Pelo exposto, acordam os juízes da secção do contencioso administrativo deste Tribunal Central Administrativo Sul em conceder provimento ao recurso, revogar parcialmente a sentença recorrida e, conhecendo em substituição, ordenar a baixa dos autos ao TAF de Loulé, para tramitação subsequente dos autos, cumprindo o disposto no art. 16 CPTA.