Com base num projecto da autoria de Ricardo Vieira (CDS), a proposta atribui ajudas de custo idênticas às dos membros do governo, abonadas para cada dia de presença em reunião plenária, de comissões ou noutras convocadas pelo presidente. Além do subsídio de viagem e marcha na região, de acordo com o regime aplicável ao funcionalismo público, os deputados beneficiam, para fora da região, no território nacional, de deslocações pagas e ajudas de custo até ao limite correspondente ao valor da remuneração mensal, ficando as deslocações ao estrangeiro condicionadas ao despacho do conselho administrativo. Anteriormente, o estatuto remuneratório permitia que os deputados beneficiassem de duas passagens por cada sessão legislativa entre Funchal-Lisboa-Funchal ou Funchal-Açores-Funchal, «no exercício das funções de deputado ou por causa delas». Na auditoria feita pelo Tribunal de Contas, TC, verificou-se que 90 por cento dos deputados requeria o itinerário mais caro (Açores) sem o cumprir, convertendo depois o valor excedente numa conta-corrente para outras deslocações. Independentemente desta «fuga», outras irregularidades foram detectadas pelo TC que apurou terem sido gastos mil contos em viagens legais e 7643 em ilegais em 1989, enquanto em 1990 as legais somaram 974 contos e as deslocações ilegais atingiram os 8247 mil contos.