L-aktar parti impressjonanti tal-mużew hija s-Santwarju tal-Ktieb, li l-istruttura konika bajda tleqq tagħha tirrappreżenta l-forma tal-għatu tal-vażetti li fihom ġew skoperti l-eqdem manuskritti bibliċi tad-dinja, ir-Scrolls tal-Baħar Mejjet.
Is-Santwarju tal-Ktieb jinsab f’kamra squat, forma ta’ kubu.