Depois da abertura do Instituto Central, em 44, o HC se multiplicou em mais quatro institutos, em torno do prédio inicial, que fica atrás da FMUSP, em Pinheiros (zona oeste de São Paulo). Em 51 foi fundado o Instituto de Ortopedia. Em 52, o de Psiquiatria. Em 75, o Incor e, em 76, o da Criança. O Incor surgiu em 1975 com um sistema de funcionamento diferente: além do atendimento gratuito (80% dos casos) recebe também pacientes pagantes e de convênios médicos. O dinheiro é revertido para a Fundação Zerbini, que banca 55% dos custos do hospital. Hoje o sistema funciona em todo o HC, através da Fundação Faculdade de Medicina, mas o atendimento conveniado e particular ainda é raro.