计算机辅助药物设计是如何实现从虚拟筛选到新药临床的？
我靠这是我的专业。。。。 鉴于本人不喜欢写长答案，就@王珊的答案做一些更正和补充吧。 先讲下虚拟筛选，一般做研究时候要分体系：1.对于有晶体结构的生物体系，常规流程就是以这个晶体结构为模板，用分子对接软件去筛选商业库（Maybridge和Spece），这个筛选标准就是看匹配打分，看小分子能不能结合到蛋白的口袋中，结合能力如何。因为是商业库，所以筛选得到的分子是可以买到的，拿去做生物测试，证实有活性的下一步就是和药物化学家合作，进行结构改造和构效关系的研究。2. 对于没有晶体结构的生物体系，如果有同家族或者同源性比较高的蛋白已经有晶体结构了，那么可以做同源模型，按照那个晶体结构为你的体系模建一个“晶体结构”出来，然后再做类似的分子对接；什么都没有的，就考虑基于配体的方法，目前比较常用的是相似性搜索，二维和三维的软件都很多，这时候匹配的判断标准就是跟已知活性的模板化合物比，要“相似而不同”才有可能对于同一靶标有活性。 @王珊，你说的QSAR方法现在一般不太用了。你有了hit之后接下来就是一系列的测试，首先当然是要提高活性啦，然后是分子水平---细胞水平--动物模型--药代动力学参数（半衰期、生物利用度等）的临床前测试，这关过了要研究工艺，给药方式这种药剂学的测试；然后是临床，1期健康受试者，2期病人，3期病人放大，大概这样。 总之是很艰苦的过程T.T 有兴趣的同学可以看看郭宗儒编写的《药物分子设计》；蒋华良等编写的《计算机辅助药物设计：方法、原理及应用》等图书。 搞张图给你们展示一下，谢绝人肉啊！！！ 这是我做过的一个课题，已经发掉了。图中青色的是蛋白晶体结构，红色标注出来的是有关键作用的残基，蓝色的是晶体结构里面的原有配体，对接的时候这个当然是挖掉的，理论上你对接出来的“好”的小分子也应该是结合在这个位置的。绿色的是我对接结果中的一个小分子，这个最后实验证实是有活性的，对靶标的IC50是45nM。