A Subsecretaria de Projetos Especiais é a unidade responsável pela captação de recursos, pela articulação de parcerias de cooperação técnica, pelo desenvolvimento e incubação de projetos estratégicos da Prefeitura, pelo fomento às boas práticas de gestão de projetos e pelo monitoramento de projetos da SEPLAG, através do seu Escritório de Gestão de Projetos. A Subsecretaria contribui ainda, através de seus programas e projetos de desenvolvimento sustentável, na construção de um município ambientalmente responsável, integrado e inovador, alinhado aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável da ONU.