Heckscher sinh ra ở Stockholm, con trai của doanh nhân Do Thái gốc Đan Mạch Isidor Heckscher và vợ ông Rosa Meyer, và hoàn thành giáo dục trung học ở đó vào năm 1897. Ông học tại Đại học Uppsala và Đại học Gothenburg, hoàn thành tiến sĩ tại Uppsala vào năm 1907.