A nível ecológico, das 173 espécies de animais dependentes do Mar de Aral já desapareceram 135, entre as quais se incluem 24 espécies de peixes nativas que não aguentaram o aumento da salinidade. Como se tudo isto não bastasse, em 1993 o Mar de Aral separou-se em dois lagos -- o Pequeno Mar de Aral (no norte, alimentado pelo rio Sirdária) e o Grande Mar de Aral (no sul, alimentado pelo Amudária).