Iżda t-theddida tal-Luterani, il-Kalvinisti, u l-eretiċi oħra bidlet l-enfasi fuq ir-repressjoni, u laħqet il-qofol tagħha fil-Kontro-Riforma pproklamata formalment fl-1563.
Ir-repressjoni saret l-enfasi minħabba t-theddida ta 'gruppi eretiċi.