במשרד המדע החליטו להסתיר מידע על אופי והיקף שיתוף הפעולה עם קבוצת "ידיעות אחרונות", על אף שמקורות המימון שלו הם כספי ציבור
משרד המדע, הטכנולוגיה והחלל בראשות השר יעקב פרי (יש-עתיד) מסרב למסור פרטים על שיתופי הפעולה המסחריים שחתמו נציגי המשרד הממשלתי עם קבוצת "ידיעות אחרונות". במשרד נמנעים באופן עקבי ממסירת מידע קונקרטי על היקף התשלום שהעבירו לידי קבוצת "ידיעות אחרונות" ולתמורה שהתקבלה עבור סכום זה, אף שמדובר בכספים ציבוריים. בינואר השנה דיווח כתב "דה-מרקר" נתי טוקר על הסכם שבמסגרתו יממן משרד המדע יום שידורים מיוחד באתר ynet מקבוצת "ידיעות אחרונות", לרגל "יום המדע" שחל ב-26.3.14. בידיעה שפירסם ביומון הכלכלי כתב טוקר כי משרד המדע סירב למסור פרטים באשר להיקף התשלום לקבוצת התקשורת. לאחר הפרסום הראשוני על ההסכם בין המשרד הממשלתי לקבוצת "ידיעות אחרונות" התברר כי שיתוף הפעולה בין הצדדים אינו מוגבל ליום השידורים המיוחד: באתר ynet עלה מדור בשם "ערוץ המדע", שהופעל בשיתוף המשרד, ובמסגרתו פורסמו ידיעות כמו-מערכתיות שנועדו לקדם את פעילויות יום המדע; כמו כן הופק ב-ynet סרטון תדמית למשרד המדע, והוקם אתר ייעודי שבו פורטו הפעילויות (בין המשתתפים בהן נמנים גם שניים מאנשי קבוצת התקשורת, כתב המדע של "ידיעות אחרונות" דודי גולדמן וסמנכ"ל המכירות של ynet ברק קלמנוביץ). האירוע של משרד המדע זכה לקידום נמרץ גם בזרוע המודפסת של קבוצת התקשורת. בימים שלפני "יום המדע" ובמועד האירוע עצמו פורסמו ב"ידיעות אחרונות" ידיעות שעודדו את הקוראים לקחת חלק בפעילויות. באחת מהידיעות הללו, שפורסמה בחתימת הכתב איתמר אייכנר ב-24.3.14, אף כונה האירוע "יום המדע הישראלי של משרד המדע ו-ynet". בידיעה מקדימה אחרת מאת אייכנר, שפורסמה ב-20.3.14 בצירוף תמונתו של השר פרי, הוגדר המאורע כ"יוזמה של משרד המדע בשיתוף עיריית תל-אביב ורשת אורט", יחד עם "החברות הבטחוניות, רפאל, התעשייה האווירית וגופים נוספים". בגליון "ידיעות אחרונות" שפורסם ביום שלמחרת האירוע כבש "יום המדע" את כפולת האמצע, שבה שובצה בין היתר ידיעת תצלום מחמיאה מאת אייכנר, ובה נראה השר פרי לצד תלמידי תיכון מחויכים. שריפה שפרצה במתחם המרכזי של האירוע בכיכר רבין בתל-אביב הוצנעה, אף שבעקבותיה אושפזו שלושה ילדים; המידע בנושא נדחק לפסקה האחרונה בידיעה המרכזית, מאת ראובן וייס, ולא הוצף בכותרותיה (ידיעת המשך, שבה רואיינו הילדים שנפגעו, פורסמה רק כעבור חמישה ימים). היקף ואופי הסיקור של אירועי יום המדע בכלי התקשורת מקבוצת "ידיעות אחרונות" מציעים אפשרות סבירה שלפיה שיתוף הפעולה עם משרד המדע כלל גם מידה מסוימת של השפעה על תכנים שהוצגו בפני הקוראים כמערכתיים. עובדי מחלקת הדוברות של משרד המדע אמורים לפעול לפי הקוד האתי של הדוברים בשירות הציבורי, הקובע בין היתר כי דוברים של גופים ממשלתיים מחויבים לפעול בשקיפות, "תוך כיבוד עקרונות יסוד ההולמים משטר דמוקרטי והכרה במעמדם של חופש המידע, חופש הביטוי, חופש העיתונות וזכות הציבור לדעת". אף על פי כן החליטו במשרד המדע להסתיר מידע על אופי והיקף שיתוף הפעולה בין המשרד לקבוצת "ידיעות אחרונות", חרף העובדה שמקורות המימון שלו הם כספי ציבור. דוברת משרד המדע, ליבי עוז, נשאלה על-ידי "העין השביעית" מה כלל שיתוף הפעולה בין המשרד לקבוצת "ידיעות אחרונות". במקום להשיב לשאלה, מסרה כי "המשרד נתן חסות, אשר אושרה בהליכים מוסדרים, על ועידה אינטרנטית של אתר ynet לרגל יום המדע, כפי שנוהגים משרדי הממשלה רבים לתת חסויות בוועידות של כלי תקשורת שונים". עוז סירבה למסור כמה כסף שילם משרד המדע לקבוצת "ידיעות אחרונות", ומדוע הועדפה קבוצה זו על פני קבוצות תקשורת אחרות. בהמשך, לאחר שבתגובה לפניית "העין השביעית" נמסר מלשכת הפרסום הממשלתית (לפ"מ) כי הסכום שהוקצה לפרסום "יום המדע" הסתכם במיליון שקל שהתחלקו בין קבוצת "ידיעות אחרונות" לגלי-צה"ל, סירבה הדוברת למסור כיצד התחלק הסכום. כמו כן סירבה עוז להתייחס לעלות הכוללת של שיתוף הפעולה של משרד המדע עם קבוצת "ידיעות אחרונות", ונמנעה מלמסור אם שולמו לקבוצת התקשורת כספים כלשהם מעבר לסכום שהוקצה לרכישת משבצות פרסום. הדוברת סירבה גם למסור אם הכספים שהועידה לשכת הפרסום הממשלתית לרכישת משבצות פרסום שימשו למעשה למימון ה"חסות" שהעניק המשרד לסיקור באתר ynet. במקום להשיב לשאלות הללו, שנועדו לברר איזה שימוש עשה משרד ממשלתי בכספי ציבור שאופן הוצאתם מחייב שקיפות, בחרה דוברת משרד המדע למסור את התגובה הבאה: "על רקע הירידה במספר הצעירים הבוחרים ללמוד מקצועות מדע, השחיקה בתקציבים המופנים למדע והמחסור במספר המהנדסים במשק, פועל משרד המדע במספר כלים – בהם חוגים, תוכניות חינוך, אירועי מדע וכלי התקשורת – כדי להנגיש מדע, להעלות את המודעות הציבורית לחשיבות המדע ולעורר שיח בנושא. כדי לקדם מטרות אלו ולעודד את הציבור הרחב להגיע לאירועי יום המדע רכש המשרד פרסום ב-ynet ובשבע תחנות רדיו ויזם אייטמים לסיקור בכל כלי התקשורת. המשרד פועל כדי להביא לסדר היום הציבורי תכנים בנושאי מדע שעוסקים בעשייה במכוני המחקר ובאוניברסיטאות בישראל. לצערנו, נושאי המדע אינם נמצאים בראש סדר היום התקשורתי בישראל ואינם מקבלים את המקום הראוי להם". לאחרונה, כך נראה, נמצאה הדרך לתת לנושאי מדע את המקום הראוי להם בסדר היום התקשורתי בישראל.