انتزع مشرف الحكم بانقلاب عسكري وكان مشرف قد اعتقل في ساعه متاخره من مساء الخميس. وكانت الحكومه التي يراسها مشرف انذاك قد حملت حركه طالبان مسؤوليه اغتيال بوتو. يذكر ان مشرف يخضع فعلا لحكم بالاقامه الجبريه في منزله باسلام اباد بتهمه قيامه بطرد عدد من القضاه عندما اعلن الاحكام العرفيه في باكستان في نوفمبر/ تشرين الثاني 2007. ومن المفترض ان تنقضي فتره الاقامه الجبريه اوائل الشهر المقبل. ويقول مشرف ان القضايا المقامه ضده تخفي دوافع سياسيه. مواضيع قد تهمك نهايه وكان مشرف قد عام الي باكستان من منفاه الاختياري بامل قياده حزبه في الانتخابات العامه المقرره الشهر المقبل، ولكنه لن يتمكن من ذلك اذ صدر قرار بمنعه من المشاركه في الانتخابات. وكان مشرف قد انتزع السلطه عام 1999 اثر انقلاب عسكري، وحكم البلاد تسع سنوات قبل اطاحته في انتخابات رئاسيه غادر اثرها باكستان الي المنفي في لندن ودبي. وكانت حركه طالبان باكستان قد اقسمت بانها ستغتال مشرف. وكان تقرير اصدرته الامم المتحده عام 2010 قد خلص الي ان اغتيال بينظير بوتو كان من الممكن تفاديه وان حكومه مشرف لم توفر لها الحمايه الكافيه. وقد وصف انصار مشرف التقرير بانه "مجموعه من الاكاذيب."
امرت محكمه باكستانيه بفرض الاقامه الجبريه علي الرئيس الاسبق برفيز مشرف لثلاثه ايام لاتهامه بالتقاعس في توفير الحمايه الكافيه لرئيسه الوزراء الراحله بينظير بوتو مما "ادي الي اغتيالها".