Mais subtil nas suas críticas, o Reitor da Universidade de Coimbra, Rui de Alarcão, apontou a Constituição da Republica para lembrar o dever, por parte do Estado, de apoio e incentivo à investigação científica. «Ninguém duvida que é ao Governo que compete governar, mas deve fazê-lo não tanto com base numa ideia impositiva, mas através do diálogo com a comunidade científica e da Universidade», sublinhou. Um alerta para que, «pelo menos, não deixem de ser salvaguardados os aspectos mais positivos do INIC», «já que o realismo de cada um de nós não nos permite ter esperança de não assistir à sua extinção». Apesar de tudo, Fernandes Thomaz não alterou o seu discurso escrito, ao longo do qual sublinhou o facto «do carácter específico da investigação universitária ser por vezes desvirtuado numa busca de sucessos académicos afastada da actividade docente e por vezes em oposição a ela». Para salientar que «é essencial preservar os objectivos de formação que caracterizam a instituição, ao mesmo tempo que, de forma equilibrada, se procede à abertura para a realização de tarefas suscitadas pelo exterior». É que, de acordo com Fernandes Thomaz, «as solicitações são muitas e grandes são também as tentações de ir buscar, através dos mecanismos de contrato com entidades exteriores, os meios que por vezes faltam».