لم يتلف الا عدد قليل من المخطوطات ومنذ انسحبت المجموعات المسلحه التي كانت تسيطر علي شمالي مالي امام القوات الفرنسيه، تواترت تقارير متضاربه حول المخطوطات والكتب الاثريه في تمبوكتو التي يعود تاريخها الي القرن العاشر، ومع ذلك فقد تبين ان الاغلبيه العظمي من المخطوطات قد تم حفظها في المعهد حديث الانشاء الممول من جنوب افريقيا. حيث سافر الباحث الجنوب افريقي محمد ماثي والذي يعمل ضمن مشروع مخطوطات تمبوكتو الي مالي خمس مرات خلال العقد الماضي، واعترف انه اصيب وزملاؤه بالقلق بعد ان سيطرت الجماعات المسلحه علي شمال مالي العام الماضي، غير ان الاتصالات الاخيره التي جرت مع مالي جلبت اخبارا مطمئنه. وقال محمد :"سمعنا من قبل عدد من المصادر لدي المتمردين في باماكو ان المخطوطات في حاله جيده ولم تمس باذي، ولا اتصور ان حجم التلف الذي اصاب الوثائق كبير كما اوردت التقارير، لان غالبيتها تم حفظها بامان قبل فتره طويله من بدايه احداث الاسبوعين الاخيرين." حفظ رقمي وحسب ماثي فان اهالي تمبوكتو لديهم تقاليد تعود لقرون طويله لحمايه الوثائق والحفاظ عليها، اذ يقول :"انهم يفكرون بشكل اسرع عندما تواجههم هذه التحديات، حيث ياخذون الوثائق الي منازل العائلات ويحفظونها في اماكن امنه". مواضيع قد تهمك نهايه وفي السنوات الاخيره تم اعاده تخزين وحفظ الالاف من وثائق المكتبه اليكترونيا، في مشروع كان يتوقع ان يستغرق سنوات عديده، ومن خلال هذا المشروع يستطيع الباحثون في جنوب افريقيا من علي اجهزه الكمبيوتر الخاصه بهم مواصله عملهم من خلال صور هذه الوثائق المحفوظه. حيث بدا عملهم الاكاديمي في مالي منذ الزياره التاريخيه التي قام بها الرئيس الجنوب افريقي السابق ثابو مبيكي الي مالي عام 2001، حيث وعد بان الحكومه الجنوب افريقيه ستساعد مالي في حفظ الاف الوثائق الموجوده في معهد احمد بابا في تمبوكتو. وتزامن التوقيت الذي تعهد به مبيكي بحفظ الوثائق، مع خططه الطموحه لما يسمي "النهضه الافريقيه". خرافه واسطوره ويضم معهد احمد بابا في تمبوكتو مخطوطات تتراوح اعدادها مابين 30 الي 40 الف مخطوطه، ولكن ماثي يؤكد ان الكثير منها تم نقلها قبل هجوم الاسلاميين المتمردين علي المدينه في ابريل/نيسان 2012. ويقول :"ان الصناديق الفارغه ليست دليلا علي ان المخطوطات التي كانت موجوده بها تم تدميرها او احراقها"، ويعتقد الباحثون في جنوب افريقيا ان قرابه الفي مخطوطه تم فقدها خلال الفوضي التي حدثت العام الماضي. ولكن علي مايبدو ان مدينه الخرافات والاساطير هذه قد خططت للحفاظ علي غالبيه كنوزها القديمه، يقول ماثي :"هذا مايميز تمبوكتو، ففكره المكتبه الارشيفيه كانت تهدف للحفاظ علي المخطوطات ليس في اوقات الحروب فقط، ولكن ايضا من مخاطر الحرائق والعوامل الطبيعيه، نطالب العالم بالاهتمام بهذا التراث المعرفي، ونريده ان يظهر باكثر الطرق واقعيه."
مع انتشار صور صناديق التخزين التي تبعثرت واحترقت محتوياتها في معهد احمد بابا في تمبوكتو، تزايدت المخاوف من تدمير الاف المخطوطات الشهيره مع نهايه الحكم الاسلامي.