A redução do orçamento da Biblioteca para 1998 também não deixou Bethencourt satisfeito: este ano, a verba total disponibilizada para aquela instituição pública foi de 1,5 milhões de contos, ou seja, menos 47 mil contos do que em 1997. A mesma fonte do Ministério diz que, se tal tivesse acontecido, Francisco Bethencourt ter-se-ia demitido de imediato. Confrontado com estas questões, Bethencourt chama-lhe «coisas que não têm importância», e garante ter saído do cargo de boas relações com Manuel Maria Carrilho. Prefere salientar a construção da intranet da BN -- «foi feito um concurso público e adjudicada a tarefa» -- e a substituição do sistema informático central da instituição. «São investimentos muito importantes, que alteraram já a fisionomia da biblioteca», realça o ex-director, que regressa a tempo inteiro à Universidade Nova de Lisboa, onde é coordenador do mestrado em Economia e Sociologia Histórica.