Yn ôl Mr Corbyn fe fyddai polisi o'r fath - polisi sy'n cael cefnogaeth rhai o ASau Llafur - yn anodd i'w weithredu.
Gwnaeth ei sylwadau mewn cyfweliad gyda BBC Cymru.
Mae grŵp amlbleidiol o aelodau seneddol yn Nhŷ'r Cyffredin wedi awgrymu y dylai rheolaeth niferoedd mewnfudo gael ei ddatganoli i Lywodraeth Cymru yn sgil Brexit.
Ond dywedodd Mr Corbyn: "Rwy'n meddwl byddai hyn yn anodd ei weithredu, oherwydd pe bai chi yn gosod terfyn Cymreig ar fewnfudo, neu yn dechrau gwneud yr un math o beth ar gyfer rhanbarthau Lloegr, a fyddwch wedyn yn rhwystro hawl y bobol hynny i symud o fewn y DU?"
Fe wnaeth Mr Corbyn hefyd wrthod awgrym gan Brif Weinidog Cymru, Carwyn Jones, fod polisi'r Blaid Lafur yn "rhy Lundeinig" a bod gweddill Prydain yn gweld mewnfudo mewn modd gwahanol i Lundain.
Dywedodd Mr Corbyn y dylai'r pwyslais fod ar sicrhau mynediad i'r farchnad Ewropeaidd yn dilyn Brexit.
"Mae'n rhaid i'r flaenoriaeth fod ar sicrhau fod gan swyddi yn y diwydiannau cynhyrchu ym Mhrydain rhywle i werthu eu nwyddau - pe bai ni'n torri cysylltiadau ag Ewrop rydym yn wynebu problem go iawn  gyda diogelu'r diwydiannau cynhyrchu."
Er gwaetha' canlyniad arolwg barn diweddar sy'n awgrymu fod cefnogaeth i'r blaid yng Nghymru ar ei lefel isaf ers saith mlynedd, dywedodd Mr Corbyn fod Llafur mewn "cyflwr da ac yn ysu am frwydr."
Dywedodd y byddai'n ymgyrchu yn galed yng Nghymru cyn etholiadau'r cynghorau lleol ym mis Mai a bod ei blaid mewn "sefyllfa dda" er yr arolwg barn.
Mae'r arweinydd Llafur Jeremy Corbyn wedi dweud y byddai caniatáu i Lywodraeth Cymru osod rheolau ar fewnfudo yn dilyn Brexit yn rhywbeth fyddai'n "llawn problemau".