Đặc điểm nổi bật nhất của nông nghiệp Nhật Bản là thiếu đất canh tác. 49,000 km vuông (19,000sqmi) được trồng chỉ chiếm 13,2% tổng diện tích đất vào năm 1988. Tuy nhiên, đất được canh tác chuyên sâu. Các cánh đồng lúa chiếm phần lớn vùng nông thôn, cho dù trên đồng bằng lưu lưu, các sườn lườn, hoặc vùng đất ngập nước và vịnh ven biển.