Nghiên cứu cũng cho thấy có hai nhánh (nhánh di truyền) trước đây chưa được biết đến nhưng có liên quan của bộ gen Y. pestis liên quan đến các ngôi mộ tập thể thời trung cổ. Những nhánh này (được cho là đã tuyệt chủng) được phát hiện là tổ tiên của các chủng phân lập hiện đại của các chủng Y. pestis hiện đại là Y. p. orientalis và Y. p. medievalis, cho thấy bệnh dịch hạch có thể đã xâm nhập vào châu Âu trong hai đợt. Các khảo sát về hố dịch hạch vẫn còn ở Pháp và Anh cho thấy biến thể đầu tiên vào châu Âu thông qua cảng Marseille vào khoảng tháng 11 năm 1347 và lan qua Pháp trong hai năm tiếp theo, cuối cùng đến Anh vào mùa xuân năm 1349, nơi bệnh dịch hạch đã lan khắp nước này bằng 3 đợt bộc phát. Các cuộc khảo sát về hố dịch hạch vẫn còn từ thị trấn Bergen op Zoom của Hà Lan cho thấy bộ gen Y. pestis chịu trách nhiệm về đại dịch lan truyền qua các Quốc gia Thấp từ năm 1350 khác với ở Anh và Pháp, ngụ ý là Bergen op Zoom (và có thể các phần khác của miền nam Hà Lan) không bị lây nhiễm trực tiếp từ Anh hoặc Pháp vào năm 1349 và cho thấy một đợt dịch hạch thứ hai, khác với đợt dịch hạch ở Anh và Pháp, có thể đã được đưa đến các Quốc gia Thấp từ Na Uy, các thành phố Hanseatic hoặc một địa điểm khác.

Với sự tham chiếu đến ngữ cảnh trên, Những chủng y. pestis nào đã được tìm thấy trong các ngôi mộ tập thể?
Y. p. orientalis và Y. p. medievalis