حذر السيسي من "الغدر" بالجيش وياتي ذلك في اعقاب نشر صحيفه البريطانيه تسريبات من وثيقه تفيد بان الجيش المصري كان ضالعا في حالات الاختفاء القسري والتعذيب والقتل في انحاء البلاد اثناء الثوره. وعقب اجتماع مع الرئيس محمد مرسي واعضاء المجلس الاعلي للقوات المسلحه، قال الفريق اول عبد الفتاح السيسي "اقسم بالله ان القوات المسلحه من اول يوم 25 يناير وحتي الان لم تقتل، ولم تامر بقتل ولم تخن او تامر بخيانه، ولم تغدر او تامر بغدر." ومضي قائلا "اؤكد ان القوات المسلحه خلال العامين الماضيين كانت حريصه جدا علي مصر وشعبها، ولم تقم باي اساءه"، مضيفا ان "القوات المسلحه مؤسسه وطنيه جدا وشريفه وحريصه جدا علي بلدها، وتتاثر جدا باي اساءه توجه لها." وحذر السيسي من "الغدر" بالجيش، مستطردا بالقول ان "الضباط والصف والجنود يتاثرون جدا من تلك الاساءه." مواضيع قد تهمك نهايه وذكر وزير الدفاع ان الرئيس مرسي اعرب عن رفضه "للاساءه" التي توجه للقوات المسلحه، واكد علي "الدعم الكامل والثقه الكامله" في اعضاء المجلس العسكري. وكانت صحيفه اعتمدت في تناولها للامر علي ما قالت انه تسريبات من تقرير للجنه رئاسيه لتقصي حقائق الجرائم التي ارتكبت اثناء الانتفاضه الشعبيه ضد مبارك. تجدر الاشاره الي ان السيسي تولي منصبه في اغسطس/ اب 2012 خلفا للمشير حسين طنطاوي، اخر وزير للدفاع في عهد مبارك ورئيس المجلس الاعلي للقوات المسلحه الذي ادار شؤون البلاد في الفتره الانتقاليه عقب سقوط نظام مبارك. "حمله مخططه" في السياق ذاته، انتقد مصدر عسكري ما ورد في وسائل الاعلام عن تورط الجيش المصري في جرائم ضد المتظاهرين، وذلك باعتباره "هجوما" ضمن "حمله مخططه" تستهدف المؤسسه العسكريه. وقال المسؤول لبي بي سي ان "الهدف مما يتم تسريبه حول تورط الجيش في جرائم ضد المتظاهرين اثناء ثوره 25 يناير ياتي ضمن الهجوم علي المؤسسه العسكريه المصريه للنيل من قادتها السابقين والحاليين واستقرار وثبات القوات المسلحه." وشدد المسؤول علي ان القوات المسلحه وافرادها "لن يصمتوا امام تلك المحاولات"، وان "المؤسسه العسكريه تعي جيدا ما يحاك ضدها من مؤمرات تستهدف قادتها." واشار المسؤول، الذي رفض نشر اسمه، الي ان التقرير "اعتمد علي روايات لاشخاص عاديين وليس به ادله تدين القوات المسلحه"، مضيفا ان "ما تم ترويجه بتقرير اللجنه لا يعبر عن حقائق او وقائع مثبته، فهي مجرد كلام مرسل." وتساءل المسؤول "من له المصلحه في تسريب هذا التقرير الموجود فقط لدي النائب العام ورئاسه الجمهوريه ولجنه تقصي الحقائق؟" بالمقابل، قال تقادم الخطيب، العضو بلجنه فرعيه بالامانه العامه للجنه تقصي الحقائق، ان ما ورد في تقرير صحيح. وقال الخطيب، وهو عضو بائتلاف شباب الثوره، لبي بي سي ان الجيش المصري شارك بالفعل في قتل وتعذيب مدنيين اثناء الثوره. لكنه اكد ان ايا من اعضاء اللجنه لا يملك نسخه من التقرير الذي تمت احالته للرئاسه، موضحا ان "صمت مرسي وعدم اظهار هذا التقرير لابد وان وراءه شيء ما، ربما يتعلق بالخروج الامن للعسكر." وتولي المجلس الاعلي للقوات المسلحه اداره شؤون البلاد منذ تنحي الرئيس السابق حسني مبارك في فبراير/ شباط 2011 وحتي تسليم السلطه للرئيس محمد مرسي في يونيو/ حزيران 2012. وتعرض المجلس العسكري في السابق لانتقادات بسبب اساليب ادارته للبلاد في المرحله الانتقاليه، ومن بينها استخدام القوه ضد متظاهرين ومحاكمه مدنيين امام محاكم عسكريه.
نفي وزير الدفاع المصري، عبد الفتاح السيسي، ان تكون القوات المسلحه قد قتلت او امرت بقتل مصريين ابان ثوره 25 يناير التي اسقطت نظام الرئيس السابق حسني مبارك.