وقد تنوعت خلافات الجهاديين بين استراتيجيه من نوع استهداف "العدو القريب" ام "البعيد"، او ايديولوجيه كاستهداف المدنيين وغيره. ولكن من الضروري الاشاره الي ان هذه الخلافات لم تؤد الي انشقاقات داخل التيار السلفي-الجهادي. وهناك عدد من المحطات التي شهدت خلافات بين الجهاديين. ابو قتاده - ابو مصعب السوري ابو قتاده الفلسطيني، اردني الجنسيه، واسمه الاصلي عمر محمود عثمان، وهو مسجون في بريطانيا حاليا بتهمه الانتماء للقاعده. مواضيع قد تهمك نهايه ويثير ابو قتاده جدلا كبيرا فيما يتعلق بموضوع ترحيله الي الاردن. واما ابو مصعب السوري فيعد من اهم منظري التيار السلفي-الجهادي في العالم. قضيه ترحيل ابو قتاده الي الاردن ما زالت تثير جدلا في بريطانيا وقد اعتقل عام 2005 في باكستان ويقال ان السلطات الامريكيه سلمته للسلطات السوريه. سبب الخلاف بين الطرفين ارتبط بممارسات الجماعه الاسلاميه المسلحه في استهداف المدنيين في الجزائر منتصف التسعينيات. وقد تبرا كلا القياديين من ممارسات تلك الجماعه بعد ان اشرفا علي نشره الانصار الناطقه باسم الجماعه. وكانت النشره تصدر من لندن التي كانت توصف انذاك بـ "لندنستان" لانتشار الاسلاميين فيها. ولكن ابو قتاده عاد وربط نفسه بالوضع الجزائري، واصدر فتوي تؤيد جواز قتل عائلات رجال الجيش الجزائري. ووصف السوري ابو قتاده بانه لا سابقه جهاديه لديه، ولا يدرك اهميه العمل الجهادي، اعتراضا علي فتواه. وقد شهدت الفتره انقساما حادا بين الطرفين. الزرقاوي - المقدسي وجه ابو محمد المقدسي، احد اشهر منظري التيار الجهادي حاليا، في عام 2004 رساله عرفت بـ"المناصره والمناصحه: امال والام". وكانت الرساله موجهه لتلميذه ابو مصعب الزرقاوي. الزرقاوي كان قائدا لتنظيم القاعده في العراق وكان الزرقاوي زعيم القاعده في العراق، وكان تنظيمه مسؤولا عن هجمات علي القوات الامريكيه وعلي مدنيين عراقيين علي حد سواء. وانتقد المقدسي استهداف المدنيين، وتكفير عوام الشيعه، وعدم ايلاء قياده التنظيم للعراقيين، بل انه انتقد اماره الزرقاوي. وقد رد الزرقاوي رافضا الانتقادات. ولكن بعد مقتل الزرقاوي عام 2006 بصاروخ امريكي رثاه المقدسي في رساله طويله. د. فضل - ايمن الظواهري والشيخ عبد القادر بن عبد العزيز او الدكتور فضل، هو مؤلف كتاب "العمده في اعداد العده"، الذي يعد من اهم ادبيات الحركه الجهاديه، والذي طالما استخدم دليلا ارشاديا للجهاديين حول العالم. وكان الدكتور فضل من قيادات تنظيم الجهاد المصري. الظواهري رد علي الدكتور فضل بكتاب التبرئه وفي سياق ما عرف بمراجعات الجهاديين في مصر، والتي جاءت كرد فعل علي احداث العنف التي تنفذها مجموعات اسلاميه، ومنها الجماعات المصريه، كتب الدكتور فضل كتابا بعنوان "وثيقه ترشيد العمل الجهادي". وفي الكتاب قال الدكتور فضل ان القاعده اسست لـ"مذهب جديد فاسد"، حسب وصفه. وقد رد زعيم تنظيم القاعده الحالي، ايمن الظواهري، الذي خلف اسامه بن لادن في قياده التنظيم منذ مقتل الاخير في مايو/ايار عام 2011، علي الدكتور فضل بكتاب اسماه "التبرئه" عام 2008. وتبادل الطرفان الاتهامات بوجود ارتباطات بالاجهزه الامنيه، وانتقد كل منهما منهج الاخر. البغدادي - الجولاني واما اخر الاختلافات فكانت بين الجولاني والبغدادي، كما اشير من قبل. والاختلاف بينهما قام علي فكره اعلان الدوله الاسلاميه في سوريا، او تاجيل هذا الاعلان. وكان ابو بكر البغدادي الحسيني القرشي، امير ما يعرف بـ"دوله العراق الاسلاميه"، قد قال في شريط صوتي نشرته المنتديات الجهاديه، ان "جبهه النصره" تعد فرعا من تنظيمه. واعلن البغدادي عن دمج اسم المجموعتين تحت رايه "الدوله الاسلاميه في العراق والشام". وتحفظ جهاديون علي رفض الجولاني الاندماج، واعلان الدوله الاسلاميه في هذه المرحله. لكن الجولاني اعتبر ان الدوله الاسلاميه امر واقع في سوريا، "فمهام الدوله من تحكيم الشريعه وفض الخصومات والنزاعات والسعي لاحلال الامن للمسلمين وتامين مسلتزماتهم قائمه علي قدم وساق في الاماكن المحرره رغم ما يشوبها من التقصير". وتحفظ الجولاني علي اعلان الدوله لاسباب وصفها بالشرعيه، ولطبيعه الواقع السوري.
شهد التيار السلفي-الجهادي، في مناطق مختلفه في العالم اختلافات متنوعه بين قياداته.