
_START_ARTICLE_
عقدة كاذبة
_START_PARAGRAPH_
العقدة الكاذبة (بالإنجليزية: pseudoknot) هي بناء ثانوي للحمض النووي تحتوي على الاقل على بُنيتين من نوع الساق-الانشوطة (stem-loop structure) بحيث يكون نصف احدى الساقين يتداخل مع نصف الساق الأخرى. أول اكتشاف للعقدة الكاذبة كان في فيروس تبرقش اللفت الأصفر في عام 1982. العقدة الكاذبة تعطي شكل العقدة من ناحية البنية ثلاثية الابعاد ولكنها ليست عقدة حقيقية من الناحية الطوبوغرافية.
_START_SECTION_
التنبؤ والتعرف
_START_PARAGRAPH_
التكوين الهيكلي للعقدة الكاذبة لا يمكن التنبؤ به جيداً عبر الكشف الحيوي-الحاسوبي (bio-computational detection) نظرا لحساسية البنية وطبيعة التداخل. الاقتران القاعدي (base pairing) في العقدة الكاذبة ليس مستقراً بشكل جيد، بمعنى أن أزواج القواعد تتداخل الواحدة في الأخرى في الموضع التسلسلي. وهذا يجعل وجود العقدة الكاذبة في تسلسل الحمض النووي الريبي RNA صعبة التنبؤ عبر الطرق القياسية المعروفة من البرمجة الديناميكية، والتي تستخدم نظام التسجيل التكراري ’recursive scoring system‘ في تحديد الاقتران القاعدي و بالتالي ، لا يمكن الكشف عن معظم الأزواج القاعدية غير المتداخلة. الأسلوب الأحدث والذي يسمى’stochastic context-free grammars‘ يعاني من نفس المشكلة. وبالتالي، فإن أساليب التنبؤ بالبنية الثانوية المعروفة مثل Mfold و Pfold لا يمكنها التنبؤ بهياكل العقدة الكاذبة عند الاستعلام عن التسلسل، بل ستحدد فقط الساق الأكثر استقرارا من العقدة الكاذبة._NEWLINE_من الممكن التعرف على فئة محدودة من العقدة الكاذبة باستخدام البرمجة الديناميكية. أسلوب البرمجة الديناميكية شامل ولكن يحتاج زمن تنفيذ أطول يزداد بطول السلسلة ليصبح غير عملي مع السلاسل الطويلة جدا.
_START_SECTION_
الأهمية البيولوجية
_START_PARAGRAPH_
العديد من العمليات البيولوجية الهامة تعتمد على جزيئات الحمض النووي الريبي التي تشكل العقدة الكاذبة غالبا ما تكون في الرنا ذو بناء ثالثي ممتد. على سبيل المثال،. يحتوي على مكون الحمض النووي الريبي في التيلوميراز يحوي على عقدة كاذبة لها أهمية بالغة في نشاطه. و العديد من الفيروسات تستخدام بنية العقدة الكاذبة لتشكيل تكرار شبيه بالحمض الريبي النووي النقال tRNA حتى يمكنها التسلل إلى الخلية المصابة.