Được sinh ra ở thành phố Fuyuki, Kiritsugu lớn lên trên đảo Alimango, nơi ông sống với cha mình, Norikata Emiya, người đứng đầu gia đình thứ tư của gia đình Emiya và một pháp sư chuyên về ma thuật thời gian. Ông kết bạn với trợ lý của Norikata, một cô gái địa phương tên là Shirley, người lớn hơn anh ta bốn năm tuổi, một cơn say đắm vào cô ấy. Tuy nhiên, thảm họa xảy ra khi Shirley trở thành một ma cà rồng sau khi uống một trong những thuốc giải độc của Retikata. Tuy nhiên, cô ấy đã quyết định thay đổi kịch bản để giết chết con gái mình, Natalia Kiritsugu. Sau đó, cô đã mất sự an bình và cố gắng tránh sự xung đột giữa cha mình và cha mình, một người đàn ông có tên Kiritsugu.