البابا يحتضن امام مسلم و حاخام يهودي كما صلي البابا عند الحائط الشرقي الذي يقع اسفل المسجد الاقصي والذي يمثل قيمه دينيه هامه لليهود. مطاطئ الراس، لامسا احجار الحائط بيديه. ولقي الحبر الاعظم حفاوه من كلا الفلسطينيين والاسرائيليين، ودعا الرئيسين الي زياره الفاتيكان. وقد رد الرئيس الاسرائيلي شيمون بيريز والرئيس الفلسطيني محمود عباس علي الدعوه بشكل ايجابي. وبعد زيارته للموقع الاهم في القدس – و الذي يمثل احد اصعب النقاط الخلافيه في النزاع الاسرائيلي الفلسطيني – توجه البابا الي المبني الوطني التذكاري للهولوكوست في منطقه ياد فاشيم. مواضيع قد تهمك نهايه والتقي البابا هنا ببعض الناجين من الهولوكوست و وصفها بقوله "ماساه رهيبه" وبانها كانت "هاويه لا قرار لها". الاخوه و الاخوات بدا البابا صباح الاثنين بزياره لمجمع المسجد الاقصي. ويعد المسجد ثالث اقدس الاماكن لدي المسلمين ويقع علي منطقه متنازع عليها بين المسلمين الذين يسمونها الحرم الشريف و بين اليهود الذين يسمونها جبل المعبد. وخلع البابا حذاءه قبل ان يدخل الي قبه الصخره التي يقول المسلمون ان النبي محمد صعد منها الي السماء. التقي البابا بمفتي القدس والقيادات الاسلاميه وخلال حديثه لمفتي القدس محمد احمد حسين، خرج البابا عن كلمته المعده سلفا داعيا المسيحيين و اليهود و المسلمين للعمل معا من اجل تحقيق السلام و ادانه التعصب. وقال البابا "دعونا نحترم و نحب احدنا الاخر كاخوه و اخوات". وتوجه بعد ذلك الي الحائط الغربي الذي يعد احد اقدس الاماكن لدي اليهود، وهو جزء من الحائط من معبد يهودي قديم كان قائما هناك. وقضي البابا بضع دقائق يصلي عند الحائط كما فعل يوم الاحد عند الحاجز الاسرائيلي الامني المثير للجدل الفاصل بين مدينه بيت لحم التوراتيه في بيت لحم في الضفه الغربيه عن القدس. البابا يضع دعاء مكتوبا في الحائط الغربي كما ترك البابا دعاء مكتوبا في احد شقوق الحائط الغربي، ثم احتضن صديقين مقربين من بلده الارجنتين، احدهما امام مسلم و الاخر حاخام يهودي كانا ضمن الوفد المرافق له من الفاتيكان. ثم توجه البابا بعد ذلك الي مقبره هرتزل، ليصبح اول بابا يضع اكليلا من الزهور علي قبر مؤسس الصهيونيه الحديثه. مات تيودور هرتزل قد مات عام 1904 قبل ان يتحقق حلمه في اقامه وطن لليهود. وتقول يولاند نل مراسله بي بي سي في القدس انه علي الرغم من ان زياره المقبره صارت الان جزء من تقاليد الزيارات الرسميه لاسرائيل، الا ان لها دلاله رمزيه هامه. بعد ذلك توقف البابا بشكل غير مرتب لزياره نصب تذكاري لمدنيين اسرائيليين ماتوا في هجوم لمسلحين فلسطينيين. و جاءت الزياره بناء علي طلب رئيس الوزراء الاسرائيلي بنيامين نتنياهو طبقا لما اعلنه مكتبه. توقف البابا لزياه نصب تذكاري لقتلي اسرائليين مدنيين اللهم لا تعدها وقام البابا بعد ذلك بزياره الي المبني التذكاري للهولوكوست في منطقه ياد فاشيم حيث قبل ايدي العديد من الناجين من الهولوكوست في اشاره الي تكريمهم. وفي عظه مهيبه في القاعه التذكاريه دعا البابا قائلا "اللهم لا تعدها، اللهم لا تعدها". وقال "نحن هنا نشعر بالخزي لما قام به الانسان الذي خلقته علي صورتك وهيئتك" البابا يضع اكليلا من الزهور في ذكري ضحايا الهولوكوست وتقول مراسلتنا ان زياره المبني التذكاري تحمل دلاله خاصه بسبب المسائل المثاره حول موقف الفاتيكان خلال الهولوكوست.
حث بابا روما – خلال زيارته لمجمع المسجد الاقصي - الناس من الديانات المختلفه علي "العمل معا لتحقيق العداله و السلام".