@follows(mkdir("kegg.dir"))
@transform(runLCA,
           regex("(\S+)/(\S+).lca.gz"),
           add_inputs(buildKeggTable),
           r"kegg.dir/\2.kegg.counts")
def countKeggAssociations(infiles, outfile):
    infile = infiles[0].replace(".lca", ".kegg")
    kegg_table = infiles[1]
    level = PARAMS.get("kegg_level")
    statement = '''zcat %(infile)s |
                   python %(scriptsdir)s/lcakegg2counts.py
                   --kegg-table=%(kegg_table)s
                   --level=%(level)s
                   --method=proportion
                   --log=%(outfile)s.log
                   > %(outfile)s'''
    P.run()

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Sets inband target field index
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomecommunities.py/countKeggAssociations--crossover with--dataset/ETHPy150Open sysdream/pysqli/pysqli/core/context.py/Context.set_inband_target