Neisser sinh ra ở thị trấn Schweidnitz ở Silesia (nay là Świdnica, ở Ba Lan), con trai của một bác sĩ Do Thái nổi tiếng, Tiến sĩ Moritz Neisser. Sau khi hoàn thành trường tiểu học ở Münsterberg, Neisser ghi danh vào trường St. Maria Magdalena ở Breslau (nay là Wrocław, ở Ba Lan).