Прэтт ушел в армию в самом начале Гражданской войны, а после ее окончания еще восемь лет участвовал в так называемых индейских войнах  Индейские войны  --  общий термин, описывающий вооруженные конфликты между европейскими правительствами, поселенцами, а впоследствии правительством США и коренным населением Северной Америки, которые начались в XVII веке, а закончились в 1924 году.  на Западе. В 1874–1875 годах вооруженные конфликты постепенно стали сходить на нет, и Прэтт был назначен в тюрьму Форт-Мэрион в штате Флорида, где содержались лидеры индейского сопротивления. Именно там он впервые попытался организовать обучение заключенных английскому языку, искусству и ремеслам. В то время многим в США казалось, что индейцы находятся на грани полного исчезновения, и правительство стало переходить от политики истребления к попыткам сохранения коренных народов как одной из составляющих американского общества. Так у Прэтта возникла идея спасти американских индейцев от вымирания путем их радикальной интеграции.
В 1879 году Прэтт перебрался в Пенсильванию, где и открыл Карлайлскую школу. Ее первыми учениками стали представители разных индейских народов: 84 сиу с Территории Дакота  С 1889 года  --  штаты Северная и Южная Дакота. Существует мнение о том, что сиу были выбраны не случайно: вооруженные конфликты с ними прекратились совсем недавно, и, попав в школу, дети (особенно вождей), по сути, становились заложниками., 52 представителя шайеннов и родственных им племен, а также 11 апачей. По поручению правительства Прэтт сам набирал учеников  --  мальчиков и девочек,  --  разъезжая по разным резервациям и убеждая вождей и родителей отдать детей в школу ради будущего индейских племен. Всего за время директорства Прэтта учениками школы были около пяти тысяч человек из 70 племен  --  от эскимосов Аляски до пуэбло Нью-Мексико. Правда, по некоторым сведениям, далеко не все они успешно ее окончили. Уже в первые дни работы Карлайлской школы Прэтт позвал местного фотографа Джона Чоута, чтобы тот снимал жизнь школы  --  что Чоут и делал до своей смерти в 1902 году.
В школе было несколько классов с учениками разных возрастов, но в основном преобладали подростки. Кампус располагался в зданиях военных казарм  --  и жизнь в школе во многом напоминала армейскую, особенно у мальчиков. Ученики носили форму "европейского" образца: мальчики  --  брюки и кителя, девочки  --  платья. Детей учили английскому языку, математике, истории, рисованию, музыке, а также различным трудовым навыкам  --  при школе действовали типография, обувная мастерская, столярная мастерская, ферма и т. д. Они также изучали основы христианского вероучения  --  Прэтт был методистом  Методизм  --  одна из протестантских христианских деноминаций, основанная в XVIII веке.  --  и были обязаны раз в день посещать одну из церквей в городе по своему выбору. Разговаривать на каком-либо языке, кроме английского, было запрещено. В общежитии детей селили так, чтобы в одной комнате жили представители разных племен, для которых единственным общим языком был  --  или должен был стать  --  английский.
Том Торлино происходил из племени навахо и учился в школе с 1882 года по 1886-й. Больше о нем особо ничего не известно, но эта двойная фотография (печатавшаяся в виде открытки школьным фотографом Чоутом) стала своего рода символом Карлайлской школы и вообще насильственной интеграции индейцев, со всеми за и против. Подобные открытки в жанре "до и после" активно использовались Прэттом и его помощниками-рекрутерами в качестве доказательства, что "цивилизация" способна преобразить индейца до неузнаваемости и способствовать его успеху в обществе. 
В 1880 году Прэтт создал Карлайлский индейский оркестр, который существовал благодаря частным филантропам. В 1879 году один из них, приехав из Бостона в Карлайлскую школу, услышал доносящиеся из общежития звуки тамтамов и индейских песен. Когда он обратил на это внимание Прэтта, тот сказал, что, конечно, запретил бы тамтамы: "Но это было бы несправедливо, если не дать им что-то аналогичное или получше. Если вы поможете мне с духовыми инструментами, ребята смогут перейти на них и отказаться от тамтамов". Вскоре Прэтт получил из Бостона корнеты, кларнеты и несколько пианино. В 1883 году оркестр первым пересек Бруклинский мост в Нью-Йорке на торжественной церемонии его открытия, а в 1892 году его возглавил 21-летний Деннисон Уилок  --  индеец из племени онайда и выпускник Карлайла. Под руководством этого талантливого музыканта, дирижера и композитора Карлайлский оркестр стал известен как в Штатах, так и в Европе, исполняя произведения Грига, Моцарта, Россини, Шуберта и Вагнера, а также самого Уилока. Музыканты выступали на Всемирной выставке в Париже в 1900 году и на парадах в честь инаугураций нескольких президентов США.
В школе выпускалось несколько газет, поощрялось участие учеников в литературных обществах и в соревнованиях по дебатам  Клубы дебатов при учебных заведениях появились в Великобритании в XVIII веке, а затем распространились по всему миру. Члены таких клубов соревнуются друг с другом в навыках публичной аргументации по общественно значимым вопросам.. Летом некоторые ученики проходили "стажировки" в семьях местных жителей и получали небольшие деньги за работу по хозяйству или на ферме. Также можно было провести каникулы в летнем лагере в горах, где дети жили в палатках, собирали ягоды, охотились и рыбачили. Прэтт организовывал в лагере соревнования по стрельбе из лука, пользовавшиеся большой популярностью как среди учеников-индейцев, так и среди местных жителей, специально приезжавших в лагерь, чтобы делать ставки.
Вожди в обязательном порядке приезжали в школу, чтобы следить за учениками и условиями их жизни  --  это было одним из главных условий, на которых они соглашались отправлять своих соплеменников в Карлайл. Это неудивительно, ведь значительную часть учеников составляли дети самих вождей. Например, у Куаны Паркера, одного из самых воинственных команчей, который сложил оружие в 1875 году и после переселения со своими людьми в резервацию стал вождем всех команчей, в школе учились четверо сыновей. 
Лютер Стоящий Медведь (1868–1936) был сыном вождя из племени лакота. Один из первых и, как оказалось впоследствии, образцовых учеников школы, среди прочего он занимался привлечением новых учеников в Карлайл. В своих воспоминаниях, опубликованных в 1933 году, он пишет: "Процесс приобщения к цивилизации в Карлайле начинался с одежды. Белые считали, что индейских детей невозможно цивилизовать, пока они носят мокасины и одеяла. Детей стригли, потому что длинные волосы каким-то загадочным образом препятствовали развитию… Белые кожаные туфли причиняли настоящие страдания… Красное фланелевое белье было сущей пыткой". Лютер также описывал процесс получения нового имени по прибытии в школу: его попросили выбрать одно из имен, написанных на стене, и он, не умея читать по-английски, ткнул в первое попавшееся. Фамилией стало имя его отца.
1 / 2Белый Бизон по прибытии в Карлайлскую школу. Фотография Джона Н. Чоута. 1881 годDickinson College Archives & Special Collections2 / 2Белый Бизон во время обучения в Карлайлской школе. Фотография Джона Н. Чоута. 1881 годDickinson College Archives & Special Collections
Белый Бизон из племени шайеннов, каким-то образом сохранивший свое индейское имя, учился в школе с 1881 по 1884 год, а затем вернулся в нее еще на несколько лет. В его учетной карточке сообщается о проверке, проведенной в 1910 году (их регулярно устраивало Бюро по делам индейцев  Бюро по делам индейцев (Bureau of Indian Affairs, BIA)  --  агентство Федерального правительства США. Основано в 1824 году при департаменте обороны для управления территориями американских индейцев. В конце XIX  --  начале XX века одной из важных функций бюро стали образование и ассимиляция индейцев.): "Белый Бизон… и его семья проживают в прекрасно обставленном новом доме. У них хорошая конюшня. С помощью сына Джона он засеял 40 акров кукурузой и 10 акров люцерной".
Чирикауа  --  одна из племенных групп апачей, дольше других сопротивлявшаяся перемещению в резервации. Их знаменитый предводитель по имени Джеронимо и его люди несколько раз сдавались правительству, но потом снова вырывались из резерваций, возобновляли набеги на скотоводов и военные действия против американской армии. Окончательно Джеронимо сдался только в 1886 году. Апачи, запечатленные на фотографии, по-видимому, попали в плен до этого события и находились в заключении в тюрьме Форт-Мэрион во Флориде  --  той самой, которой руководил Прэтт. Узники Форт-Мэриона отправлялись в школу и раньше, с самого ее открытия. Но, ослабев в тюрьме, после прибытия в школу они болели и умирали чаще других, хотя смертность среди учащихся и так была ужасающей: за годы существования школы от разных причин умерло несколько сотен учеников.
Состояние здоровья учеников всегда было серьезной проблемой. В резервациях, откуда приезжали дети, как правило, царила нищета, запустение и антисанитария; индейцы недоедали и много болели. Частыми причинами смерти были туберкулез и оспа. Поэтому в школе уделялось особое внимание физической активности. Кроме физкультуры ученики занимались бейсболом, баскетболом, спортивной эстафетой и другими видами спорта.
Команда Карлайла по американскому футболу стала настоящей легендой. Когда школа только открылась, игра не была массовой и соревнования устраивались только между учениками богатых колледжей вроде Йеля и Гарварда. После того как один из преподавателей (по-видимому, именно он стоит в центре) показал игру Прэтту и ученикам, директор школы немедленно организовал команду. Вскоре один из футболистов сломал ногу  --  и Прэтт запретил американский футбол. Но группа учеников попросила его отменить запрет и разрешить команде соревноваться с другими школами. Если верить мемуарам директора, Прэтт ответил так: "Ладно, играйте, но при двух условиях: во-первых, никогда не давайте волю кулакам, а во-вторых, вы должны победить самые сильные команды Америки".
В 1896 году "Карлайлские индейцы" играли в Нью-Йорке с командой Йельского университета, которая не пропустила ни одного мяча в предыдущих семи матчах. Игра вызвала большой интерес у публики и прессы: на противостояние между культурными белыми американцами и краснокожими дикарями пришло посмотреть четыре тысячи зрителей. Никто не сомневался в превосходстве игроков Йеля, и, казалось, "Индейцев" ждет тотальный и жестокий разгром. Однако на третьей минуте Карлайл повел в счете. За три минуты до конца игры, когда Йель выигрывал со счетом 12:6, игрок Карлайла пробежал через все поле и занес мяч в очковую зону (то есть заработал тачдаун, за который команда получает 6 очков). Это должно было означать ничью, но арбитр отменил тачдаун  --  якобы он произошел уже после финального свистка, хотя и игрокам, и болельщикам было очевидно, что свисток прозвучал позже. Арбитр был из Йеля, поэтому один из журналистов написал об игре так: "Карлайл мог победить 11 йельских игроков  --  но не смог победить 11 йельских игроков и йельского судью".
В 1899 году Прэтт нанял профессионального тренера, Гленна "Попа" Уорнера (1871–1954), который вместе со своей командой превратил американский футбол в ту игру, которую мы знаем сегодня. Понимая, что команда всегда будет уступать другим физически, Уорнер полагался на скорость и ловкость индейцев. Кроме того, он придумал несколько трюков, руководствуясь принципом "что не запрещено правилами напрямую, то разрешено" (обычно очередной трюк запрещали в следующем сезоне). В игре против Гарварда в 1903 году команда впервые использовала уловку с "невидимым мячом": один из игроков засовывал другому мяч под свитер, где был нашит специальный карман, и тот просто обегал "свалку" по флангу и доставлял мяч в зону тачдауна. Другой трюк заключался в том, что к свитерам игроков спереди пришивали "фальшивые мячи"  --  и противник не мог понять, у кого из них в руках настоящий мяч. 
23 ноября 1907 года Поп Уорнер и его "Индейцы" провели историческую игру против Университета Чикаго. Противник, на тот момент сильнейшая команда страны, сделал ставку на грубую силу, практически вышибая "Индейцев" за пределы поля и тем самым не позволяя им продвигаться вперед. Решающим стал момент, когда защитник Хаузер особым спиральным броском отдал пас вперед почти на 40 метров  --  впервые в истории футбола. Еще одна звезда команды, ресивер  Ресивер, или принимающий,  --  игрок в команде нападения, который специализируется на приеме пасов. Главная задача игроков этой позиции  --  пробежать по заданному маршруту, оторваться от опеки защитников и в любой момент принять пас, после чего набрать максимальное число ярдов. Конечная цель игрока  --  дойти до очковой зоны оппонента и занести тачдаун. Альберт Эксендайн, поймал мяч, выбежал с ним за пределы поля, пробежал вдоль его кромки, чтобы обойти защитников, снова вбежал на поле и заработал тачдаун. Игра закончилась со счетом 18:4 в пользу Карлайла. Благодаря пасу Хаузера считается, что именно в этом матче родился современный американский футбол  --  а вот выбегать за пределы поля вскоре запретили.
Эксперимент Прэтта был сочтен успешным, и в начале ХХ века в стране было открыто около 25 аналогичных школ. Однако сам он был уволен в 1903 году из-за конфликта с Бюро по делам индейцев, чью политику по созданию резерваций Прэтт жестко раскритиковал: "Было бы лучше, гораздо лучше для индейцев, если бы никогда не было никакого бюро".
Карлайлская школа была закрыта в 1918 году. Прэтт продолжал вести общественную деятельность, занимался публицистикой, защищал интересы индейцев. Он умер в 1924 году и был похоронен на Арлингтонском кладбище в Вашингтоне. На его могильном камне написано: "С любовью и в память от учеников и других индейцев".