Foi no 1º de Dezembro de 1652 que o Tribunal do Santo Ofício consumou a sua vitória sobre a vontade de D. João IV, rei restaurador. Nesse dia, na sua presença, recomeçaram os autos-de-fé que a Restauração interrompera. Uma presença considerada necessária pelo inquisidor-mor, que fez ele próprio o convite para que o rei não pudesse esquivar-se à cerimónia. Para a fogueira foram atirados Manuel Fernandes de Vila Real, Francisco Gomes Netto, Simão Rodrigues Nobre e Brites Gomes. Os dois primeiros, em especial Manuel Fernandes, eram das relações pessoais do rei. Simão Nobre, tabelião e advogado de profissão, era um notável da cidade da Guarda. Do lote também fazia parte Duarte da Silva, o maior banqueiro português, amigo pessoal do Padre António Vieira, financeiro reconhecido da corte. Foi o único que D. João IV conseguiu salvar das chamas. Abjurou, os juízes aceitaram o seu arrependimento de cristão-novo judaizante e foi condenado a cinco anos de degredo no Brasil. Para os outros, apesar de também se mostrarem dispostos a abjurar todas as máculas de judaísmo, não houve compaixão. O julgamento era político. Era preciso tornar claro, sobretudo ao rei, que em Portugal a nova relação de poderes passava sem ele.