الحكومه المصريه تؤكد ان اجراءاتها تهدف الي الحفاظ علي الامن وتحقيق الاستقرار في مصر من جانبها، نفت الخارجيه المصريه التقرير ووصفت ما جاء فيه بانه من قبيل الاستهداف والتشويه المتعمد من جانب المنظمه. وقال المستشار احمد ابوزيد المتحدث الرسمي باسم وزاره الخارجيه، ان المنظمه "معروف اجندتها السياسه وتوجهاتها المنحازه، مضيفا انها تعبر عن مصالح الجهات والدول التي تمولها". وقالت المنظمه، في تقرير بشان حقوق الانسان في مصر، ان "ضباط وعناصر الشرطه وقطاع الامن الوطني في عهد الرئيس عبد الفتاح السيسي يعذبون المعتقلين السياسيين بشكل روتيني، وباساليب تشمل الضرب والصعق بالكهرباء واحيانا الاغتصاب". ولطالما نفت القاهره اتهامات مماثله من المنظمه، وقالت انها "ليست لديها مصداقيه بسبب ما دابت عليه من ترويج للاكاذيب ومعلومات مغلوطه." وفي التقرير، قال نائب المدير التنفيذي لقسم الشرق الاوسط وشمال افريقيا بالمنظمه جو ستورك: "الرئيس السيسي اعطي ضباط وعناصر الشرطه والامن الوطني الضوء الاخضر لاستخدام التعذيب كلما ارادوا". واضاف: "لم يترك الافلات من العقاب علي التعذيب المنهجي اي امل للمواطنين في تحقيق العداله". واستنكر المتحدث باسم الخارجيه المصريه استمرار ما وصفه بالمحاولات "اليائسه للتشويه المتعمد لثوره الثلاثين من يونيو، ووصفها بالانقلاب العسكري ضد رئيس منتخب، وتشبيه اوضاع حقوق الانسان في مصر بفتره ما قبل ثوره يناير". وحذر التقرير من ان "التعذيب الممنهج وواسع النطاق من قبل قوات الامن قد يرقي الي جريمه ضد الانسانيه". "افلات من العقاب" وقالت المنظمه ان تقريرها، المؤلف من 44 صفحه، "يوثق كيف تستخدم قوات الامن، لا سيما عناصر وضباط الامن الوطني التابع لوزاره الداخليه، التعذيب لارغام المشتبه بهم علي الاعتراف او الافصاح عن معلومات، او لمعاقبتهم". وذكر التقرير ان النيابه العامه "تتجاهل عاده شكاوي المحتجزين بشان سوء المعامله وتهددهم في بعض الاحيان بالتعذيب، مما يخلق بيئه من الافلات شبه التام من العقاب". وتقول هيومن رايتس ووتش انها اجرت مقابلات مع 19 معتقلا سابقا واسره معتقل اخر قالوا انهم تعرضوا للتعذيب بين عامي 2014 و2016. واشارت الي انها التقت ايضا بمحاميي الدفاع عن هؤلاء وحقوقيين مصريين، كما راجعت، حسب قولها، عشرات التقارير عن التعذيب التي اصدرتها المنظمات الحقوقيه ووسائل اعلام مصريه. "انتقائيه" وعلقت الخارجيه المصريه علي الشهادات التي اعتمد عليها التقرير قائله انها "تكشف بوضوح مدي الانتقائيه في اختيار مصادر المعلومات من خلال اللجوء الي كيانات معروفه بتوجهاتها المنحازه ضد الدوله، وشخصيات مجهوله، ومحاوله بناء فرضيات علي اسس واهيه". واضافت ان المنظمه اغفلت "التقدم المحرز" في ملف حقوق الانسان في مصر علي مدار السنوات الماضيه، "وفي مقدمتها الالتزام المصري الرسمي علي اعلي المستويات السياسيه بمحاسبه من يثبت تورطه في عمليات تعذيب او ايه انتهاكات لحقوق الانسان". واتهم الكثير من تقارير منظمات حقوقيه مصريه ودوليه السلطات المصريه منذ يوليو/ تموز 2013 بملاحقه المعارضين في اعقاب اطاحه الجيش، بقياده السيسي وزير الدفاع انذاك، بالرئيس محمد مرسي، المنتمي الي جماعه الاخوان المسلمين، بعد احتجاجات شعبيه واسعه مناهضه لحكمه في 30 يونيو/ حزيران 2013. وتقول الحكومه المصريه ان اجراءاتها تهدف الي الحفاظ علي الامن وتحقيق الاستقرار في مصر التي تعاني من اضطرابات منذ ثوره 25 يناير عام 2011. وتصر علي انها تكافح الارهاب.
اتهمت منظمه هيومن رايتس ووتش قوات الشرطه والامن الوطني في مصر بتعذيب المعتقلين السياسيين باساليب مختلفه من بينها الاغتصاب.