מדוע מנגלה פרש מהארגון ב1933?
עקב בעיות בריאות
ב־1932 הצטרף מנגלה לארגון ה"שטאלהלם" (קסדת הפלדה), ארגון פארא-צבאי בעל נטייה ימנית שמרנית, אשר צורף בשנת 1933 לארגון הנאצי SA. בשנה זו פרש מנגלה מן הארגון עקב בעיות בריאות. ב-1937 החל לעבוד כעוזר מחקר לפרופסור פרשוהר אשר הרבה להשתמש בתאומים למחקריו. ב־1938 הצטרף מנגלה למפלגה הנאצית, ואל ארגון האס אס, שבו שירת והתאמן באימונים צבאיים. ב־1940 הצטרף ליחידת מילואים צבאית רפואית, ובשלוש השנים הבאות שירת בדיוויזיית פאנצר אס אס החמישית ועוטר בשורותיה בצלב הברזל דרגה ראשונה. ב־1942 נפצע בעת ששירת בחזית הרוסית, והוכרז כבלתי כשיר לשירות קרבי. בשלב זה החזיק מנגלה בדרגת אוברשטורמפיהרר (המקבילה לדרגת קפיטן בצבא הגרמני), ולאחר שהחלים מפציעתו נשלח אל מחנה ההשמדה אושוויץ. ב־24 במאי 1943 מונה לרופאו של "מחנה הצוענים" BIIE במתחם אושוויץ בירקנאו, אך בספטמבר 1944 חוסל חלק זה של המחנה, וכל יושביו הושמדו בגז. לאחר מכן מונה מנגלה לרופא המחנה הראשי באושוויץ II בירקנאו. בניגוד לדעה הרווחת, לא היה מנגלה הרופא הראשי באושוויץ - תפקיד זה מילא איש האס אס אדוארד וירטס. עם זאת, ההשמדה בוצעה במחנה משנה זה, ולכן היה למנגלה חלק מכריע בפעולות ההשמדה.
מנגלה פרש מהארגון בשנת 1933 בשל בעיות בריאות.