In-Naiku (Inner Shrine) hija l-aktar importanti miż-żewġ shrines, peress li hija ddedikata lil Amaterasu, l-Alla tax-Xemx u deity suprema tax-Xinto.
In-Naiku mhix importanti meta tirrigwarda s-shrines u mhix iddedikata lill-ebda allat.