Mas as divergências entre os parceiros europeus e norte-americano parecem incidir sobretudo na questão de saber quem comanda. Washington continua a opor-se à atribuição do comando Sul da NATO (em Nápoles), detido hoje por um almirante americano, a um oficial europeu -- que os seus aliados reivindicam, no quadro da criação de «uma identidade europeia de defesa» no seio da organização. Mas, segundo fontes diplomáticas em Bruxelas citadas pela AFP, «a Alemanha, França, Itália e Espanha, nomeadamente, consideram como normal que os comandos regionais sejam confiados a europeus, dado que os EUA detêm os dois comandos estratégicos supremos (Saclant e Saceur)». Estrategicamente, contudo, o QG de Nápoles assume grande importância na manutenção da estabilidade nos Balcãs (como na Bósnia, presentemente) e no Mediterrâneo, representando um ponto de apoio fundamental para os interesses americanos no Médio Oriente e no Golfo. A América alega ainda que nunca colocará a VI Esquadra, do Mediterrâneo, sob um comando que não seja americano.