b'\n_START_ARTICLE_\nT-Coffee\n_START_SECTION_\nCompara\xc3\xa7\xc3\xb5es com outros software de alinhamento\n_START_PARAGRAPH_\nEnquanto a sa\xc3\xadda padr\xc3\xa3o est\xc3\xa1 em um formato similar ao Clustal, ela \xc3\xa9 suficientemente diferente da sa\xc3\xadda do ClustalW/X o que faz com que muitos programas com suporte ao formato de Clustal n\xc3\xa3o possam l\xc3\xaa-la; felizmente o ClustalX pode importar sa\xc3\xaddas do T-Coffe de modo que a simples solu\xc3\xa7\xc3\xa3o para esse problema geralmente \xc3\xa9 importar sa\xc3\xaddas do T-Coffe para o ClustalX e ent\xc3\xa3o re-exportar. Outra possibilidade \xc3\xa9 solicitar o formato de sa\xc3\xadda estrita do ClustalW com a op\xc3\xa7\xc3\xa3o "-output=clustalw_aln"_NEWLINE_Uma especificidade importante do T-Coffee \xc3\xa9 a sua capacidade de combinar diferentes m\xc3\xa9todos e tipos de dados diferentes. Em sua \xc3\xbaltima vers\xc3\xa3o, T-Coffee pode ser usado para combinar seq\xc3\xbc\xc3\xaancias de prote\xc3\xadnas e estruturas, seq\xc3\xbc\xc3\xaancias de ARN e estruturas. Ele tamb\xc3\xa9m pode executar e combinar a sa\xc3\xadda das seq\xc3\xbc\xc3\xaancias e pacotes de alinhamento da estrutura mais comuns. Para obter uma lista completa, veja: tclinkdb.txt_NEWLINE_T-Coffee vem junto com um utilit\xc3\xa1rio sofisticado de reformata\xc3\xa7\xc3\xa3o de seq\xc3\xbc\xc3\xaancias chamado seq_reformat. Uma extensa documenta\xc3\xa7\xc3\xa3o est\xc3\xa1 dispon\xc3\xadvel a partir de t_coffee_technical.htm juntamente com um tutorial t_coffee_tutorial.htm.\n_START_SECTION_\nM-Coffee\n_START_PARAGRAPH_\nM-Coffee \xc3\xa9 um modo especial do T-Coffee que torna poss\xc3\xadvel combinar a sa\xc3\xadda dos pacotes mais comuns de alinhamento m\xc3\xbaltiplo de seq\xc3\xbc\xc3\xaancia (MUSCLE, ClustalW, MAFFT, probcons, etc). Os alinhamentos resultantes s\xc3\xa3o ligeiramente melhores do que o individual, mas o mais importante \xc3\xa9 que o programa indica as regi\xc3\xb5es onde o alinhamento de v\xc3\xa1rios pacotes concordam. Regi\xc3\xb5es de elevada concord\xc3\xa2ncia s\xc3\xa3o geralmente bem alinhadas.\n_START_SECTION_\nExpresso e 3D-Coffee\n_START_PARAGRAPH_\nEstes s\xc3\xa3o modos especiais do T-Coffee tornando poss\xc3\xadvel combinar seq\xc3\xbc\xc3\xaancias e estruturas em um alinhamento. Os alinhamentos baseados em estruturas podem ser realizados utilizando os alinhadores estruturais mais comuns, tais como TMalign, Mustang, e sap.\n_START_SECTION_\nR-Coffee\n_START_PARAGRAPH_\nR-Coffee \xc3\xa9 um modo especial do T-Coffee tornando poss\xc3\xadvel alinhar seq\xc3\xbc\xc3\xaancias de ARN ao usar informa\xc3\xa7\xc3\xb5es de estrutura secund\xc3\xa1ria.'