Rối loạn hệ thống miễn dịch có thể dẫn đến các bệnh tự miễn dịch, bệnh viêm và ung thư. Suy giảm miễn dịch xảy ra khi hệ thống miễn dịch hoạt động kém hơn bình thường, dẫn đến nhiễm trùng tái phát và đe dọa tính mạng. Ở người, sự suy giảm miễn dịch có thể là kết quả của một bệnh di truyền như suy giảm miễn dịch kết hợp nghiêm trọng, các bệnh mắc phải như HIV/AIDS hoặc sử dụng thuốc ức chế miễn dịch. Ngược lại, tự miễn dịch là kết quả của một hệ thống miễn dịch quá hiếu động, tấn công các mô bình thường như thể các mô đó là sinh vật lạ. Các bệnh tự miễn thường gặp bao gồm viêm tuyến giáp Hashimoto, bệnh thấp khớp, đái tháo đường týp 1 và bệnh lupus ban đỏ hệ thống.Miễn dịch học bao gồm các nghiên cứu về tất cả các khía cạnh của hệ thống miễn dịch.

Với sự tham chiếu đến ngữ cảnh trên, Kể tên một bệnh tự miễn dịch thường gặp.
viêm tuyến giáp Hashimoto