b'\n_START_ARTICLE_\nMikrosatelliit\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliidid on l\xc3\xbchikesed tandeemselt korduvad nukleotiidsed j\xc3\xa4rjestused, 2\xe2\x80\x935 aluspaari pikad ning korduste arv j\xc3\xa4\xc3\xa4b enamasti 5\xe2\x80\x9350 vahele. Mikrosatelliidid asuvad inimese genoomis paljudes kohtades, t\xc3\xbc\xc3\xbcpiliselt mittekodeerivatel aladel, geenidel vahel v\xc3\xb5i intronites. Nad on k\xc3\xb5rge mutatsioonisagedusega ning populatsioonis suure varieeruvusega.\n_START_SECTION_\nStruktuur\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliidid on tandeemsed kordused, mis koosnevad kahest kuni viiest nukleotiidist. Kahest nukleotiidist koosnevat j\xc3\xa4rjestust nimetatakse dinukleotiidseks mikrosatelliidiks (n\xc3\xa4iteks ACACACACA). Kolme nukleotiidi sisaldavat korduvat j\xc3\xa4rjestust nimetatakse trinukleotiidseks kordusj\xc3\xa4rjestuseks (n\xc3\xa4iteks AGCAGCAGCAGC). Neljast ja viiest nukleotiidist koosnevad tandeemset kordust nimetatakse vastavalt tetra- ja pentanukleotiidseks mikrosatelliidiks. L\xc3\xbchikesed tandeemsed kordused on laialt levinud \xc3\xbcle genoomi, k\xc3\xb5ikides kromosoomides. Kuna mikrosatelliidid asuvad enamasti mittekodeerivatel aladel, on seal v\xc3\xb5imalik mutatsioonide kuhjumine ning suur varieeruvus erinevate indiviidide vahel. See v\xc3\xb5imaldab uuritavaid j\xc3\xa4rjestusi kasutada edukalt isikute tuvastamiseks ning genoomi kaardistamiseks. Mikrosatelliite v\xc3\xb5ib leiduda ka intronites ja geenide koodonites. Mutatsioonid korduvates segmentides v\xc3\xb5ivad m\xc3\xb5jutada valkude funktsiooni. Mikrosatelliitide mutatsioonid v\xc3\xb5ivad sellistel juhtudel esile kutsuda fenot\xc3\xbc\xc3\xbcbilisi muutusi ja haigusi.\n_START_SECTION_\nMutatsiooni mehhanism\n_START_PARAGRAPH_\nErinevalt punktmutatsioonidest, mis m\xc3\xb5jutavad ainult \xc3\xbcksikut nukleotiidi, kaotavad v\xc3\xb5i loovad mikrosatelliitide mutatsioonid terve korduva \xc3\xbcksuse. Selliste mutatsioonide p\xc3\xb5hjuseks on replikatsiooni libisemine, mis on omakorda p\xc3\xb5hjustatud DNA-ahelate omavahelisest ebak\xc3\xb5last meioosi ajal. Igas mikrosatelliidis toimub enamasti libisemine umbes korra 1000 pooldumise j\xc3\xa4rel._NEWLINE_Libisemise tagaj\xc3\xa4rjel tekkinud muutused korduvas DNAs on tuhat korda t\xc3\xb5en\xc3\xa4olisemad kui punktmutatsioonid teistes genoomi osades. Mutatsioonid liidavad v\xc3\xb5i eemaldavad tavaliselt ainult \xc3\xbche korduse. Mutatsioonisagedus s\xc3\xb5ltub liikidest ning j\xc3\xa4rjestuste suurusest.\n_START_SECTION_\nMikrosatelliitide mutatsioonide bioloogiline m\xc3\xb5ju\n_START_PARAGRAPH_\nSuurem osa mikrosatelliite asuvad mittekodeerivatel aladel ning neid ei ekspresseerita. \xc3\x9clej\xc3\xa4\xc3\xa4nud asuvad aga regulatoorses v\xc3\xb5i isegi kodeerivas piirkonnas \xe2\x80\x93 mikrosatelliitide mutatsioonid sellistel juhtudel v\xc3\xb5ivad esile kutsuda fenot\xc3\xbc\xc3\xbcbilised muutused ja haigused.\n_START_SECTION_\nM\xc3\xb5ju valkudele\n_START_PARAGRAPH_\n20\xe2\x80\x9340% imetajate valkudest sisaldavad korduvaid aminohappelisi j\xc3\xa4rjestusi, mida kodeerivad l\xc3\xbchikesed korduvad j\xc3\xa4rjestused. Enamik valke kodeerivaid mikrosatelliite koosnevb kolmest nukleotiidist, sel juhul ei toimu raaminihke mutatsioone. Igalt kolmest nukleotiidist koosnevalt korduvalt j\xc3\xa4rjestuselt transkribeeritakse sama aminohapet._NEWLINE_Mutatsioonid korduvates segmentides v\xc3\xb5ivad m\xc3\xb5jutada valkude keemilisi ning f\xc3\xbc\xc3\xbcsikalisi omadusi ning seel\xc3\xa4bi muuta ka valkude k\xc3\xa4itumist. On teada, et geeni Runx2 tandmeeselt korduvate regioonide korduste muutus kutsub esile kodustatud koerte n\xc3\xa4gude pikenemise, seejuures on j\xc3\xa4rjestuste pikkus ning n\xc3\xa4o pikkus omavahel korrelatsioonis. Samuti on t\xc3\xa4heldatud, et pikkuse muutus pol\xc3\xbcalaniini segmendis, mis asub HoA13 geenis, viib HFG-s\xc3\xbcndroomini.. Evolutsioonilised muutused, mis on tingitud replikatsiooni libisemisest, leiavad aset ka lihtsates organismides. N\xc3\xa4iteks p\xc3\xa4rmirakkudes toimuvad l\xc3\xbchikeste korduste muutused viivad rakumembraani proteiinide muutusteni. Samuti m\xc3\xb5jutavad mikrosatelliidid patogeensete bakterite pinnal asuvaid proteiine, mis aitab neil peremehe immuuns\xc3\xbcsteemiga toime tulla ning isegi evolutsioneeruda.\n_START_SECTION_\nM\xc3\xb5ju geeniregulatsioonile\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliitide pikkuste muutus promootorites ning teistel cis-regulatoorsetel aladel v\xc3\xb5ib muuta geeniekspressiooni kiirelt, p\xc3\xb5lvkondade vahel. Inimese genoom sisaldab palju l\xc3\xbchikesi tandeemseid kordusi regulatoorsetes piirkondades.\n_START_SECTION_\nM\xc3\xb5ju intronitele\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliidid, mis asuvad intronites, m\xc3\xb5jutavad samuti fenot\xc3\xbc\xc3\xbcpi. Tandeemsed kordused Asparagiini s\xc3\xbcntetaasi esimeses intronis v\xc3\xb5ivad tekitada l\xc3\xbcmfoplastilist leukeemiat. On t\xc3\xa4heldatud, et v\xc3\xa4henenud korduste arv EGFR geenis p\xc3\xb5hjustab osterosarkoomat.\n_START_SECTION_\nM\xc3\xb5ju transposoonidele\n_START_PARAGRAPH_\nPeaaegu 50% inimese genoomist on pakitud erinevatesse transposonaalsetesse elementidesse ja mitmeid neist sisaldavad tandeemselt korduvat DNA-d. On t\xc3\xb5en\xc3\xa4oline, et mikrosatelliidid nendes kohtades on samuti seotud geeni ekspressiooni regulatsiooniga.\n_START_SECTION_\nMikrosatelliitide anal\xc3\xbc\xc3\xbcs\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliidid on laialt kasutuses DNA testides, enamasti p\xc3\xb5lvnemise testimiseks ning kohtuekspertiisis. L\xc3\xbchikesi tandeemseid korduseid kasutatakse ka veel genoomi kaardistamiseks. Geenide aheldatust ning geneetilisi markereid, mis p\xc3\xb5hinevad korduvatel j\xc3\xa4rjestustel, saab uurida, et m\xc3\xa4\xc3\xa4rata uuritava geeni asukohta. Lisaks saab neid kasutada geeni duplikatsiooni ning deletsiooni tundma\xc3\xb5ppimiseks.\n_START_SECTION_\nAmplifikatsioon\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliite saab amplifitseerida pol\xc3\xbcmeraasi ahelreaktsiooni kaudu, kasutades unikaalseid k\xc3\xbclgnevate alade j\xc3\xa4rjestusi praimeriteks. DNA denatureeritakse korduvalt k\xc3\xb5rgel temperatuuril, et eraldada kaksikahel, seej\xc3\xa4rel jahutatakse, et praimerid saaksid seonduda nukleotiidse j\xc3\xa4rjestusega. Selle protsessi tagaj\xc3\xa4rjel toodetakse piisavalt DNA-d, et seda oleks v\xc3\xb5imalik vaadelda agaroosi v\xc3\xb5i pol\xc3\xbc\xc3\xbcrakr\xc3\xbc\xc3\xbclamiid geelil. Amplifikatsiooniks on vaja ainult v\xc3\xa4hest hulka DNA-d, sest termostabiilne Taq pol\xc3\xbcmeraas moodustab suurel hulgal replitseeritud segmenti. Praimereid, mis k\xc3\xbclgnevad mikrosatelliitide lookustega on lihtne kasutada, aga korralikult funktsioneerivate praimerite v\xc3\xa4ljat\xc3\xb6\xc3\xb6tamine on tihtipeale pikk ja kulukas protsess.\n_START_SECTION_\nPraimerite disain\n_START_PARAGRAPH_\nKui otsida mikrosatelliitide markereid spetsiifilistest genoomi regioonidest, n\xc3\xa4iteks m\xc3\xb5nest kindlast geeni eksonist, v\xc3\xb5ib praimerid disainida manuaalselt. Tuleb otsida genoomsest DNA-st l\xc3\xbchikesi korduvaid j\xc3\xa4rjestusi. Seda saab otsida visuaalselt v\xc3\xb5i kasutada automatiseeritud t\xc3\xb6\xc3\xb6riistu nagu n\xc3\xa4iteks RepeatMasker. Kui potentsiaalselt sobivad mikrosatelliidid on tuvastatud, kasutatakse k\xc3\xbclgnevaid j\xc3\xa4rjestusi, et disainida oligonukleotiidsed praimerid, mis amplifitseerivad kindlat korduvat j\xc3\xa4rjestust ahelreaktsioonis. Juhuslikke mikrosatelliidiseid praimereid v\xc3\xb5ib toota, kui kloonida suvalisi DNA segmente uuritavates liikides. Suvalised segmendid sisestatakse plasmiidsesse \xe2\x80\x93 v\xc3\xb5i bakteriofaagi vektorisse. Seej\xc3\xa4rel viiakse vektor bakterisse. Tekkinud kolooniatest on v\xc3\xb5imalik vaadata fluoresseeruvaid oligonukleotiide sisaldavaid j\xc3\xa4rjestusi, mis h\xc3\xbcbridiseeruvad korduvatele j\xc3\xa4rjestustele.\n_START_SECTION_\nPiirangud\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliidid on mitmek\xc3\xbclgsed molekulaarsed markerid, eriti sobilikud populatsioonide anal\xc3\xbc\xc3\xbcsiks. Korduvate j\xc3\xa4rjestustega tuleb aga arvestada ka piirangutega. Praimereid, mis on toodetud kindlale liigile, saab tihtipeale kasutada ka temale l\xc3\xa4hedal asuvate liikidega t\xc3\xb6\xc3\xb6tamisel, kuid sama lookuse amplifitseerimine kahaneb geneetilise distantsi suurenemisega. Punktmutatsioonid praimeri seondumissaitides l\xc3\xa4hedastes liikides v\xc3\xb5ib viia "null alleelideni", kus l\xc3\xbchikesi korduvaid j\xc3\xa4rjestusi ei kordistata. J\xc3\xa4rjestuste erinevus k\xc3\xbclgnevates alades viib kehvade praimerite seondumiseni. Suuremad alleelid, mis sisaldavad rohkem aluspaare, on mutatsioonidele vastuv\xc3\xb5tlikumad. V\xc3\xa4iksemad alleelid enamasti suurenevad ning suuremad alleelid v\xc3\xa4henevad.\n_START_SECTION_\nKasutus kriminalistikas\n_START_PARAGRAPH_\nMikrosatelliitide anal\xc3\xbc\xc3\xbcs sai populaarseks 1990. aastatel. Seda kasutatakse laialt isikute tuvastamiseks. Mikrosatelliidid, mida t\xc3\xa4nap\xc3\xa4eval kasutatakse kohtuekspertiisis, on tetra- v\xc3\xb5i pentanukleotiidsed kordused. Need annavad k\xc3\xb5rge kvaliteediga veatu tulemuse, olles samaaegselt piisavalt vastupidavad, et \xc3\xbcle elada lagunemise. L\xc3\xbchemad korduvad j\xc3\xa4rjestused v\xc3\xb5ivad paarduda valesti ning anda valesid tulemusi. Pikemad j\xc3\xa4rjestused seevastu on haavatavamad keskkonna lagunemisele ja ei amplifitseeru nii h\xc3\xa4sti PCR programmis. Eemaldades tuumast DNA, viiakse l\xc3\xa4bi anal\xc3\xbc\xc3\xbcs ning seel\xc3\xa4bi amplifitseeritakse spetsiifilist pol\xc3\xbcmorfset DNA regiooni. Kui pol\xc3\xbcmeraasi ahelreaktsioon on valmis, siis tulemused m\xc3\xa4\xc3\xa4ratakse geelelektroforeesi v\xc3\xb5i kapillaarse elektroforeesi meetodiga. Reaktsiooni l\xc3\xb5ppedes visualiseeritakse ja anal\xc3\xbc\xc3\xbcsitakse tulemusi.'