve\xc4\x8d inkompatibilnostnih (Inc) skupin. Plazmidi ene inkompatibilnostne skupine izklju\xc4\x8dujejo eden drugega, vendar lahko soobstajajo s plazmidi druge skupine. Plazmidi ene inkompatibilnostne skupine si delijo podoben mehanizem uravnavanja podvojevanja in so zato sorodni en drugemu (zato ne morejo soobstajati v celici).\n_START_SECTION_\nReplikacijske regije\n_START_PARAGRAPH_\nPlazmide, ki producirajo pile F so uvrstili v 6 inkompatibilnostnih skupin, od IncFI do IncFVI. Mnogo od teh plazmidov ima ve\xc4\x8d kot eno replikacijsko regijo. Plazmidi IncFI imajo lahko ne manj kot tri osnovne replikacijske regije na razli\xc4\x8dnih regijah plazmida, ki so jih poimenovali RepFIA, RepFIB in RepFIC. Pri RepFIC, primerjava nukleotidnih zaporedij replikacijskih regij z dosedaj poznanimi replikacijskimi regijami poka\xc5\xbee, da ima plazmid F res RepFIA in RepFIB, nima pa RepFIC. Ta regija si namre\xc4\x8d zaslu\xc5\xbei svoje lastno ime \xe2\x80\x93 npr. RepFID._NEWLINE_Protein RepE (29 kDa), pri plazmidih z replikacijsko regijo RepFIA, ima specifi\xc4\x8dno in esencialno vlogo pri za\xc4\x8detku podvojevanja (ve\xc5\xbee se na mesto za\xc4\x8detka podvojevanja ori2), ter pri vzdr\xc5\xbeevanju \xc5\xa1tevila kopij plazmida. Dimer RepE se s pomo\xc4\x8djo DnaK, DnaJ in GrpE (molekularni \xc5\xa1aperoni) pretvori v monomer RepE. Monomer RepE se ve\xc5\xbee na ponavljajo\xc4\x8de se elemente, t. i. iterone in tako se pri\xc4\x8dne podvojevanje. Dimer RepE pa deluje kot represor. _NEWLINE_Replikacijske regije RepFIB so na splo\xc5\xa1no sestavljene iz gena repA, katerega obdajajo iteroni. Protein RepA je produkt gena repA in je odgovoren samo za za\xc4\x8detek podvajanja plazmida. _NEWLINE_Replikacijska regija RepFIIA ima gene copA, tapA, repA in oriR. Za\xc4\x8detek podvojevanja in terminacijska mesta so sorodna replikacijski regiji IncFII plazmida R1. \xc5\xa0tevilo kopij plazmida je uravnavano s protismiselno molekulo RNA (CopA), ki inhibira sintezo proteina RepA. Za inhibicijo je potrebna interakcija med protismiselno molekulo RNA in njeno tar\xc4\x8do, CopT, z vezavo na mRNA repA.'