Os estudantes e pesquisadores do Ciência sem Fronteiras terão o seu treinamento nas melhores instituições e grupos de pesquisa disponíveis, prioritariamente entre os mais bem conceituados para cada grande área do conhecimento de acordo com os principais rankings internacionais. Os parceiros no exterior são organizações tradicionais no campo de colocação e suporte de estudantes ou mesmo consórcios das principais universidades locais, os quais são responsáveis por definir, juntamente com a CAPES e o CNPq, os melhores cursos e instituições nos seus respectivos países. As instituições são avaliadas a cada chamada e o destino dos bolsistas é adequado à medida que recebemos o retorno do relatório dos bolsistas. Para os bolsistas de pós-graduação, as Instituições de Destino são analisadas por comissões de especialistas da CAPES e do CNPq considerando as propostas apresentadas pelos candidatos.