Тосканский мыслитель и ученый Галилео Галилей (1564–1642) вошел в историю как мученик науки (как и Джордано Бруно). По легенде, после изнурительного суда, пыток и томления в ватиканских казематах инквизиция вынудила его отказаться от гелиоцентризма, которому он нашел доказательства, наблюдая звездное небо в изобретенный им телескоп. Прочитав на коленях текст отречения, семидесятилетний старик якобы прошептал: "Eppur si muove!" ("И все-таки она вертится!")  --  имея в виду, что наша планета все же вращается вокруг Солнца и, таким образом, не является центром мироздания. Эта фраза стала символом непреклонности науки перед религией, ученого перед священником  --  "Я извиняюсь, но в глубине ничуть не изменяюсь" эпохи барокко.
На самом деле непосредственно о физике и астрономии на этом процессе не спорили: защищать коперниковcкую теорию Галилею было запрещено еще семнадцатью годами раньше, в Риме же он лишь пытался доказать, что ему не возбранялось обсуждать это еретическое учение. Пыткой Галилею, скорее всего, угрожали  --  но большинство исследователей считают, что до физического насилия дело не дошло (тут надо сказать, что интерес к этому вопросу особенно характерен для советской историографии, в итальянских и англоязычных источниках он практически не обсуждается за отсутствием каких-либо свидетельств). 
В камере ему тоже побывать не пришлось: большую часть времени в Риме он прожил в резиденции тосканского посла. В период самых частых допросов он провел две недели в палаццо делла Минерва, где проходили суды инквизиции,  --  там ему предоставили несколько комнат и слугу. После суда Галилей отправился под домашний арест в свою виллу Арчетри близ Флоренции, где продолжил работу над книгой о механике, которую успел опубликовать. Все это, впрочем, не отменяет унизительности приговора и тяжести процесса: ученый к тому времени был уже стар и сильно болен, что засвидетельствовал даже флорентийский врач инквизиции  --  он дал заключение, что на суд в Рим обвиняемый может ехать только с угрозой для жизни. 

Одно можно сказать точно: фраза "Eppur si muove" не встречается

ни в одном из современных Галилею источников  --  ни в протоколах суда, ни в последующих работах и переписке ученого. Ее не зафиксировал и последний ученик и первый биограф Галилея Винченцо Вивиани.
Впервые она появляется в хрестоматии "Italian library", составленной литератором Джузеппе Баретти и опубликованной в Лондоне в 1757 году, то есть спустя 124 года после суда. Баретти пишет: "Как только Галилей был отпущен на свободу, он поднял глаза к небу, затем опустил их на землю, сделал шаг и в задумчивости произнес: „Eppur si muove“".
Некоторые исследователи, в том числе Стиллмен Дрейк и Стивен Хокинг, считают, что вполне в характере Галилея, страстного и нетерпимого к перечащим спорщика, было бы поставить таким образом точку в тяжбе с инквизицией. Он мог сделать это  --  но, конечно, не в зале суда, где неосторожная фраза обесценила бы все его оправдания и ужесточила приговор, а по пути в резиденцию своего друга и единомышленника архиепископа Асканио Пикколомини. Впрочем, здесь заканчивается наука и начинаются праздные домыслы  --  по сути, кроме анализа характера ученого, других аргументов в пользу этой теории нет.
Есть, однако, одно доказательство более раннего происхождения легенды о "Eppur si muove". Антонио Фаваро, исследователь конца XIX  --  начала XX века и куратор титанического труда по публикации всего письменного наследия Галилея, описывает следующую историю. В частной коллекции в Бельгии хранилась картина Бартоломе Эстебана Мурильо или кого-то из художников его школы, изображающая Галилея в тюрьме. В 1911 году полотно было отдано на реставрацию и оказалось, что часть его скрывалась под рамой; там,

на стене за спиной ученого, была обнаружена надпись "Eppur si muove". Картина датирована 1643 или 1645 годом  --  то есть была создана вскоре после смерти Галилея.
Современный биограф Галилея Джон Хейлброн предполагает, что картина была заказана генералом Оттавио Пикколомини, братом архиепископа Асканио Пикколомини  --  так что, возможно, именно ему принадлежит фраза, ставшая крылатой.