ابرز الاتهامات الموجهه لمرسي هي التخابر مع منظمات اجنبيه، في اشاره لحماس. وشمل حكم محكمه جنايات القاهره عددا من مساعدي مرسي بعد ادانتهم بتهمه استعراض القوه والعنف والقبض المقترن بالتعذيب لعدد من المتظاهرين في ديسمبر 2012. ولكن المحكمه برات المتهمين جميعا من تهم القتل العمد واحراز السلاح دون ترخيص. ومن ابرز القضايا التي يتهم فيها مرسي وتنظرها المحاكم حاليا، الي جانب قضيه قتل المتظاهرين، قضيه التخابر مع منظمات اجنبيه، وقضيه الهروب من السجن، واهانه القضاء. ويرفض مرسي جميع التهم الموجهه اليه في تلك القضايا، ويصر عند مثوله امام القضاء علي انه لا يزال "الرئيس الشرعي" للبلاد، واصفا ما قام به الجيش في اعقاب الاحتجاجات الواسعه التي شهدتها البلاد في 30 يونيو/حزيران بـ"الانقلاب العسكري"، وفقا لما نقله عنه فريق الدفاع الذي التقي به خلال اول ظهور له في المحكمه في الرابع من نوفمبر/تشرين الثاني 2013. مواضيع قد تهمك نهايه قتل المتظاهرين وترجع تلك القضيه الي الاول من سبتمبر/ ايلول 2013، عندما احالت النيابه العامه محمد مرسي الي محكمه الجنايات بتهم التحريض علي قتل متظاهرين، كما احال النائب العام هشام بركات 14 مشتبها به ينتمون الي جماعه الاخوان المسلمين الي المحكمه في القضيه ذاتها. وتضمنت لائحه الاتهام القيام باعمال عنف واشتباكات وقعت امام قصر الرئاسه بالقاهره في ديسمبر/كانون الاول من عام 2013، واسفرت عن مقتل سبعه اشخاص بحسب بيان رسمي للنيابه العامه، عندما كان مرسي في سده الحكم. وكانت السلطات المصريه قد اعتقلت مرسي وقياديين اخرين من جماعه الاخوان في اليوم الرابع للاحتجاجات الشعبيه التي اطاحت بمبارك عام 2011، لكن التقارير تحدثت عن اقتحام عدد من السجون انتهي باخراجهم في اليوم التالي. وكان مرسي قد تحدث الي احدي القنوات الفضائيه عبر الهاتف في نفس الليله ونفي هروبه من المعتقل وقال ان الاهالي هم من اقتحموا بوابات السجن لاخراج المساجين، وانه لا يزال مستعدا لتسليم نفسه. قضيه التخابر وتضم لائحه الاتهام الخاصه بهذه القضيه وفقا للنيابه العامه "السعي والتخابر مع حركه حماس للقيام باعمال عدائيه في البلاد، والهجوم علي المنشات الشرطيه والضباط والجنود، واقتحام السجون المصريه وتخريب مبانيها". وقالت وكاله انباء الشرق الاوسط المصريه ان حكم قاضي التحقيق جاء بعدما قام باستجواب مرسي "ومواجهته بالادله وتوجيه الاتهامات له في الجرائم التي ارتكبها هو واخرون". وضمت تلك اللائحه ايضا اتهامات مثل "اقتحام اقسام الشرطه، وتخريب المباني العامه والاملاك، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدا مع سبق الاصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود". الهروب من السجن وفي 21 ديسمبر/ كانون الاول 2013 احالت النيابه العامه في مصر محمد مرسي واخرين الي محكمه الجنايات بتهمه الهروب من سجن وادي النطرون ابان ثوره 25 يناير/ كانون الثاني 2011 التي اطاحت بالرئيس السابق حسني مبارك. يرفض مرسي جميع الاتهامات المنسوبه اليه، مصرا علي انه لا يزال "الرئيس الشرعي" للبلاد. وتضم لائحه الاتهام في هذه القضيه كلا من مرشد جماعه الاخوان المسلمين محمد بديع، ونائبه محمود عزت، ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق، ومحمد البلتاجي وعصام العريان وسعد الحسيني، اعضاء مكتب ارشاد جماعه الاخوان، و124 متهما اخر من قيادات الجماعه واعضاء من "التنظيم الدولي" للجماعه، بالاضافه الي عناصر من حركه حماس الفلسطينيه، وحزب الله اللبناني. وتضم تلك اللائحه ايضا الداعيه يوسف القرضاوي المقيم في قطر. اهانه القضاء وتعد لائحه اتهام مرسي باهانه القضاء هي الرابعه من بين لوائح الاتهام الموجهه اليه. وكانت النيابه العامه قد اخطرت مرسي في 19 يناير/كانون الاول 2014 رسميا بامر احالته الي المحاكمه بتهمه "اهانه القضاء"، وذلك وفقا لبيان رسمي اعلنته النيابه. وشمل قرار الاحاله 24 متهما اخر، بينهم محامون وصحفيون ونشطاء سياسيون، واشخاص ينتمون الي جماعه الاخوان. وشمل امر احاله المتهمين كلا من: رئيس مجلس الشعب السابق محمد سعد الكتاتني، وبرلمانيين سابقين هم عصام سلطان، والمستشار محمود الخضيري، والدكتور محمد البلتاجي، والمحامي صبحي صالح، ومحمد العمده، واحمد ابو بركه، والناشط علاء عبد الفتاح. وشملت اللائحه كذلك اعضاء مجلس الشعب السابقين مصطفي النجار، ومحمد منيب، وحمدي الفخراني، والدكتور محمود السقا، والدكتور عمرو حمزاوي، والاعلاميين عبد الحليم قنديل، ونور الدين عبد الحافظ، واحمد حسن الشرقاوي، وتوفيق عكاشه، وعبد الرحمن يوسف القرضاوي، والمحامين امير حمدي سالم، ومنتصر الزيات. وتضم اللائحه ايضا ممدوح اسماعيل عضو مجلس الشعب السابق، وعاصم عبد الماجد، عضو مجلس شوري الجماعه الاسلاميه، والداعيه المقيم في قطر وجدي غنيم.
قضت محكمه مصريه بسجن الرئيس المصري السابق، محمد مرسي، 20 عاما في اول قضيه من القضايا التي يحاكم فيها، وهي قضيه قتل المتظاهرين امام قصر الاتحاديه، بعد ان اطاح به الجيش في الثالث من يوليو/ تموز 2013.