منظمه القديس يوحنا تواجه الفاتيكان بسبب طرد احد مستشاريها وقد اندلع الخلاف بعد الكشف عن ان فرع الهيئه في ماينمار وزع الافا من الواقيات الذكريه. واوقف مستشار الجمعيه، البريخت فون بويسلاغر، عن ممارسه عمله لهذا السبب في الثامن من ديسمبر/كانون الاول. وتمنع الكنيسه الكاثوليكيه استخدام موانع الحمل الصناعيه. وقال بويسلاغر انه لم يعلم ببرنامج توزيع الواقيات الذكريه، الذي كان ضمن مبادره لمكافحه مرض الايدز ، وتنظيم الاسره، وانه اوقفه عندما عرف بوجوده. وترفض الهيئه - التي مضي علي تاسيسها 900 عام - التعاون مع التحقيق الذي بداه الفاتيكان في طرد مستشارها، محذره اعضاءها من انهم اذا تحدثوا مع فريق البابا فرانسيس، فلا ينبغي ان يتعارض ما يذكرونه مع قرار استبدال مستشار اخر ببويسلاغر. ووصفت الهيئه في بيان صدر الثلاثاء مراجعه البابا بانها خطوه قانونيه "غير مناسبه"، تهدف الي تقليص سيادتها. وكان البابا فرانسيس قد كلف لجنه مكونه من خمسه اعضاء بالتحقيق في طرد المستشار في ديسمبر/كانون الاول، مع وجود دليل علي ان مبعوثه الخاص الي الهيئه، الكاردينال المحافظ ريموند بورك، قد ساعد في ترتيب للقرار دون مباركه البابا. يعرف اعضاء المنظمه بلباسهم الاسود الطويل والصليب ذي النقاط الثماني المدببه ويعكس هذا الخلاف علي الواقيات الذكريه اتساع نطاق الانقسام الايديولوجي في كنيسه الروم الكاثوليك، وهو الانقسام الذي اشتدت حدته خلال فتره البابا فرانسيس. ويميل البابا الي التركيز علي الجانب الرحيم للكنيسه علي حساب المبادئ الدينيه التقليديه، وادي هذا الموقف من جانبه في بعض الاحيان الي عدم رضي الكاثوليكيين المتشددين. ويبرز الجدل ايضا الانقسام الداخلي في الهيئه ذاتها، التي يرجع تاريخها الي عصر الصليبيين، في القرن 11، وهل يفي اعضاؤها بما تعهدوا به من طاعه. وقد اسست الهيئه مستوصفا لها في القدس يعتني بالحجيج من جميع الديانات. وتضم المنظمه الدينيه حاليا 13500 عضو، و100.000 موظف ومتطوع، يوفرون الرعايه الصحيه في المستشفيات، والعيادات حول العالم. وتتمتع جمعيه فرسان القديس يوحنا بكثير من المزايا التي تتمتع بها الدول. فهي تصدر طوابعها الخاصه بها، وجوازات سفرها، ولوحات ارقام السيارات، ولها علاقات دبلوماسيه مع 106 دول، بما في ذلك دوله الفاتيكان. وافادت تقارير بان المنظمه حريصه علي صورتها الارستوقراطيه وعلي استماله مواهب جديده لمواصله عملها الانساني.
نشب خلاف بين الفاتيكان وهيئه خيريه في مالطا تعرف باسم "فرسان القديس يوحنا"، وهي جمعيه كاثوليكيه قديمه ذات سياده، بعد طرد مسؤول كبير فيها بسبب فضيحه خاصه بمنع الحمل.