من الممكن ان تتعرض رسائل واتساب للتجسس من طرف ثالث نتيجه لثغره في تصميم التطبيق وترجع تلك الثغره الي اخطاء في طريقه كتابه الشفرات الخاصه بخدمه الرسائل المرسله. واكتشف خبير الامن الاليكتروني توماس بويلتر امكانيه التجسس علي الرسائل المرسله عبر واتساب حال اعاده اصدار رموز التشفير. واخطر بويلتر شركه فيسبوك، مالكه التطبيق، بهذا العيب في ابريل / نيسان 2016، لكن ردها اشار الي انها لا تعمل علي سد الثغره في تطبيق الرسائل في الوقت الحالي، وهو ما كان متوقعا من الشركه. وقال مناصرون لقضايا الخصوصيه لصحيفه الغارديان البريطانيه ان هذه الثغره تمثل "تهديدا خطيرا" لحريه التعبير لامكانيه استخدامها من قبل الحكومات ومؤسسات انفاذ القانون للتجسس علي المستخدمين الذين يعتقدون انهم يتواصلون في امان بعيدا عن الاختراقات. وقالت واتساب في بيان اصدرته بشان الثغره ان هذا العيب لم يكن "بابا خلفيا" وضع عن عمد في شفراتها المستخدمه في تطوير التطبيق حتي تتمكن الحكومات من فك شفرات الرسائل. واضاف البيان: "هذه المزاعم غير صحيحه، فواتساب لم تفتح بابا خلفيا للحكومات في نظمها، وسوف تستمر في مقاومه طلبات كل الحكومات لفتح هذا الباب الخلفي" يري خبراء ان الثغره التي اكتشفت في واتساب ترجع الي اخطاء في عمليه التشفير اخطاء في التشفير يمكن استغلال الثغره التي اكتشفت في واتساب عندما تكون هناك حاجه لاعاده نشر او ارسال رموز الشفرات التي تستهدف التشويش علي محاولات التجسس. واكتشف بويلتر انه في موافق بعينها، يمكن الهجوم علي التطبيق المشغل من قبل مستلم الرسائل واجبار واتساب علي اعاده ارسال رموز التشفير الخاصه بمعلومات التشويش. ومن خلال عمليه تلاعب معقده، لنظام التشفير، يمكن لمهاجم التطبيق اعتراض طريق الرسائل المرسله وقراءتها. ويري زاك ويتكار، محرر الامن الاليكتروني لدي زد نت، انها "ثغره كبيره وغبيه"، لكن قلل من خطورتها. واضاف ان المشكله تحدث في نطاق "محدود"، وان اكتشافها جاء نتيجه تشفير خطا او خبره جيده للمستخدم. وقالت واتسال في البيان الذي اصدرته في هذا الشان انها اتخذت قرار يتعلق بتصميم التطبيق يضمن اعاده ارسال رموزد التشفير للحفاظ علي ملايين الرسائل التي كان من الممكن فقدها. وقال فريدريك جاكوبس، الذي يعمل بمجال التشفير الاليكتروني، ان علي اي مستخدم يخشي الوقوع فريسه لهذه الثغره يمكنه تغيير اعدادات الامن علي واتساب بحيث يتلقي تحذيرا حال تغيير رموز التشفير.
من الممكن ان تتعرض بعض الرسائل التي ترسلها عبر واتساب للاختراق والقراءه من قبل طرف ثالث نتيجه لثغره في التطبيق.