Başbuğ'un tutuklanmasıyla birlikte tutuklu general ve amiraller bir kez daha gündeme geldi. Şu ana kadar 58'si görev başında 81'i de emekli general ve amiral cezaevine konuldu.
Ergenekon, Balyoz, Andıç, Poyrazköy gibi davalarda bugüne kadar birçok emekli ve muvazzaf subay tutuklandı.  Eski Genelkurmay Başkanı Emekli Orgeneral İlker Başbuğ, bu kapsamda tutuklanan en yüksek rütbeli isim oldu.  Başbuğ tutuklanana kadar en yüksek rütbeli askerler emekli kuvvet komutanlarıydı.  Eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Özden Örnek ve eski Hava Kuvvetleri Komutanı İbrahim Fırtına Balyoz Davası’nın tutuksuz yargılanan sanıklarıydı.  Ancak daha sonra 163 sanık hakkında çıkarılan tutuklama ve yakalama kararı bu iki komutan için de geçerli oldu.  Örnek ve Fırtına'nın tutuklandı, böylece ilk kez kuvvet komutanları tutuklu sanıklar arasında yerini aldı.  Balyoz soruşturmasının sonraki aşamalarında da tutuklamalar devam etti. Halen görevi başında olan 2 orgeneral daha tutuklandı.  İnternet Andıcı Davası kapsamındaki tutuklamalar ise ağırlıklı olarak muvazzaflardan oluştu.  Gölcük Donanma Komutanlığı’nda ve Eskişehir'de emekli bir albayın evinde yapılan aramalarda elde edilen belgeler doğrultusunda Hava Harp Okulu Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı tutuklandı.  İnternet Andıcı Davası kapsamında hakkında yakalama kararı çıkarılan Orgeneral Nusret Taşdeler de tutuklandı.  Tüm soruşturmalarda bugüne kadar görevi başındaki 58 general tutuklanmış oldu.  Halen Kara Kuvvetleri Komutanlığı’ndan 17 general, Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’ndan 25 amiral, Hava Kuvvetleri Komutanlığı’ndan 13 general ve Jandarma Genel Komutanlığı’ndan 3 general tutuklu bulunuyor.  Ergenekon Davası’nda aralarında Orgeneral Şener Eruygur ve Hurşit Tolon'un da bulunduğu emekli 81 amiral ve general de sanık durumunda.
[]
Silivri ve Hasdal'da 139 general ve amiral