Depois da entrada no Mercado Comum, para além de verem quase desaparecer os despachantes e ser reduzida a Guarda Fiscal, as alfândegas perderam ainda muitos dos seus quadros. Paralelamente, continuam dotadas de sistemas de controlo documental e presencial obsoletos. Na Holanda, por exemplo, já existem sistemas dotados de raios X para analisar o interior de contentores sem os violar.