Bộ truyện tiếp theo của anh, Bleach, kể về một học sinh trung học trở thành một shinigami và chiến đấu với những sinh vật được gọi là Hollows, bắt đầu được phát hành trong cùng một tạp chí vào năm 2001. Kubo ban đầu dự kiến rằng bộ truyện sẽ được phát sóng trên TV Tokyo trong 8 năm từ năm 2004 đến năm 2012, kéo dài hơn 366 tập. Khái niệm câu chuyện ban đầu đã được gửi đến Weekly Shōnen Jump ngay sau khi Zombiepowder bị hủy bỏ, nhưng đã bị từ chối. Akira Toriyama, người sáng tạo Dragon Ball, đã nhìn thấy câu chuyện và viết một lá thư khuyến khích cho Kubo. Bleach chạy trong 15 năm và đạt đến hơn 686 chương từ năm 2001 đến năm 2016.