O atleta que irá levar a bandeira do Brasil na cerimônia de abertura da Paralimpíada, no dia 7 de setembro, será escolhido pelos 287 atletas que compõem a delegação brasileira, por meio de eleição. Apenas 19 atletas de seis modalidades vão receber os votos, segundo critérios do Comitê Paralímpico Brasileiro (CPB). O porta-bandeira deve ter pelo menos uma medalha de ouro em Paralimpíadas e não pode estar escalado para competir no dia seguinte à festa de abertura do evento. Na última Paralimpíada, realizada em Londres, em 2012, o porta-bandeira foi o nadador Daniel Dias, que não poderá participar da eleição neste ano, já que tem competição marcada para o dia 8 de setembro. Na Olimpíada deste ano, a porta-bandeira na cerimônia de abertura foi a atleta do pentatlo moderno Yane Marques, que foi escolhida pelo público, em uma enquete feita pelo programa Fantástico, da TV Globo. Segundo o comitê, na Paralimpíada, a votação será feita por meio do aplicativo de troca de mensagens Whatsapp e o nome escolhido será divulgado no próximo domingo, 4. Com a entrada de mais dois atletas da esgrima, a delegação do Brasil irá contar com 287 atletas, que vão disputar em 22 modalidades. O objetivo do Brasil é ficar em quinto lugar no quadro geral de medalhas. Os Jogos Paralímpicos 2016 serão transmitidos pela TV Brasil, em parceria com emissoras da rede pública de televisão dos estados.