Mae'r ystod o ddigwyddiadau yn cynnwys picnic yn Sir Ddinbych a cydganu ym Mae Caerdydd.
Dywedodd Llywydd y Cynulliad, Elin Jones, mai'r nod ydy dod â chymunedau at ei gilydd.
Mae gŵr Jo Cox, Brendan, wedi dweud bod y digwyddiadau'n sicrhau y "bydd naws yr Ymgynulliad Mawr yn cael ei deimlo mewn cymaint o wahanol ffyrdd".
Dywedodd Ms Jones: "O drychineb marwolaeth Jo, mae ei gŵr, Brendan Cox yn gweithio i ddod â chymdogaethau a chymunedau at ei gilydd, a dyna pam ein bod ninnau hefyd wedi dod ynghyd i ddathlu bywyd Jo.
"Fel y dywedodd Jo, mae gennym lawer mwy yn gyffredin na sy'n ein rhannu, ac rwyf am ddiolch i bawb am ddangos eu cefnogaeth heddiw."
Dyweodd Brendan Cox: "Cefais fy nghyffwrdd gan y ffordd y mae pobl Cymru wedi uno y tu ôl i'r syniad o'r Ymgynulliad Mawr.
"Mae'n anrhydedd i mi fod Cynulliad Cenedlaethol Cymru wedi cynnal ei ddigwyddiad ei hun. Bydd yn gosod esiampl ar gyfer y llu o ddigwyddiadau y gwn sy'n cael eu cynnal ledled Cymru dros y penwythnos.
"O bicnic yn Theatr Clwyd yng Ngogledd Cymru i'r Sgowtiaid a'r Girl Guides yn dod ynghyd yng Nghaerfyrddin, a chydganu ym Mae Caerdydd, bydd naws yr Ymgynulliad Mawr yn cael ei deimlo mewn cymaint o wahanol ffyrdd.
"Pan fydd pobl yn ceisio ein rhannu a gyrru cymunedau ar wahân rydym yn dangos ein cryfder drwy wrthod casineb a dod at ein gilydd gyda phenderfyniad i beidio byth â gadael i'r eithafwyr ennill."
Dywedodd y Prif Weinidog Carwyn Jones: "Rydym i gyd wedi cael ein heffeithio'n ddwfn gan yr ymosodiadau terfysgol yn Llundain a Manceinion, ond mae'n rhaid i ni uno yn wyneb trallod.
"Mae'r Ymgynulliad Mawr yn gyfle amserol i wrthod rhaniadau ac, yn lle hynny, i ddod â phobl at ei gilydd. Bydd ein gobaith, ein hagosatrwydd a'n hundod bob amser yn trechu casineb, a'r rheini sy'n ceisio'n gwahanu."
Bydd digwyddiadau yn cael eu cynnal yng Nghymru a thu hwnt ddydd Sadwrn i gofio am yr Aelod Seneddol Jo Cox, gafodd ei llofruddio yn ei hetholaeth flwyddyn yn ôl.