Porém, estava escrito que a «D. Fernando» não haveria de perecer no mar alto. Em 1943, quatro anos depois de ter deixado de ser navio-chefe, a «D. Fernando II e Glória» foi entregue à Direcção dos Serviços Marítimos. Estava a ser usada como navio-escola para rapazes quando, em 3 de Abril de 1963, um operário inadvertidamente pegou fogo ao navio quando trabalhava, «abaixo da coberta, na casa do motor», com um maçarico. Apesar de todos os esforços, a fragata acabou por naufragar, tendo ficado encalhada no lodo do Tejo, a leste do Arsenal, onde permaneceu até ao ano passado.