克里斯·班尼特、大卫·彼得斯曾先后提出翼龙类属于原蜥形目，或者是原蜥形目的近亲。大卫·彼得斯利用电脑绘图软体，企图找出原蜥形目、翼龙目的关联。克里斯·班尼特在试图找寻翼龙类、恐龙的趋同演化特征时，发现翼龙类除去后肢特征时，相当类似原蜥形目，因此提出原蜥形目、翼龙类有演化关系。在2007年，麦可·班顿（Michael Benton）等人提出不同看法，认为翼龙类与恐龙是近亲，即使不考虑后肢特征，翼龙类仍非常类似恐龙。他们并批评大卫·彼得斯的研究，不是研究原始化石与资料，而采用具争议性的分析途径，最后导论出原蜥形目、翼龙类是近亲。大卫·彼得斯则坚持电脑绘图软体，可用在化石研究上。班顿等人认为虽然目前没有翼龙类最直系祖先的化石证据，但翼龙类很明显是属于主龙类，尤其是鸟颈类主龙演化支。根据他们的分析... 继续上述操作，使其回答“根据霍恩和班顿的分析，翼龙之间有什么关系？”：
，翼龙类是斯克列罗龙的姊妹分类单元，或者是从介于斯克列罗龙与兔鳄之间的物种演化而来。在2011年，斯特林·奈斯比的早期主龙类研究，也支持翼龙类、斯克列罗龙互为姊妹分类单元的理论。