לפני המלחמה בתי הסוהר חצו את מספר האסירים המקסימלי באלף בני אדם, כיום החריגה זינקה ליותר מ-5,000 אסירים. המשבר במערך הכליאה שנמשך יותר מעשור, מאלץ יותר מ-3,000 אסירים שאין להם מיטה לישון במזרנים על הרצפה. 42 אחוז מהאסירים חיים במרחב קטן מ-3 מ"ר לאדם, המינימום שנקבע בבג"ץ. "הפחד הוא שנאבד שליטה", אמר ח"כ צביקה פוגל בדיון הוועדה לביטחון לאומי על מצב החירום הכליאתי
מאז החלה המלחמה עלה בצורה משמעותית מספר האסירים הכלואים בבתי הסוהר והחריף את המשבר במערך הכליאה בעשור האחרון: מחסור חמור במתקני כליאה שהוביל לצפיפות גדולה בתאים ושטח מחייה קטן, בניגוד לפסיקת בג"ץ.   בדיון שהתקיים היום בוועדה לביטחון לאומי עלו הנתונים החמורים: מתחילת המלחמה גדל מספר האסירים בישראל בכ-3,200, מתוכם 3,100 הם אסירים ביטחוניים. מדובר בגידול של 20 אחוז לעומת מספר האסירים ערב ה-7 באוקטובר. קצב הגידול השבועי עומד על כ-200 אסירים חדשים.  בכלל בתי הסוהר שוהים כיום כ-19,600 אסירים, חריגה של יותר מ-5,000 אסירים מעל תקן הכליאה המקסימלי של 14.5 אסירים, כפי שקבעה הוועדה לביטחון לפנים ב-2022.  לדברי אליאסף זכאי, ראש אגף תכנון וכליאה בשירות בתי הסוהר, המספר המקסימלי של אסירים שאותם אפשר לאכלס במתקנים הקיימים, מבחינה פיזית ובחריגה מהתקן, עומד על "קצת פחות מ-20 אלף". את הנתון המטריד ביותר הוא אמר בדיון: "יש כרגע בין 3,100 ל-3,200 אסירים שאין להם מיטה". זכאי טען כי לרובם יש מזרונים, אך לא פירט מה מספר האסירים שאין להם מיטה אך גם לא מזרון.  כיום, לאור הזינוק במספר האסירים, מאוכלסים בכל תא בממוצע כ-4.5 אנשים. באגפים הביטחוניים המספר הממוצע מגיע לעשרה אנשים בתא. ובאחד התאים, בכלא קציעות, ששטחו 45 מ"ר כלואים 30 אסירים בטחוניים. "זה לא שאפשר לצופף עד אין סוף. כרגע אנחנו קרובים מאוד למיצוי, זה עניין של כמה מאות בודדות של אסירים", הזהיר זכאי.  ב-18 באוקטובר עברה בקריאה שלישית הצעת החוק של השר לבטחון לאומי, איתמר בן גביר, להכריז על מצב חירום כליאתי שיאפשר לצופף את בתי הכלא, תוך חריגה משטח המחיה המינימלי לאסיר של 3 מ"ר, כפי שנקבע בפסיקת בג״ץ ב-2017 כתנאי סף ראשוני.  מאז עברה הצעת החוק, חייבים המשרד לביטחון לאומי ושירות בתי הסוהר לדווח לוועדה לביטחון לאומי מידי שבועיים על מצבת האסירים העדכנית ועל הצעדים הנעשים בכדי לפתור את המחסור החמור במתקני כליאה. מאז הדיון הקודם שקיימה הוועדה בנושא בסוף חודש נובמבר, עלה מספר האסירים ב-560.  ב-2017 קיבל בית המשפט העליון את העתירה של האגודה לזכויות האזרח וקבע שתוך תשעה חודשים על המדינה להבטיח לכל אסיר ועצור שטח מחיה של 3 מ"ר (לא כולל השירותים והמקלחת), ותוך 18 חודשים המדינה צריכה להקצות לכל אסיר ועצור שטח מחיה של 4.5 מ"ר, כולל שירותים ומקלחת. לאחר דחייה בוצעה הפעימה הראשונה, אולם הפעימה השנייה כלל לא יצאה לפועל. שלוש פעמים ביקשה המדינה להאריך את ביצוע הפעימה השנייה ושלוש פעמים נענתה. הדחייה האחרונה ניתנה עד סוף דצמבר 2022, אלא שאז הגיה בקשה להארכה נוספת – הפעם עד לשנת 2027. כיום 7,993 אסירים שוהים בשטח מחייה הנמוך מ-3 מ"ר, ולא עומד בפעימה הראשונה של בג"ץ: 42 אחוז מכלל האסירים, 79 אחוז מהאסירים הביטחוניים וכ-20 אחוז מכלל האסירים הפליליים.  בתחילת הדיון אמר יו"ר הוועדה צביקה פוגל כי הנושא בהול במיוחד, בין היתר בכדי שהמדינה לא תאלץ לשחרר אסירים לפני שריצו את תקופת המאסר שנגזרה עליהם. "אנחנו לא רוצים למלא את הרחובות באסירים מסוכנים, אבל צריך לחשוב מהי המשמעות של מניעת הזכות לכבוד, תוך לקיחת הסיכון לעבור על האיסור בעינויים ועונש אכזרי", אמר נציג הסנגוריה הציבורית, אשר הדגיש את החובה של המדינה, מלבד הקמה של מתקני כליאה, גם לפתח ענישה באמצעות חלופות כליאה.  באוקטובר 2022 אישרה הממשלה הקודמת את "התוכנית הלאומית לייעול והרחבה של מערך הכליאה ומרחב המחיה בבתי הסוהר". אלא שכפי שדיווחה היום לוועדה עו"ד אביב ישראלי ממחלקת הייעוץ המשפטי במשרד לביטחון לאומי, רק בימים האחרונים החלו להעשות צעדים ראשונים לקראת כינוס צוות בין משרדי ליישום התכנית. יישום התכנית, הכוללת בין היתר הרחבה של מתקני הכליאה הקיימים והקמה של מתקנים חדשים, יושלם במקרה הטוב רק בעוד כחמש שנים ועל כן אינה מהווה מענה למשבר הנוכחי.  כפתרון מיידי למשבר הוצע לעשות שימוש במתקנים צבאיים ולכלוא אסירים שאינם ביטחוניים במחנות צה"ל ולהלין אותם באוהלים. תזכיר חוק מטעם המשרד לביטחון לאומי, שפורסם החודש, מאפשר לנציב שב"ס או מפקד בדרגת גונדר מטעמו להוציא לחופשה של עד 45 ימים אסירים בעלי מסוכנות נמוכה. ישראלי לא הסבירה מה היקף המענה הצפוי למצוקת הצפיפות במידה והחוק יאושר. "גם מבחינת היקף מספרי וגם מבחינת לוחות הזמנים – לא משם תבוא הישועה", אמרה על החוק נעמה פרוייטברג, נציגת משרד המשפטים. 