Estes desaparecimentos de timorenses na sequência de operações dos militares indonésios não se verificaram apenas em Díli. Há também conhecimento de situações semelhantes na cidade de Bacau, onde desapareceram 25 pessoas antes deste massacre e 40 já depois. Em Ainaro, continua a desconhecer-se o paradeiro de entre 75 e 80 timorenses, segundo um membro da comunidade religiosa local, dois dos quais já após o massacre de 12 de Novembro. Los Palos, na ponta leste de Timor, é outro dos sítios onde se terão verificado desaparecimentos depois do massacre de Díli, estes em número de 18. A força dos militares indonésios