Viêm dạ dày ruột thường gây ra bởi virus. Tuy nhiên, vi khuẩn, ký sinh trùng và nấm cũng có thể gây viêm dạ dày ruột. Ở trẻ em, rotavirus là nguyên nhân phổ biến nhất gây bệnh nặng. Ở người lớn, norovirus và Campylobacter là nguyên nhân phổ biến.