@transform(runLCA, suffix(".lca.gz"), ".taxa.count")
def countLcaTaxa(infile, outfile):
    statement = '''zcat %(infile)s |
                   python %(scriptsdir)s/lca2table.py
                   --summarise=taxa-counts
                   --log=%(outfile)s.log
                   > %(outfile)s'''
    P.run()

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count the number of taxa as found using LCA algorithm
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomecommunities.py/countLcaTaxa