Il-metodoloġija speċifika tal-analiżi tar-riskju użata tista' tvarja skont l-aġenzija minħabba differenzi fil-missjonijiet tal-aġenziji u d-diffikultà fl-assenjazzjoni kwalitattiva u kwantitattiva tal-livelli tar-riskju.
Il-metodu ta 'analiżi tar-riskju li jintuża huwa differenti għal kull aġenzija minħabba li organizzazzjonijiet kbar għandhom metodi differenti minn dawk żgħar.