Mae dyn lleol 48 oed wedi ei arestio ar amheuaeth o lofruddio ac mae yn y ddalfa.
Cafodd swyddogion eu galw i eiddo yn Sgwâr y Capel ychydig cyn 20:00 ddydd Llun yn dilyn adroddiadau am ddigwyddiad difrifol.
Bu farw'r dyn, nad oedd yn lleol i'r ardal, yn y fan a'r lle er ymdrechion gan barafeddygon ag heddweision i geisio achub ei fywyd.
Mae'r crwner wedi cael gwybod ac fe fydd post mortem yn cael ei gynnal yn ddiweddarach ddydd Mawrth.
Dywedodd y Ditectif Prif Arolygydd Arwyn Jones: "Rwy'n apelio ar unrhyw un sydd gyda gwybodaeth am y digwyddiad trasig yma i gysylltu.
"Rwy'n ymwybodol fod y digwyddiad wedi digwydd yng ngolau dydd, ger tafarn ac felly mae'n debyg fod nifer fawr o bobl yno ar y pryd.
"Fe fyddwn yn gofyn i unrhyw un oedd wedi clywed unrhyw beth, fel sgrechian, gweiddi neu ffrwgwd, oedd heb feddwl dim am y peth ar y pryd, i gysylltu gyda ni.
Ychwanegodd: "Er bod dyn yn y ddalfa, hoffwn bwysleisio fod yr ymchwiliad newydd gychwyn. Ni ddylai'r ffaith fod dyn yn y ddalfa olygu na ddylai unrhyw un sydd gyda gwybodaeth beidio â'i gynnig.
"O gofio am ddigwyddiadau diweddar, hoffwn hefyd sicrhau'r cyhoedd nad oedd hwn yn ddigwyddiad terfysgol, ond fe fydd pobl yn sylwi ar fwy o bresenoldeb yr heddlu yn yr ardal wrth i ni ymchwilio."
Mae teulu'r dyn sydd wedi marw wedi cael clywed am y farwolaeth ac mae swyddogion arbenigol yn cynnig eu cefnogaeth.
Mae'r heddlu yn gofyn i unrhyw un sydd gyda gwybodaeth i gysylltu drwy ffonio 101 gan ddefnyddio'r cyfeirnod V078270.
Mae Heddlu Gogledd Cymru'n apelio am wybodaeth wedi i ddyn 19 oed farw ar ôl iddo gael ei drywanu yng Nghei Connah.