ב-ynet תקפו את נפתלי בנט על רקע יחסו לעבודה מאורגנת, אבל הנהלת האתר נלחמה בעצמה בעובדי האתר שניסו להתארגן, ואף ספגה בשל כך ביקורת מבית-המשפט בכמה ערכאות
מאז שנפתלי בנט נעדר ממליאת הכנסת בהצבעה על "חוק ישראל היום", היחס כלפיו ב"ידיעות אחרונות" ו-ynet השתנה בבת אחת. במקום שבחים ותצלומים מחמיאים, החל לספוג ביקורת וסיקור שלילי. ביום חמישי העלה האתר ידיעה על דברים שאמר בנט תחת הכותרת "בנט: ועדי העובדים – כישלון ניהולי". לטענת בנט, כפי שכתב בעמוד הפייסבוק שלו, הכותרת מעוותת את דבריו כיוון שהוא תומך בעבודה מאורגנת, אולם מתנגד לוועדי עובדים בחברות הייטק. נוסף לכך טוען בנט כי הכתבת החתומה על הידיעה, בילי פרנקל, העידה שקבלה על כך בפני העורך, וזה סירב לשנות את הכותרת. גם מי שמחזיק בדעה כי אין להבדיל בין עובדי הייטק לבין עובדים אחרים ביחס לזכות ההתארגנות יבחין בוודאי בפער בין האופן שבו מוסגרו דבריו של שר הכלכלה לבין יחס הנהלת האתר כלפי זכות ההתארגנות של עובדיו. בדף הבית של ynet הוגדרה אמירתו של בנט כ"התבטאות מעוררת מחלוקת", ובאופן כללי האמירה מוסגרה כראויה לגינוי. ידיעת המשך נתנה הד לביקורת שהשמיעו חברי-כנסת מהאופוזיציה על דברי בנט. האמירה של בנט אכן מעוררת מחלוקת, אולם ספק אם ynet הוא כלי התקשורת שיכול למתוח עליה ביקורת, שכן הנהלתו נלחמה בשנים האחרונות נגד עובדיה שהחליטו להתארגן והקימו ועד. תחילה פיטרה כמה מהמארגנים, אחר-כך נמנעה מלהכיר בוועד הזמני שהוקם, וכשבית-הדין חייב אותה להכיר בו, הגישה הנהלת ynet ערעור. כך קבע לפני כשלוש שנים בית-הדין האזורי לעבודה בפסק הדין על פרשת פיטורי מארגני העובדים מ-ynet: והנה מה שהיה לבית-הדין האזורי לעבודה להגיד על הנהלת ynet לפני כשנה וחצי, כשעובדיו דרשו להכיר בוועד שהקימו והנהלת האתר נלחמה בהם והסתירה מהם כמה מטענותיה: נציג המעבידים בבית-הדין הוסיף באותה הזדמנות על הנהלת ynet את הביקורת הבאה: הנהלת ynet המשיכה ועירערה לבית-הדין הארצי לעבודה נגד הכרה בוועד שהקימו עובדיה במסגרת ארגון העיתונאים בישראל, אולם גם שופטות הארצי עמדו לצד העובדים וביקרו את התנהלות ההנהלה, ששיתפה פעולה עם אגודת העיתונאים בתל-אביב במטרה לעכב את ההכרה בוועד של הארגון. "גם בהליך לפנינו ניכרה העדפתה הברורה של  ynetאת אגודת העיתונאים על פני ארגון העיתונאים. נציין כי התנהלות זהה נקטה ידיעות אחרונות בע"מ, השייכת כמו Ynet  לקבוצת ידיעות אחרונות, בסכסוך הבין-ארגוני בעניין היציגות בידיעות אחרונות בע"מ".