Mae gorchmynion diogelu FGM yn gwahardd merched sydd mewn perygl o'r arferiad rhag cael eu cymryd y tu allan i'r DU.
Mae ffigyrau sydd wedi dod i law'r NSPCC yn dangos nad  oes un achos o orchymyn llys wedi bod yng Nghymru i gymharu gyda 77 yn Lloegr rhwng Mehefin 2015 - Gorffennaf 2016.
Mae'r NSPCC wedi dweud nad oes gan FGM "unrhyw le mewn cymdeithas."
Mae torri organau rhywiol yn anghyfreithlon ym Mhrydain ers 1985 ac mae'r arferiad yn cael ei wneud yn aml am resymau crefyddol a diwylliannol mewn rhai cymunedau.
Gallai unrhyw un wneud cais am orchymyn diogelu yn erbyn FGM ers 2015, mae hyn yn rhoi hawl i'r llys ddiarddel dogfennau teithio i atal unrhyw ferch rhag teithio dramor.
Dywedodd llefarydd ar ran elusen Women's Aid: "Mae angen dangos agwedd gryfach tuag at gefnogi'r gwasanaethau arbenigol a thuag at ferched sydd yn cael eu heffeithio gan FGM.
"Er bod mesurau mewn lle yn gyfreithiol, mae cyn lleied o bobl sydd wedi cael ei herlyn yng Nghymru yn dangos bad angen ymrwymiad cryfach."
Dywedodd pennaeth yr NSPCC, John Cameron, bod FGM yn enghraifft o "gam-drin plant" ac yn erbyn y gyfraith.
"Mae'n hanfodol i bawb ddeall bod FGM yn cael effaith  fawr ar y dioddefwr," meddai.
Mae llefarydd ar ran y swyddfa Gartref wedi ymateb drwy ddweud: "Mae FGM yn broses dreisgar na ddylai unrhyw ferch fynd drwyddo.
"Mae'r gyfraith sy'n ymwneud gyda FGM wedi cryfhau. Mae 'na gynlluniau yn bodoli i godi ymwybyddiaeth o FGM a'r mesuriadau cyfreithiol i daclo'r broblem. Mae hyn yn golygu cydweithio gyda'r Heddlu a mudiadau cymdeithasol," meddai.
Ymateb Heddluoedd Cymru:
Dywedodd Heddlu Gwent: Nad oedden nhw wedi gwneud cais am unrhyw un o'r mesurau diogelwch FGM, oherwydd bod y mesurau diogelwch sydd mewn lle ganddyn nhw yn barod yn golygu "nad oedd angen y gorchmynion amddiffyn penodol yma" arnyn nhw.
Dywedodd Heddlu'r Gogledd: Fel arfer gwneir cais gan yr unigolyn dan sylw neu gan "berson arall perthnasol" ac nid yr heddlu.
Gofynnwyd i luoedd Dyfed-Powys a De Cymru hefyd i wneud sylwadau.
Mae ffigyrau yn dangos nad oes un achos o ddiogelu merched rhag cael eu horganau rhywiol wedi eu torri (FGM) wedi bod o flaen llys yng Nghymru, yn ôl un elusen.