             O SR. MÁRCIO MACÊDO (PT-SE. Pela ordem. Sem revisão do orador.) - Sra. Presidente, eu quero registrar discurso que fiz hoje sobre na Comissão Mista de Mudanças Climáticas, onde houve um belo debate, da mais alta qualidade, sobre o Código Florestal.

PRONUNCIAMENTO ENCAMINHADO PELO ORADOR
Sr. Presidente, Sras. e Srs. Deputados, cidadãs e cidadãos que ocupam as galerias do plenário e que nos ouvem agora pelos órgãos de divulgação da Câmara, quero reproduzir aqui questões que abordei em pronunciamento que fiz hoje na Comissão Mista sobre Mudanças Climáticas do Congresso Nacional, que tenho a honra de presidir, tratando de três temas de enorme relevância e intimamente correlacionados: biodiversidade, florestas e o novo Código Florestal.
Para falarmos sobre estratégias nacionais de conservação da biodiversidade brasileira e combate ao desmatamento no contexto do desenvolvimento sustentável e da mudança do clima, convém, de início, esclarecer o que se deve entender por biodiversidade.
Diversidade biológica, ou biodiversidade, é definida no art. 2º da Convenção sobre Diversidade Biológica - CDB como "a variabilidade entre organismos vivos de todas as origens, incluindo, entre outros, ecossistemas terrestres, marinhos e outros ecossistemas aquáticos e os complexos ecológicos dos quais fazem parte; isto inclui a diversidade dentro de espécies, entre espécies e de ecossistemas". 
A diversidade intraespecífica abrange toda a variação de indivíduos de uma população, bem como entre distintas populações de uma mesma espécie. Essa definição poderia incluir outros aspectos, tais como diversidade morfológica e comportamental, entre outras. Na prática, entretanto, ela equivale à diversidade genética. A diversidade interespecífica, por sua vez, refere-se ao número de espécies presentes em determinado tipo de ambiente ou região. A diversidade de ecossistemas, em termos práticos, abrange a diversidade de fisionomias de vegetação, de paisagens ou de biomas.
Simplificando, a biodiversidade abrange a diversidade de biomas, de espécies e genética. Nesta nossa palestra, vamos abordar a questão da biodiversidade no nível dos biomas. Em primeiro lugar, vamos fazer uma descrição sintética da biodiversidade de cada bioma brasileiro. Em seguida, vamos apresentar o grau de degradação e as estratégias para a sua conservação. 
Biodiversidade dos biomas.
O Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística - IBGE divide o território brasileiro em seis biomas: Amazônia, Caatinga, Cerrado, Mata Atlântica, Pampa e Pantanal. O IBGE definiu cada bioma como "um conjunto de vida - vegetal e animal - constituído pelo agrupamento de tipos de vegetação contíguos e identificáveis em escala regional, com condições geoclimáticas similares e história compartilhada de mudanças, resultando em uma diversidade biológica própria". Como o IBGE considerou apenas a vegetação como base para a definição dos biomas, não inclui um sétimo bioma que é preciso acrescentar à nossa lista, a Zona Costeira e Marinha. 
Amazônia. 
A Amazônia é o maior bioma continental brasileiro, com uma área de 4.196.943 km², ou 49% do território nacional. Desse total, 3.595.212 km2 (85%) encontram-se cobertos por vegetação nativa. A floresta amazônica é 2,6 vezes maior do que a soma das florestas da República Democrática do Congo, país com a segunda maior área de florestas tropicais do mundo. Além de ser a maior, a Amazônia brasileira é também a floresta tropical com a maior biodiversidade do Planeta. Considerando-se a Bacia Amazônica como um todo, que se estende por 6.110.000 km² em sete países e da qual 63% encontra-se em território brasileiro, ocorrem na região pelo menos 40 mil espécies de plantas, 425 de mamíferos, 1.300 de aves, 371 de répteis e 427 de anfíbios. O número de espécies de peixes de água doce conhecidas está em torno de 2.500 e estima-se que cerca de mil espécies não foram ainda descritas.
Uma porção considerável dessas espécies é endêmica, ou seja, ocorre exclusivamente na Amazônia ou, ainda mais, em apenas parte do bioma. Os endemismos correspondem a 30 mil espécies de plantas, 172 de mamíferos, 263 de aves, 260 de répteis e 366 de anfíbios, o que corresponde a uma impressionantes taxa de endemismo de 75% para plantas, 40% para mamíferos, 20% para aves, 70% para répteis e 86% para anfíbios. No caso dos peixes, não existem informações precisas sobre o seu grau de endemismo, mas deve ser também muito elevado. 
É fundamental considerar também o fato de que a biodiversidade na Amazônia não se distribui de forma homogênea. A região é um mosaico de oito áreas de endemismo separadas pelos principais rios, cada qual com suas próprias biotas e relações evolutivas.
Caatinga.
A Caatinga é o quarto bioma continental brasileiro em extensão, com uma área de 844.453 km², e o único com distribuição totalmente restrita ao território nacional. 
O bioma é um mosaico de arbustos espinhosos e florestas sazonalmente secas, graças ao clima seco da região, com chuvas concentradas em apenas três meses no começo do ano. A Caatinga arbórea pode ter sido muito mais extensa no passado recente, tendo sido devastada já nos primórdios da colonização do Brasil, para fornecer material para construção e dar espaço à pecuária.
O conhecimento a respeito da biodiversidade do bioma ainda é limitado. Levantamentos recentes registraram 932 espécies de plantas, das quais 318 endêmicas; 143 espécies de mamíferos, sendo 19 endêmicas; 510 espécies de aves, sendo pelo menos 15 espécies e 45 subespécies endêmicas; 167 espécies de répteis e anfíbios, sendo 27 endêmicas; e 240 espécies de peixes, sendo 136 possivelmente endêmicas.
Cerrado.
O Cerrado ocupa 2.036.448 km² e faz contato com todos os demais biomas brasileiros, à exceção do Pampa. Suas paisagens são bastante variadas, constituídas por diferentes fisionomias de vegetação, devido sobretudo a fatores edáficos, tais como a composição química, a profundidade, o tipo de drenagem e as alterações locais de relevo. As fitofisionomias podem ser subdivididas em 11 tipos principais, agrupadas em três grandes grupos: a) florestais: mata ciliar, mata de galeria, mata seca e cerradão; b) savânicas: cerrado sentido restrito, parque de cerrado, palmeiral e vereda; e c) campestres: campo sujo, campo limpo e campo rupestre.
Ao contrário do que se pensava há algum tempo, os dados disponíveis indicam que a biodiversidade do bioma é elevada. O Cerrado é considerado a savana mais biodiversa do Planeta. Até o momento, foram contabilizadas 12.356 espécies de plantas vasculares, 191 de mamíferos, 837 de aves, 184 de répteis e 113 de anfíbios. Além dessa expressiva riqueza de espécies de grupos variados, o Cerrado apresenta também um significativo número de endemismos para vários grupos de animais e, principalmente, plantas. Estima-se que 44% das plantas sejam endêmicas, número que pode ser superior a 70% em alguns grupos, como espécies da família Velloziaceae associadas aos campos rupestres. No caso dos répteis, o nível de endemismo pode chegar a 38% do total de espécies.
A biodiversidade do Cerrado permanece ainda pouco conhecida, apesar do elevado número de espécies já identificadas. Isso é demonstrado pelo número alto de espécies de vertebrados descritas pela ciência nas últimas duas décadas. Entre 1988 e 2008 foram descritas 222 espécies de peixes, 40 espécies de anfíbios, 57 espécies de répteis, 20 espécies de mamíferos e 1 espécie de ave, num total de 340 novas espécies de vertebrados, o que representa pouco mais de um quarto das cerca de 1.300 espécies de vertebrados descritas em todo Brasil no mesmo período.
Mata Atlântica.
A Mata Atlântica possui uma área de 1.110.182 km², que se estende do Nordeste até o Sul, ao longo da faixa continental atlântica, avançando em direção ao interior do Brasil nas Regiões Sudeste e Sul. O bioma se distribui por uma ampla gama de latitudes (de 3ºS a 30ºS) e altitudes (desde o nível do mar até 2.700 metros, nas montanhas da Mantiqueira e Caparaó, nos Estados de São Paulo, Minas Gerais, Rio de Janeiro e Espírito Santo). Consequentemente, a Mata Atlântica abrange regiões com diversos regimes climáticos, desde regimes subúmidos e estações secas no Nordeste até áreas que atingem 4 mil mm/ano de pluviosidade, nas montanhas da Serra do Mar. Esses fatores, associados à sua história geológica e climática, marcada por uma grande diversidade de condições ecológicas e sucessivos processos de fragmentação e expansão das formações florestais, explicam a enorme biodiversidade do bioma: são 20 mil espécies de plantas, 263 de mamíferos, 936 de aves, 306 de répteis, 475 de anfíbios e 350 de peixes de água doce. O número de espécies endêmicas também é muito alto: 8 mil plantas (40% do total), 71 mamíferos (27%), 148 aves (16%), 94 répteis (31%), 286 anfíbios (60%) e 133 peixes de água doce (38%). Assim como ocorre em outros biomas, as espécies endêmicas localizam-se em geral em áreas restritas dentro do bioma. 
O grande número de espécies novas descritas para a Mata Atlântica em curto período de tempo é um indicativo de que sua biodiversidade ainda é pobremente conhecida, apesar de séculos de investigação científica. Entre as 2.875 espécies de angiospermas descobertas para o Brasil no período de 1990 a 2006, por exemplo, 1.194 são da Mata Atlântica (41,5%).
Pampas.
O Pampa possui uma área de 176.496 km² e está presente no Brasil somente na porção sul do Rio Grande do Sul (abaixo do paralelo 30º), ocupando 53% do Estado. Predomina no bioma a vegetação campestre, formada por uma matriz de gramíneas coexistindo com muitas espécies herbáceas, arbustivas e de arvoretas.
Em comparação com os demais biomas continentais brasileiros, dispõe-se de poucos dados sobre a biodiversidade do Pampa. Estima-se a existência de 3 mil espécies de plantas campestres no Rio Grande do Sul, além de 150 espécies de peixes (12 endêmicas), 476 de aves (duas endêmicas) e 102 de mamíferos (duas endêmicas), não havendo estimativas sobre o número total de anfíbios e répteis.
Pantanal.
O Pantanal possui 150.355 km² e é a maior superfície interiorana inundável do mundo. Abrange a chamada Planície do Pantanal ou Pantanal Mato-Grossense, que representa a parte mais baixa da bacia hidrográfica do Alto Paraguai. A característica mais marcante do bioma são as grandes inundações, que ocupam cerca de 80% do Pantanal durante o primeiro semestre de cada ano. 
Tendo em vista sua reduzida área em relação aos demais biomas brasileiros, a riqueza de espécies do Pantanal pode ser considerada elevada, embora haja na região um baixo número de endemismos. Ocorrem no bioma aproximadamente 1.900 espécies de plantas superiores, 263 de peixes, 41 de anfíbios, 113 de répteis (cinco endêmicas), 463 de aves e 132 de mamíferos (duas endêmicas). À exceção dos peixes, sobre os quais há um bom nível de conhecimento, o número de espécies dos demais grupos de vertebrados pode ser muito maior do que o atual.
Zona Costeira e Marinha.
A zona costeira abrange uma faixa terrestre e uma faixa marítima. A primeira corresponde ao espaço compreendido entre a linha de costa e os limites internos dos Municípios que sofrem influência direta dos fenômenos que ocorrem na zona costeira. A segunda estende-se por 12 milhas náuticas medidas a partir da linha de costa: o Mar Territorial. A zona costeira possui uma área de aproximadamente 514 mil km², dos quais 324 mil km² correspondem ao território de 395 Municípios distribuídos em 17 Estados litorâneos. Já a zona marinha compreende a região conhecida como Zona Econômica Exclusiva, que se estende a partir de 12 até 200 milhas náuticas, o que corresponde a aproximadamente 3,5 milhões de km²; e a plataforma continental, além das 200 milhas náuticas, com 712 mil km² de extensão.
A Zona Costeira e Marinha abriga uma grande diversidade de ambientes, como estuários, praias, dunas, recifes de coral (os únicos de todo o Atlântico Sul) e manguezais (a maior extensão contínua do Planeta), ao longo de mais de 8 mil quilômetros da costa brasileira. Tendo em vista aspectos físicos e biológicos, a zona marinha pode ser dividida em três a nove grandes regiões.
A biodiversidade marinha da costa brasileira é relativamente pouco conhecida. Foram já registradas pouco mais de 1.300 espécies de invertebrados bentônicos na costa sudeste, com elevado grau de endemismo, mas muitas regiões e ambientes ainda precisam ser adequadamente estudados. Os peixes somam aproximadamente 750 espécies, distribuídos de forma relativamente uniforme ao longo da costa e com baixo grau de endemismo.
No litoral brasileiro são encontradas ainda cerca de 50 espécies de mamíferos, 111 espécies de aves e cinco espécies de tartarugas marinhas (das sete conhecidas no mundo). As áreas mais profundas podem trazer grandes descobertas: enquanto as águas rasas brasileiras abrigam apenas 18 espécies de corais (no mundo são 350), das quais oito são endêmicas, em águas profundas já foram encontradas mais de 41 espécies de corais.
Degradação dos biomas.
Todos os biomas brasileiros foram ou estão sendo, em maior ou menor grau, suprimidos ou degradados por ação antrópica. A maior e principal causa de supressão dos biomas terrestres é, sem dúvida, a expansão da pecuária e da agricultura. A extensão remanescente dos biomas terrestres é uma indicação do seu grau de conservação - ou de ameaça. Outro fator importante é o grau de fragmentação das áreas remanescentes. Vamos dar uma olhada na situação de cada bioma.
Amazônia.
De 1988 a 2011, foram desmatados a cada ano, em média, na Amazônia, 16.264 km² de florestas, com dois picos, o primeiro em 1995 (29.059 km²) e o segundo em 2004 (27.423 km²). Em 2011 a área desmatada atingiu o valor mais baixo, desde que vem sendo monitorada pelo INPE: 6.418 km². Essa diminuição no desmatamento foi possível graças a políticas de controle de desmatamento adotadas durante o Governo Lula, sob a liderança da ex-Ministra do Meio Ambiente, Marina Silva. Entretanto, 6 mil km² ainda é uma área muito grande: equivale a quatro vezes o tamanho da cidade de São Paulo. Além disso, é necessário considerar não apenas as áreas completamente desmatadas, mas também aquelas onde houve extração seletiva de madeira ou uma degradação progressiva, resultante da eliminação dos extratos inferiores da floresta para o estabelecimento de pastagens. De acordo com o INPE, foram degradados 15.987 km² de florestas em 2007, 27.417 km² em 2008 e 13.301 em 2009, valores muito superiores às áreas desmatadas no mesmo período. 
Cerca de 18% do bioma amazônico já foi desmatado, o que corresponde a uma área de aproximadamente 740 mil km² (quase três vezes o tamanho do Estado de São Paulo).
Caatinga.
A Caatinga já perdeu 47% da sua vegetação original. O bioma continua sendo desmatado a uma taxa média de cerca de 2.700 km² ao ano (dados de 2008).
Vive na Caatinga a população mais pobre do Nordeste e uma das mais pobres do Brasil. As condições sociais tendem a ser ainda mais difíceis nas áreas mais secas, cuja capacidade para suportar atividades econômicas é menor.
Nessas condições, a dependência dos recursos naturais é muito grande. A principal fonte de energia das populações que vivem na Caatinga ainda é a lenha, cuja extração responde por praticamente a totalidade do desmatamento do bioma. Também a caça, vinculada ao consumo de subsistência e ao tráfico, pressiona os recursos naturais da Caatinga. Cerca de 40% das apreensões de animais silvestres por operações de fiscalização entre 1992 e 2000 ocorreram na Região Nordeste.
Uma área de 15 mil km² da Região Nordeste já está em processo de desertificação, abrangendo partes do território dos Estados do Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco e Paraíba. 
Cerrado.
O Cerrado já perdeu cerca de 48% da sua vegetação original. Entre 2002 e 2008 foram desmatados 85.074 km², o que representa uma taxa anual de desmatamento da ordem de 14.179 km², ou seja, uma taxa duas vezes superior à taxa atual de desmatamento da Amazônia. 
Em decorrência de sua elevada biodiversidade e de seu acentuado grau de desmatamento, o Cerrado é considerado a maior, a mais rica e provavelmente a mais ameaçada região de savanas tropicais do mundo. 
As principais causas do desmatamento do Cerrado são a pecuária extensiva e a agricultura em larga escala para a produção de grãos, seguidas da produção de carvão para as indústrias siderúrgicas. 
Mata Atlântica.
A Mata Atlântica foi reduzida a 26,9% da sua extensão original, sendo 21,8% relativos a vegetações florestais e 5,1% a fitofisionomias não florestais.
Além de drasticamente reduzido, o bioma está também extremamente fragmentado, o que reduz ainda mais as possibilidades de conservação da biodiversidade: são 232.939 fragmentos com área igual ou superior a 3 ha. Apesar do elevado grau de desmatamento e fragmentação, a Mata Atlântica continua sendo derrubada: foram 102.939 ha no período de 2005 a 2008 e mais 20.802 ha no período de 2008 a 2010.
A Mata Atlântica vem sendo desmatada desde o início da colonização do País para a produção de madeira, a criação de gado e o plantio de cana-de-açúcar, café e outras culturas agrícolas. O bioma concentra também 61% da população brasileira, o que equivale a 112 milhões de pessoas. 
Pampas.
Se os campos com utilização para pecuária extensiva, que mantém aspectos fisionômicos similares à condição da vegetação original dos Pampas, forem consideradas como remanescentes, 41,3% da área total do bioma está ainda preservada (23% de vegetação, 5,4% de vegetação florestal e 12,9% de área de transição). Porém, as áreas campestres ou florestais do bioma sem qualquer uso antrópico são bastante reduzidas: correspondem a apenas 20.855,66 km² ou 11,7% do Pampa. 
A criação de gado de forma extensiva é a principal atividade econômica dos campos do sul do Brasil, e o fogo é utilizado como ferramenta de manejo ao final do inverno. O pastejo excessivo diminui a cobertura do solo e causa erosão, além de promover a substituição de espécies forrageiras produtivas por espécies menos produtivas e de menos qualidade, ou até a perda completa das boas espécies forrageiras. 
Pantanal.
Entre 2002 e 2008, foram suprimidos 4.279 km² de vegetação original do Pantanal, o que representa aproximadamente 713 km² desmatados anualmente nesse período. O percentual de áreas desmatadas em 2002 era de 12,35% e, em 2008, subiu para 15,18%.
A principal atividade econômica no Pantanal é a pecuária bovina de corte, realizada de forma extensiva em pastagens naturais. Nas últimas três décadas a atividade se expandiu, passando a alterar áreas com vegetação arbórea presentes no bioma.
Por se tratar de um bioma altamente influenciado pelo regime hídrico, qualquer intervenção humana que altere os ciclos hidrológicos naturais pode colocar em risco a biodiversidade, as populações humanas e as atividades econômicas estabelecidas na região. Por esse motivo, as maiores ameaças ao bioma são as dragagens e a construção de diques e barragens na planície do Pantanal ou no planalto que a rodeia, onde estão localizadas as cabeceiras de diversos rios que compõem a bacia pantaneira.
Zona Costeira e Marinha.
Aproximadamente 22% da população do País, 43 milhões de pessoas, vivem na zona costeira, sendo que 16 das 28 regiões metropolitanas brasileiras, com uma população de mais de 35 milhões de pessoas, estão localizadas no litoral. Na Zona Costeira e Marinha concentram-se as principais atividades econômicas do País, com destaque para as indústriais, o extrativismo mineral - principalmente a exploração de petróleo -, as atividades portuárias, o extrativismo pesqueiro, a maricultura e o turismo, entre outras, responsáveis por 70% do Produto Interno Bruto nacional. A grande população e a as atividades econômicas intensas causam vários problemas de natureza ambiental, com destaque para o desmatamento dos poucos remanescentes da vegetação nativa, a ocupação e o uso desordenado do solo, e a poluição química e orgânica, que se propaga para o ambiente marinho.
Conservação.
A principal estratégia para a conservação dos biomas brasileiros é, sem sombra de dúvida, a criação de unidades de conservação - UC. A legislação brasileira (Lei nº 9.985, de 2000) lista 13 tipos ou categorias de unidades de conservação, organizadas em dois grupos: unidades de conservação de proteção integral e unidades de conservação de uso sustentável. As primeiras são destinadas fundamentalmente à conservação da biodiversidade, não sendo nelas permitidos nenhuma atividade que envolva a exploração dos recursos naturais.
Nas categorias do segundo grupo, algum tipo de exploração dos recursos naturais, em condições controladas ou sustentáveis, é permitido. As principais categorias do grupo de proteção integral são os Parques Nacionais, as Reservas Biológicas e as Estações Ecológicas. No segundo grupo destacam-se as Florestas Nacionais, as Reservas Extrativistas e as Áreas de Proteção Ambiental. Vejamos como esse instrumento de conservação vem sendo aplicado em cada bioma.
Amazônia.
Cerca de 27% da Amazônia está protegida em unidade de conservação. É sem dúvida, felizmente, o bioma mais bem protegido por este tipo de instrumento. São 78 unidades de conservação federais e estaduais de proteção integral (40 milhões de ha) e 173 unidades de conservação de uso sustentável (72 milhões de ha). Convém destacar que quase 60% da área da Amazônia protegida por unidades de conservação foi estabelecida a partir de 2001, no final do Governo Fernando Henrique Cardoso e, principalmente, no Governo Lula, sob liderança da Ministra Marina Silva. A criação dessas unidades contribuiu de forma decisiva para reduzir o desmatamento do bioma, porque a estratégia adotada por Marina Silva foi criar unidades de conservação ao longo da fronteira de expansão do desmatamento, o chamado arco do desmatamento, que começa no Pará e vai até o Acre, passando por Mato Grosso e Amazonas. 
Por outro lado, é preciso lembrar que as unidades de conservação em todo o Brasil, mas especialmente em áreas de difícil acesso como na Amazônia, carecem de recursos materiais e humanos para sua adequada e efetiva gestão. Um diagnóstico realizado em 2008 pelo ICMBio identificou que, das 299 unidades de conservação federais criadas até aquele ano, 82 não possuíam um administrador, 173 não contavam com fiscais e mais de 200 não possuíam plano de manejo. A essas deficiências se somam problemas relacionados à regularização fundiária das unidades de conservação.
Ainda assim, estudos mostram que as unidades de conservação na Amazônia contribuem de forma efetiva para coibir o desmatamento, por uma razão em particular: elas inibem o processo de grilagem de terras públicas - primeiro passo para a substituição da florestas por pastagens e agricultura -, na medida em que afastam a possibilidade da concessão futura de títulos de propriedade sobre as terras griladas, como ocorre desde há muito na região. 
Caatinga.
Existem na Caatinga 67 unidades de conservação: 29 de proteção integral (17 federais e 12 estaduais, somando 0,9 milhão de ha) e 38 unidades de conservação de uso sustentável (12 federais e 26 estaduais, somando 5,3 milhões de ha). Cerca de 7,4% do bioma estaria, portanto, protegido por unidades de conservação. Entretanto, dos 5,8 milhões de hectares de unidades de conservação de uso sustentável, 98,4% são Áreas de Proteção Ambiental - APA. Como se sabe, essas áreas, na sua absoluta maioria, contribuem muito pouco para a conservação da biodiversidade e talvez nem devessem ser consideradas unidades de conservação. Desconsiderando as APAs, têm-se a verdadeira área protegida por unidades de conservação na Caatinga: 1,1% do bioma, quando o mínimo aceitável seria 10%. 
Cerrado.
O Cerrado possui 198 unidades de conservação, sendo 103 de proteção integral (22 federais e 81 estaduais, somando 5,9 milhões de ha) e 95 de uso sustentável (25 federais e 70 estaduais, somando 10,7 milhões de ha). Considerando esse conjunto de unidades de conservação, 8,1% do bioma estão cobertos por áreas protegidas. Entretanto, assim como no caso da Caatinga, a quase totalidade da área de unidades de conservação de uso sustentável (98%) é constituída por APAs. Se essa área for desconsiderada (10,6 milhões de ha), têm-se a verdadeira extensão do bioma protegido por unidades de conservação: apenas 3%. Aproximadamente 40% da área protegida por unidades de conservação de proteção integral existentes no Cerrado foram constituídas na última década, correspondendo a aproximadamente 2,6 milhões de ha (1,9 milhão em seis unidades de conservação federais e 0,7 milhão em 32 unidades de conservação estaduais).
Mata Atlântica.
A Mata Atlântica possui 346 unidades de conservação, sendo 191 de proteção integral (17 federais e 144 estaduais, somando 2,4 milhões de ha) e 155 unidades de conservação de uso sustentável (41 federais e 114 estaduais, somando 7,3 milhões de ha). Essas unidades de conservação protegem 8,7% do bioma, mas, se as APAs - que representam 97,9% da área de unidades de conservação de uso sustentável - forem desconsideradas, esta proteção cai para apenas 2,3%
A pequena extensão das áreas protegidas por unidades de conservação é agravada, na Mata Atlântica, pelo elevado grau de fragmentação do bioma. As unidades de conservação estão quase sempre cercadas por áreas completamente antropizadas. Isso impede a conexão e o fluxo genético entre as unidades de conservação, verdadeiras ilhas isoladas em meio a paisagens rurais, industriais e urbanas.
Vários estudos têm demonstrado que populações de certas espécies de plantas e animais da Mata Atlântica, a princípio protegidas em unidades de conservação, não conseguem manter-se ou estariam fadadas a desaparecer devido à falta de capacidade da unidade de conservação em sustentar processos ecológicos fundamentais. Apenas unidades de conservação com área em torno de 200 mil ha ou mais, por exemplo, teriam a capacidade de assegurar a manutenção de toda, ou de quase toda, a avifauna original. Para manter populações viáveis para grandes felinos, como a onça pintada, seriam necessárias extensões superiores a 2 milhões de ha.
Outro fato importante é que muitas espécies não estão protegidas por unidades de conservação. Apenas 47 entre 104 espécies de vertebrados terrestres endêmicos e ameaçados de extinção do bioma estão efetivamente protegidas por essas unidades. O mesmo problema ocorre nos demais biomas, mas na Mata Atlântica, em função da elevada devastação e fragmentação, o problema é mais grave.
Como consequência, a Mata Atlântica apresenta os maiores índices de espécies ameaçadas de extinção entre todos os biomas brasileiros. Do total de 627 espécies ameaçadas no Brasil, 380 são da Mata Atlântica (60,6%).
Aproximadamente 8,5% das espécies de vertebrados terrestres do bioma e cerca de um quarto de suas espécies endêmicas encontram-se atualmente ameaçadas de extinção.
Na Mata Atlântica ganha relevo a criação de reservas particulares, com o objetivo de ampliar a extensão das áreas protegidas e a conectividade entre as unidades de conservação públicas. Existem já 734 reservas privadas no bioma, protegendo 136 mil ha. 
Pampas.
Os Pampas contam com 15 áreas protegidas, sendo quatro federais (duas de proteção integral e duas de uso sustentável, que somam 463 mil ha) e 11 estaduais (10 de proteção integral e uma de uso sustentável, que somam 149 mil ha). Essas unidades de conservação cobrem uma área correspondente a 3,4% do bioma. Se as APAs forem desconsideradas, esta cobertura diminui para apenas 1,1% (as APAs somam 99,3% da área das unidades de conservação de uso sustentável).
Pantanal.
O bioma Pantanal conta com apenas cinco unidades de conservação. São duas federais e três estaduais, todas de proteção integral, cuja área total soma aproximadamente 440 mil ha, o que corresponde a 2,9% da área do bioma.
Zona Costeira e Marinha.
Para proteger a zona marinha foram criadas 40 unidades de conservação, 22 federais e 18 estaduais, que somam 5,4 milhões de ha, ou seja, apenas 1,5% do bioma. Entretanto, excluindo-se as APAs (que representam 89,4% da área de unidades de conservação de uso sustentável), essa porcentagem cai para meros 0,3% (um milhão de ha protegidos).
Como se pode constatar, com exceção da Amazônia, o grau de proteção dos demais biomas brasileiros, por meio da criação de unidades de conservação, está muitíssimo abaixo do mínimo necessário. O País deveria garantir a proteção de, no mínimo, 10% dos seus biomas em unidades de conservação de proteção integral. Um grande esforço foi feito na última década para proteger a Amazônia, o que é uma boa notícia. Entretanto, muito pouco foi feito para ampliar de forma significativa a proteção dos demais biomas, que estão, na verdade, muito mais ameaçados do que a Amazônia.
Portanto, ampliar a rede de unidades de conservação nesses biomas segue sendo um desaf