מתי הסתיימה החקירה?
ספטמבר 1986
בעקבות פתיחת החקירה המשטרתית פנו אהוד יתום ושישה אנשי שב"כ נוספים בבקשות לקבל חנינה. בבקשתו לקבלת חנינה כתב יתום, כי הוא ופקודיו הרגו את שני החוטפים בפקודת ראש השב"כ, וכי למיטב הכרתו ואמונתו, נעשה המעשה "על-מנת שמפיגוע חטיפה רצחני לא ייחלצו מחבלים חיים". יתום הודה כי בעדויותיהם בפני ועדת זורע ולפני הצוות בראשות פרקליט המדינה, העלימו הוא ואנשיו את העובדה כי הם הרגו את החוטפים. הוא האמין, לטענתו, כי אילוץ ביטחוני מחייבו לעבור על החוק, בהיות הדבר דרוש, למיטב הכרתו ואמונתו, לקיום ביטחונה של ישראל. שבעת אנשי השב"כ קיבלו חנינה לאחר כשבועיים ובעקבות זאת עלתה דרישה להפסיק את החקירה, לאור החנינות שנתנו למעורבים העיקריים בפרשה. למרות זאת, החקירה נמשכה, בין השאר כדי לבדוק את טענות ראש השב"כ ששמיר אישר לו להרוג את המחבלים וידע על החיפוי בפני ועדת זורע. שלום טען שכל מעשיו נעשו "בסמכות וברשות", משום שראש הממשלה, יצחק שמיר, אישר לו לעשותם. ראש הממשלה בעת ההריגה, יצחק שמיר, הכחיש זאת מכל וכל אך עיתונאים, בהם אמנון אברמוביץ', ופוליטיקאים, בהם יוסי שריד, דרשו לחקור את חלקו של שמיר. למרות מתן החנינה, רבים מאנשי השב"כ המשיכו להימנע משיתוף פעולה עם החקירה ולא הוברר מי הרג בפועל את המחבלים. במהלך החקירה תושאלו יצחק שמיר, שמעון פרס, משה ארנס ושני פוליטיקאים נוספים. ראובן חזק, שחשף את הפרשה, הודה בחקירה בחלקו בהסתרת הריגת המחבלים. כך נהגו מספר אנשי שב"כ נוספים, שסירבו לבקש חנינה וטענו שפעלו בתום לב ולא עברו כל עבירה. בתום החקירה, באמצע ספטמבר 1986, נמנו תשעה אנשי שב"כ, שלא נחונו, שנמצאו נגדם חשדות לגבי מעורבותם בפרשה. היועץ המשפטי לממשלה החליט שלא לנקוט נגדם הליכים פליליים לאור חלקם המשני והעובדה שהאחראים הראשיים קיבלו חנינה.
החקירה הסתיימה בספטמבר 1986.