يعتبر مبني المتحف اثرا في حد ذاته ودمر الانفجار واجهه المبني واسقفه المعلقه، التي سقطت علي صناديق العرض الزجاجيه فحطمتها وما بداخلها من معروضات، خاصه الزجاجيه والخزفيه. وقال وزير الدوله المصري لشؤون الاثار، محمد ابراهيم، في مؤتمر صحفي بمقر المتحف انه جاري جرد القطع واصدار بيان بعدد القطع التي تعرضت التدمير. واشار الوزير الي ان ثلاثه مشكاوات من اصل 12 من مشكاوات مسجد السلطان حسن تعرضت للتدمير. واستعرض الوزير اثناء المؤتمر بعض التحف مثل ابريق محمد بن مروان اخر الخلفاء الامويين الذي يعد من ابرز مقتنيات المتحف مؤكدا انه لم يتعرض للتلف. مواضيع قد تهمك نهايه وبحسب الدكتور محمد عبداللطيف، استاذ الاثار الاسلاميه والقبطيه بجامعه المنصوره ومدير عام اللجنه الدائمه للاثار الاسلاميه الاسبق، فان الدمار الذي طال المتحف يعتبر "كارثه عالميه وانسانيه". يعد ابريق محمد بن مروان ،اخر الخلفاء الامويين،من ابرز مقتنيات المتحف. ويضم المتحف محراب السيده رقيه الخشبي الذي يعود للعصر الفاطمي، ويعتبر من اقدم واروع القطع الخشبيه في المتحف. والذي كان قد نقل من مسجد ابن طولون خشيه تعرضه للتلف. كما تشمل الخسائر كاس عبدالصمد بن علي، وهو اقدم المقتنيات المؤرخه في المتحف، حيث يعود لعام 155 هجريه. وهو كاس زجاجي مطعم بنقوش البريق المعدني. ودمرت مشكاوات زجاجيه تعود الي العصر المملوكي وهي مشكاوات دقيقه الصنع من البلور الصخري الاشبه بالالماس. كذلك تعرضت ثمانيه من المخطوطات النادره في دار الكتب للتلف بسبب الحادث. مقتنيات نادره وينقسم المتحف الي عشره اقسام فنيه بحسب الخامات التي صنعت منها المقتنيات. وتم ترتيب القطع في كل قسم حسب التسلسل الزمني للعصور الاسلاميه. ويصل اجمالي القاعات الي 25 قاعه عرض، فيما يزيد عدد المقتنيات علي مئه الف قطعه من مختلف بقاع العالم الاسلامي؛ من مصر والشام والحجاز والاندلس والشرق الاقصي. كان قد تم تصنيع مشكاوات بديله لمسجد السلطان حسن ونقل الاصليه للمحتف حفاظا عليها وتتكون مقتنيات المتحف من مجموعات نادره من المخطوطات والمنسوجات والحلي والاعمال الخزفيه والزجاجيه والخشبيه والاحجار والرخام. كما يضم المتحف مجموعه متنوعه من الدنانير الذهبيه والدراهم الفضيه التي تعود للقرن الهجري الاول، وهي من اندر القطع علي مستوي العالم. بالاضافه الي اطباق من الخزف تعود للعصر الفاطمي، وعدد من قطع السجاد النادر وعباءات السلاطين. ويشير الدكتور عبداللطيف الي ان الخساره تشمل المبني نفسه، الذي "اصبح اثرا في حد ذاته". "الوضع ليس شديد الخطوره" وقالت مونيكا حنا، عالمه الاثار المصريه، لـ بي بي سي ان نسبه خسائر المتحف تقدر بحوالي 20-30 في المئه من المقتنيات. واضافت "حتي الان، الوضع ليس شديد الخطوره. فقد انقذنا كل المقتنيات تقريبا ويمكن ترميم عدد كبير منها." واضافت حنا ان المشكله الاكبر كانت غرق المتحف في المياه نتيجه لتاثر انابيب المياه والاطفاء بالانفجار الا ان فرق الانقاذ تمكنت من وقف تسرب المياه. كما سيتم جرد المقتنيات يوم الاحد للوقوف علي تقدير دقيق لحجم الخسائر. "تضخيم اعلامي" وقال احد مفتشي الاثار لـ بي بي سي، ورفض ذكر اسمه، انه يجري تضخيم حجم خسائر المتحف اعلاميا. وان بعض المقتنيات، كمحراب السيده رقيه، يمكن ترميمها. حيث تم بناء المحراب الخشبي بطريقه "العاشق والمعشوق" التي يمكن اعاده تركيبها. كما نفي ان يكون ابريق محمد بن مروان قد تعرض للتلف. انهارت الاسقف المعلقه وسقطت علي صناديق العرض، فدمرتها واضاف ان فرقه من الاثريين تسمي "فرقه الكوارث"، وهي مجموعه من المدربين علي التعامل مع مثل هذه الكوارث الاثريه، قد انقذت جزء كبير من المقتنيات. ونقلت وكاله انباء الشرق الاوسط الرسميه، نقلا عن وزير الدوله المصري لشؤون الاثار، محمد ابراهيم، ان المتحف "يحتاج لاعاده بناء من جديد بسبب التاثر الشديد لجدرانه ومقتنياته". وكانت وزاره الاثار قد اعلنت عبر صفحتها علي موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" انه سيتم اخلاء المبني من المقتنيات ونقلها للترميم خارجه فور انتهاء جهات التحقيق من عملها. يذكر ان المتحف كان قد تم الانتهاء من ترميمه وتطويره عام 2010، بعد عمليه استمرت ثمان سنوات بتكلفه تزيد علي 107 مليار جنيه حيث تم تجديد قاعات العرض وتطوير انظمه الاضاءه وصناديق العرض، وانشاء مدرسه متحفيه للاطفال والكبار.
استهدف تفجير منذ يومين مبني مديريه امن القاهره، وطالت اثاره متحف الفن الاسلامي، اكبر متحف للاثار الاسلاميه في العالم الذي يقع في مواجهته، معرضه واجهته المعماريه المميزه للتدمير ومهدده مقتنياته من التراث الاسلامي الممتده علي مدار 12 قرنا.