לאיזה תנאי מוקדם של בגין התנגד בן גוריון?
קדימות ליחידות אצ"ל
למרות הסיכום במחלוקת בדבר חוף היעד, נותרה אי-הסכמה משמעותית בנוגע לחלוקת הנשק שעל סיפון האונייה: בגין דרש כי חמישית מהנשק יועבר ל"גדוד הירושלמי", והשאר ליחידות צה"ל עם קדימות ליחידות אצ"ל. בן-גוריון הסכים שחלק מהנשק יועבר לירושלים, אך עמד על כך ששאר הנשק יופקד ישירות בידי צה"ל ללא תנאים מוקדמים, ורק לאחר מכן יוחלט מה ייעשה בו. עיתוי ההגעה של אלטלנה לחופי ישראל, יצר בעיה נוספת לממשלת ישראל, משום שהספינה נשאה ציוד צבאי, והנשק שהיה על סיפונה היווה הפרה של החלטת אמברגו הנשק של מועצת הביטחון ושל תנאי ההפוגה.
בן גוריון התנגד לתנאי המוקדם של בגין שדרש קדימות ליחידות אצ"ל.