Ergenekon soruşturması kapsamında Odatv’de yapılan aramalar sonrası açılan Odatv davasında konuşan gazeteci Ahmet Şık, soruşturma aşamasında Zekeriya Öz’ün “Ahmet Şık’ı tanımam. Polis istiyor imzalıyorum” dediğini anımsatarak, “AKP ve cemaat bu işin ortaklarıdır. Recep Tayyip Erdoğan ve Gülen sanık olarak burada olmalıdır” diye konuştu. Öte yandan davaya konu bilirkişi raporunda, suça konu dosyaların Odatv bilgisayarında yaratılmadığı ve açılıp kullanıldığına dair bir iz bulunmadığı belirtildi. 414 gün sonra dava yeniden Odatv’de yapılan aramalar sonrasında gazeteciler Ahmet Şık, Nedim Şener, Soner Yalçın, Prof. Dr. Yalçın Küçük ve eski emniyet müdürü Hanefi Avcı’nın da aralarında bulunduğu 13 sanığın Ergenekon üyesi olmakla suçlandığı dava, özel yetkili mahkemelerin kapatılmasının ardından devredildiği İstanbul 18. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 414 gün sonra yeniden görülmeye başlandı. Duruşmaya gazeteciler Ahmet Şık, Soner Yalçın ile eski emniyet müdür Hanefi Avcı ve Prof. Dr. Yalçın Küçük’ün de arasında bulunduğu 11 kişi katıldı. Sanıklardan Mümtaz İdil ile yurtdışında olan gazeteci Nedim Şener ise duruşmaya gelmedi. Sanık avukatlarından Hüseyin Ersöz, Adli Bilişim Mühendisi bilirkişi Tuncay Beşikçi tarafından hazırlanan bilirkişi raporunu mahkemeye sundu.   Ersöz’ün talebi üzerine dinlenen Beşikçi ise “Başka bir bilgisayarda yaratılıp bu bilgisayara kopyalandığını keşfettim. Tarih ve saat değiştiren programlarla değişiklik yapıldığını gördük. Kesinlikle o bilgisayarda tanımlı kişiler tarafından oluşturulmamış. Açma şansları yok” dedi. Beşikçi, TÜBİTAK ve emniyet tarafından verilen raporları da incelediğini kaydederek “10 yıl İngiltere’de yaşadım. Bu raporlar orada da mahkeme tarafından kabul edilmezdi” diye konuştu. Duruşmada söz alan gazeteci Ahmet Şık da “Polis ve yargı teşkilatına çöreklenmiş bir çetenin varlığından ve düzenledikleri komployla yargı önüne çıkartıldığımızdan kimsenin kuşkusu yok. O çetenin adı Gülen cemaatidir. Ancak hiçbir çete bu tür komploları siyasi destek almadan yapamaz. O siyasi desteğin adı da AKP hükümetidir. Hırsızlık, yolsuzluk, rüşvet almak ve adam kayırmaktan hukuku paspas haline getirerek kurtulanlar çete kurmak ve yönetmekten yargılanmalıdır. Dolayısıyla Fethullah Gülen ve dönemin başbakanı Recep Tayyip Erdoğan’ın çete kurmak ve yönetmekten birlikte yargılanmadıkları bir soruşturma dosyası eksik bir dava olacaktır. ‘Ne istediniz de vermedik’ sözleri suç ortaklığının itirafıdır ve bu dava bu haliyle bitmiştir” ifadelerini kullandı. Eski emniyet müdürü Hanefi Avcı ise davada yargılamaya konu faaliyet ve eylem olmadığının altını çizerek tüm iddiaların aksini gösteren belgeler dosyada mevcut olduğunu söyledi. Avcı, şöyle devam etti: “Siz mektubun Ankara’dan geldiğini sanırsınız ama zarfın mührüne bakarsanız Amerika’dan geldiğini görürsünüz. Bu dosyadaki bilgiler de böyle yollanmıştır. E-postalar Türkiye’den gönderilmiş gibi görülüyor ancak aslında Amerika’dan gönderilmiş. Bu işlemler yapılırken mahkeme kararıyla bu e-postalar izleniyor. Bu dosyalar yüklenirken polis görüyor. Bir şey yapmıyor çünkü operasyonu yapmak için bekliyorlar.”   Prof. Dr. Küçük de iddianamede yer alan PKK’yi, CHP’yi ve Odatv’yi yönettiği iddialarının doğru olmadığını belirterek, “Bu iddianame ile bizi yargılamayın. PKK’yi bugün Tayyip beyefendi ve MİT yönetiyor” dedi. Soner Yalçın ise soruşturmada tutuklandıktan 9 ay sonra Silivri Cezaevi’nde hayatını kaybeden MİT Dış İlişkiler Daire Başkanı Kaşif Kozinoğlu’nu hiç tanımadığını belirtip “Bu karanlık yapı tarafından zindana atıldı. Bu davada cinayet vardır. Bu davada devlet içine sinmiş odaklar terör yoluyla birini zindana atmıştır” dedi. Müyesser Yıldız da Adalet Bakanlığı’nın o dönem açıklamalarında “Onlar gazeteci değil, terörist” beyanını anımsatarak, “Daha sonra sürekli basın kartı aldım aksini göstermek için... Ben duruşmada polislerin dinlenmesini istemiştim” dedi. Barış Pehlivan ise “Bu davanın iddia sahibinin Gülen olduğunu biliyoruz. Sanık sandalyesindekilerin yerini değiştirin” dedi. Barış Terkoğlu da “Ali Fuat Yılmazer ‘Ben Odatv diye bir şey bilmiyorum. Başbakan verdi. İlgilen dedi’ demiştir. Bu bir itiraftır. Gülen’in ömrü daha uzun olsun, Erdoğan’ın ömrü uzun olsun diye bizi içeri attılar” diye konuştu.   Mahkeme heyeti “hedef odaklı kötü yazılım saldırısı” iddiası ile ilgili TTNET’e yazı yazılarak söz konusu IP numaralarının Şubat 2011’de kimler tarafından kullanıldığının sorulmasına karar vererek duruşmayı 12 Haziran’a erteledi. CHP Milletvekili Deniz Baykal tanık ifadesinde, sanıklardan İklim Ayfer Kaleli’yle 25 Ocak 2011’de görüştüğünü kaydederek, “CHP Genel Başkanlığı’ndan ayrıldığım için çok üzüntü duyduğunu, evimin önünde çadır kuran CHP’li gençleri ziyarete gittiğini ve sonrasında da daha yakın görüşmek istediğini belirtmiştir” dedi. Kaleli’nin dinlendiğini bildiği Barış Pehlivan ve Soner Yalçın ile yapmış olduğu telefon görüşmelerinde kendisine yönelik taciz edildiği iftirasında bulunduğunu kaydetti.
414 gün sonra yeniden görülmeye başlanan davaya sunulan rapora göre dosyalar Odatv bilgisayarında yaratılmadı.