@merge(countReads, "reads_summary.load")
def loadReadCounts(infiles, outfile):

    to_cluster = False
    outf = P.getTempFile()
    outf.write("track\ttotal_reads\n")
    for infile in infiles:
        track = P.snip(infile, ".nreads")
        lines = IOTools.openFile(infile).readlines()
        nreads = int(lines[0][:-1].split("\t")[1])
        outf.write("%s\t%i\n" % (track, nreads))
    outf.close()
    inname = outf.name

    tablename = P.toTable(outfile)
    statement = '''python %(scriptsdir)s/csv2db.py -t %(tablename)s --log=%(outfile)s.log 
                  < %(inname)s > %(outfile)s'''
    P.run()
    os.unlink(outf.name)

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# Preprocessing reads for community analysis
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load read counts into database.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomecommunities.py/loadReadCounts