Ao Hospital de S. Francisco Xavier, o prioritário motor das investigações que acabaram por recaír sobre o Ministério de Leonor Beleza, dedicou Nuno Delerue 30 das 85 páginas do seu relatório. Reconhece-se que «o ritmo inabitual das obras e dos fornecimentos terá levado à preterição de regras e processos de decisão destinados a assegurar a objectividade de critérios na escolha de co-cotratante» para o Estado. Admite-se, no tocante ao capítulo da informatização do hospital, que da investigação «ressalta a inobservância de diversos formalismos legais, para além de que uma das empresas fornecedoras assessorava a administração do hospital».