مصر تؤوي عددا كبيرا من اللاجئين السوريين الذين يعارض بعضهم نظام حكم الاسد. وكانت المنظمه قد قالت في تقرير لها ان السلطات المصريه تعتقل مئات اللاجئين السوريين بينهم اطفال، ودعت الي اطلاق سراحهم واحترام حقوقهم. وقال متحدث باسم وزاره الخارجيه المصريه ان مضمون التقريرغير دقيق ولا يعكس حقيقه اوضاع اللاجئين في البلاد، مؤكدا ان اللاجئين السوريين الذين يبلغ عددهم اكثر من 300 الف يلقون معامله كريمه، ويعاملون نفس معامله المصريين. واضاف المتحدث ان الحكومه المصريه لا تتبني "سياسه رسميه تقضي بالترحيل القسري للاشقاء السوريين" وان الغالبيه العظمي تعيش في سلام، خاصه وانه "لا توجد بمصر اي معسكرات للاجئين او النازحين للاشقاء السوريين". كما نفت وزاره الداخليه المصريه سوء معامله السوريين في مصر. مواضيع قد تهمك نهايه وورد في التقرير الصادر عن منظمه العفو بشان اللاجئين السوريين في مصر، ان اللاجئين يواجهون الاعتقال لاجل غير مسمي او الترحيل من مصر، ربما الي سوريا حيث تدور حرب اهليه منذ اكثر من عامين ونصف العام. ووصف التقرير الاعتقال بغير القانوني، مشيرا الي ان من بين المعتقلين اطفال لم تتجاوز اعمار بعضهم عاما واحدا. "عدم شرعيه الاقامه" وتلمح السلطات المصريه الي ان هناك عددا من اللاجئين السوريين في مصر يؤيدون جماعه الاخوان المسلمين، التي ينتمي اليها الرئيس المصري المعزول. وقال مساعد وزير الداخليه المصري هاني عبد اللطيف لبي بي سي اللواء هاني عبد اللطيف ان "جهات تنفيذ القانون في مصر تعكف علي فحص اوراق الاقامه الخاصه بالمقيمين في مصر بصوره دوريه دون استهداف لابناء جنسيه معينه." واضاف مساعد الوزير لشؤون الاعلام والعلاقات العامه انه "في حاله ثبوت عدم شرعيه الاقامه فانه تتم مخاطبه سفاره المقيم بالبلاد للتصرف حياله"، مشير الي ان المقيمين السوريين لا يتم استثناؤهم من هذه القاعده ويخضعون للقانون. وحول ما اذا كان لهذه الاجراءات خلفيات سياسيه، قال عبد اللطيف "سبق ايضاح ان هناك من سعي لاستخدام العديد من غير المصريين لاهداف سياسيه." ودعا المسؤول المصري منظمه العفو الدوليه الي التقدم بطلب للوزاره للاستفسار عن الحالات التي تزعم تعرضها لاساءه المعامله. واكد جاهزيه الوزاره للرد بشان كل حاله حسب وضعها. ويشكو السوريون مما يصفونه بسوء معامله السلطات المصريه لهم بعد عزل الجيش المصري للرئيس محمد مرسي. وقد حثت منظمه العفو السلطات المصريه علي انهاء ما سمته السياسه المروعه التي تتمثل في الاحتجاز غير المشروع والاعاده القسريه لمئات اللاجئين السوريين والفلسطينيين الفارين من الصراع في سوريا.
نفت مصر الانتقادات التي وجهتها لها منظمه العفو الدوليه باساءه معامله اللاجئين السوريين علي اراضيها.