Il-Kumpanija qerdet il-flotta Portugiża u ħadet f'idejha l-protezzjoni tal-vapuri tal-pellegrinaġġ Musulmani lejn Mekka, iżda ma kienx hemm sentimenti iebsa; il-Portugiżi għamlu rigal ta’ Bombay lir-Re Karlu II fl-1661 bħala parti mid-dota ta’ Katerina ta’ Braganza.
Wara li l-Kumpanija qerdet il-flotta Portugiża, il-Portugall iddikjara gwerra u fittex li jneħħi t-tron tar-Re Karlu.