Separado do Carmo pela ladeira do mesmo nome, erguia-se outro grande edifício, o «Colégio de S. Bernardo» ou do «Espirito Santo», pertencente aos cistercienses. Está hoje muito adulterado, mantendo apenas uma parte da fachada. O lado do edifício junto à Ladeira do Carmo foi transformado num palacete oitocentista. Era uma grande construção, mas simples, adaptada ao declive, com dois claustros interiores. A sua fundação deve-se ao cardeal D. Henrique, que financiou as obras "à custa da sua própria fazenda". Colégio de S. Boaventura Sofrendo de igual descaracterização está o «Colégio de S. Boaventura», do outro lado da rua, logo a seguir ao Beco de S. Boaventura. Igreja e parte residencial estão transformadas em lojas comerciais e habitações … Ocuparam-no os franciscanos da Província dos Algarves, que tinham por apelido os «frades pimentas». Colégios de S. Miguel e Colégio de Todos-os-Santos Na mesma linha do Colégio de S. Bernardo se encontra o «Palácio da Inquisição», de que restam partes, sobretudo no lado que dá para o pátio do seu nome. Para se entender a sua localização há que referir as construções que o antecederam. No cotovelo formado entre a Rua da Sofia e a subida de Montarroio levantaram-se dois colégios do Mosteiro de Santa Cruz: o de S. Miguel, ao longo da Rua da Sofia, destinado a canonistas e teólogos, e o de Todos-os-Santos, na rampa de Montarroio, para alojamento de alunos de Teologia e Artes. Projetaram-se cerca de 1535 e ainda decorriam obras em 1547, quando o rei D. João III pediu os edifícios ao Prior de Santa Cruz para aí instalar o Colégio das Artes …O tribunal da Inquisição estabeleceu-se em Coimbra, em 1541, andando por sedes provisórias, até vir ocupar este edifício desafeto, em 1566. Das velhas construções pouco resta, para além de um lanço de claustro, no pátio interno. As instalações foram sendo adaptadas. Para a Rua da Sofia ficava a «Porta da Bica», por onde entravam os presos. Havia outra entrada pelo Pátio de S. Miguel, que já não existe, mas o núcleo principal voltava-se para o Pátio da Inquisição … À entrada do pátio, à direita, situavam-se os «aposentos dos secretários» - prédio renovado, no estilo dos séculos XVII-XVIII, de boas linhas. No topo ficavam os «aposentos dos inquisidores», com um terraço avarandado, tendo do baixo a «casa do tormento». Os cárceres e galerias do lado sul e poente desapareceram já.