Trong Evita (1996), Madonna vào vai nhân vật chính Eva Perón. Trong một khoảng thời gian dài, Madonna có mong muốn nhận vai Perón và đã gửi thư đến đạo diễn Alan Parker để giải thích lý do vì sao bà là người hoàn hảo cho vai này. Sau khi trúng tuyển, bà tham gia khóa luyện giọng và tìm hiểu thêm về lịch sử của Argentina và Perón. Trong thời gian ghi hình, sức khỏe của bà bị suy sụp sau nhiều nỗ lực xúc cảm mãnh liệt khi nhập vai. Dù vậy, bà chia sẻ cùng Oprah rằng mình đã mang thai trong thời gian đó: "Tôi không thể thở sau mỗi cảnh quay. Tôi phải nằm trên trường kỷ mỗi 10 phút để có thể vực dậy sau những cơn chóng mặt, tôi lo mình đi lại quá nhiều và có thể làm tổn hại đứa bé." Madonna viết trong quyển nhật ký cá nhân vào thời điểm đó: "Trớ trêu thay, cảm giác mỏng manh và yếu ớt ấy đã giúp tôi thực hiện nên bộ phim. Tôi tin Evita cũng cảm thấy như vậy mỗi ngày kể từ khi biết mình bị ốm."Sau khi ra mắt, giới phê bình đưa ra các đánh giá tích cực đến Evita. Zach Conner từ Time có viết "Thật nhẹ nhõm khi khẳng định Evita khá ổn, tuyển vai tốt và có hình ảnh  ... Tiếp tục ở trên, sao cho nó trả lời "Conner đã nói gì về Madonna?":
đẹp. Madonna lần nữa khiến ta bất ngờ trước những kỳ vọng trước đây. Bà vào vai Evita với vẻ mệt nhọc chua chát và có đôi chút khí chất của một ngôi sao. Dù có yêu hay ghét Madonna-Eva, bà ấy vẫn lôi cuốn mọi ánh nhìn." Madonna giành giải Quả cầu vàng cho "Nữ diễn viên chính phim hài hoặc nhạc kịch xuất sắc nhất". Bà cho ra mắt 3 đĩa đơn từ album nhạc phim Evita, bao gồm "You Must Love Me" (giành giải Oscar cho "Bài hát trong phim xuất sắc nhất" vào năm 1997) và "Don't Cry for Me Argentina". Madonna sau đó trao giải Thành tựu Nghệ sĩ cho Tony Bennett tại Billboard Music Awards 1996. Ngày 14 tháng 10 năm 1996, Madonna hạ sinh Lourdes Maria Ciccone Leon, con gái của bà cùng Leon. Nhà viết tiểu sử Mary Cross viết rằng, cho dù Madonna thường xuyên ốm trong thời điểm quay phim và lo lắng việc mang thai có thể ảnh hưởng đến bộ phim, bà lại đạt được một vài mục tiêu cá nhân quan trọng: "Giờ đây ở tuổi 38, Madonna cuối cùng cũng giành được chiến thắng trên màn ảnh và thỏa ước mơ có một đứa con, chỉ trong đúng 1 năm. Bà đã đạt đến bước ngoặt của sự nghiệp, tái sáng tạo bản thân và hình tượng trước công chúng." Mối tình của bà cùng Carlos Leon chấm dứt vào tháng 5 năm 1997; bà chia sẻ rằng cả hai "nên làm bạn thì tốt hơn." Sau khi sinh Lourdes, Madonna có liên quan đến Đạo học phương Đông và Kabbalah. Bà được diễn viên Sandra Bernhard giới thiệu về Đạo học Do Thái vào năm 1997.