Cuộc hôn nhân của Nữ vương với một người Công giáo đã ảnh hưởng đến quyền lợi của hoàng huynh là Bá tước Moray, sau đó ông ta cùng các lãnh chúa Kháng Cách khác, bao gồm, Bá tước Argyll và Glencairn, lập mưu chống đối. Mary lên đường rời Edinburgh vào ngày 26 tháng 8 năm 1565 và chuẩn bị đối đầu với họ, và ngày 30 Moray tiến vào Edinburgh, nhưng sớm phải rút quân do thất bại trong nỗ lực giành lấy tòa lâu đài. Mary trở về Edinburgh vào tháng sau để tuyển thêm quân. Trong cái chiến dịch gọi là Chaseabout Raid, Mary cùng những người chống đối và Moray hành quân khắp Scotland mà không đối đầu trực tiếp với nhau. Lực lượng của Mary được tăng lên sau khi tha tội và phục chức cho con traiLord Huntly, và sự trở về của James Hepburn, Bá tước thứ tư của Bothwell, sau chuyến lưu vong ở Pháp. Không thể tập hợp đủ lực lượng, vào tháng 10 Moray rời khỏi Scotland sang tị nạn ở Anh. Mary mở rộng Hội đồng Cơ mật, phong thêm các thành viên Công giáo (Giám mục của Ross John Lesley và Thị trưởng Edinburgh Simon Preston xứ Craigmillar) và thành viên Kháng Cách (Lãnh chúa mới của Huntly, Giám mục Galloway Alexander Gordon, John Maxwell xứ Terregles và Sir James Balfour).Sau khoảng một thời gian, Darnley trở nên kiêu ngạo. Không hài lòng với vị trí phu quân của Nữ vương, ông đòi được lên ngôi vua nếu như Mary chết trước mình. Mary từ chối yêu cầu này, và xung đột nổ ra giữa họ dù Mary mang thai vào tháng 10 năm 1565. Ông ta ganh ghét người bạn thân và là thư ký (theo Công giáo) của Nữ vương, David Rizzio, người được cho là cha thực sự của đứa bé. Tháng 3 năm 1566, Darnley bí mật tham gia vào một âm mưu của ... Tiếp tục ở trên, sao cho nó trả lời "Họ bao gồm những người nào đã chiến đấu chống lại Mary?":
các lãnh chúa Kháng Cách, bao gồm những người từng chống lại Nữ vương trong vụ Chaseabout Raid..