Junqueira quer deixar ao sucessor um estudo sobre as prioridades da secretaria. Entre elas estão a construção de três presídios de regime semi-aberto (como as prisões agrícolas) e um manicômio. Segundo ele, o Estado tem um déficit de 10 mil vagas em presídios. Só a criação dessas vagas é que, segundo ele, poderia acabar com a superlotação das cadeias públicas e distritos policiais.