Việc xây dựng bắt đầu vào năm 1459, theo lệnh của Mehmed người chinh phục, sáu năm sau khi chinh phục Constantinople. Topkapı ban đầu được gọi là "Cung điện mới" (Yeni Saray hoặc Saray-ı Cedîd-i Âmire) để phân biệt nó với Cung điện cũ ở Quảng trường Beyazıt. Nó được đặt tên là Topkapı, có nghĩa là Cổng pháo, vào thế kỷ 19.