Dywedodd yr RNLI eu bod wedi lansio bad achub am 11:00 i fynd i helpu'r dyn yn ei bedwardegau, a bod gwylwyr y glannau a hofrennydd o Gaernarfon hefyd wedi cynorthwyo.
Cafwyd hyd i'r dyn yn ei bedwardegau, oedd yn gwisgo'r offer diogelwch priodol, yn gafael yn y caiac ar ôl methu â dringo nôl arno.
Roedd yn dangos arwyddion o dansuddo, a chafodd ei drosglwyddo i Ysbyty Gwynedd ym Mangor.
Cafodd bad achub eu galw ddydd Gwener wedi i gaiaciwr fynd i drafferthion oddi ar arfordir Ynys Môn.