ООО с НДС надо куда то этот НДС сливать. И если выбор между контрагентами типа ИП и ооо с НДС, то выбор будет однозначно в пользу ООО. Опять же многое зависит от ответственности. Если ваша компания может что то сломать чужое при исполнении работ, то лучше ООО, так как ИП отвечает своим имуществом, ооо нет. Вы бы пояснили чем хотите заниматься для начала, так будет проще посоветовать
