Lindzen sinh ngày 8 tháng 2 năm 1940 tại Webster, Massachusetts. [1] Cha ông, một thợ làm giày, đã chạy trốn khỏi Đức của Hitler với mẹ ông. Ông chuyển đến Bronx ngay sau khi sinh ra và lớn lên trong một gia đình Do Thái trong một khu phố chủ yếu là Công giáo ở đó. [2] [3] Lindzen theo học Trường Cao đẳng Khoa học Bronx (chiến thắng học bổng Regents' và National Merit), Viện Rensselaer Polytechnic và Đại học Harvard.