Cafodd y beiciau a'r olwynion sbâr eu dwyn o fan y tîm rhwng 19:30 nos Sadwrn ac 08:00 fore Sul.
Mae Heddlu'r De yn ymchwilio i'r digwyddiad a ddigwyddodd y tu allan i Westy Premier Inn ar Ffordd Pentwyn.
Roedd y tîm yn aros yn y brifddinas nos Sadwrn yn barod ar gyfer ras Velothon Cymru sydd yn cael ei chynnal yng Nghaerdydd a'r cyffiniau ddydd Sul.
Mae neges trydar y tîm yn dweud: "Plis rhannwch y neges er mwyn gweld a all y beics gael eu canfod".
Mae beiciau Pinarello Bolide TT yn costio o leiaf £10,000 ac y mae prisiau olwynion Zipp 404 oddeutu £650 yr un.
Cafodd Tîm Wiggins ei sefydlu gan y pencampwr Olympaidd Syr Bradley Wiggins yn 2015 er mwyn datblygu seiclwyr ifainc ym Mhrydain.
Mae pedwar beic o eiddo Tîm Wiggins ac offer seiclo - y cyfan yn werth o leiaf  £40,000, wedi cael eu dwyn yng Nghaerdydd.