negotovosti v zvezi z izbiro izhajajo iz metodoloških izbir med drugim glede načel modeliranja meja sistema izbire dodelitve in izbire metod za presojo vpliva okoljskega odtisa ter drugih predpostavk v zvezi s časom tehnologijo geografskimi značilnostmi itd teh negotovosti ni mogoče statistično opisati temveč jih je mogoče opredeliti le na podlagi ocen modelov scenarijev (npr modeliranje najboljših in najslabših scenarijev za bistvene postopke) in analiz občutljivosti