पर्यावरण के लिए स्वास्थ्य जोखिमजीएमओ खाद्य पदार्थों के उत्पादन के बारे में कई चिंताओं को उठाया गया है। पर्यावरणीय रूप से बोलते हुए, अन्य फसलों के अनियंत्रित प्रदूषण के बारे में कुछ चिंता है। बायोटेक या जीएमओ खाद्य पदार्थों के उत्पादन के साथ-साथ नए रसायनों की उपस्थिति आती है। इनमें से कुछ रसायनों अनजाने में अन्य जीवित जीवों को मारने के लिए जिम्मेदार हैं। उदाहरण के लिए, जीएमओ मक्का पौधों में विषाक्त पदार्थ तितलियों और मधुमक्खियों को जहर कर सकते हैं, जिससे उनकी मृत्यु दर बढ़ जाती है।
इसके अतिरिक्त, ऐसा माना जाता है कि कीड़े कीटनाशकों के प्रतिरोधी हो सकते हैं जिनका उपयोग जीएमओ फसलों या उन फसलों के साथ किया जाता है जिन्हें आनुवंशिक रूप से अपनी कीटनाशक बनाने के लिए संशोधित किया गया है। एक और चिंता है कि हर्बाइडिस-सहिष्णु पौधों और विशिष्ट पौधों और खरपतवारों के साथ खरपतवारों का क्रॉसब्रीडिंग। यह जीन स्थानांतरण कई हर्बाइडसाइड-सहिष्णु "सुपर खरपतवार" की घटना का कारण बनता है। किसान भी चिंतित हैं कि जीएमओ फसलों से पराग उनकी निकट फसलों के साथ पार परागण करेगा।
मनुष्यों के लिए स्वास्थ्य जोखिमजीएमओ फसलों से जुड़े पर्यावरणीय चिंताओं के अलावा, उन मनुष्यों के लिए कुछ अतिरिक्त स्वास्थ्य जोखिम हैं जिन पर वर्तमान में मूल्यांकन किया जा रहा है। ऐसी संभावना है कि आनुवंशिक रूप से खाद्य पदार्थों को संशोधित करने से नए एलर्जेंस बन सकते हैं। कई बच्चे एलर्जी से ग्रस्त हैं; यह विचार है कि ये संभावित रूप से नए एलर्जेंस कमजोर लोगों में एलर्जी प्रतिक्रिया का कारण बनेंगे।
सोयाबीन में ब्राजील के नट को संशोधित करने की योजना उसी कारण से रोक दी गई थी। नए एलर्जी विकसित होने की संभावना के अलावा, जीएमओ खाद्य पदार्थों को आम तौर पर मनुष्यों के लिए स्वस्थ माना जाता है। हालांकि, जीएमओ खाद्य पदार्थों के पेश होने पर पाचन तंत्र की प्रतिक्रिया की तुलना करने के प्रयास में कुछ अध्ययन किए गए हैं। मनुष्यों को किसी भी वास्तविक स्वास्थ्य जोखिम के विकास के लिए परीक्षण करने में कई सालों लगेंगे।
आर्थिक चिंताएंप्रयोगशाला से बाजार में जीएमओ खाद्य पदार्थ प्राप्त करने की प्रक्रिया समय लेने वाली और महंगी है। स्वाभाविक रूप से, कंपनियां इंजीनियरिंग बायोटेक प्रक्रियाएं यह सुनिश्चित करना चाहते हैं कि उनका उद्यम लाभदायक है। अपने विकास की रक्षा के लिए, कई कंपनियों ने पेटेंट के लिए आवेदन किया है और इस प्रकार पेटेंट उल्लंघन एक बड़ी चिंता बन गया है। चूंकि कंपनियां अपने पेटेंट के विकास और सुरक्षा के पैसे खर्च कर रही हैं, इसलिए जीएमओ भोजन के अंत तक लागत अपेक्षा से अधिक होगी।
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चीन के वैज्ञानिकों ने सफलतापूर्वक एक भेड़ को क्लोन किया है जिसमें बहुत से दिल स्वस्थ वसा होते हैं। आनुवांशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों की प्रक्रिया जानवरों में खपत के साथ-साथ पौधों की फसलों में होती है। हालांकि, इन दोनों उद्यमों ने कुछ विवाद पैदा कर दिया है। जबकि जीएमओ फसलों हमेशा मौजूद हैं, बहस इस बात पर है कि इन बायोटेक खाद्य पदार्थों में स्वास्थ्य और पर्यावरण सुरक्षा के साथ समस्याएं हैं या नहीं। जबकि पेंग-पेंग भेड़ एक बड़ी सफलता है, चीन की इस तरह के मांस को मानव उपभोग के लिए साफ़ करने से पहले कई साल लगेंगे।