Santorini dehru eżattament bħal ħafna mill-gżejjer l-oħra fiċ-Ċikladi sa madwar l-1500 b.c. , meta eruzzjoni massiva tal-vulkan tiegħu ġarret l-intern kollu tal-gżira għoli fl-atmosfera, u bidlet il-klima tad-dinja għas-snin wara.
Il-vulkan faqqa għal aktar minn għaxar sigħat sakemm ttektek.