So ist z.B. der Wert für eine Substitution von Tryptophan mit Tyrosin in der BLOSUM62 mit 2 größer als Null, was bedeutet, dass Tryptophan zu Tyrosin (und umgekehrt) häufiger mutiert als nur durch Zufall zu erwarten wäre -- dies macht auch aufgrund der ähnlichen physikalischen und chemischen Eigenschaften der beiden Aminosäuren Sinn.