وكانت جماعات حقوقيه بحرينيه قد اتهمته بالتواطؤ في احتجاز وتعذيب لاعبي كره قدم ورياضيين اخرين. وقال الشيخ سلمان لبي بي سي: "لا يمكن ان انفي شيئا لم افعله. مثل هذه الاتهامات ليست مضره فحسب، لكنها مؤذيه ايضا. البعض لديه برنامج معين يسعي لتحقيقه". وقتل عشرات الاشخاص عام 2011 عندما فضت قوات الامن البحرينيه اعتصامات كبيره كان يقودها محتجون شيعه يطالبون باصلاحات. وتقول جماعات حقوقيه ان الشيخ سلمان ساعد في الكشف عن هويه اللاعبين المشاركين في الاحتجاجات وفشل في حمايتهم من الانتهاكات. مواضيع قد تهمك نهايه لكن الشيخ سلمان يقول: "هذه الادعاءات لا تضرني فحسب، لكنها تضر بالشعب والدوله. انها ادعاءات بغيضه لا اساس لها من الصحه وترددت مرارا في الماضي وتتكرر في الحاضر". وكان اخر موعد لاستقبال طلبات الترشح لرئاسه الفيفا خلفا لسيب بلاتر هو يوم الاثنين الساعه 23:00 بتوقيت غرينتش. وخلال لقائه بمراسل بي بي سي ريتشارد كونواي، قال الشيخ سلمان انه لن يتقاضي اي اجر في حال فوزه برئاسه الفيفا، مشيرا الي تاييده اقامه كاس العالم في روسيا وقطر عامي 2018 و2022 علي الترتيب. واضاف الشيخ سلمان انه يؤيد تحديد فترات رئاسه الفيفا بثلاث دورات فقط بحد اقصي 12 عاما. وتعهد سلمان، الذي يتراس الاتحاد الاسيوي لكره القدم منذ 2013، بتطهير الاتحاد الدولي لكره القدم بعد تهم الفساد التي طالته منذ القبض علي سبعه مسؤولين بارزين في زيورخ. واضاف: "لدينا امثله كبيره لهيئات في كره القدم، مثل الدوري الانجليزي والدوري الالماني وحتي الاتحاد الاوروبي، ليست اكبر من الاتحاد الدولي من حيث الجانب الرياضي او جانب الايرادات، لكنها تدار بطريقه اكثر احترافيه، وهذا هو ما نسعي لتحقيقه في الفيفا". وقال الشيخ سلمان ان "المرشحين الاخرين يجب ان يكونوا واقعيين ايضا". ويوجد سبعه مرشحين اخرين يتنافسون علي رئاسه الفيفا. واضاف: "ما لم تحصل علي دعم من الاتحاد الذي تتراسه فستكون المهمه صعبه للغايه."
هاجم الشيخ سلمان بن ابراهيم ال خليفه، المرشح لرئاسه الاتحاد الدولي لكره القدم، ما وصفه بـ"الافتراءات البغيضه" التي تثار حول فتره توليه منصب رئيس الاتحاد البحريني لكره القدم.