北京新发地病毒来自欧洲方向，可能是怎么传入的？今后该如何防控？
感谢大家的支持，我进行了一个史诗级更新，从1500字更新到了4000字，加了配图，还补充了参考资料，同时补上了一些大家关心的问题以及更新了一些新的动态。 昨天晚上，北京市疾控中心专家杨鹏在接受央视新闻采访的时候表示：对北京新发地病毒进行全基因组测序发现，病毒是从欧洲方向来的，初步判定与输入性有关。[1] 今天，中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友接受人民日报专访时表示，从病毒的组成结构来看，此次病毒不像北京两个月以前出现病例的毒株，更像欧洲的，但是欧洲的不代表来自欧洲国家，欧洲的概念是广泛的，包括要跟美国病毒毒株进行分析，大部分来自欧洲，俄罗斯的病例大部分也是源于欧洲，也就说我们实验室的检测结果显示毒株源于欧洲可能来自欧洲国家，也可能来自美洲国家，也可能来自俄罗斯，还有待与进一步的收集信息来帮助判断。[2]  那么可能很多同学会问，怎么从基因组测序的结果看出来病毒的来源的呢？为什么说是欧洲方向的病毒，又不能确定是来自欧洲还是美国还是俄罗斯呢？ 这里边就涉及到生物信息学的基因组比较工作。 我们知道，病毒在复制过程中，是非常容易变异的，病毒在传播到不同地区传播的时候，会产生一些特异性的变异。 打个比方，最早是5个亲兄弟，彼此长得都非常像，但是现在5个兄弟分家了，每个人去了一个大洲，然后各自在当地传宗接代，那么他们的后代就携带着5个祖先的特征，但是在后代自我繁殖的过程中会产生各自新的特征。这样几代甚至十几代以后，就会出现当地的家族特色。 举个例子，病毒A0原来的结构是aaabbbcccddd，它在传播中产生了突变，突变的后代变A1成了aaabbacccddd,那么A1它的后代A2可能就会变成了aaabbaccaddd，A2的后代A3病毒可能会突变为aaabbaccadda。当然这是最简单的一个突变遗传，现实的病毒在突变中会发生非常多的情况，比如逆向突变，重组等等。 但他们的突变还是会有类似的规律的，根据这个突变规律，我们能发现不同地区的病毒特色以及他们的亲缘关系。 我们国家建立了一个新冠病毒的数据库，其中由国家基因组科学数据中心牵头，整合了世界卫生组织（WHO）、中国疾病预防控制中心（CDC）、美国国家生物技术信息中心（NCBI）、全球流感序列数据库（GISAID）等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据。 那么我们根据不同病毒的中间的亲缘远近，可以绘制出一幅系统演化树来。  此图超大超长，感兴趣的可以去参考资料地址看原图。[3] 有了这个类似于我们族谱一样的演化树以后，我们可以观察到，每个小分叉离得越近，就说明他们关系越近，离得远就是亲缘关系远。 我们在遇到一个新发现的新冠病毒的时候，比如这次在新发地发现的新冠病毒，我们就可以通过病毒的测序结果，来与这个族谱进行比较，来确认他们的亲缘关系，就像做亲子鉴定一样。 所以北京CDC专家说病毒来自于欧洲，我估计就是他们的测序结果在系统演化树里比较与欧洲的一些病毒亲缘关系最近的缘故。 那么为什么吴尊友又说，欧洲的病毒不一定来源于欧洲呢？我们接下来再看一幅图。   上图是来自GISAID数据库的分析结果。GISAID数据是一个国际合作平台，各国科学家把自己国家得到的病毒测序结果上传到这个数据库里供更多的科研人员分析。 科研人员根据其中接近3000个数据，画了一个病毒的关系图[4]，离中心越近的病毒约接近于他们祖辈，越远的病毒就是他们的后代。就像我刚才说的，一个大家族开枝散叶了一样，形成了不同的家族。 其中不同颜色的点代表着来自不同国家的测序结果。比如最深颜色的部分是来自于中国的病毒测序结果。但是仔细看你会发现各国的病毒并没有产生绝对的族群关系，那这又是为什么呢？ 病毒是不会跑的，但是他的载体会跑。比如一个中国的感染者去了美国，就把中国族群的病毒带到了美国。那么接下来一个意大利的感染者去了美国，同样会把意大利的族群的病毒带去美国。美国早期没有起到隔离检查的工作，所以全世界的病毒携带者都跑到了美国，导致美国的病毒家族异常的复杂。吴尊友的讲述可以理解为，我们从病毒的亲缘关系来判断它是一种来自欧洲家族的病毒，但是欧洲家族的病毒并不一定都是欧洲来的。 跟没法从单纯的基因角度来判断一个人的国籍一样，现在也很难用生信测序的方法来判断一个病毒的来源，还是要配合流行病学的调查结果。这跟警察破案差不多的流程。 那么我们接下来看，如果基因组测序结果的分析没问题，那么这次在北京爆发的病毒肯定是个外来户（欧洲方向），那么接下来我们试着分析下，这个外来户是怎么来的，也就是做一些流行病学方向的分析推理。 病毒没有腿，一定是有个载体带着它来到北京的。 那么载体无外乎就是人，动物或者是其他的什么物品。 北京在这次疫情之前，已经有相当长的时间没有新发病例，而且所有的输入型病例都做到了严格的分散与隔离治疗措施。所以从各方面来看，由人带进北京来是非常之难的。 至于动物就更难了，活体动物入境的检疫流程考虑下，而且是这个档口，从疫情带入活体动物来难度得有多高。 接下来就说说其他物品。 这次病毒爆发，首当其冲的，是三文鱼？那么三文鱼又怎么了？是锅从天降吗？ 让我们先来回顾下事情脉络。 12日的时候，新发地的董事长张玉玺在新京报的采访中说，只在三文鱼案板上检测出了病毒。 其直接后果是，导致京深海鲜市场被关停。 但是14号但是今天的京深海鲜市场的检查结果出来了，连人，带环境监测，尤其是三文鱼交易部分，全都是核酸检测阴性的结果。 那么有两种可能。 一是只有一个批次的进口三文鱼被污染了，而且不是外包装，是内部的三文鱼或者包装，进口以后运到了京深海鲜市场没有被拆开，所以病毒没有暴露出来。接下来被直接运到了新发地市场。所以京深海鲜市场本身没事，只有新发地有检查到病毒。 第二个可能就是，是新发地的其他来进口物资的病毒源感染，然后造成了新发地的内部交叉污染，污染到了三文鱼区域。 如果是可能一，遇到的问题就是，为什么接触新发地的三文鱼的9个人核酸检测都是阴性的呢？如果源头在进口三文鱼的话，按说这9个人直接接触者被感染的几率是最高的。 如果是可能二，那么海鲜那层除了三文鱼，还有什么是从疫区进口的？牛羊肉或者是鱼虾类产品？有没有在这些区域监测到环境污染？有没有相关的工作人员被感染？ 目前这两个信息不明，我能查到的只有下边这个内容。 6月13日，北京疫情防控新闻发布会。北京市疾控中心副主任庞星火通报，新发地市场有45人咽拭子阳性，发现40件环境阳性样本。 我比较好奇其他这40件环境阳性样本，除了三文鱼案板以外都是什么？以及45个阳性患者中，除了14号北京CDC公布的一些人员信息以外，有没有B1层的工作人员被感染？是哪个区域的？ 所以根据目前的掌握的信息来判断，溯源范围要从进口三文鱼扩大到整个疫区进口的冷链食品上，而且除了前几天提到的航海冷链问题，我最近又查了下，还有航空冷链运输生鲜的。而且这个时间更短，病毒也更有可能保存活性。不过我看到新发地的进口生鲜还大部分都是海运来的。 同时采样范围不光是生鲜食品本身，病毒在一些光滑面包装上都有可能在低温下长期保存活性。外包装，或者内层包装都有可能。甚至在运输中用的冰袋，或者是冰本身，都有可能含有病毒，要知道在新冠病毒的疫区，水里有病毒是常见现象，那么运输冷鲜的冰含有病毒，也不是不可能。 除了本身被污染以外，在其他环节被污染的可能性就更多了。加工，包装，运输，转运，甚至是转运工具本身，各种环节都有可能污染这些物资。 在运达目的地后，污染物资所携带的病毒在随着解冻，拆包装或者二次加工的时候，通过空气传播或者黏膜传播感染了最初的源头1个或者几个患者。 也就是说最初的病人可能是1或多人造成的共同暴露感染，但是现在新发地感染人数这么多，肯定是发生了内部的人传人的交叉感染。新发地的海鲜和牛羊肉交易地点在地下一层，本身就是低温，空气交流很少的地方。很容易成为病毒的滋养的地方，最初感染者在这里感染了其他人员，再加上新发地密集的人员流动，就严重了。 所以现在要急需找到最初感染病毒的那几个人，搞清楚他们从哪里接触的病毒。 有人问我说，这么多人感染了，怎么确定源头呢？是看谁发病早吗？ 发病的早晚肯定是一个因素，同时还要配合流行病学史的调查，以及前边提到的生信分析方法，给所有的患者，以及环境采集到的阳性污染样本，构建系统演化树，我们就能找到他们之间的层级关系，找到最早发病的哪一个或者几个人。然后在根据这几个人的流行病学分析来溯源。 那么针对这种冷链运输，可能存在的，携带病毒问题，要有什么样子的应对措施？ 我建议第一时间停运所有疫区国家的冷链运输，包括空运和海运。因为现在也很难对这种偶发性的病毒传播找到合适的检疫方式，在没有找到切实的检测方法之前，都不建议恢复。很难用一个表面采样或者内部抽样来判断物资是否被污染。就像当年的疯牛病风波一样只能全面禁止，才能杜绝这种传播。 也许有人会觉得这是因噎废食，如此举动会造成一些社会恐慌以及非常大的经济损失。 但是我的判断是，冷链运输的生鲜物资，对于当下的中国来说并不是急需的物资，虽然会损失一部分利益，但是这种情况，当断则断。想想北京这几天就调动了多大的人力物力和财力来进行防疫工作，多少已经开业的商家又被停业，其中带来的经济损失又有多大？和停运疫区国家进口冷链产品带来的经济损失哪个更大？我算不出来，可能需要经济学家来算这笔账。 当然，除了冷链以外，其他疫区国家的进口物资也要进行消毒和检疫后才能通关。以前我们只是在防人，现在看事情变得复杂了，防控措施也必须升级了，这个漏洞必须要堵上。北京的新发地市场可能是一个偶然，但也可能是必然。其他从疫区进口的生鲜产品有没有被病毒污染？亡羊补牢，为时不晚。