شیعہ مسلمانوں کو پاکستان میں امتیازی سلوک کا سامنا رہا جنرل ضیاء الحق کے دور حکومت میں 90کی دہائی میں شیعہ مخالف تنظیمیں منظر عام پر آئیں اور کراچی میں شیعہ کمیونٹی کو نشانہ بنایا گیا  2001 سے کرم ایجنسی سمیت افغان سرحد اور بلوچستان میں شیعہ ہزارہ کمیونٹی کو نشانہ بنایا گیا