Iżda t-theddida tal-Luterani, il-Kalvinisti, u l-eretiċi oħra bidlet l-enfasi fuq ir-repressjoni, u laħqet il-qofol tagħha fil-Kontro-Riforma pproklamata formalment fl-1563.
Il-Luterani kienu l-akbar theddida għall-knisja.