De manière similaire aux découvertes faites à l'occasion des études sur le chromosome Y, les recherches pratiquées sur l'ADN mitochondrial montrent aussi que les Khoïsan sont très fréquemment porteurs des plus anciens haplogroupes de l'arbre de l'ADN mitochondrial.
Karatuttukan DNA na Mitochondrial sun kuma ba da hujjoji cewa San yana daukar matsanancin kwayoyin tsohuwar haplogroup a cikin jikin DNA na mitochondrial.