Cafodd Henry Ayabowei, 27 oed, ei ganfod gan yr heddlu y tu allan i glwb nos Peep ychydig cyn 02:00 fore Sadwrn.
Fe gafodd ei gludo i Ysbyty Gwynedd, cyn cael ei drosglwyddo i Stoke, lle bu farw fore Sul.
Fe fydd Kieran Terrence Roberts, 26 oed, yn ymddangos gerbron Llys Ynadon fore Mercher i wynebu cyhuddiad o lofruddiaeth.
Roedd Mr Ayabowei, a oedd yn cael ei adnabod fel Henry Esin, yn dod o ardal Llangefni ac yn dad i ddau o blant.
Mae'r heddlu sy'n ymchwilio i farwolaeth dyn ym Mangor, Gwynedd, dros y penwythnos, wedi cyhuddo dyn o'r ddinas o lofruddiaeth.