Meta jara fil-Kristjaneżmu theddida għall-awtorità ċentrali tiegħu, Hideyoshi sistematikament trażżan l-attività Kristjana; fl-1597 sitt missjunarji u 20 Ġappuniż konvertit ġew imsallab f’Nagasaki.
Hideyoshi kien ipperċepixxi l-Kristjaneżmu bħala problema biex iżomm l-awtorità tiegħu, u b'hekk irażżanhom b'eżekuzzjonijiet.