Willie Soon sinh ra ở Kangar, Malaysia, vào năm 1966. Ông theo học trường tiểu học Khoon Aik ở Kangar, Perlis, sau đó Trường Menengah Syed Sirajudin Trung học ở Jejawi, Perlis, và Trường Menengah Dato Sheikh Ahmad Trung học ở Arau, Perlis. [1] Để tiếp tục giáo dục, ông di cư đến Hoa Kỳ vào năm 1980 và theo học Đại học Nam California, nhận bằng Cử nhân năm 1985, theo sau là bằng Thạc sĩ năm 1987 và sau đó bằng Tiến sĩ Kỹ thuật Hàng không vũ trụ [với vinh dự] vào năm 1991.