Sau khi Đức đầu hàng vào tháng 11 năm 1918, hầu hết tàu chiến của Hạm đội Biển khơi bị lưu giữ tại căn cứ hải quân Anh tại Scapa F ... Tiếp tục ở trên, sao cho nó trả lời "Tên của con tàu trong danh sách được chuyển giao? ":
low. Bayern nằm trong danh sách những con tàu phải được trao cho Đồng Minh quản lý. Vào ngày 21 tháng 11 năm 1918, các con tàu bị chiếm giữ dưới quyền chỉ huy của Chuẩn Đô đốc Ludwig von Reuter, lên đường gặp gỡ tàu tuần dương hạng nhẹ Anh Cardiff, vốn đã dẫn đầu các con tàu Đức đi đến điểm hẹn gặp hạm đội Đồng Minh, một lực lượng khổng lồ bao gồm 370 tàu chiến của Anh, Mỹ và Pháp, vốn sẽ hộ tống hạm đội Đức đến Scapa Flow. Khi bị lưu giữ trong suốt thời gian diễn ra các cuộc đàm phán hòa bình, mà sau này cuối cùng sẽ dẫn đến Hiệp ước Versailles, các khẩu pháo của chúng bị bất hoạt bằng cách tháo bỏ khóa nòng, và con tàu được bảo trì bởi một thủy thủ đoàn tối thiểu gồm 200 sĩ quan và thủy thủ.Một bản in của báo The Times cung cấp thông tin cho von Reuter rằng Thỏa thuận Ngừng bắn sẽ hết hiệu lực vào giữa trưa ngày 21 tháng 6 năm 1919, thời hạn cuối cùng mà Đức phải ký vào Hiệp định hòa bình. Đô đốc Von Reuter đưa đến kết luận người Anh sẽ tìm cách chiếm hữu các con tàu Đức sau khi Thỏa thuận Ngừng bắn hết hiệu lực. Không biết rằng thời hạn của thỏa thuận đã được triển hạn đến ngày 23 tháng 6, ông quyết định đánh đắm các con tàu của mình vào cơ hội thuận tiện đầu tiên có được. Sáng ngày 21 tháng 6, Hạm đội Anh rời Scapa Flow tiến hành thực tập huấn luyện; và đến 11 giờ 20 phút Reuter truyền mệnh lệnh này đến các con tàu của mình. Bayern chìm lúc 14 giờ 30 phút. Con tàu được cho nổi trở lại vào ngày 1 tháng 9 năm 1934, và được tháo dỡ trong năm tiếp theo tại Rosyth. Quả chuông của con tàu cuối cùng được hoàn trả cho Hải quân Đức và đang được trưng bày tại Kiel Fördeklub.