Fl-1561 Marija ta’ 18-il sena marret lura fi Skozja fil-ħakma tar-Riforma, hekk kif il-mexxejja Protestanti kienu ħadu l-kontroll tal-parlament Skoċċiż u neħħew l-awtorità tal-Papa.
Mary reġgħet lura l-Iskozja fix-xahar ta’ Mejju fl-1561.