Bydd y swyddfa bresennol yn Nhŷ Moelwyn yn cau, gyda staff yn symud i Dŷ Thedford ble mae canolfan waith y dref wedi'i lleoli ar hyn o bryd.
Roedd y ganolfan i fod i gau, fel swyddfeydd y corff yn Wrecsam ac Abertawe, wrth i ganolfan ranbarthol newydd gael ei sefydlu yng Nghaerdydd.
Ond mae'r penderfyniad yn golygu y bydd gwasanaethau iaith Gymraeg HMRC yn parhau i gael eu darparu o'r dref.
Dywedodd Gweinidog Swyddfa Cymru, Guto Bebb AS: "Rydw i wrth fy modd ein bod ni wedi llwyddo i ddiogelu'r swyddfa bwysig hon, sydd yn darparu gwasanaeth hanfodol i siaradwyr Cymraeg.
"Mae sawl adran o fewn Llywodraeth y DU yng Nghymru wedi gweithio'n galed i sicrhau hyn ac mae'n dangos beth allwn ni ei gyflawni wrth weithio gyda'n gilydd i ddod i ddatrysiad.
"Mae hyn yn profi ymrwymiad Llywodraeth y DU i'r iaith Gymraeg ac i sicrhau ein bod ni'n elwa o gyd-leoli swyddfeydd llywodraeth er mwyn sicrhau gwerth i'r trethdalwyr."
Mae AS Plaid Cymru dros Ddwyfor Meirionnydd wedi croesawu'r newyddion, gan ddweud ei bod yn "falch" bod y llywodraeth "wedi ymateb yn gadarnhaol i bryderon pobl leol".
Ychwanegodd Liz Saville Roberts bod Porthmadog yn le "perffaith" i weithwyr HMRC, er mwyn "denu a chadw siaradwyr Cymraeg yn yr ardal lle mae Cymraeg yn iaith gymunedol a phroffesiynol".
Dywedodd cadeirydd Cyngor Tref Porthmadog, Simon Brooks, ei fod yn "hapus" fod y swyddi wedi'u diogelu.
"Mae hyn yn newyddion ardderchog i'r gweithwyr a'u teuluoedd, ac i'r gymuned gyfan," meddai.
"Mae hefyd yn hwb i'r iaith Gymraeg yn ardal Porthmadog."
Mae adran Cyllid a Thollau Ei Mawrhydi (HMRC) wedi cyhoeddi y bydd 17 o swyddi yn swyddfa dreth Porthmadog yn cael eu cadw.