مبني "بيت قرطبه" قد يبدو المشروع عاديا للبعض، لكنه اثار جدلا واسعا نظرا لحساسيه موقعه، وارتباطه بالنسبه لكثيرين بذكريات اليمه، مما دفع عددا من اهالي ضحايا اعتداءات سبتمبر الي الاعلان عن معارضتهم المشروع، الذي راوا فيه استفزازا لمشاعرهم، وفقا لمايك بورك شقيق احد الضحايا، الذي قال لـ"بي بي سي": "هذا ليس موقفا ضد الاسلام او ضد بناء مسجد، نريد فقط ان يحترم التاريخ وذكري احبائنا. فمن الصعب علينا تقبل فكره وجود مسجد علي بعد امتار قليله من مكان مقتل احبائنا علي ايدي متطرفين اسلاميين". ووفقا لبورك، تعجز عائلات الضحايا عن تبديد مشاهد الاعتداءات من ذاكرتها، كما تخشي من ان يتم "تمويل المشروع عبر جماعات مناوئه للولايات المتحده، قد تحوله مقرا لها ومركزا لنشر افكارها المتطرفه". ورفض امام مسجد بيت قرطبه، فيصل عبد الرؤوف، هذه الاتهامات. واكد لـ"بي بي سي" ان التمويل سيعتمد علي التبرعات من افراد عاديين. امام مسجد بيت قرطبه فيصل عبد الرؤوف ولفت عبد الرؤوف الي ان "المشروع سيلبي حاجات المسلمين وغير المسلمين في نيويورك"، لاسيما انه يحمل رساله واضحه بشان اعتداءات سبتمبر،"فالمكان يتمتع برمزيه كبيره بالنسبه للعالم، وليس هناك من مكان افضل لنا كمسلمين لندين عبره اعتداءات سبتمبر". واذا كان بعض اهالي ضحايا اعتداءات سبتمبر رفضوا فكره مكان المسجد، فان بعضا اخر منهم رحب بالمشروع، وراي فيه فرصه لاظهار الوجه الحقيقي للاسلام. كما تعهد بعض الاهالي بمساعده القيمين علي المشروع لاتمامه. وقال تشارلز وولف، وهو شقيق احدي الضحايا، لــ"بي بي سي": "لا اري اي سوء في بناء المسجد"، واضاف: "سادافع عن حقهم في التواجد هنا، انا مسيحي واقصد الكنيسه، لكنني لن اتردد في المشاركه باي مناسبه تجري في المركز، التطرف موجود في كل دين وحزب وامه، وما فعلته القاعده لا يرتبط باي شكل بالاسلام". الجدير ذكره ان "مبادره قرطبه" هي من يمول بناء المركز الاسلامي الذي تقدر تكلفته بنحو مئه مليون دولار. ولا ينتظر القيمون علي المشروع، والذي ينتظر ان يكتمل العمل به في العام 2013، ان يحسم الجدل بشانه قريبا. وهم يتوقعون ان ينظر اليه كثيرون علي انه استفزاز، وربما تهديد، غير انهم يعدون ببذل كل الجهود لاظهار "الهدف الحقيقي والنبيل" وراء عملهم.
علي بعد امتار من مكان برجي مركز التجاره العالمي، هناك مبني تضرر بفعل اعتداءات الحادي عشر من سبتمبر 2001، ويقوم الان مركز اسلامي علي ترميمه واضافه ادوار اليه، ليصبح "بيت قرطبه"، علي ان يضم ثلاثه عشر طابقا، ومسجدا سيكون الاكبر في المنطقه، اضافه الي مسرح يتسع لخمسمئه شخص، وملعب لكره المضرب وحوض للسباحه.