Một chất chuyển hóa là sản phẩm cuối trung gian của quá trình trao đổi chất. Thuật ngữ chất chuyển hóa thường được giới hạn ở các phân tử nhỏ. Các chất chuyển hóa có nhiều chức năng khác nhau, bao gồm nhiên liệu, cấu trúc, tín hiệu, kích thích và tác dụng ức chế trên các enzyme, hoạt động xúc tác của riêng chúng (thường là một yếu tố hợp tác với một enzyme), phòng thủ và tương tác với các sinh vật khác (ví dụ như sắc tố, chất mùi và pheromone). Một chất chuyển hóa chính liên quan trực tiếp đến "sự phát triển", phát triển và sinh sản bình thường. Ethylene là một ví dụ về một chất chuyển hóa chính được sản xuất trên quy mô lớn bởi vi sinh học công nghiệp. Một chất chuyển hóa thứ cấp không liên quan trực tiếp đến các quá trình đó, nhưng thường có một chức năng sinh thái quan trọng. Ví dụ bao gồm kháng