这件事大大激怒了科学界，泰勒也基本上在科学学术上被排挤出去了。欧内斯特·劳伦斯以溃疡性结肠炎发作为由拒绝作证，但他先前在一场访问中谴责欧本海默的一番话的记录仍然被用作证供。联邦调查局以怀疑格罗夫斯在1943年参与包庇舍瓦利耶来威胁格罗夫斯，最后迫使他作出对欧本海默不利的证词。许多顶尖科学家、政府人员和军方人员，都站在了欧本海默的一方作证。欧本海默的证词前后不一，在证人席上行为古怪，一时... 继续上述操作，使其回答“What kind of story did Groves say that he had given?”：
说自己是在胡说八道，又说这都是因为自己是个笨蛋，这让不少人都相信他是个反复无常的不可靠之人，可能有安全风险。欧本海默的安全许可在自然过期前的一天被撤销。伊西多·拉比提出的意见是，欧本海默当时只是个政府顾问，如果政府「不想听他的意见，大可以不征询他。」听证期间，他在有关许多科研同事的左翼活动问题上自愿作证。假如他的安全许可没有被摘除，那么人们可能会把他看成一个为了保全声誉而告密的人。大部分科学界人士都把欧本海默视为麦卡锡主义下的牺牲者，认为他是一位因不拘一格而被好战的政治对手冤枉的自由派，是科学创造力从学术转移至军方的象征。华纳·冯·布朗向国会的调查委员会讽刺道：「要是在英国，他就会被封爵。」2009年5月20日，在伍德罗·威尔逊学会的一场研讨会上，几位历史学家在详细分析过亚历山大·瓦西列夫从苏联国家安全委员会取得的档案之后，确定欧本海默从未替苏联做过间谍工作。国家安全委员会实际上曾经多次试图招拢他，但都未成功。不但自己没有叛国，他还亲自把几个支持苏联的人踢出曼哈顿计划。不过，研讨会也提到欧本海默「其实在1930年代末是美国共产党的一名秘密成员」。欧本海默的传记作者雷·蒙克认为：「他从实际意义上就是一名共产党的支持者。而且，从他在党的活动上所花的时间、精力和金钱来看，他是个十分坚定的支持者。」