@transform(runLCA, suffix(".lca.gz"), ".taxa.gz")
def buildLCA(infile, outfile):
    statement = '''zcat %(infile)s 
                   | python %(scriptsdir)s/lca2table.py
                     --summarise=individual
                     --log=%(outfile)s.log
                   | sed -e 's/order/_order/g'
                   | gzip > %(outfile)s'''
    P.run()

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tabulate LCA output into nice format. Per read assignment
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomecommunities.py/buildLCA