Theo Vasari, cha ông đã đưa ông vào xưởng vẽ của bậc thầy Pietro Perugino của Umbria như một học trò "mặc dù mẹ ông đã khóc". Bằng chứng về việc học nghề chỉ đến từ Vasari và một nguồn khác, và đã được tranh cãi. Một giả thuyết thay thế là ông đã nhận được ít nhất một số đào tạo từ Timoteo Viti, người đã hoạt động như một họa sĩ triều đình ở Urbino từ năm 1495. Hầu hết các nhà sử học hiện đại đồng ý rằng Raphael ít nhất đã làm việc như một trợ lý của Perugino từ khoảng năm 1500; ảnh hưởng của Perugino đối với công việc của Raphael là rất rõ ràng: "có lẽ không có học sinh thiên tài nào khác đã bao giờ hấp thụ nhiều lời dạy của ông như Raphael", theo Wölff Vasari đã viết rằng không thể phân biệt giữa hai bậc thầy cụ thể trong giai đoạn này,