Felix Magath lên thay thế và đưa Bayern tới hai cú ăn đôi liên tiếp. Trước mùa giải 2005-06, Bayern chuyển từ sân Olympic tới sân vận  ... Tiếp tục ở trên, sao cho nó trả lời "¿Qué nueva construcción hospedó al Bayern durante la temporada 2005-06?":
động Allianz Arena, sân đấu mà câu lạc bộ chia sẻ cùng TSV 1860 München. Trên sân mới này màn trình diễn của họ ở mùa giải 2006-07 trở nên thất thường. Thi đấu không tốt ở giải vô địch quốc gia và lại thua Alemannia Aachen ở cúp quốc gia, huấn luyện viên Magath bị sa thải một thời gian ngắn sau kỳ nghỉ đông.Cựu huấn luyện viên Ottmar Hitzfeld trở lại München vào tháng 1 năm 2007, nhưng Bayern chỉ về đích ở vị trí thứ 4 ở mùa giải 2006-07, và không được dự Cúp C1 lần đầu sau hơn một thập kỷ. Việc không vô địch Cúp quốc gia và Cúp liên đoàn khiến họ có một mùa giải trắng tay. Ở mùa giải 2007-08, Bayern München có những sự thay đổi lớn về đội hình để xây dựng lại. Họ mua về 8 cầu thủ mới và bán, sa thải hoặc cho mượn 9 cầu thủ khác. Các danh thủ về với đội bao gồm Hamit Altintop từ Schalke 04, Luca Toni từ ACF Fiorentina, Miroslav Klose từ Werder Bremen, và bản hợp đồng kỷ lục Franck Ribéry từ Olympique Marseille. Những bản hợp đồng mới đã có hiệu quả, và Bayern vô địch DFB-Pokal 2008 và Bundesliga, đứng đầu bảng trong mọi vòng đấu của mùa giải.Vào ngày 11 tháng 1 năm 2008 Jürgen Klinsmann được chọn làm người kế nhiệm Hitzfeld, nắm quyền ở đội bóng từ ngày 1 tháng 7 năm 2008. Ông ký hợp đồng 2 năm với đội bóng. Trong giai đoạn lượt đi của Bundesliga 2008-09, Bayern có một sự khởi đầu phập phù, chỉ thắng 2 trận cho tới vòng đấu thứ 6, nhưng về sau bắt đầu tăng tốc. Bayer Leverkusen loại Bayern ở tứ kết DFB-Pokal. Ở cúp C1 Bayern cũng vào tới tứ kết. Họ bị FC Barcelona loại sau khi đứng đầu bảng F và đánh bại Sporting Clube de Portugal ở vòng loại trực tiếp với tổng tỉ số kỷ lục là 12-1. Vào ngày 27 tháng 4, hai ngày sau trận thua Schalke trên sân nhà khiến Bayern bị tụt xuống vị trí thứ 3, Klinsmann bị sa thải. Đây là hệ quả của những kết quả đáng thất vọng như trận thua với tổng tỉ số 5-1 trước Barcelona ở cúp C1, và trận thua 5-1 trước VfL Wolfsburg. Cựu huấn luyện viên Jupp Heynckes được bổ nhiệm làm người thay thế cho tới cuối mùa giải. Bayern cuối cùng về đích ở vị trí thứ nhì, và được vào thẳng vòng bảng...