Thành phố nằm ở trung tâm Colombia, trên một cao nguyên cao được gọi là thảo nguyên Bogotá, một phần của Altiplano Cundiboyacense nằm ở dãy núi phía đông Andes. Đây là thủ đô cao thứ ba ở Nam Mỹ (sau Quito và La Paz), trung bình 2.640 mét (8.660 ft) trên mực nước biển.