Manuel qua đời bất ngờ tại nơi cư trú của mình vào ngày 2 tháng 7 năm 1932, do nghẹt thở do sưng bất thường trong các nếp nhăn giọng của cổ họng, hoặc phù phổi phổi. Chính phủ Bồ Đào Nha, lúc đó do António Oliveira de Salazar lãnh đạo, đã cho phép chôn cất ông ở Lisbon, sau một đám tang nhà nước. Thi thể ông đến Lisbon vào ngày 2 tháng 8 năm 1932, trên tàu tuần dương Anh HMS Concord đã thực hiện chuyến đi từ Vương quốc Anh và đi thuyền vào sông Tagus để giao quan tài của cựu vua. Thi thể được nhận tại Praça do Comércio, nơi một đám đông người đã tụ tập để theo quan tài đến São Vicente de Fora và các con đường tràn ngập những người quan tâm đến việc diễu hành tang lễ.