Segundo informou o secretário-executivo do Ministério da Ciência e Tecnologia, Oskar Klingl, a AEB deverá trabalhar em sistema de cooperação, através de convênios ou de compra de serviços de outros órgãos do governo que atuam no setor. O Inpe (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais) continuará subordinado ao Ministério da Ciência e Tecnologia, e o Ministério da Aeronáutica permanecerá como coordenador do CTA (Centro Técnico Aeroespacial) e da base de lançamentos de Alcântara, localizada no Maranhão.