Термин "фараон" действительно никогда не был официальным царским титулом в Древнем Египте, хотя, безусловно, имел прямое отношение к высшей власти. Греческое слово φαραώ, благодаря которому мы все сейчас называем правителей Древнего Египта фараонами, происходит от древнеегипетского pr-aА (принятое чтение  --  "пер-а"), что буквально переводится как "великий дом". Первоначально термин pr-aА употреблялся только в контексте придворного быта: когда речь шла о дворцовых постройках, о придворных должностях или работах, например imy-r pr-aA ("надзиратель во дворце"), smr pr-aA ("придворный"). Однако со временем  --  далеко не сразу  --  слово начало использоваться как вежливый эвфемизм для обращения к царю вроде "Ваше Величество", ведь царское имя или официальная титулатура носили сакральный характер, поэтому произнесение их всуе было бы неприличным и даже, можно сказать, кощунственным. 
Первое упоминание обращения к царю как к pr-aA встречается в документах XII династии, но окончательно это обращение вошло в обиход только в Новом царстве, в правление XVIII–XIX (во второй половине II тысячелетия до н. э.) династий. Уже сильно позже, в эллинистический период, то есть в последние несколько веков перед началом нашей эры, pr-aA становится обиходным названием любого царя как такового  --  и не только египетского: термин применяется в том числе и по отношению к чужеземным правителям. В эту эпоху слово и попало в греческий язык и дальше стало для всей европейской цивилизации традиционным обозначением египетского царя.
Как же официально назывался титул древнеегипетского царя?
Полная царская титулатура в Древнем Египте состояла из пяти различных титулов-имен, из которых самым близким к нашему термину "царь" будет nsw-bity (принятое чтение  --  "несу-бити"). Написание этого слова включает в себя изображения тростника и пчелы. По мнению большинства исследователей, это сакральные символы Верхнего и Нижнего Египта соответственно. Буквально nsw-bity можно перевести как "тот, который от тростника и пчелы", иными словами  --  "правитель как Верхнего Египта, так и Нижнего": дело в том, что в начале своей истории Египет был разделен на два враждующих царства  --  Верхнеегипетское и Нижнеегипетское, и только с момента объединения их в одно государство возник тот сильный и процветающий Египет, каким его знаем мы и каким его знали сами египтяне, поэтому тема этого дуализма проходит красной нитью через почти все символы царской власти. Эта власть для древних египтян была не в последнюю очередь именно залогом (если не сказать памятником) единства, подарившего им стабильную и благополучную жизнь.
"Несу-бити" являлось тронным титулом или, как его еще называют, "солнечным", ведь в большинстве случаев имя царя, следовавшее за этим титулом, включало в себя упоминание бога Ра. Другие царские титулы подчеркивали разные аспекты сакрализации правителя.
Самым древним из длинной цепочки титулатуры было так называемое Хорово имя: по нему царь отождествлялся с богом Хором  --  богом-соколом, богом-воителем, в мифологии победившим силы зла в лице бога-антагониста Сета. К самому имени Хора прибавлялся также эпитет, который как бы пояснял, какой является частица Хора в этом царе, какие качества в себе хотел подчеркнуть царь. В течение первых династий, когда самой актуальной задачей царя было удерживать Верхний и Нижний Египет под одной властью, эти имена были подчеркнуто агрессивные, маскулинные, например Хор-боец или различные упоминания животных  --  змеи, крокодила, скорпиона. Позже, когда в Египте наступила стабильность, Хоровы имена стали спокойнее и миролюбивее, например Хор-Перэнмаат  --  "Достигающий Маат" (то есть правды, гармонии).
Следующим за ним было имя Обеих Владычиц (титул "небти", nbty от слова nbt  --  "владычица, госпожа"), также напоминающее нам о функции царя-объединителя и легитимизирующее единую власть царя над Верхним и Нижним Египтом. Здесь под "Обеими Владычицами" имеются в виду богини Нехбет и Уаджет  --  покровительницы Верхнего и Нижнего Египта соответственно. Эти титулы имели такие формы: "Брат Обеих Владычиц", "Тот, кто наследует Обеим Владычицам" и даже "Поцелованный Обеими Владычицами".
Третьим официальным титулом было так называемое золотое имя, или имя Хора Златого: написание титула чаще всего начиналось с изображения Хора, восседающего на иероглифе золота. Золото в менталитете древних египтян было сакральной субстанцией: из него, по преданиям, состояла плоть богов, оно же являлось символом солнца, поэтому в моменты усиления солнечного культа солярный элемент начинал также встречаться и в "золотом" титуле. Эти титулы могли звучать как "Золотой именем своим", "Златой Хор, изобильный своими годами, как бог Атум", "Прекрасное золото" или даже, например, "Солнце в золоте".
Наконец, личное имя царя, данное ему при рождении, указывалось в титулатуре на последнем месте, обычно его предварял эпитет "Сын Ра"  --  это символизировало рождение царя от сакрального брака.
В целом эта цепочка из четырех (не считая личного имени) титулов-имен, начиная со Среднего царства, когда она окончательно оформилась, и до позднейших времен, составляла своего рода программный политический манифест для каждого царя. Из титулатуры нередко можно понять, какие качества превозносил в себе правитель, какие аспекты своей политики он считал главенствующими и какими событиями своего правления гордился. Некоторые египетские цари даже по несколько раз меняли свои титульные имена, чтобы обозначить начало нового этапа в своем правлении. Так, например, основатель XI династии Ментухотеп II сменил Хорово имя "Тот, чья белая корона (то есть корона Верхнего Египта) божественна" на имя "Объединитель обеих земель". Он сделал это после того, как заново объединил Египет, разобщенный в смутное время (в Первый переходный период), и начал тем самым эпоху Среднего царства.
Разберем для примера титулатуру Тутмоса III  --  одного из самых значительных царей эпохи Нового царства, великого завоевателя, расширившего границы территорий, подчиненных Египту, до Сирии на севере и до пятого порога Нила на юге.
Его Хорово имя звучит как Канэхет Хаэмуаст: (Хор) Могучий бык, явившийся в Фивах.

Титул Небти (или Обеих Владычиц)  --  Уахнесит Мираэмпет: (Тот, кто от Обеих Владычиц) Длящийся в своем правлении, подобно Ра в небесах.

Тронное имя Тутмоса III  --  Менхеперра: (Царь Верхнего и Нижнего Египта) Долговечное проявление Ра.

Золотое имя  --  Джесерхау Сехемпехти: (Златой Хор) Священный своими проявлениями, могущественный силой своей.

И наконец, личное имя звучит как Тутмос Неферхеперу: (сын Ра) Бог Тот был рожден, прекрасный в своих проявлениях.

