ד"ר אבנר כהן, אחד מאנשי המפתח בפרשת יצה ומהמרואיינים המרכזיים בסרט "ממלכת הסוד", טוען כי הוקלט ללא ידיעתו כשדיבר על "הסוד הגדול" של הפרשה. עם זאת, לדבריו, אין כלל סיבה אמיתית להפעלת הצנזורה
הניסיון לעמוד על טיבו של העימות בין יוצר הסרט התיעודי "ממלכת הסוד", ניר טויב, ובין הצנזורית הראשית סימה ואקנין-גיל טומן בחובו מלכוד. קשה ליישב את הסתירות בין גרסאות הצדדים בלי ללמוד עוד פרטים על המקרה, אך לא ניתן ללמוד עוד פרטים על המקרה משום שהם אסורים בפרסום. טויב, נזכיר, טוען כי הצנזורה פסלה לשידור חלקים מסרטו על פרשת מעצרו וחקירתו של תת-אלוף יצחק (יצה) יעקב, אף שלא היה בסרט כל מידע חדש. הסרט כולו התבסס על חומרים גלויים, אמר, והדגיש גם כי השימוש בחומרים הללו בסרטו לא יצר הקשר חדש. ואקנין-גיל, לעומת זאת, טוענת כי לא רק הקשר חדש ביצבץ מבעד לגרסה הבלתי מצונזרת של "ממלכת הסוד", אלא גם מידע שטרם פורסם בעבר. את מאבקו של טויב בהחלטות הצנזורה ייחסה לנסיון הבמאי לקדם את יחסי-הציבור של סרטו. מי שעשוי לכוון אלומת אור לעבר הסוגיה הוא ד"ר אבנר כהן, חוקר תוכנית הגרעין הישראלית, אחד מאנשי המפתח בפרשת יצה ואחד המרואיינים המרכזיים בסרט. בשיחה עם "העין השביעית" מוסר כהן כי בגרסה הבלתי מצונזרת של "ממלכת הסוד" שבה צפה אכן עלה הקשר חדש מתוך החומר הגלוי, ואף נמסר מידע שמעולם לא פורסם באישור הצנזורה. לא זו אף זו, מידע זה, או לפחות חלקו, נאמר על-ידיו והוקלט בלא ידיעתו. "ידידי ניר עשה איתי טריק מסוים", אומר כהן. "החילונו את יום ההקלטות בשיחה שנראתה לי פרטית ואישית בנושא יצה, משום שלתומי סברתי שהראיון הפורמלי עוד לא החל והצוות רק מכין את המצלמה. בשיחה זו נגעתי בכמה נקודות בסיפור הליבה, הסוד האמיתי של הפרשה שאותו אסור לפרסם. היה ברור לי שאני לא מתכוון לדבר על נושאי הליבה בראיון עצמו, שכן היה ברור לי בעליל שהדבר לא יאושר. "אני יודע מה סביר ומה לא סביר, על מה יש טעם להילחם ועל מה לא, והייתי משוכנע שדברי על סיפור הליבה אינם מוקלטים כלל. הסתבר לי בדיעבד שהם אכן הוקלטו ללא ידיעתי". לדברי כהן, בסוף שנת 2009, כשטויב הזמין אותו לצפות בגרסה הבלתי מצונזרת של הסרט, הוא "נדהם" לראות את עצמו מדבר על "סיפור הליבה". "היה לי ברור שהדברים הללו לא יכולים לעבור, ועל-פי שיטתה של הצנזורה אסור שהם יעברו", אומר כהן ומדגיש כי לשיטתו דווקא אין בהשמעת הדברים הללו משום גרימת נזק ממשי. קטע אחר שהושמט מדברי כהן יצר, לדבריו, הקשר חדש מתוך חומרים גלויים, כפי שטענה הצנזורה, אם כי לדעתו לא נכון להשמיטו. במהלך הראיון אמר כהן משפט על אודות אחד האירועים המעצבים בחייו של יצה (שאי-אפשר לחזור עליו בכתבה זו). בגרסה המקורית הקרין טויב על רקע משפט זה תמונות רקע מסוימות. את הקישור בין הטקסט לצילום, והמשמעות העולה ממנו, החליטה הצנזורה למחוק. "לדעתי, ואני באמת משוכנע בכך, אין באמירה הזאת ולו כהוא זה משום קרבה לוודאות לפגיעה עמוקה בבטחון מדינת ישראל, כניסוח בג"ץ משנת 1989 ביחס לסמכויות הצנזורה", טוען כהן. "לא נכנסתי באמירה זו כלל לנושאי הליבה. מה גם שיש לזה משקל אמנותי מסוים. אני חושב שזו חריגה מסמכות, אפילו חוצפה, בכך שהצנזורה דרשה והצליחה להוציא את זה. לדעתי זה לא נכון לא משפטית ולא הגיונית". כהן חולק על דברי הצנזורית הראשית כי העימות של טויב עם הצנזורה הצבאית נבע משיקולי יחסי-ציבור, אך מבהיר כי יש לו אמון באינטגריטי שלה. משום כך הוא מקבל את דבריה כי רק שיקולים מקצועיים עיצבו את עמדתה ביחס לסרט, ולא השפעה מצד המלמ"ב – הממונה על הביטחון במשרד הביטחון, שעמד במוקד הביקורת שמתח הסרט, כגוף שרדף, בראשותו של יחיאל חורב, את תת-אלוף יצה. "אני סבור שהיא טועה", מדגיש כהן, "אך ברור לי שהפסילות שלה לא נבעו מרצונה להגן על שמו הטוב של המלמ"ב. ובכל זאת, יש כאן עדיין בעייתיות שבסרט שעוסק בממלכת הסוד, קרי במלמ"ב, המלמ"ב הוא גורם שאיתו הצנזורה מתייעצת". כהן מחזיק בדעה כי המלמ"ב, למרות תפקידו הרשמי, אינו הגורם הראוי להנחות כיצד יש לאכוף את העמימות הגרעינית, משום שנושא זה מדיני במהותו ולא בטחוני. לדבריו, הדרג המדיני נמנע מסיבות שונות מלרענן את ההנחיות לגבי העמימות, ועל כן הדרג המקצועי נכנס אל הוואקום וממלאו. להערכתו, לו היתה מוגשת העתירה לבג"ץ, שופטי בית-המשפט העליון היו מתקשים להכריע לטובת טויב. "בנושא הגרעיני הטאבו הוא כל-כך גדול", אומר כהן, "שהתחושה שלי היא שאם שופטי בית-המשפט היו רואים את הסרט ורואים מסמכים של המלמ"ב חתומים על-ידי ראש הממשלה ואחרים שאומרים להם ששידור הסרט יגרום נזק גדול לבטחון המדינה, הם היו לא שומעים לאבנר כהן וכן שומעים לראש הממשלה ולמלמ"ב". ניר טויב מסר ל"עין השביעית" כי הוא מנוע מלהגיב לדבריו של כהן.