b'\n_START_ARTICLE_\nStructural Classification of Proteins database\n_START_PARAGRAPH_\nBaza danych SCOP (Structural Classification of Protein Database) zawiera przestrzenne struktury bia\xc5\x82kowe uporz\xc4\x85dkowane na podstawie zale\xc5\xbcno\xc5\x9bci ewolucyjnych i strukturalnych bia\xc5\x82ek. Opiera si\xc4\x99 w du\xc5\xbcej mierze na r\xc4\x99cznej klasyfikacja strukturalnych domen bia\xc5\x82kowych w oparciu o podobie\xc5\x84stwa ich struktur i sekwencji aminokwasowych. Jest dost\xc4\x99pna w internecie do darmowego u\xc5\xbcytku._NEWLINE_Baza zosta\xc5\x82a za\xc5\x82o\xc5\xbcona w 1994 roku przez Alexey\xe2\x80\x99a G. Murzin\xe2\x80\x99a i wsp\xc3\xb3\xc5\x82pracownik\xc3\xb3w na Laboratorium Biologii Molekularnej i Centrum In\xc5\xbcynierii Bia\xc5\x82ek, przy MRC (Medical Research Council) w Wielkiej Brytanii. Od 2010 roku baza SCOP zosta\xc5\x82a przej\xc4\x99ta w ca\xc5\x82o\xc5\x9bci przez Laboratorium Biologii Molekularnej w Cambridge, a\xc5\xbc do jej oficjalnego zamkni\xc4\x99cia w roku 2014. Ostatnia oficjalna wersja SCOP, dost\xc4\x99pna obecnie, to 1.75 wydana w czerwcu 2009. _NEWLINE_Prototyp nowej bazy danych: SCOP2 (Structural Classification of Protein 2) jest dost\xc4\x99pny publicznie od 2014 roku z ostatni\xc4\x85 wersj\xc4\x85 z grudnia 2016 roku. SCOP2 klasyfikuje bia\xc5\x82ka inaczej ni\xc5\xbc SCOP zachowuj\xc4\x85c jednak najlepsze cechy poprzedniej wersji.\n_START_SECTION_\nFolds (zwoje)\n_START_PARAGRAPH_\nKa\xc5\xbcda klasa bia\xc5\x82ek zawiera w sobie pewn\xc4\x85 liczb\xc4\x99 rozr\xc3\xb3\xc5\xbcnialnych zwoj\xc3\xb3w. Poziom ten zawiera podobne strukturalnie rodziny bia\xc5\x82ek, w kt\xc3\xb3rych g\xc5\x82\xc3\xb3wne elementy struktury drugorz\xc4\x99dowej i trzeciorz\xc4\x99dowej s\xc4\x85 uporz\xc4\x85dkowane w ten sam spos\xc3\xb3b. Bia\xc5\x82ka nale\xc5\xbc\xc4\x85ce do danego zwoju nie musz\xc4\x85 by\xc4\x87 ze sob\xc4\x85 spokrewnione ewolucyjnie._NEWLINE_Na przyk\xc5\x82ad klasa "All alpha" zawiera ponad 280 rozr\xc3\xb3\xc5\xbcnialnych zwoj\xc3\xb3w, w tym: globino-podobne, d\xc5\x82ugie alfa-szpilki i domeny doker\xc3\xb3w typu I.\n_START_SECTION_\nSuperfamily (nadrodzina)\n_START_PARAGRAPH_\nDomeny w obr\xc4\x99bie zwoju klasyfikowane s\xc4\x85 w nadrodziny. Jest to najwi\xc4\x99ksze zgrupowanie spokrewnionych ze sob\xc4\x85 bia\xc5\x82ek. Podobie\xc5\x84stwa sekwencji wewn\xc4\x85trz nadrodziny s\xc4\x85 niskie, lecz podobie\xc5\x84stwa strukturalne s\xc4\x85 wystarczaj\xc4\x85ce, do wskazania pokrewie\xc5\x84stwa ewolucyjnego, a zatem istnienia (odleg\xc5\x82ego) wsp\xc3\xb3lnego przodka. _NEWLINE_Na przyk\xc5\x82ad, dwie nadrodziny zwoju bia\xc5\x82ek globino-podobnych to: nadrodzina globin i nadrodzina alfa-helikalnych ferredoksyn.\n_START_SECTION_\nFamily (rodzina)\n_START_PARAGRAPH_\nDomeny w obr\xc4\x99bie nadrodziny klasyfikowane s\xc4\x85 w rodziny. Bia\xc5\x82ka umieszcza si\xc4\x99 w tej samej rodzinie, je\xc5\x9bli maj\xc4\x85 powy\xc5\xbcej 30% identyczno\xc5\x9bci sekwencji, lub mniejsz\xc4\x85 (np. 15%) lecz wykonuj\xc4\x85 t\xc4\x99 sam\xc4\x85 funkcj\xc4\x99 biologiczn\xc4\x85. Do klasyfikowania domen w rodziny i nadrodziny s\xc5\x82u\xc5\xbc\xc4\x85 narz\xc4\x99dzia takie jak BLAST. _NEWLINE_Na przyk\xc5\x82ad, cztery rodziny w nadrodzinie globin to: skr\xc3\xb3cone hemoglobiny (brak pierwszej helisy), mini-hemoglobiny tkanki nerwowej (brak pierwszej helisy, ale bardziej podobna do globin konwencjonalnych), globiny (bia\xc5\x82ka wi\xc4\x85\xc5\xbc\xc4\x85ce hem) i fikocyjano-podobne bia\xc5\x82ka fikobilisomy (oligomery dw\xc3\xb3ch r\xc3\xb3\xc5\xbcnych typ\xc3\xb3w globino-podobnych domen zawieraj\xc4\x85cych dwie dodatkowe helisy na N-ko\xc5\x84cu wi\xc4\x85\xc5\xbc\xc4\x85ce chromofor biliny).\n_START_SECTION_\nNast\xc4\x99pcy SCOP\n_START_PARAGRAPH_\nPrototypowy system klasyfikacji SCOP2 ma za zadanie przywi\xc4\x85zywa\xc4\x87 wi\xc4\x99ksz\xc4\x85 uwag\xc4\x99 do ewolucyjnej z\xc5\x82o\xc5\xbcono\xc5\x9bci pochodzenia struktury bia\xc5\x82ka. W przeciwie\xc5\x84stwie do SCOP nie posiada wi\xc4\x99c prostej hierarchii lecz sie\xc4\x87 powi\xc4\x85za\xc5\x84 mi\xc4\x99dzy nadrodzinami bia\xc5\x82ek, reprezentuj\xc4\x85c ich relacje strukturalne i ewolucyjne. Przyk\xc5\x82ady takich powi\xc4\x85za\xc5\x84 strukturalno-ewolucyjnych to: permutacje ko\xc5\x82owe, fuzje domen i zanikanie domen. W zwi\xc4\x85zku z tym mi\xc4\x99dzy domenami nie ma \xc5\x9bci\xc5\x9ble okre\xc5\x9blonych granic, s\xc4\x85 raczej definiowane przez swoje relacje z najbardziej podobnymi do siebie strukturami. Od lutego 2015 prototyp SCOP2 klasyfikuje 995 wpis\xc3\xb3w PDB.'